주 문

심판청구를 기각합니다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구인은 2004.10.11.부터 ○○○(이하“본점”이라 한다)에서 전분 등의 도․소매업을 영위하는 법인으로 ○○○(이하 “용인공장”이라 한다)을 설치하고, 2004.2기~2006.2기 과세기간 중 ○○○공장을 공급받는 자로 하여 교부받은 공급가액 562,075,000원의 매입세액 56,207,500원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. ○○○세무서장은 청구인이 총괄납부 승인을 받지 않은 상태에서 ○○○공장이 수취한 매입세금계산서상의 쟁점매입세액을 본점의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다 하여 쟁점매입세액을 불공제하고 세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고․납부불성실가산세를 적용하여 2008.3.24. 청구인에게 2004.2기~2006.2기 부가가치세 합계 81,812,270원(2004.2기 8,749,240원, 2005.1기 43,380,390원, 2005.2기 10,190,310원, 2006.1기 4,950,650원, 2006.2기 14,541,680원)을 경정고지하였다.

다. 청구인은 쟁점매입세액을 용인공장의 매입세액으로 공제하여야 한다며 2008.7.25. 2004.2기~2006.2기 부가가치세 합계 59,673,852원(2004.2기 5,681,941원 2005.1기 28,959,342원, 2005.2기 10,650,935원, 2006.1기 3,597,918원, 2006.2기 10,783,716원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 매입세액으로 공제하면서 용인공장에서 본점으로 반출한 전분 등 공급가액 541,068,000원(이하“쟁점매출액”이라 한다)에 대해서는 매출누락한 것으로 보아 2004.2기~2006.2기 부가가치세 합계 △177,102원(2004.2기 △303,611원, 2005.1기 942,343원, 2005.2기 △331,962원, 2006.1기 △149,592원, 2006.2기 △334,280원)을 경정결정하여 2008.9.10. 청구인에게 그 결과를 통보하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2008.11. 5. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 ○○○공장의 명의로 교부받은 매입세금계산서는 거래 사실의 증빙으로서 아무런 문제가 없는 세금 계산서임에도 총괄납부 승인이 없었다는 이유만으로 본점으로 반출한 쟁점매출액을 매출누락한 것으로 보아 과세한 처분은 동일한 과세물건에 대하여 이중과세가 되므로 부당하다.

나. 처분청 의견

2이상의 사업장이 있는 사업자가 지점에서 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 본점으로 반출한 재화는 재화의 공급에 해당하므로 ○○○공장에서 본점으로 반출한 쟁점매출액을 매출누락한 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 총괄납부 승인을 받지 않은 ○○○공장에서 수취한 매입세금계산서의 쟁점매입세액을 본점의 매입세액으로 공제하여 신고한 데 대하여, 이를 ○○○공장의 매입세액으로 공제하면서 본점으로 반출한 쟁점매출액에 대해서는 매출누락으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

(1) 부가가치세법 제4조 【신고․납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고․납부하여야 한다.

② 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부 할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 불구하고2이상의 사업장이 있는 사업자가 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고․납부와 관련한 이 법(제5조․제16조․제32조․제33조 및 제35조의 규정을 제외한다)의 적용에 있어서 각 사업장으로 본다.

1. 당해 사업자가 각 사업장의 물류흐름 및 재고를 관리할 수 있는 대통령령이 정하는 전산시스템설비를 갖추고 있을 것

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소의 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻을 것

(2) 부가가치세법 시행령 제15조【자가공급의 범위】

② 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항 또는 제6조의 3 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인 또는 사업단위 신고․납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 법제19조의 규정에 의하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ○○○공장에서는 제분공장으로 물건의 제조․생산을, 본점 사업장에서는 ○○○공장에서 제조․생산한 물건을 판매하고 있는 바, 총괄납부승인(승인일 2008.1.17.)이전인 2004.2기~2006.2기 과세기간중 ○○○공장에서 수취한 매입세금계산서상의 쟁점매입세액을 본점의 매출세액에서 공제하여 아래와 같이 부가가치세 신고를 하였다.

<매입세액 공재내역>

(단위 : 천원)

(2) 청구인은 본점 관할세무서인 ○○○세무서장이 청구인이 총괄납부 승인 없이 본점의 매입세액으로 신고한 쟁점매입세액을 불공제하고 청구인에게 2004.2기~2006.2기 부가가치세 81,812,570원을 경정고지한 데 대하여 쟁점매입세액을 ○○○공장의 매입세액으로 공제하여야 한다며 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점매입세액을 공제하면서 쟁점매출액에 대해서는 ○○○공장의 매출누락으로 보아 2004.2기~2006.2기 부가가치세 177,102원을 경정감하였다.

(3) 부가가치세법 제4조 제1항은 사업장별로 부가가치세를 납부하도록 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제15조 제2항의 규정은 총괄납부 개시전에 특정사업장에서 생산한 재화를 판매목적으로 다른 사업장로 이동하는 것은 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있으므로, ○○○공장에서 생산하여 판매목적으로 본점으로 반출한 쟁점매출액에 대하여는 ○○○공장이 본점을 공급받는자로 하여 세금계산서를 발행교부하고, 이를 ○○○공장의 부가가치세 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고납부하여야 한다.(○○○, 2003.6.19. 같은뜻)

(4) 따라서 처분청이 청구인이 ○○○공장에서 본점으로 쟁점매출액에 상당하는 전 분 등을 매출하였으나 이에 대한 세금계산서를 교부하지 아니하여 매출신고를 누락한 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.