1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006. 8. 1. 원고에 대하여 한 부가가치세 41,842,400원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 2. 20.경부터 부산 ○○○구 ○○동 845-106에서 ’○○○골드’라논 상호로 금은세공업을 하다가 2006. 9. 27. 폐업한 사업자로서, 2002년도 제l기 부가가치세과세기간 동안 주식회사 ○○○쥬얼리(이하 ’○○○쥬얼리’라고 한다)로부터 아래 내역과 같이 매입세금계산서(이하 ’이 사건 세금계산서’라고 한다)를 교부받고, 매출세액에서 이 사건 세금계산서상의 부가가치세액을 매입세액으로 공제하여 2002년도 제1기의 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 피고는 남대문세무서장으로부터 ○○○쥬얼리가 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상이라는 과세자료를 통보받고, 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 발행된 사실파 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하여, 2006. 8. 1. 원고에게 2002년도 제1기분 부가가치세 41,842,400원(가산세 포함)을 경정∙고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2 내지 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, ○○○쥬얼리로부터 이 사건 세금계산서에 상당하는 금지금을 실제로 매입 하고 그 대금을 모두 ○○○쥬얼리의 계좌로 입금하는 등 정상척인 거래를 하였음에 도, 원고에 대한 구체적인 조사나 확인을 거치지 않고 단순히 ○○○쥬얼리가 자료상 혐의자로 고발된 업체라는 이유만으로 원고가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하였다고 단정하여 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

구 부가가치세법제16조 (세금계산서)

구 부가가치세법 제17조 (납부세액)

다. 인정사실

(1) ○○○쥬얼리는 지금∙지은 도소매업 등을 목적으로 2001. 3. 5. 조○호가 자본금 50,000,000원으로 설립한 회사로서, 이 사건 세금계산서를 발급한 시점이 속하는 2002년 1기 부가가치세 과세기간에, ○○골드시스템 주식회사로부터 104,773,000,000원, 주식회사 ○○쥬얼리로부터 392,000,000원 상당의 지급 등올 매입하여 원고 등에게 판매 하였다고 남대문세무서장에게 신고하였다.

(2) 그런데 각 관할세무서의 조사 결과, ○○골드시스템 주식회사는 부가가치세 2002년 1기에 지금 등의 매입 대부분을 자료상으로 판명된 주식회사 ○○종합상사, 주식회사 ○○인터내셔날, 주식회사 ○○상사로부터 매입한 것으로 가장한 자료상인 업체로 판정되었고, ○○○쥬얼리의 2002년도 제1기 매입액 105,177,000,000원 중 ○○골드시스템 주식회사로부터 매입한 금액은 99.6%(= 104,773,000,000원 7 105,177,000,000원 × 100%)에 달한다.

(3) 한편, 남대문세무서에서 ○○○쥬얼리를 자료상 혐의로 조사하면서 2001년도 제1기부터 2003년도 제2기까지의 매출처를 조사한 결과 매출액의 81.3%에 해당하는 매출세금계산서가 주식회사 ○○○○골드 외 21개 업체에게 발행된 것으로 나타나고, 그 매출처들의 대부분은 자료상 등의 범죄이력이 있는 업체로 밝혀지자, 남대문세무서장은 2006. 3. 2. ○○○쥬얼리가 2001. 3. 5.부터 2003. 12. 31.까지 매입세금계산서의 대부분 을 자료상으로 고발된 업체로부터 수취하고, 발행한 매출세금계산서도 가공의 매출세금 계산서라는 이유로 ○○○쥬얼리의 2001년도 제1기부터 2003년도 제2기까지의 부가가 치세 신고에 대하여 매출과 매입을 모두 0으로 하는 부가가치세 경정결정을 하고, ○○○쥬얼리와 그 대표자 조○호를 조세범처벌법위반 등 혐의로 고발하였으나 조○호의 소재불명으로 기소중지 상태에 있으며, ○○○쥬얼리의 2001년부터 2003년 사이의 당기순이익은 1억 6,000만 원에 불과하였다.

(4) ○○○쥬얼리는 2001년에는 매출액 1,023억 원에 매출 마진 5억 원, 2002년에 는 매출액 2,381억 원에 매출마진이 9억 원, 2003년 l기 부가가치세 과세기간에는 매출 액 2,142억 원에 매출마진 2억 원이었다가, 허위세금계산서에 대한 세무조사가 시작되자 2003년 2기 부가가치세 과세기간에는 매출액이 2억 원으로 급감하였다.

(5) 원고 명의로 지금매입대금으로 아래 표 기재와 같이 이 사건 세금계산서상의 금액에 거의 상용하는 금액이 ○○○쥬얼리의 국민은행 계좌로 무통장입금되었다.