주 문

1. 피고가 2007. 3. 5. 원고에게 한 2002년 귀속 양도소득세 384,903,000원의 부과처분 중 15,011,937원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2007. 3. 5. 원고에게 한 2002년 귀속 양도소득세 384,903,000원의 부과처분 중 2,290,647원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 신○○은 1/2씩 출자하여 경매 물건으로 나온 별지 1 기재 부동산(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 취득한 후 목욕탕 등을 운영하기로 마음먹고 그런 내용으로 동업약정을 체결한 다음, 2000. 4. 19. 그 경매 절차에서 신○○ 명의로 이 사건 부동산을 720,010,000원에 경락받아 소유권 이전등기를 마쳤다.

나. 그 후 이 사건 부동산은 이○○에게 양도되어 2002. 2. 8. 소유권이전등기가 마쳐졌다.

다. 이에 관하여 피고는 '원고가 당초 신○○과 함께 이 사건 부동산을 공유로 취득하였으나, 2001. 4. 17. 신○○에게 다시 1억 원을 지급하고 그의 지분마저 취득하여 부동산 전체의 소유권을 확보하였고, 그 후로도 계속 원고 명의로 소유권이전등기를 하지 않은 채 그대로 두고 있다가 앞서 본 바와 같이 2002. 2. 8. 이○○에게 이 사건 부동산 전체를 양도하였고, 이○○은 당시 이 사건 부동산에 설정된 주식회사 한빛은행의 근저당채무액 1,205,667,000원을 인수하는 것으로 매매대금의 지급에 갈음한 것'으로 보았다. 그래서 이 사건 부동산의 양도가액은 1,205,667,000원, 취득가액은 820,010,000원(= 720,010,000원 + 100,000,000원)이고, 전체 부동산을 미등기 전매한 것으로 판단하여 60%의 세율을 적용한 후, 2007. 3. 5. 원고에게 이 사건 부동산의 양도에 따른 2002년 귀속 양도소득세 398,794,340원을 결정 고지하였다.

라. 그 후 피고는, 원고가 신○○의 1/2 지분을 취득하기 위하여 지급한 금액이 1억 원이 아니라 3,000만 원이었던 것으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액을 750,015,000원으로 조정한 후, 2007. 4. 11. 납부하여야 할 총 양도소득세액을 474,409,945원으로 경정하였다.

마. 이에 대하여 원고가 2007. 5. 17. 이의신청을 하였고, 대전지방국세청장은 2007. 6. 15. 원고의 이의신청을 일부 인용하여 10,080,290원을 필요경비에 산입하여 양도소득세를 경정하라는 취지로 결정하였다. 이에 따라 피고는 위 금액을 필요경비로 인정하여 2007. 7. 31. 원고가 납부하여야 할 총 양도소득세액을 463,599,120원으로 경정하였다.

바. 그러나 원고는 이의결정에도 불복하여 2007. 8. 20. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원에서는 2008. 3. 12. '이 사건 부동산 1/2 지분은 미등기양도 자산이 아니라 원고가 신○○에게 명의신탁 한 것에 불과하다'는 이유로 그 부분 세액을 경정하라는 취지의 일부 인용 결정을 하였다.

사. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 부동산 중 1/2 지분에 대하여는 일반세율을 적용한 후, 2008. 3. 27. 총 양도소득세액을 384,903,000원으로 경정하여 원고에게 고지하였다(2008. 3. 27. 경정에 의하여 감액된 2007. 3. 5.자 양도소득세 부과처분을 '이 사건 부과처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~4호증, 을 1~5호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변혼 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 중간에 신○○의 지분을 취득한 사실이 없으므로, 원고와 신○○은 이 사건 부동산을 1/2 지분씩 공유하고 있다가 이○○에게 양도한 것으로 보아야 한다. 그리고 이○○은 매매대금의 지급에 갈음하여 이 사건 부동산에 설정된 주식회사 한빛은행의 근저당채무액 12억 원 전부를 인수한 것이 아니라 그 중 일부인 8억 원만 인수하였으므로, 결국 원고는 이 사건 부동산 중 1/2지분을 소유하고 있다가 이를 4억 원에 양도한 셈이다. 그런데 피고는 이와 달리 원고가 이 사건 부동산을 단독으로 소유하고 있다가 1,205,667,000원에 양도한 것으로 보았으므로, 이는 오해에 기인한 것으로서 위법하다.

나. 관계법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ 신○○은 원고와의 동업약정에 따라 대전지방법원 99타경23574호 임의경매 사건에 자신의 명의로 입찰 참가하여 2000. 4. 19. 이 사건 부동산을 720,010,000원에 낙찰 받았다. 이 과정에서 입찰보증금 72,001,000원은 원고와 신○○이 1/2씩 마련하여 납부하였고, 나머지 대금 648,000,000원은 이 사건 부동산에 관하여 체권최고액 900,000,000원, 채무자 신○○으로 된 근저당권을 설정하여 주고 농업협동조합중앙회로부터 대출을 받아 납부하였다.

⑵ 이 사건 부동산 취득 후 원고와 신○○은 원고의 처남인 황○○에게 목욕탕 등을 운영하도록 맡겼으나 당초 예상과 달리 영업이 순조롭지 않자, 신○○은 원고에게 동업관계의 청산을 요구하였다.

⑶ 그래서 원고는 2000. 7. 6. 신○○으로부터 위 농협협동조합중앙회의 근저당채무를 인수한 후, 2001. 4. 17. 다시 이 사건 부동산에 관하여 채권최고액 208,000,000원, 채무자 원고로 된 근저당권을 추가로 설정하여 주고 농업협동조합중앙회에서 새로 대출을 받아 신○○에게 투자금 반환 명목으로 1억 원[경매입찰보증금(3,600만 원) + 등록세 등(3,000만 원) + 사우나개업비 등 고려]을 지급하였다. 그 후 신○○은 목욕탕 등의 운영이나 이 사건 부동산의 처분에 관여하지 않았다.

⑷ 원고는 처남인 황○○를 통해 알게 된 주식회사 ○○전자의 대표 최○○으로부터 이 사건 부동산을 담보로 제공하고 4억 원을 대출받을 수 있도록 도와달라는 부탁을 받았다, 그래서 2001. 8. 9. 최○○과 사이에, 이 사건 부동산을 담보로 제공하고 주식회사 한빛은행(이하 '한빛은행'이라 한다)으로부터 주식회사 ○○전자(이하 '○○전자'라 한다) 명의로 12억 원을 대출받은 후, 그 중 8억 원은 이 사건 부동산에 관하여 이미 설절되어 있는 근저당권의 피담보채무를 변제하기 위해 원고가 사용하고, 나머지 4억 원은 ○○전자가 사업자금으로 사용한 다음 6개월 후 책임지고 변제하기로 약정하였다.

⑸ 위 약정에 따라 이 사건 부동산에 관하여 2001. 8. 10. 새로 근저당권자 한빛은행, 채권최고액 1,755,000,000원, 채무자 ○○전자로 된 근저당권 설정등기가 마쳐졌고(이하 '이 사건 근저당권'이라 한다), 이 사건 부동산에 관하여 기존에 있던 위 ⑴, ⑶항 기재 농업협동조합중앙회의 근저당권은 2001. 8. 14. 해지로 각 말소되었다.

⑹ 이○○은 2001. 11. 14. 원고로부터 이 사건 부동산을 매수한 후 2002. 2. 8. 소유권이전등기를 마쳤다. 당시 매매대금의 지급에 갈음하여 이 사건 근저당권으로 담보된 대출금 중 원고가 부담하는 채무액을 인수하기로 약정하였기 때문에 별도의 대금을 지급하지는 않았다.

[인정근거] 갑 4호증의 1 내지 4, 갑 5호증, 갑 6호증의 1, 갑 7호증, 을 7호증의 각 기재, 을 6호증, 을 10호증의 3의 각 일부 기재, 증인 황○○의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 신○○ 지분의 취득 여부

앞서 본 사실관계에 의하여 인정되는 바와 같이, 원고는 20901. 4. 17. 신○○과의 동업관계를 청산할 때 신○○이 지출한 경매입찰보증금과 취득세 등을 모두 반환하여 주었고, 이에 앞서 2000. 7. 6. 당초 이 사건 부동산의 취득 자금 조달을 위해 농업협동조합중앙회로부터 대출 받은 차용금의 채무자 명의를 계약인수를 통해 원고 앞으로 변경하였으며, 그 후 동업관계를 청산하면서 농업협동조합중앙회로부터 새로 대출받은 차용금의 채무자도 역시 원고이고, 그 때부터 신○○은 이 사건 목욕탕의 운영 및 이○○에게 양도하는 과정에 전혀 관여하지 않은 점에 비추어 볼 때 원고는 2001. 4. 17. 신○○으로부터 이 사건 부동산 중 1/2 지분을 취득하여 사실상 전체 부동산에 대한 소유권을 확보하였으나, 다만 원고의 명의로 등기를 넘겨받지 않고 지내다가 2002. 2. 8. 이○○에게 양도하였음이 명백하다.

⑵ 이 사건 부동산의 양도가액

이 사건 근저당권은 ○○전자의 요청에 의하여 ○○전자에서 필요한 4억 원을 추가로 대출받기 위하여 설정되었고, 당시 대출받은 12억 원 중 8억 원은 기존 근저당권의 피담보채무를 변제하는데 사용되었다. 이 사건 근저당권에 의해 담보되는 대출금의 채무자는 ○○전자이므로, 이에 관하여 원고가 부담하여야 할 금액은 ○○전자와의 내부적 약정에 따라 원고가 사용한 8억 원과 그 이자에 한정된다. 이○○은 원고로부터 이 사건 부동산을 양수하면서 매매대금의 지급에 갈음하여 이 사건 근저당권으로 담보된 대출금 중 원고의 부담 부분만을 인수하기로 하였으므로, 특별한 사정이 없는 한 원고의 부담인 8억 원을 초과하여 ○○전자가 변제 책임을 지고 있는 4억 원의 채무까지 인수하였다고 보기는 어렵다.

이런 사정에 비추어 볼 때 이 사건 부동산의 양도가액은 12억 원이 아니라 8억 원으로 보아야 하므로, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

⑶ 정당한 양도소득세액

이 사건 부동산의 양도가액을 8억 원으로 하여 양도소득세액을 다시 계산하면 별지 3 계산내역 정당한 세액란 기재와 같이 15,011,937원(= 5,421,741원 + 9,590,196원)이 되므로, 이 사건 부과처분 중 정당한 양도소득세액 15,011,937원을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 일부 인용한다.