주 문

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2007. 3. 20. 원고에 대하여 한 2001년 사업연도 법인세 707,650,785원의 부과 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 건설업을 영위하고 있는 회사이고 주식회사 ◎◎(이하 ‘소외 회사’라고 한 다)는 법인세법상 원고의 특수관계자에 해당하는 회사인데, 원고는 2002. 4. 1.경 2001 년 사업연도 법인세 2,040,467,220원을 신고 납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 2006. 11. 15.부터 2007. 4. 23.까지 원고에 대한 세무조사결과 원고가 1995. 이후부터 소외 회사에게 건설용역을 제공하였으나 그 대금을 지급받지 못하고 미수금으로 계상하여 둔 금액(이하 ‘이 사건 미수금’이라고 한다)을 업무무관 가지급금으로 보고 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

다.피고는 위 과세자료 통보내용에 따라 이 사건 미수금을 업무무관 가지급금으로 보아 2001년 사업연도 중 미회수한 금액에 마회수기간을 적용하여 계산한 적수금액에 상응하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여 2007. 3. 20. 원고에게 2001년 귀속 법인세 1,080,495,074원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 증액경정처분’이라고 한다).

라. 이에 원고는 이 사건 증액경정처분에 대해 2007. 6. 26. ‘이 사건 미수금 및 해외 현지법인에 대한 구상채권을 업무무관 가지급금에 해당하는 것으로 보아 관련 지급이 자를 손금불산입한 것은 부당하다’는 이유로 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 피고 는 위 심판 청구중인 2007. 7. 23. 해외 현지법인에 대한 구상채권에 관한 원고의 주장을 받아들여 이 사건 증액경정처분 중 707,650,785원을 감액하여 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 1차 감액경정처분’이라고 한다).

마. 그 후 조세심판원은 2008. 12. 11. 이 사건 미수금에 관한 원고의 주장을 받아들여 ‘이 사건 미수금과 관련하여 손금부인한 지급이자를 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 결정하되 경정할 세액의 범위는 372,844,289원(이 사건 증액경정처분금액 1,080,495,074원 중 이 사건 1차 감액경정처분금액 707,650,785원을 공제하고 남은 금액)을 한도로 한다’는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2008. 12. 23. 이 사건 증액경정처분 중 372,844,289원을 감액하여 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 2차 감액 경정처분’이라고 한다).

【인정사실 : 다툼 없는 사실, 갑제1, 2,3호증, 을제1호증의 1 내지 16, 을제2, 3호증

의 각 1 내지 12의 각 기재, 변론 전체의 취지】

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 피고의 본안전 항변

피고는 이 사건 증액경정처분은 이 사건 1, 2차 감액경정처분을 통하여 모두 취소되어 더 이상 존재하지 아니하므로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다고 본안전 항변을 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정된 국세기본법에서 신설된 제22조의2는 ‘경 정 등의 효력’이라는 제목으로 그 제1항에서 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액 을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다"고 규정하고 있는바, 증액경정처분은 당초 신고하거나 결정된 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가하는 것이 아니라 증액되는 부 분을 포함시켜 전체로서 하나의 세액을 다시 결정하는 것인 점, 부과처분취소소송 또 는 경정거부처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정하거나 과세표준신고서에 기재된 세액의 객관적 존부로서 청구취지만으로 그 동일성이 특정되므로 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 점과 국세기본법 제22조의 2 제1항의 주된 입법 취지는 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 선고 또는 결정에서의 세액만큼은 그 불복을 제한하려는 데 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 국세기본법 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하므로(대법 원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결), 납세의무자가 당초의 처분을 흡수한 증액경정 처분을 다투는 경우에 당초 처분에 대한 위법사유를 포함하여 하나의 전체 과세단위에 관한 위법사유를 주장할 수 있다고 할 것이나, 당초 처분이 불복기간의 경과로 확정된 경우에는 국세기본법 제22조의2 제1항에 따라 당초 처분에 의하여 확정된 세액의 변경은 허용될 수 없고 증액경정처분에서 증액된 세액만이 취소의 대상이 된다고 봄이 상당하다.

2) 이 사건에서 보건대, 원고가 2002. 4. 1. 당초 신고한 세액 부분(2,040,467,220 원)은 불복기간이 경과하여 더 이상 그 세액의 변경은 허용될 수 없고 이 사건 증액경정처분에서 증액된 세액만이 취소의 대상이 될 수 있으나 다만 원고로서는 당초 신고 한 부분에 대한 위법사유를 포함하여 전체 과세단위에 관한 위법사유를 주장할 수는 있으므로, 원고가 이 사건 증액경정처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하면서 이 사건 증액경정처분에 대한 위법사유(즉, 이 사건 미수금에 관한 주장)뿐만 아니라, 당초 신고한 부분을 포함한 전체 과세단위에 관한 위법사유(즉, 해외 현지법인에 대한 구 상채권에 관한 주장)를 주장한 결과 피고가 이를 모두 받아틀여 이 사건 증액경정처분 의 세액을 한도로 이 사건 1, 2차 감액경정처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 결국 이 사건 증액경정처분은 위 각 처분에 의해 모두 취소되었다고 할 것이다.

3) 결국 이 사건 증액경정처분은 더 이상 존재하지 아니함에도 불구하고 이 사건 증액경정처분의 세액 1,080,495,074원 중 707,650,785원이 남았음을 전제로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 그 대상적격을 결하여 부적법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 각하한다.