1. 피고가 원고 ○○개발주식회사에 대하여 한 별지 부과내역표 중 2006.7.3.자 2002년 귀속 1,141,393,000원, 2003년 귀속 2,189,179,810원, 2004년 귀속 91,383,300원의 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

2. 원고 ○○개발 주식회사의 나머지 청구 및 원고 ○○종합건설주식회사의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 ○○개발주식회사와 피고 사이에 생긴 부분을 이를 3분하여 그 1은 위 원고가, 나머지 피고가 부담하고, 원고 ○○종합건설주식회사와 피고 사이에 생긴 부분은 위 원고가 부담한다.

별지 부과내역표 중 피고가 ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고란 기재 각 원고에 대하여 ‘세목 등’란 기재 각 세금 및 소득금액으로 부과한 ‘부과금액’란 각 금액의 부과처분(가산세 포함) 및 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 원고 ○○개발주식회사(이하 ○○개발이라 한다)는 주택건설사업 등을 영위하는 회사로 법인등기부상 2001.7.29부터 최성우가 대표이사로 재임하고 있고, 원고 ○○종합건설주식회사(이하 ○○종합건설이라 한다)는 주택건설사업 등을 영위하는 회사로 법인등기부상 2002.3.30.부터 최○윤이 대표이사로 재임하고 있다.

 나. 피고는 서울지방검찰청의 원고 ○○개발 및 원고 ○○종합건설에 대한 과세자료 통보에 따른 확인조사를 실시하여, ① 2006.7.1. 원고 ○○개발이 2002.2.기 ~ 2004.1기 기간 중에 실물거래없이 주식회사 △△상사로부터 세금계산서 8장 합계금액 1,147,300,000원, △△건설 주식회사로부터 세금계산서 7장 합계금액 1,443,143,350원, 주식회사 ○안으로부터 세금계산서 6장 합계금액 649,000,000원을 수취(2002년 2기 합계금액 1,092,201,000원, 2003년 1기 합계금액 755,249,000원, 2003년 2기 합계금액 1,302,670,050원, 2004년 1기 합계금액 89,323,300원)하였다고 보아 별지 부과 내역표 중 원고 ○○개발에 대한 2002년 2기분 내지 2004년 1기분 부가가치세 부과처분(가산세 포함)등을 하였고(이하 원고 ○○개발에 대한 각 부부가가치세 부과처분)가산세 포함)등을 하였고 (이하 원고 ○○개발에 대한 각 부가가치세 부과처분이라 한다), ② 원고 ○○개발이 위와 같이 허위세금계산서를 수취하고, ○○벤처타운Ⅱ 신축공사(이하 ○○벤처타운공사라 한다) 일용노무자의 근무일수를 늘리는 방법 등으로 182,512,760원의 가공노무비(2002년도 49,192,000원, 2003년 131,260,760원, 2004년 등 2,060,000원)를 계상하였다고 보아, 허위세금계산서의 공급가액 및 가공노무비를 손금불산입하여, 별지 부과내역표 중 원고 ○○개발에 대한 2002사업연도 내지 2004 사업연도 법인세를 경정고지(이하 원고 ○○개발에 대한 각 법인세 부과처분이라 한다)하고, ③ 위 손금불산입 금액이 모두 사외 유출되어 그 귀속이 불분명하다는 이유로 최○윤에게 귀속되는 것으로 보아 인정상여처분을 하고, 별지 부과내역표 중 원고 ○○개발에 대하여 위 인정상여처분에 따른 소득금액변동통지(이하 원고 ○○개발에 대한 각 소득금액변동통지라 한다)를 하였고, ④ 원고 ○○종합건설이 ○○○분기 공사현장에 대한 전도금 지급시 노무자의 인건비를 실제보다 부풀려 2001년도 115,371,822원, 2002년도 1,026,051,000원을 가공으로 계상하였다고 보아, 이를 손금불산입하여 별지 부과내역표 중 원고 ○○종합건설에 대한 2001사업연도 및 2002 사업연도 법인세를 경정고지(이하 원고 ○○종합건설에 대한 각 부과처분이라 한다)하고, ⑤ 위 손금불산입된 금액이 모두 사외 유출되어 그 귀속이 불분명하다는 이유로 최○윤에게 귀속되는 것으로 보아 인정상여처분을 하고, 별지 부과내역표 중 원고 ○○종합건설에 대하여 위 인정상여처분에 따른 소득금액변동통지(이하 원고 ○○종합건설에 대한 각 소득금액변동통지라 한다)를 하였다.

 다. 원고들은 이 사건 각 부과처분 및 소득금액변동통지처분에 대하여 2007.2.28. 심판청구를 제기하였으나 2007.6.11. 모두 기각되었다.

 라. 최○윤은 ① ○○건설 등으로부터 허위세금계산서를 교부받았고 ② 위 허위세금계산서에 따른 가공비용을 횡령하고 법인세를 포탈하였으며, ③ ○○벤처타운공사현장 및 ○○○분기 공사현장의 노무비를 가공계상하여 위 금액을 횡령하고 법인세를 포탈하였고, ④ ○○건설 등으로부터 교부받은 허위세금계산서를 이용하여 부가가치세를 포탈하였다는 이유로 공소가 제기되었는데, 제1심에서 위 ① 내지 ③에 대하여 유죄가, ④ ○○건설 등으로부터 교부받은 허위세금계산서를 이용하여 부가가치세를 포탈하였다는 이유로 공소가 제기되었다가, 이에 쌍방이 항소를 제기하여 제2심에서 ①, ②에 대하여 유죄가, ③, ④에 대하여 무죄가 선고되었고, 이에 쌍방이 상고를 제기하였으나, 모두 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 10, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제3호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 7의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분 및 소득금액변동통지의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 원고 ○○개발에 대한 각 부과처분 및 소득금액변동통지

 △△상사 등으로부터 허위의 세금계산서를 건네받고, ○○벤쳐타운공사와 관련하여 노무비를 과다계상 한 바는 있으나, 이와 같은 허위 세금계산서상의 공급가액 및 과다계상노무비는 모두 손○찬 및 ○안에게 다시 지급되어 ○○벤처타운공사의 전기, 통진, 소방 등 공사비용으로 사용되어, 원고 ○○개발의 ○○벤처타운공사의 비용으로 지출된 것이므로, 위 금액이 원고 ○○개발의 비용으로 지출되지 않고, 사외로 유출되었음을 전제로 한 원고 ○○개발에 대한 위 각 부과처분 및 소득금액변동통지는 위법하다.

(2) 원고 ○○종합건설에 대한 각 부과처분 및 소득금액변동통지

 원고 ○○종합건설은 ○○○분기 공사를 함에 있어, 장부상 가공노무비가 계상된 것은 맞지만, 현장소장이 선집행한 공사비를 나중에 회계상 처리하기 위한 것이거나, 원고 ○○종합건설이 시행하는 여러 공사현장 중 적자현장의 공사비를 흑자현장에서 집행한 것으로 처리하거나, 증빙서류를 갖추기 어려운 비용(민원해결비, 농가숙식비 등)을 노무비로 계상한 것일 뿐이고, 위와 같이 장부상 과다계상된 노무비 대부분은 원고 ○○종합건설의 공사비용으로 사용되었으므로 위 금액이 원고 ○○종합건설의 비용으로 지출되지 않고, 사외로 유출되었음을 전제로 한 원고 ○○종합건설에 대한 위 각 부과처분 및 소득금액변동통지는 위법하다.

나. 관계법령

구 법인세법 제67조 (소득처분)

구 법인세법 시행령 제106조 (소득처분)

다. 원고 ○○개발에 대한 판단

(!) 각 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대하여

 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 ○○개발은 △△상사 등으로부터 시제와 다른 내용의 세금계산서를 교부받았고, ○○벤처타운공사와 관련하여 실제 근무한 사실이 없는 근로자에 대한 노임을 계상하거나 실제보다 근무일수를 늘려 노무비대장을 작성하는 등으로 허위노무비를 계상한 사실을 인정할 수 있고, 이러한 세금계산서상의 공급가액 및 가공의 노무비가 실제로 이 사건 공사비용으로 사용되었다고 볼 만한 객관적인 자료는 없으며, 관련 형사사건에서 최○윤이 이 사건 가공노무비를 횡령하였다고 공소제기된 부분이 무죄로 선고되어 확정되기는 하였으나, 이는 최○윤이 위 가공노무비를 실제 인출하여 사용하였다는 사실을 인정할 만한 증거가 없었기 때문일 뿐, 위 금액 상당이 실제 위 공사를 하는 비용으로 소요되었다는 점이 입증되었기 때문에 아닌 점 등에 비추어 보면, 이 사건 허위세금계산서의 공급가액 및 가공노무비는 가공비용으로서 손금에 산입될 것이 아니라고 할 것이므로, 원고 ○○개발의 2002사업연도 2기분 내지 2004년 1기분 부가가치세 산정시 이를 매입세액에서 불공제하고 2002사업연도 내지 2004사업ㄴ여도 법인세 과세표준 산정시 손금에 불산입함이 상당하고, 이와 달리 허위세금계산서의 공급가액 및 가공노무비가 원고 ○○개발의 공사대금으로 실제로 지급되었다는 점에 부합하는 듯한 증인 안○기의 일부 증언은 믿지 아니하며, 갑 제10, 11호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 각 소득금액변동통지에 대하여

법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호에 의하면 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어 익금에 산입한 금액에서 사외유출이 분명한 금액 중 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 보아 인정상여처분을 하도록 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세 법상의 대표자에 대한 이정상여처분 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것으로서, 이와 같은 경우 상여처분의 대상이 되는 법인의 대표자는 그 문면에 좇아 제한적으로 엄격히 해석하여야 할 것이다.

 그런데 위 조항은 사외에 유출된 금액이 귀속이 불분명한 경우 그 금액이 귀속 된 것으로 보는 대상자를 “대표자”라고 하면서, 괄호 속에 ① 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식을 합하여 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있을 것이라는 요건과 함께 법인의 경영을 사실상 지배하고 있을 것이라는 요건을 구비한 경우 그 자를 대표자로 본다는 내용과 ② 조세특례제한법의 규정에 따라 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하는 자가 따로 있다고 신고한 때에는 그 자를 대표자로 본다는 내용을 적시하고 있는바, 앞서 본 법리와 위 규정 내용에 비추어 보면, 위 조항에서 말하는 법인의 대표자라 함은 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자이거나, 괄호 속의 요건을 갖춘 주주 등인 임원 중 법인의 경영을 사실상 지배하고 있거나 당해 법인을 대표하는 자로 신고된 자이어야 할 것이므로, 법인등기부상 대표자로 등재되어 있지 아니하고 괄호 속의 주주 등인 임원으로서의 요건도 갖추지 못한 자의 경우에는 설령 그 자가 법인의 경영을 사실상 지배하고 있다고 하더라도 위 규정에서 말하는 대표자에 해당한다고 할 수 없다.

 이 사건에서 보건대, 최○윤이 원고 ○○개발의 법인등기부상 대표이사로 등재된 바 있다거나, 위 괄호 속의 주주 등인 임원으로서의 요건을 구비하였다고 볼 자료는 없으므로, 최○윤은 위 조항에서 말하는 원고 ○○개발의 대표자라고 할 수 없고, 따라서 원고의 나머지 주장에 관하여 살펴 볼 필요 없이 피고의 원고 ○○개발에 대한 각 소득금액변동통지처분은 위법하다고 볼 수 밖에 없다.

라, 원고 ○○종합건설에 대한 판단

 앞서 든 증거 및 갑 제19, 34호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 ○○종합건설은 ○○○분기 공사현장 실행조장에게 실제로 지급된 노무비보다 더 많은 노무비를 지급한 것처럼 증빙자료를 갖추어 본사에 제출한 것을 요구해 온 사실, 이와 같이 과다계상된 노무비의 사용처에 관하여 객관적인 자료를 제출하지 않고 있는 사실 등을 인정할 수 있고, 한편 관련 형사사건에서 최○윤은 ○○○분기 가공노무비를 횡령하였다고 공소제기 된 부분이 무죄로 선고되어 확정되기는 하였으나, 이는 최○윤이 현금전도계정을 오로지 개인적으로 유용할 비자금을 조성하기 위한 목적으로만 조성하였다거나, 조성한 비자금을 이후에 인출하였다는 점을 인정할 증거가 없었기 때문일 뿐 위 금액 상당이 실제 위 공사를 하는 비용으로 소요되었다는 점이 입증되었기 때문은 아닌 점, ② 위 과당계상 된 노무비 상당액이 손금에 산입되어야 할 것임에도 손금으로 산입되지 아니한 채 다른 비용으로 사용되었다고 볼 만한 객관적인 자료도 없는 점(갑 제17, 18호증의 각 1 내지 3의 각 기재에 의하면, ○○○분기 공사현장의 2002년도 가공노무비 중 2002.2.21.자 37,627,000원, 2002.4.23.자 20,000,000원이 다른 공사현장의 비용으로 지출결의가 이루어진 후 ○○○분기공사 전도금계정에 계상된 사정은 엿보이나, 나아가 위 비용이 다른 공사현장 내지 ○○○분기의 공사비용으로 실제 지출되었음에도 손금으로 산입되지 않았다고 볼 만한 자료도 없다) 등을 보태어 보면, 위 가공노무비는 2001, 220사업연도 법인세 과세표준 산정에 이어 손금 불산입하여야 할 것이며, 갑 제20 내지 33호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

 또한, 이와 같이 손금불산입된 금액이 사외로 유출되지 안하였다는 점을 확인할 만한 자료도 없으므로, 위 금액이 모두 사외로 유출되어 그 귀속이 불분명하다고 보아 최○윤에게 인정상여처분을 하고, 그에 따라 소득금액변동통지를 한 것 또한 적법하다고 볼 수 밖에 없다.

3. 결 론

 그렇다면, 피고의 원고 ○○개발에 대한 소득금액변동통지는 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고 ○○개발의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 원고 ○○개발의 나머지 청구 및 원고 ○○종합건설의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.