1. ○○○세무서장이 2008.1.12. 청구인에게 한 2005년 제2기 부가가치세 2,306,480원, 2006년 제1기 부가가치세 99,670,880원, 2006년 제2기 부가가치세 27,030,970원의 부과처분은 2005년 제2기 과세기간 중 이하일 등 4명으로부터 매입한 공급대가 23,687,750원과 2006년 제1기부터 제2기까지의 과세기간 중 청구인에게 4,800만원 미만의 재활용폐자원을 공급한 윤○○ 등 20명의 공급대가 합계 791,616,790원(2006년 제1기 중 윤○○ 등 17명의 공급대가 586,424,750원과 2006년 제2기 중 윤○○ 등 13명의 공급대가 205,192,040원)은 신고․납부불성실가산세를 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인은 ○○○에서 고철 도․소매업을 영위하고 있는 법인으로서, 2005년 제1기부터 2006년 제2기까지의 과세기간 중 미등록사업자들인 윤○○○ 등 30명(이하 "공급자들"이라 한다)으로부터 고철 등 1,394,257,230원(이하 "쟁점매입액"이라 한다)의 재활용폐자원을 매입하고 조세특례제한법 제108조의 재활용폐자원 매입세액 공제특례규정을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

이에 대하여 ○○○지방국세청장이 처분청에 대한 정기감사를 통하여 공급자들은 1인 기준 1역년 공급대가가 4,800만원 이상인 미등록사업자이므로 일반사업자로 보아야 한다고 지적하자 처분청은 쟁점매입액에 대하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례규정의 적용을 배제하고 2008.1.12. 청구인에게 2005년 제2기 부가가치세 2,306,480원, 2006년 제1기 부가가치세 99,670,880원, 2006년 제2기 부가가치세 27,030,970원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.4.4. 이의신청을 거쳐 2008.8.6. 심판청구를 제기하였다.

2005년제2기부터 2006년 제2기까지의 과세기간 중 재활용폐자원 매입세액의 공제를 신청한 내역은 2005년 제2기 중 안○○외 7명으로부터 매입한 4,231만원, 2006년 제1기 중 최○○외 54명으로부터 매입한 14억 700만원, 2006년 제2기 중 김○○외 50명으로부터 매입한 9억 3,589만원인 바, 청구인이 신고한 재활용폐자원 공급자들은 청구인의 신고기준으로는 공급자 1인 기준 1역년 공급대가가 4,800만원을 초과하지 않았으나 공급자의 1역년 공급대가가 4,800만원을 초과하는지 여부는 공급자들 외는 아무도 알 수 없을 뿐만 아니라 관할세무서에서 확인해 주지도 아니하여 청구인이 알 수 없었음에도 불구하고 청구인이 재활용폐자원 매입세액공제를 받기 위해 제출한 미등록사업자들에 대하여 간이과세자 및 과세유형 적용시기 등을 배제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

공급자들은 1역년의 공급대가가 4,800만원 이상인 일반사업자 규모에 해당하는 미등록사업자들로서 계속적․반복적으로 폐자원을 수집하여 다른 도․소매사업자에게 공급하는 도매업자들이므로 청구인은 이들이 사업자등록을 하지 아니하였다고 하더라도 일반과세사업자로 판단할 수 있으며, 조세특례제한법 제108조 및 같은 법시행령 제110조에서 "과세사업을 영위하지 아니하는 자"와 "간이과세자"로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하는 경우 매입세액을 공제하도록 하고 있는 바, 공급자들로부터 취득한 금액에 대하여는 재활용폐자원 매입세액을 불공제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

미등록 재활용폐자원 수집업자의 1역년 공급대가가 4,800만원 이상으로 간이과세자에 해당하지 아니하는 경우에 조세특례제한법 제108조의 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정을 적용할 수 있는지 여부

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】① 법 제108조 제1항에서 "기타 대통령령이 정하는 자"라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 「부가가치세법」 제25조에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

1. 고철

9. 기타 재활용폐자원 등으로서 재정경제부령이 정하는 것

(3) 조세특례제한법시행규칙 제50조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】① 영 제110조 제3항 제5호에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

② 영 제110조 제4항 제9호에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 폐비철금속류

(4) 부가가치세법 제25조 【간이과세】① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 "공급대가"라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "간이과세자"라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자

2. 업종ㆍ규모ㆍ지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자

⑤ 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다

(5) 부가가치세법시행령 제74조 【간이과세의 범위】① 법 제25조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 4천800만원을 말한다.

(1) 처분청은 2005년 제2기 과세기간 중 〈표1〉에서의 공급자들 (30명) 중 이○○ 등 4명에 대하여 부가가치세2,306,480원, 2006년 제1기 과세기간 중 공급자들 중 이○○ 등 3명을 제외한 27명에 대하여 부가가치세99,670,880원, 2006년 제2기 과세기간 중 공급자들 중 김○○ 등 10명을 제외한 20명에 대하여 부가가치세27,030,970원을 부과하였음이 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.

〈표1〉청구인에게 재활용폐자원을 공급한 자들의 기별 거래액 (천원)

(2) 2005년 제1기부터 제2기까지의 과세기간 중 청구인에게 재활용폐자원을 공급한 30명의 공급자들 중 처분청이 부가가치세를 부과한 이○○○ 등 4명은 청구인에게 공급한 재활용폐자원의 공급대가는 4,800만원 미만이나 청구인과 다른 거래처의 공대가의 합계액은 4,800만원을 초과한 것으로 나타난다.

2006년제1기부터 제2기까지의 공급자들 중 강○○○ 등 10명은 청구인에게 매출한 재활용폐자원의 공급가액만으로도 4,800만원이 초과된 것으로 나타나고, 동 기간 중 나머지 20명인 윤○○○, 최○○○ 등은 청구인에게 공급한 공급대가와 다른 사업자에게 공급한 공급대가의 합계액은 4,800만원 이상이나 청구인에게 공급한 공급대가는 4,800만원 미만인 것으로 나타난다.

(3) 조세특례제한법 제108조 제1항에서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 간이과세자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하면서 위 재활용폐자원 및 중고품을 공급하는 자가 사업자등록을 하였거나 또는 일반사업자인지 여부를 따지지 아니하고 1역년 공급대가가 4,800만원에 미달하는 경우에는 위 규정을 적용할 수 있도록 규정하고 있다.

(4) 따라서, 청구인이 1역년 기간 동안 공급자들 중 청구인뿐만 아니라 다른 사업자에게 공급한 재활용폐자원의 총 공급대가가 4,800만원 이상인 자와의 거래에 대하여는 부가가치세 매입세액을 공제할 수 없고 총 공급대가가4,800만원에 미달하는 자와의 거래에 한하여 조세특례제한법 제108조 제1항의 규정에 따라 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제할 수 있는 것이므로 처분청이 1역년의 공급대가가 4,800만원 이상인 공급자들로부터 매입한 금액에 대하여 재활용폐자원 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

다만, 가산세 문제에 있어서는 공급자들 중 2005년도에 청구인에게4,800만원 미만의 재활용폐자원을 공급한 이○○○과 2006년도 중 청구인에게 4,800만원 미만의 재활용폐자원을 공급한 윤○○○ 등 20명은 재활용폐자원 공급을 위하여 부가가치세 사업자등록을 한 사실이 없고, 처분청에서도 직권으로 등록한 사실이 없어서 청구인이 이들로부터 정상적인 매입세금계산서를 받을 수 없었을 뿐만 아니라, 청구인으로서도 이들의 1역년 공급대가가 총 4,800만원을 초과하는지를 알 수 없는 상황이었으므로 청구인이 이들로부터 매입한 재활용폐자원가액을 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상으로 보아 매입세액공제를 적용하여 신고한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 청구인에 대하여 가산세(신고불성실가산세 및 납부불성실가산세)를 부과한 처분에는 잘못 있다고 판단된다(조심2008중2833, 2008.12.26. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구인의 일부 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제 3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.