주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006년 10월 ○○○(주)와 구 ○○○의 유가보조금제도의 시행과 관련한 ‘운수행정통합시스템’을 개발하여 납품하는 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하기로 계약을 체결함에 따라, 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중○○○로부터 받은 용역의 공급대가 1,725백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여「부가가치세법」제11조의 규정에 의한 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 서울지방국세청장의 조사결과, 쟁점용역의 제공에 대하여「부가가치세법」제7조(용역의 공급)의 규정에 의한 과세거래에 해당하는 것으로 조사됨에 따라, 2008.8.5. 청구법인에게 2006년 제2기 부가가치세 198,390,680원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인은 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중 구 ○○○의 유가보조금제도 시행과 관련한 ‘운수행정통합시스템’ 을 개발함에 있어 외국법인으로 국내사업장이 없는 ○○○으로부터 대금을 결제받기로 하고 용역을 제공하였는바, 내국법인인 ○○○(주)로부터는 단순히 업무지휘만 받도록 ○○○과 합의하여 청구법인과 ○○○(주)와의 계약은 형식적인 것으로 유효한 계약이 아니므로 쟁점금액에 대하여 부가가치세법상 영세율의 적용을 배제한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

구 ○○○의 유가보조금제도 시행에 따른 사업자로 ○○○(주)가 선정되어, 동 법인에서 청구법인을 운수행정통합시스템의 공급사업자로 결정하였는 바, ○○○(주)와 사전협의하여 ○○○가 표시된 ○○○의 사용액을 증가시키는 것을 조건으로 ○○○(주)가 청구법인에게 지급할 용역대가인 쟁점금액 상당액을 판매장려금(Incentive) 형태로 지급하는 것으로 약정하였고, ○○○(주)의 요청에 따라 ○○○에서 판매장려금 형태인 쟁점금액을 청구법인에게 직접 지급한 것에 지나지 아니하며, ○○○에서 2008.4.23. ○○○에 운수행정통합시스템을 무상 기증하여 동 시스템의 당초 소유자는 ○○○(주)이었음이 확인되므로 쟁점금액에 대하여「부가가치세법」제11조 규정에 의한 영세율을 적용하여야 한다는 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점용역을 국내사업장이 없는 외국법인에게 공급한 것으로 보아「부가가치세법」제11조의 규정에 의하여 영세율 적용이 가능한지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제7조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

②~③ (생략)

④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제11조【영세율 적용】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1.~3. (생략)

4. 제1호 내지 제3호 이외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

② (생략)

③ 제1항에 규정하는 재화 또는 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정 신고를 하지 아니한 때

2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것)

제26조【기타 외화획득재화 및 용역 등의 범위】

① 법 제11조 제1항 제4호에 규정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급되는 다음 각 목의 1에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받는 것

가. 비거주자 또는 외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 당해 사업자의 과세사업에 사용되는 재화

나. 사업서비스업

다.~사. (생략)

아. 그밖에 이와 유사한 재화 또는 용역으로서 재정경제부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 운수행정통합시스템 구축계약서 및 관련 견적서 사본에 의하면, 청구법인은 2006년 10월 ○○○(주)와 계약을 체결하여 구 ○○○ 주관 유가보조금제도의 시행을 위한 운수행정통합시스템을 개발하여 ○○○(주)에 납품하는 내용을 골자로 약정을 하였으며, 동 계약내용에는 계약금액, 사업기간, 대금지급방법 및 시기, 사업지연에 대한 책임, 공정감리 및 검수, 지적소유권, 손해배상 등에 대하여 규정하고 있는 것으로 확인된다.

(2) 위 운수행정통합시스템 구축계약서의 계약내용에 의하면, 계약대금은 쟁점금액인 1,725백만원으로, 사업기간은 2006.10.9.부터 2007.3.8.까지이고, 대금지급은 현금으로 결제하되, 2006년 10월에 선급금 40%, 2006년 11월에 중도금 40%, 2006년 12월에 잔금 20%를 지급하는 것으로 하였으며, 사업지연에 따른 피해에 대하여는 지체일수에 대하여 계약금액의 1,000분의 3의 지체배상금을 지급하는 것으로 하였는 바, 동 계약서는 청구법인의 대표이사와 ○○○(주)의 대표이사가 공동으로 날인하여 작성한 것으로 나타난다.

(3) ○○○(주) 및 ○○○간 판매장려금(Incentive) 지급계약서 및 동 계약서 부속합의서 사본에 의하면, ○○○가 ○○○가 표시되어 있는 ○○○의 사용액을 증가시키는 노력을 하는 경우, 판매장려금(Incentive)으로 사용액 1백만원 당 115원을 지급하기로 하고 그 최대 지급액은 쟁점금액인 1,725백만원으로 약정하였는바, 이에 따라 ○○○(주)는 현재 ○○○의 사용대가로 매출액의 일정비율을 사용료(Royalty)로서 ○○○에 지급하는 것으로 나타난다.

(4) 또한, 위 판매장려금 지급계약서의 부속합의서에 의하면, ○○○(주)는 판매장려금으로 수취할 1,725백만원(쟁점금액)을 동 계약의 직접 당사자가 아닌 제3자 판매인인 청구법인에게 지급하여 주도록 ○○○에 요청한 것으로 나타난다.

(5) ○○○(주)의 택시․버스 유가보조금 카드제 사업추진(안)에 의하면, 운수행정통합시스템 구축을 위한 전산개발사업자로는 당시 ○○○ 전산 유지보수 업체이었던 청구법인을 이미 선정하였고, 시스템 개발비용은 ○○○(주)로부터 사용료(Royalty)를 수취하고 있던 ○○○의 국내 자회사인 ○○○에서 지원할 것이라는 내용이 나타난다.

(6) 서울지방국세청장의 ‘운수행정통합시스템 기부내역 확인요청’ 공문에 대한 ○○○의 회신문(2008.7.9.)에 의하면, 실제 기부채납자는 ○○○(주)로 확인하였고, 동 회신문 붙임의 ‘기증서’에는 2008.4.23. ○○○(주) 대표이사 이○○○가 운수행정통합시스템을 ○○○에게 무상 기증한다는 내용이 기재된 것으로 확인된다.

(7) 청구법인의 전 대표이사 손○○○의 확인서(2008.6.19.)에 의하면, 청구법인은 운수행정통합시스템을 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중 ○○○(주)에 공급하였는바, 그 대가인 쟁점금액(1,725백만원)을 2006.10.15.부터 2006.12.15.까지 3회에 걸쳐 ○○○로부터 외국환은행을 통하여 원화로 지급받아「부가가치세법 시행령」제26조에서 규정하는 기타 외화획득용역으로서 영세율을 적용하여 신고하였으나, 운수행정통합시스템의 공급받는 자는 ○○○(주)이므로 동 거래는「부가가치세법」제6조 및 제7조에 의한 과세거래임을 확인하고 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 운송행정통합시스템 구축계약서는 청구법인과 ○○○(주)의 대표이사가 공동으로 날인하여 작성한 것으로서 동 계약이 유효한 계약으로 보여 청구법인이 국내사업자인 ○○○(주)에 실제 쟁점용역을 공급한 것으로 보이고, ○○○간 체결한 계약서 및 부속합의서에 의하면, ○○○이 청구인에게 지급한 금액은 그 실질이 쟁점용역에 대한 공급대가로 ○○○이 지급한 것이 아니라, ○○○(주)가 청구법인에게 지급할 쟁점금액을 ○○○에서 판매장려금(Incentive) 형태로 대신 지급한 것으로 볼 수 있으며, ○○○(주)의 유가보조금카드제 사업추진(안)에 의하면, 운송행정통합시스템 개발과 관련한 계약당사자는 청구법인과 ○○○은 ○○○(주)에 판매장려금을 지급하는 형태로 개발지원비용만 지원한 것으로 나타나며, ○○○에서 ○○○로 운송행정통합시스템을 무상기증한 것으로 ○○○의 회신문(2008.7.9.)에 의하여 확인되고, 청구법인의 전대표이사 손○○○이 쟁점용역에 대한 거래를 과세거래로 인정한 사실이 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점용역을 공급하고 쟁점금액을 수령한 것에 대하여 부가가치세 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.