주문

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 예비적 청구에 관한 원고 패소부분을 취소한다.

피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2004년 2기분 부가가치세 1,622,125원의 부과처분 중 1,151,943원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 주위적 청구에 관한 항소 및 예비적 청구에 관한 나머지 항소를 모두 기각 한다.

3. 소송총비용은 이를 20분하여 그 19는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

제1심 판결을 취소한다. 주위적으로, 피고가 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 부과처분은 무효임을 확인한다. 예비적으로 피고가 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1섬 판결 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 원고의 주장

원고는 ○○그린엠과 사이에 거래를 함에 있어 매매대금의 결제는 은행계좌를 통해서만 하였고 현금을 직접 교부받은 사실이 없다. 그럼에도 불구하고 피고는 원고에게 현금으로 대금을 지급한 사실이 있다는 ○○그런엠의 허위주장에 기초하여 이 사건 각 처분을 하였는바, 그 하자가 중대하고 명백하여 이 사건 당초처분 및 증액경정처분은 당연무효라 할 것이고, 설령 하자가 중대하고 명백하지 않다고 하더라도 이 사건 당초 처분 및 증액경정처분은 각 허위사실에 기초하여 이루어진 것이므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

국세기본법 제22조의2 (경정 등의 효력)

소득세법 제80조 (결정과 경정)

4. 원고의 주위적 청구에 대한 판단

 살피건대, 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세요건 사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).

 먼저 이 사건 당초처분이 당연무효인지에 관하여 보면, 이 사건 당초처분은 애초에 원고가 신고한 자료를 근거로 하여 피고가 이를 진실 된 것이라 믿고 행한 처분이므로 원고가 ○○그린엠과 사이에 허위 세금계산서를 작성하고 그에 따라 허위의 신고를 하였다 하더라도 그와 같은 사유는 취소사유가 될 수 있을 뿐, 당연무효사유가 될 수는 없다.

 다음으로 이 사건 증액경정처분이 당연무효인지에 관하여 보면, 을 제3 내지 7호증의 각 기재에 의하면 피고가 원고와 ○○그린엠 사이의 거래가 허위거래인지 여부에 관한 세무조사를 하게 된 것은 원고의 고충청구에 의한 것이었는데 그 후에 조사과정 에서 원고가 ○○그린엠과 사이에 현금거래가 있다는 취지의 확인서를 제출한 사실, 세무조사시 ○○그린엠에서는 원고로부터 받은 현금결제분에 대한 영수증인 팩스자료를 일부 가지고 있었고 그 내역이 ○○그런엠이 보관 중인 현금출납부와 일치한 사설, 피고가 원고에게 자료의 제출을 요구하였으나 원고는 증빙서류는 폐기하여 보관 중인 자료가 없다고 하면서 자료를 제출하지 아니한 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정 사실에 비추어 보면 피고로서는 원고와 ○○그린엠 사이에 일부 현금거래가 있었다고 판단할 만한 사정이 충분히 존재하였다고 할 것이고 설령 원고의 주장대로 원고와 ○○그린엠 사이에 현금거래가 전혀 없었다고 하더라도 이는 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 사유라 할 것이어서 그 하자가 중대하다 하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 당연무효사유가 될 수는 없다.

따라서, 이 사건 당초처분 및 이 사건 증액경정처분이 당연무효라는 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

5. 원고의 예비적 청구에 대한 판단 가. 본안전 항변에 대한 판단

피고는, 원고가 이 사건 소에서 취소를 구하는 부과처분 중 별지 1 부과처분 순번 13, 19, 20을 제외한 각 처분은 모두 제소기간이 도과하여 확정되었으므로 부적법하다 고 주장하므로 살피건대, 별지 1 부과처분 순번 13, 19, 20을 제외한 각 처분은 늦어도 2005. 4. 1.경 모두 불복기간이 도과하여 확정되었으므로 이를 지적하는 피고의 항변은 이유 있다.

피고는 또한, 원고의 예비적 청구 중 별지 l 부과처분 순번 19 부과처분 중 2,659,740원을, 순번 20 부과처분 중 104,930원을 각 초과하여 취소를 구하는 부분 역 시 제소기간이 도과하여 확정되었으므로 부적법하다고 주장한다. 살피건대, 국세기본법 은 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 제22조의2를 신설하여 그 제1항에서 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 청정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 마치지 아니한다고 규정하고 있다(부칙 제2항에 의해 법 개정 후 최초로 경정하는 분부터 적용된다). 위 규정의 해석과 관련 하여 이 사건과 같이 당초처분에 대하여 불가쟁력이 발생한 이후에 증액경정처분이 있는 경우 증액경처분에 대한 다툼을 넘어 당초처분의 위법성을 심리하고 아울러 당초처분의 세액보다 납세자에게 유리하게 경정처분을 취소ㆍ변경할 수 있는지가 문제된다. 국세기본법 제22조의2는, 증액경정은 ‘이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계’ 에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있는바, 당초처분에 대한 제소기간이 지나 불가쟁력이 발생하였다는 사정은 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 해당된다고 보아 야 하고, 법문 상으로도 처분이라는 용어 대신 '세액'이라는 용어를 사용하고 있는 점, 개개의 과세요건은 각 과세단위별로 과세표준과 세액을 결정하기 위한 불가결한 전제 이므로, 과세처분에 하자가 있는 경우 일반적으로 이를 당초처분과 경정처분에 따라 분리하여 관념하기 어려울 뿐더러, 그 일부만이 심리대상이 된다면 우연한 사정 또는 과세관청의 자의적인 조치에 따라 단일한 소송물이 나누어지게 되고 경우에 따라서는 문제된 하자가 각 처분에 분리 귀속되는 고유한 것인지를 심리해야 하는 등 적정한 소송절차의 측면에서도 수긍하기 어려운 점 등을 고려하면, 불복청구의 이유와 심리의 범위는 당초처분의 하자를 포함하여 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만, 소송절차에 따라 취소 가능한 범위는 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분에만 한정된 다고 봄이 상당하다. 따라서 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 경정처분을 기준으로 판단하여야 하고, 다만 양 처분을 전체적으로 하나로 보아 과세표준과 세액을 다시 심리ㆍ결정하더라도 종전에 확정된 세액은 변경할 수 없는 것이다.

위와 같은 법리에 비추어 볼 때, 이 사건 당초처분이 독립한 별개의 처분임을 전제로 별지 1 부과처분 순번 19, 20 각 부과처분 중 당초처분에 의해 확정된 세액에 관한 부분은 심판의 대상으로 삼을 수 없다는 취지의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.

나. 본안에 대한 판단

원고가 이 사건 소에서 취소를 구하는 부과처분 중 별지 1 순번 13, 19, 20의 각 부과처분이 적법한지 여부에 관하여 본다.

(1) 별지 l 순번 19, 20의 각 부과처분

원고는, 피고가 ○○그린엠이 제출한 현금출납부(이하 '이 사건 현금출납부'라 한다) 등을 토대로 하여 원고가 현금을 직접 수수하는 방법으로 대금을 지급받은 적이 있다 고 전제하고 이 사건 증액경정처분을 한 것인데, 자신은 현금을 직접 수수하는 방법으로 대금을 지급받은 적이 없으며 위 현금출납부가 조작된 것이라고 주장한다.

살피건대, 이 사건 현금출납부(갑 제15 내지 제20호증)에 연필로 기재했다가 지운 흔 적(특히 현금결제내역 항목 중 상당부분)이 존재하는 점은 피고가 스스로 인정하는 바 와 같고, 갑 제15 내지 제20호증, 을 제6호증의 5, 6, 9, 10의 각 기재, 제1심증인 장재봉의 증언 및 제1심 법원의 한국문서감정원에 대한 감정촉탁결과에 의하면, 이 사건 현금출납부에는 원고가 ○○그린엠으로부터 금융계좌를 통하여 대금을 지급받은 같은 날 현금으로도 대금을 지급받기도 하고, 백원 단위까지 특정하여 현금을 수령하기도 한 것으로 기재되어 있는 사실, ○○그린엠이 다른 거래업체와는 달리 원고에 대한 결제에 대하여만 현금과 통장결제를 일일이 구분하여 현금출납부에 기재한 사실, 원고가 2005. 8. 16. 피고에게 고충청구를 하기에 앞서 이와 같은 계획을 ○○그린엠에 알려주었고, 이에 ○○그린엠 측에서 원고에게 5천만 원을 제시하면서 고충청구를 하지 말아 줄 것을 부탁한 사실, 문서감정결과 이 사건 현금출납부 중 1999년도 현금출납부(갑 제15호증)가 1999년보다 2005년에 근접한 시점에 작성된 것으로 나타난 사실이 인정 되는바, 이를 종합하여 보면 이 사건 현금출납부 중 적어도 원고에게 현금으로 결제한 것으로 기재되어 있는 부분의 전부 또는 일부가 ○○그린엠 측에 의해 조작된 것으로 보인다.

소득세법 제80조 제3항 단서는, 과세표준을 결정함에 있어 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 소득세법시행령 제143조 제1항은 위와 같은 추계결정 사유 중의 하나로, '과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우'를 틀고 있는바(제1호), 앞서 본 바와 같이 원고의 2004년도 및 2000 년도 소득금액을 계산함에 있어 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하는 이 사건에서, 피고가 2005. 12. 1. 위 각 규정을 적용함으로써 2000년분 종합소득세 에 관하여 2,659,740원의 , 2004년분 종합소득세 에 관하여 104,940원의 각 증액경정을 함으로써 별지 1 부과처분 순번 19, 20 기재 각 부과 처분을 한 것은 당초처분을 포함하여 전체적으로 보아 적법하다.

(2) 별지 1 순번 13의 부과처분

2004년 제271 부가가치세, 즉 별지 1 순번 13의 부과처분은 위 과세기간 중 ○○그 린엠에 대하여 12,545,454원(13,800,000원/1.1)의 매출누락이 있음을 이유로 부과되었음 은 앞서 본 바와 같은바, 갑 제13, 20호증, 을 제6호증의 10의 각 기재에 의하면, 원고 가 ○○그린엠으로부터 2004. 7. 22. 6,000,000원, 같은 해 8. 31. 2,000,000원, 같은 해 9. 2. 1,800,000원 합계 9,800,000원의 대금을 현금이 아닌 계좌를 통하여 지급받은 사실이 인정된다.

피고는 나아가, ○○그린엠이 같은 해 11. 30. 원고의 동생인 이○상 명의계좌로 입금한 4,000,000원 역시 원고에 대한 거래대금으로 지급된 것이라고 주장한다. 살피건대 이에 부합하는 증거로는 당심 증인 최○묵의 증언 및 을 4호증의 1의 기재가 있으나, 갑 제3호증의 1 내지 4, 갑 제4, 13, 14호증, 을 제5, 12, 13호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이○상은 2004. 6. 28.경부터 '○○소재'라는 상호로 석분무역업체를 운영하여 왔고(그 소재지도 원고 운영의 '○○라인'이 제천시 고암동인 반면 이○상 운영의 위 업체는 대전 대덕구 신탄진동이다), 위와 같이 ○○대진소재를 운영 하면서 2004. 10 .30.부터 2005. 1. 31.까지 사이 에 2004. 11. 30.을 포함하여 4차례 에 걸쳐 ○○그린엠에 합계 10,186,000원 상당의 지올라이트(zeolite)를 공급하면서 세금계산서를 발행하여 주는 등 ○○그린엠과 사이에 거래관계가 있었던 점, 한편 원고가 '○○라인'이라는 상호로 ○○그린엠 등과 거래한 기간은 2004. 9. 30.경까지인 것으로 보이는 점, ○○그린엠이 원고와 거래하는 기간 동안 위 4,000,000원 말고는 원고의 계좌 가 아닌 다른 사람 명의의 계좌로 거래대금을 송금하여 준적은 없는 점 등에 비추어 이를 믿기 어렵고, 을 제3호증, 을 제4호증의 8, 9, 을 제6호증의 10의 각 기재만으로 는 위 4,000,000원 역시 실질적으로 원고에 대한 대금 지급을 위하여 송금된 것이라는 점을 인정하기에 부족하며 그밖에 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 현금출납 부가 조작된 것인지 여부와는 무관하게 이○상 명의계좌로 입금된 4,000,000원을 제 외한 위 9,800,000원만을 원고의 매출로 봄이 상당하고, 이에 따른 정당한 세액을 산정 하면, 별지 3 세액계산표의 '정당한 세액'란 기재와 같이 1,151,943원이 된다.

따라서 원고에 대한 2004년 제2기 부가가치세 부과처분 중 위 정당한 세액인 1,151,943원을 초과하는 부분은 위법하다.

결 론

그렇다면, 원고의 주위적 청구는 이유 없어 기각하고, 원고의 예비적 청구 중 별지 1부과처분 순번 1 내지 12, 14 내지 18 기재 각 부과처분의 취소를 구하는 부분은 모두 부적법하므로 각하하고, 순번 19, 20 기재 각 부과처분의 취소를 구하는 부분은 모두 이유 없어 이를 기각하며, 순번 13 기재 부과처분의 취소를 구하는 부분은 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 그 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1섬 판결 중 원고의 예비적 청구에 관한 부분은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 위 인정부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 위 정당세액을 초과하는 부 분의 취소를 명하며, 원고의 주위적 청구에 관한 항소 및 나머지 예비적 청구에 관한 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여(제1섬은 원고의 예비적 청구 중 별지 1 부과처분 순번 19 기재 2000년 귀속 종합소득세 부과처분 중 2,659,740원을 초과하여 취소를 구하는 부분 및 순번 20 기재 2004년 귀속 종합소득세 부과처분 중 104,930원 을 초과하여 취소를 구하는 부분을 모두 각하하여 이 부분에 있어서도 부당하나, 이에 관하여 제1심에서 본안판결을 할 수 있을 정도로 심리가 되었다고 인정되므로 제1심 법원으로 환송하지 아니하고 본안판결을 하기로 하되, 원고만이 항소한 이 사건에 있어 서 불이익변경금지의 원칙상 항소인인 원고에게 불이익하게 제1심 판결 중 위 일부 각 하 부분을 취소하여 이 부분까지 원고 청구기각의 판결을 할 수는 없다. 따라서 이 부 분에 관하여는 원고의 항소만을 기각하기로 한다) 주문과 같이 판결한다.