주문

000세무서장이 2008.11.17. 청구법인에게 한 부가가치세 185,533,590원(2005년 제2기분 11,127,890원, 2006년 제1기분 48,839,040원)의 부과처분 및 125,566,660원(2006년 제2기분 20,291,120원, 2007년 제1기분 105,275,540원)의 환급거부처분은 OO경제자유구역 OO국제업무단지 내 중앙공원 조성과 관련한 매입세액 164,997,000원이 토지의 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다.

이유

1. 처분개요

가. 청구법인은 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따라 지식경제부가 지정한 OO경제자유구역 OO국제업무단지(이하󰡒OO국제도시󰡓라 한다)의 개발사업시행자로 지정된 사업자로서, OO국제도시 내에 주요 기반시설의 하나인󰡐0000󰡑을 조성한 후 0000시장에게 공급하는 내용을 담은 합의서를 체결하였다.

나. 청구법인은 0000을 조성하면서 별도의 건설사업자 등으로부터 용역을 제공받고 수취한 세금계산서의 매입세액에 대하여 청구법인이 시행하는 OO국제도시 개발프로젝트 전체 개발사업과 관련된 공통매입세액으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 동 과세기간 전체의 과세 ㆍ면세 과세표준 비율로 안분하여 2005년 제2기분 ∼ 2007년 제1기분 매입세액 164,997천원(이하󰡒쟁점매입세액󰡓이라 한다)을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세를 신고하였다.

＜표1＞OO공원 조성공사 관련 매입세액 안분계산 내역

                                                              (단위 : 천원)

다. 처분청은 0000 조성과 관련한 매입세액 322,859천원(이하󰡒총매입세액󰡓이라 한다) 전액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 청구법인이 불공제로 신고한 매입세액을 차감한 나머지 매입세액(쟁점매입세액)을 각 과세기분별 매입세액에서 차감하고 가산세를 가산하여 2008.11.17. 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 부가가치세를 경정ㆍ고지 또는 환급하였다.

＜표2＞ 경정고지 및 환급 내역

                                                                (단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

OO국제도시 사업은 공유수면 매립지에 새로운 신도시를 건설하는 사업으로서, 0000 역시 공사 이전부터 이미 존재하고 있던 야산이나 구릉 등을 활용하여 공원을 조성하는 일반적인 공원과 달리 평지인 공유수면 매립지상에 완전히 인공적인 공원시설물(인공폭포, 인공수로, 인공토지, 인공산책길, 인공다리, 대규모 지하주차장) 등을 건설하여 자연미를 연출한 시민 휴양공간으로 조성되는 것이므로 0000의 조성에 관련된 쟁점매입세액을 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

1993.12.31. 법률 제4663호로 개정된「부가가치세법」제17조 제2항 제4호의 토지관련 매입세액은 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제할 수 없는 바(대법원 2006두14490, 2006.12.18. 같은 뜻임), 0000에 설치한 인공연못 및 일부 설치물은 공원과 일체화되어 하나의 공원(토지)으로 봄이 타당하고, 별도의 구조물로 인식할 수 없으므로 쟁점매입세액을 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점매입세액을 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 매출세액에서 불공제하여 한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(1993.12.31. 법률 제4663호로 개정된 것) 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법(1993.12.31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)

(3) 부가가치세법 시행령(1993.12.31. 대통령령 제14081호로 개정된 것) 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서󰡒대통령령이 정하는 토지관련매입세액󰡓이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.

(4) 부가가치세법 시행령(1993.12.31. 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 0000과 관련한 총매입세액 322,859천원이 토지의 자본적 지출에 해당하지 않은 것으로 보아 청구법인이 시행되는 OO국제도시 전체사업의 과세ㆍ면세 과세표준 비율로 안분계산하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세 신고를 하였고, 처분청은 0000과 관련한 총매입세액 322,859천원 전액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하는 것으로 하여 이 건 경정ㆍ고지하였다.

(2) 0000 조성과 관련된 총매입세액 322,859천원의 세부내역은 아래＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 총매입세액 322,859천원의 세부내역

                                                                (단위 : 원)

(3) 청구법인이 제시한 OO국제도시 0000 조감도 및 단면구조도 자료에 의하면, 청구법인은 공유수면 매립지의 지반침하 및 염분차단을 위하여 콘크리트 구조물을 설치하고, 그 구조물 위에 인공폭포, 인공수로, 인공토지, 인공산책길, 인공다리, 대규모 지하주차장 등을 건설한 것으로 되어 있으나, 쟁점매입세액이 OO공원 조성의 어느 공사와 관련된 매입세액인지 구체적으로 확인되지 않는다.

(4) 청구법인은 2009.9.11. 조세심판관회의시 동영상 및 슬라이드 자료 등을 제시하면서󰡒0000의 공사는 이전부터 이미 존재하고 있던 야산이나 구릉 등을 활용하여 조성공사를 하는 것이 아니라, 평지인 공유수면 매립지상에 완전히 인공적인 공원시설물을 창조하는 것으로서 염분 흡수를 방지하기 위한 지반공사를 하고, 그 위에 수변산책정원, 조각정원, 테라스정원, 초지원산책정원 등의 테마를 가지고 조성되는 공원이므로 쟁점매입세액을 토지의 자본적 지출로 본 것은 잘못이다󰡓는 의견진술을 하였다.

(5) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인은 0000 전체가 인공구조물이어서 0000 조성과 관련된 매입세액은 토지의 자본적 지출에 해당하는 매입세액이 없다는 주장이고, 처분청은 0000 조성과 관련된 매입세액은 전부가 토지의 자본적 지출에 해당한다는 의견이나, 청구법인이 제시한 OO국제도시 0000 조감도 및 단면구조도 자료 등에 의하면, 0000조성은 공사 이전부터 이미 존재하고 있던 야산이나 구릉 등을 활용하여 공원을 조성하는 일반적인 공원과는 달리 공유수면 매립지의 침하 방지와 염분을 차단하기 위하여 콘크리트 구조물을 먼저 설치하고, 그 구조물 위에 인공수로 등을 조성하여 인공구조물이 상당히 많은 것으로 보이므로 0000 조성과 관련된 매입세액 전액이 토지의 자본적 지출에 해당한다는 처분청의 의견은 그대로 받아들이기는 어렵다.

또한, 공유수면 매립지라 하더라도 평탄작업 등의 공사는 토지의 자본적 지출로 볼 수 있는 것인 바, 0000 조성과 관련된 매입세액에 토지의 자본적 지출에 해당하는 매입세액이 전혀 없다는 청구주장도 받아들일 수 없다 하겠다.

그렇다면, 처분청이 총매입세액과 연계된 공사내역을 토지관련 공사인지 구축물관련 공사인지를 구체적으로 확인하는 방법 등으로 쟁점매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.