주 문

1. 이 사건 소 중, 피고가 2008. 5. 9. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 75,919,070원의 부과처분 중 70,677,430원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 제1항의 각하부분을 제외한 나머지 부과처분 중 68,959,370원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2008. 5. 9. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 75,919,070원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 3. 26. 이☆☆와 공동으로(이하 원고와 이☆☆를 ‘원고 등’이라 한다) ◇◇ □□구 ☆☆동 341-1 대 333㎡ 및 지상 건물을 신★★으로부터 대금 600,000,000원에 매수한 후 지상 건물을 철거하고 지상 5층, 11세대의 다세대주택(이하 위 토지 및 건물을 ’이 사건 토지 및 건물’이라 한다)의 신축공사에 착수하여 2001. 10. 초경 완공하였고, 같은 해 12. 31. 사용승인을 받았다.

나. 원고 등은 2001. 10. 15. 최○○와 사이에 이 사건 토지 및 건물을 1,250,000,000원에 매매하기로 약정하고 계약금 100,000,000원과 중도금 110,000,000원을 지급받는 한편, 이 사건 토지의 피담보채무 350,000,000원을 최○○가 승계하고, 나머지 690,000,000원은 이 사건 건물을 원고 등이 임대하여 받은 임대보증금으로 충당함으로 써 매매잔대금에 갈음하기로 하였다.

다. 원고 등은 2002. 1. 8. 이 사건 건물에 대하여 원고 등 명의로 소유권보존등기를 경료한 후 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부하여 주었다.

라. 원고 등은 최○○로부터 취득세 및 등록세의 부담을 줄이기 위해 매매대금을 감액하여 계약서를 작성하여 줄 것을 부탁받고 2002. 1. 20.경 매매대금은 970,000,000원, 잔금 지급기일은 2002. 1. 21.로 하는 계약서를 작성하여 주었다.

마. 최○○는 2002. 2. 26. 이 사건 토지 및 건물에 관하여 2002. 1. 20. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

바. 원고 등은 2003. 5. 31. 종합소득세 신고를 하면서, 수입은 이 사건 토지 및 건물의 판매대금 명목의 970,000,000원, 비용은 이 사건 토지의 매수대금과 이 사건 건물의 신축에 소요된 제반비용 명목의 1,017,352,740원으로서 결국 47,352,740원의 손실 을 보았다고 신고하였다.

사. 한편 최○○는 2007년경 이 사건 토지 및 건물을 매도하고 양도소득세를 신고하면서 이 사건 토지 및 건물의 취득가액을 1,250,000,000원으로 신고하였고, □□세무서장은 최○○에 대한 양도소득세 조사 결과 이 사건 토지 및 건물의 실제 양도금액이 1,250,000,000원인 사실을 확인하여 피고에게 과세자료로 통보하였다.

아. 이에 피고는 원고 등이 2002년분 소득금액을 신고함에 있어 이 사건 토지 및 건물의 매매대금 중 280,000,000원의 신고를 누락하였다고 보아 그 중 원고의 지분에 해당하는 140,000,000원을 원고의 2002년분 소득금액에 가산하여 2008. 5. 9. 원고에게 2002년분 귀속 종합소득세 75,919,070원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 원고는 2008. 8. 6. 이 사건 처분에 불복하여 피고에게 이의신청을 하였으나 같은 달 28. 기각되었고, 2008 11. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2009. 1. 28. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 6호증, 갑 제7호증의 1 내지 10, 갑 제8, 9호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분 중 70,677,430원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

직권으로 살피건대, 을 제2, 3호증의 각 기재에 의하면 피고는 2008. 5. 9. 원고에 대하여 2002년 귀속 종합소득세 75,919,070원을 부과하였다가 2009. 8. 11. 그 중 5,241,643원을 감액경정한 사실이 인정되고, 이와 같이 위 부과처분이 감액경정되면 당초 처분에서 감액된 부분은 소급하여 효력을 잃게 된다고 할 것이므로, 그에 대한 취소를 구하는 것은 소의 이익이 없게 된다.

따라서, 이 사건 소 중 피고가 2008. 5. 9. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 75,919,070원의 부과처분 중 70,677,430원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 나머지 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장

1) 이 사건 처분의 전제가 된 소득금액의 산정이 잘못되었다는 주장

원고는 이 사건 토지 및 건물의 매매대금을 축소하여 신고하면서 실제 필요비용을 그대로 신고한다면 적자금액이 너무 커지게 되므로 그 적자폭을 줄여서 신고할 필요가 있다고 보고, 이 사건 건물의 신축공사비용 등 실제 필요비용이 1,213,672,885원 이상임에도 비용 중 상당 부분, 즉 목수, 조적, 미장, 철근콘크리트, 페인트, 도배, 전기, 수도공사, 조명기구, 타일, 장판, 유리, 철거비 등 공사 관련 일부 비용, 이 사건 토지의 매수에 따른 취득세와 등록세, 은행대출이자, 고용 및 산재보험료, 하자담보를 위한 보증보험증권 발급을 위해 ◇◇보증보험회사에 예치한 정기예금 등을 누락하여 신고하였다.

이 사건 토지 및 건물의 매매대금 중 신고 누락분을 전액 소득금액에 가산하고, 종전에 축소신고한 비용만을 필요경비로 인정하여 이루어진 이 사건 처분은 원고의 실제 소득금액 18,163,557원{= 이 사건 토지 및 건물의 매매로 인한 소득 36,327,115원(= 매매대금 1,250,000,000원 - 필요비용 1,213,672,885원) x 원고의 지분 50%}이 아닌 실제로는 존재하지 않는 소득에 대하여 부과된 것으로서 실질과세의 원칙에 위배하여 위법하다.

2) 실지조사방법이 아닌 추계조사방법에 의하여 과세하여야 한다는 주장

이 사건 건물의 신축 및 판매의 비용에 관하여는 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없으므로 이 사건 토지 및 건물의 매매에 관한 원고의 2002년분 소득금액은 추계조사방법에 의하여 산정하여야 할 것이다. 따라서, 실지조사방법에 의한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

가) 과세관청이 납세자의 당해 연도의 총 수입금액에 대응하는 총 필요경비를 실지 조사에 의하여 결정하면서 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우 이에 대응하는 매입원가 등의 필요경비는 그것이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 총 수입금액에 대응하는 총 필요경비 속에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 그 경우 총 수입금액의 일부에 불과한 수입누락분에 대응하는 필요경비만을 추계조사방법에 의하여 따로 결정할 수는 없다고 할 것이며, 납세자가 매출누락분에 대응하는 매입원가의 누락이 있다 하여 이의 공제를 받고자 한다면 스스로 매입원가의 누락사실을 주장ㆍ입증하여야 할 것이다(대법원 1990. 12. 11. 선고 90누42 판결 등 참조).

나) 우선 이 사건 건물의 공사비용 중 원고 등이 당초 과세표준 신고시 누락하였다는 비용에 관하여 보건대, 이에 부합하는 갑 제11호증의 1, 13, 갑 제16 내지 19호증의 각 1, 2의 각 기재, 증인 정○○의 증언은 각 이를 뒷받침할 금융자료 등 객관적인 증거가 없는 점에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다. 또한, ① 앞서 본 바와 같이 당초 신고에서 누락된 수입금액에 대응하는 필요경비라 하더라도 특별한 사정이 없는 이상 이미 신고한 필요경비 속에 포함되었다고 봄이 상당한 점, ② 갑 제7호증의 1, 2의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 바와 같이 원고 등은 주택신축판매업을 영위하는 사업소득자들로서 2002년에 이 사건 건물뿐만 아니라 ◇◇ □□구 ☆☆동 311-25 지상 다세대주택 1동과 같은 동 311-3 지상 다세대주택 1동(이하 ‘이 사건 기타 다세대주택들’이라 한다)을 신축하여 판매한 사실이 있어, 이 사건 건물의 신축공사에 소요된 필요경비가 이 사건 기타 다세대주택들에 관한 사업소득에 관한 필요경비로 신고되었을 가능성을 배제할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 갑 제10호증의 1, 갑 제11호증의 4 내지 12 등 원고 제출의 나머지 증거들을 종합하더라도 원고 등이 당초 신고한 공사비용 이외에 원고 주장의 별도의 공사비용을 지출하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 다음으로 원고 주장의 필요비용 중 이 사건 토지의 피담보채무에 관하여 지급한 이자비용에 관하여 본다. 갑 제3, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 등이 이 사건 토지의 피담보채무에 관한 2002. 1. 8.까지의 이자 합계 15,568,394원을 납부한 사실을 인정할 수 있으나, 이 사건 토지의 피담보채무가 이 사 건 건물의 신축에 소요되었음을 입증할 금융자료 등 객관적인 증거가 제출되지 않은 점 등에 비추어 볼 때 원고가 제출한 증거들로는 원고 등이 이 사건 건물의 신축공사를 위하여 이 사건 토지의 피담보채무를 차입하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 원고가 이미 신고한 필요경비 이외에 이 사건 토지의 피담보 채무에 관한 지급이자를 이 사건 건물의 신축에 소요된 별도의 필요경비로 인정할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) 다음으로 고용 및 산재보험료에 관한 주장에 관하여 본다. 갑 제14호증의 1, 2, 갑 제20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고 등에게 당초 부과된 고용보험료와 산재보험료 및 각 연체금의 합계 5,507,260원(= 고용보험료 1,534,480원 + 연체료 55,220원 + 산재보험료 3,781,430원 + 연체료 136,130원)은 이 사건 주택의 신축을 위하여 지출된 비용으로 인정되므로 위 금액은 이 사건 토지 및 건물의 매매로 인한 소득에 관하여 필요비용으로 산입하여야 할 것이나, 위 고용보험료 및 산재 보험료에 관한 가산금은 보험료 납부의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 것으로서 필요비용에 산입할 수 없다(소득세법 제33조 제2호, 제12호). 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

마) 다음으로 하자담보를 위한 보증보험증권 발급을 위해 ◇◇보증보험회사에 예치한 정기예금에 관한 주장에 관하여 본다. 갑 제15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고가 예치한 정기예금은 이 사건 건물의 주택하자 보증보험에 관한 보험료 자체가 아니라 보험사고가 발생하는 경우 원고의 ◇◇보증보험 주식회사에 대한 구상금채무를 담보하기 위하여 예치한 담보물로서 일종의 질권이 설정된 채권으로서 자산에 해당한다고 할 것인바, 사후 보험사고의 발생으로 담보권이 실행되어 위와 같이 예치한 정기예금 중 일부가 추심되었다고 하더라도 이는 그와 같은 보험사고 발생 당시 발생한 비용이라고 할 것이므로 이를 소급하여 2002년분 사업소득에 관하여 공제할 수는 없다고 할 것이다. 따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

과세관청이 실지조사에 의하여 과세기간 동안의 수입금액누락분을 밝혀낸 후 그에 대응하는 필요경비를 실지조사에 의하여 인정하여 종합소득세 부과처분을 한 것이라면 실지조사결정이 불가능하다고 할 수 없으므로 소득을 추계조사결정할 수는 없다고 할 것이고, 과세관청에 의하여 인정되지 아니한 필요경비가 존재한다면 이는 납세의무자가 주장ㆍ입증하여야 하고, 그 필요경비를 공제하기 위하여 소득을 추계조사방법에 의하여 결정할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2002두12786 판결 참조).

이 사건의 경우 원고 등이 토지취득가액과 공사비를 지출하고 세금계산서를 교부받은 분에 대해 필요경비로 장부상 계상하였고, 피고가 실지조사에 의하여 원고 등의 위 수입금액누락분을 밝혀낸 후 이 사건 처분을 하였으며, 위에서 본 바와 같이 위 수입금액누락분에 대응하는 필요경비가 피고에 의하여 이미 인정된 취득세와 앞서 인정한 고용 및 산재보험료 이외에 더 있다고 인정하기 어렵다. 따라서 이와 같은 사정 하에 서는 소득금액에 대한 실지조사결정이 불가능하다고 할 수 없으므로, 추계조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 없다고 할 것이어서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 정당한 세액

앞서 인정한 고용보험료와 산재보험료 및 각 연체금의 합계 5,507,260원 중 원고의 지분(50%)에 해당하는 2,753,630원을 필요경비로 산입하여 2002년 귀속 종합소득세를 산정하면, 정당한 세액은 아래 표와 같이 68,959,370원(10원 미만 버림)이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 위 68,959,370원을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 70,677,430원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분의 원고의 소는 부적법하여 각하하고, 나머지 처분 중 68,959,370원을 초과하는 부분은 위법하여 취소하며, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.