주 문

1. 피고가 2008. 1. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 52,266,100원의 부과 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2006. 11. 3. 김해시 ○○면 ○○리 1149-7 답 2,800m'(이하‘이 사건 제1 토지’라 한다)와 같은 리 1113 답 2.536m'(이하‘이 사건 제2 토지’라 하고, 이 사건 제1 토지와 이 사건 제2 토지를 통틀어‘이 사건 각 토지’라 한다)를 양도한 후 2007. 1. 29. 피고에게 이 사건 각 토지의 양도와 관련하여 양도가액은 실지거래가액인 451,000,000원으로, 취득가액은 당시 작성한 계약서를 분설하여 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 환산가액인 219,588,014원을 적용하여 계산한 양도소득세 51,817,743원을 신고· 납부하였다.

 나. 피고는 원고가 2001. 6.경 이 사건 각 토지를 소외 정○자, 하○희로부터 양수할 당시 제출한 검인계약서에 의하여 이 사건 각 토지의 실지거래가액이 확인된다는 이유로 위 검인계약서상의 매매금액 합계액인 71,486,617원을 이 사건 각 토지의 취득 당시 실지거래가액으로 보고, 양도당시 실지거래가액은 원고가 신고한 바와 같이 451,000,000 원고로 보아 양도차익을 산정한 다음 2008. 1. 1. 원고에게 양도소득세 52,266,100원을 부과, 고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).

 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 2. 4. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 국세청장은 2008. 4. 17. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 갑 제7호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

 피고는 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되므로 이에 근거 한 이 사건 처분은 적법하다고 주장하는데 반하여, 원고는, 이 사건 검인계약서에 기재된 매매가격은 실지거래가액이 아니라 취, 등록세 납부 편의를 위하여 이 사건 각 토지의 공시지가를 기준으로 하여 당사자들이 임의로 산정한 금액이므로 위 검인계약서는 실제 계약서로 볼 수 없고, 달리 이 사건 각 토지를 취득할 당시 작성한 매매계약서나 영수증 등이 남아 있지 않아 실지거래가액을 알 수 없는 경우에 해당하므로 취득 당시의 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차적으로 적용하여 취득가액을 계산하여야 하는데, 이 사건의 경우 취득 당시의 매매사례가액이나 감정가액이 존재하지 아니하므로 환산가액을 기준으로 추계조사하여 취득가액을 결정하여야 하는바, 이에 따라 원고가 신고, 납부한 정당한 양도소득세액을 초과하여 부과하는 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

구 소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지)

구 소득세법 시행령 제176조의2 (추계결정 및 경정)

다. 판단

(1) 이 사건 각 토지의 취득가액 결정

 (가) 이 사건 각 토지의 양도 당시 실지거래가액이 451,000,000원인 사실은 앞서 본 바와 같고, 양도차익을 계산함에 있어 양도가액을 실지거래가액에 의하는 경우 취득가액 역시 소득세법 제100조 제1항에 따라 실지거래가액에 의하여야 하므로 이 사건 각 토지의 실지취득가액이 피고 주장대로 검인계약서상 금액인 71,486,617원인지 여부에 관하여 본다.

 (나) 갑 제7호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고가 하○희로부터 이 사건 제1 토지 및 김해시 ○○면 ○○리 1149-2 탑 231m' 같은 리 1149-5 답 89m'(이하‘이 사건 제1 토지 등’이라 한다)를 취득하면서 제출한 검인계약서에는 계약일가 2001. 5. 7., 매매대금이 37,000,000원이고, 그 중 계약금 4,000,000원은 계약시에, 잔금 33,000,000원은 2001. 6. 7.에 각 지불하는 것으로 기재되어 있는 사실, 원고가 정○자로부터 이 사건 제2 토지를 취득하면서 제출한 검인계약서에는 계약일자가 2001. 6. 5. 매매대금이 35,000,000원이고, 그 중 계약금 5,000,000원은 계약시에, 잔금 30,000,000원은 2001. 6. 22.에 각 지불하는 것으로 기재되어 있는 사실을 각 인정할 수 있는바, 일반적으로 소유권이전등기를 경료할 당시 매매당사자들이 작성하여 시장 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 일응 추정된다 할 것이고, 그 계약서가 실제와 달라 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 하므로 (대법원 1993. 4. 9. 선고 93누2353 판결 참조), 위 검인계약서가 실제와 달리 작성되었는지 여부가 문제된다.

 (다) 그런데, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재, 증인 정○자의 증언, 감정인 하○호의 감정결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 제1 토지 등의 2000년 기준시가는 36,915,200원, 이 사건 제2 토지의 2000년 기준시가는 32,968,000원으로서 검인계약서상 이 사건 제l 토지 등의 매매대금인 37,000,000원, 이 사건 제2 토지의 매매대금인 35,000,000원과 그다지 차이가 나지 않는 점, ② 구 소득세법 제96조 제1항(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)은 양도소득의 산정에 있어 자산의 양도가액을 원칙적으로 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하도록 하고 있었으므로 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시인 2001년에는 실지거래가액이 그리 중요한 의미를 갖지 않았던 것으로 보이는 점, ③ 2008. 12. 11. 감정인 하○호가 소급감정한 결과 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시 이 사건 제1 토지의 시가는 70,000,000원, 이 사건 제2 토지의 시가는 63,400,000원인바 이는 검인계약서상의 매매대금과는 상당히 차이가 나는 점, ④ 하○희는 2001. 8. 14. 이 사건 제1 토지 등을 양도하고 양도소득세를 신고하면서 이 사건 제1 토지 등의 양도가액을 시가로 하여 37,000,000원으로 신고하였는데, 실제 하○회가 작성한 양도소득금액 계산명세서에는 이 사건 제1 토지 등의 기준시가가 계산되어 기재되어 있는 것으로 보아 하○회가 신고한 양도가액 37.000.000원은 위 기준시가 합계액 36,915,200원(= 371,910 원 + 143,290원 + 36,400,000원)을 기초로 산정된 금액으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 검인계약서상의 매매가액이 이 사건 각 토지의 실지거래가액에 해당한다고 보기 어려우므로 위 검인계약서의 추정력은 번복되었다고 할 것이고, 결국 위 검인계약서만으로 이 사건 각 토지의 실지취득가액을 확인할 수 있다고 볼 수는 없다.

(2) 정당한 세액의 계산

 (가) 결국 이 사건 각 토지의 취득가액에 대하여는 취득 당시의 실지거래가액을 확인하기 위하여 필요한 장부· 매매계약서· 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당된다고 할 것이어서, 이 경우 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하‘법’이라 한다) 제114조 제5항, 구 소득세법 시행령(200B. 2. 22. 대통령령 제2061B호로 개정되기 전의 것, 이하‘법 시행령’이라 한다) 제176조의2 제3항 제3호에 의하여 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가 순으로 추계조사하여 취득가액을 결정 또는 경정하여야 하는데, 이 사건 각 토지에 관하여는 법 시행령 제176조의2 제3항 제1호, 제2호에서 정한 매매사례가액이나 감정가액이 존재하지 아니하므로, 결국 법 시행령 제176조의2 제3항, 제3호, 제2항 제2호에 의하여 양도당시의 실지거래가액에 취득 당시의 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 나눈 값을 곱하여 환산한 가액을 취득가액으로 보아야 한다.

 (나) 그런데 갑 제3호증, 갑 제5호증의 1,2, 갑 제6호증의 1, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 각 토지의 양도 당시의 실지거래가액이 451,000,000원인 사실, 이 사건 각 토지의 취득 당시 기준시가는 69,368,000원(= 13,000원 x 2,800m' + 13,000원 x 2,536m'), 양도 당시 기준시가는 142,471,200원(= 26,700원 x 2,800m' + 26,700원 x 2,536m')인 사실을 각 인정할 수 있으므로, 이 사건 각 토지의 취득가액을 219,588,014원{= 451,000,000원 x (69,368,000원 ÷ 142,471,200 원), 원 미만 버림}이 되고, 이를 기초로 계산한 정당한 양도소득세액은 원고가 신고 · 납부한 51,817,743원이 되는바, 따라서 위 정당한 세액을 초과하는 양도소득세를 원고에 대하여 부과하는 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.