주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다

이 유

1.처분의 경위

가. 원고는 2003. 1. 8. 설립되어 영상제작 및 디지털콘텐츠개발업을 영위하는 법인사업체로서 2004. 3. 31. 피고에게 다음과 같은 내용으로 2003 사업연도(2003. 1. 8. ~2003. 12. 31.)의 법인세 과세표준 및 그 세액 신고를 하였다.

나. 그런데 원고는 2003 사업연도의 법인세 과세표준 및 그 세액의 신고 당시 한국 ◇◇원으로부터 원고 명의의 ○○은행계좌(000000-00-000000, 이하 ‘이 사건계좌’라 한다)를 통해 지급받은 사업지원금 146,991,000원(이하 ‘쟁점매출누락금액’이라 한다)을 매출액에서 누락하였을 뿐 아니라, 회계장부에도 위 146,991,000원의 지급 사실을 기장하지 않았다.

다. 이후 원고는 2004. 7. 31. 쟁점매출누락금액 146,991,000원을 익금에 산입함과 아울러 2003 사업연도에 무형자산으로 계상하였던 80,002,000원을 손금에 산입하여 2003 사업연도 법인세를 수정신고하였으나, 피고는 위 146,991,000원의 익금산입만을 인정하여 2005. 12. 20. 원고에게 2003 사업연도 법인세 15,599,250원을 경정․고지하는 한편, 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제67조, 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 위 익금에 산입된 146,991,000원이 모두 사외로 유출되어 원고의 대표이사인 조○○에게 귀속된 것으로 보아 조○○에게 상여처분을 함과 아울러 원고에게 그 무렵 소득금액변동통지를 하였는바, 이후에도 원고가 소득세법 소정기간까지 위 상여처분된 금액에 대한 원천징수세액을 납부하지 아니하는 등 원천징수의무를 이행하지 아니하자, 피고는 2006. 3. 17. 조○○에 대한 근로소득세의 원천징수의무자인 원고에게 근로소득세 38,774,290원을 결정․고지하였다(원천징수의무자에 대한 과세관청의 납세고지는 실질적으로 ‘징수처분’에 해당한다. 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1을 제2호증 내지 을 제5호증의 3의 각 기재, 변혼 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 2003 사업연도 법인세 과세표준을 신고하면서 쟁점매출누락금액 146,991,000원을 매출액에서 누락시켰으나, 위 금원은 한국◇◇원과의 협약에 따라 이 사건 계좌를 통해 관리되면서 내부인건비 42,324,000원, 외부인건비 43,889,500원, 원고 명의의 다른 계좌로 이체한 금액 91,285,500원, 카드사용결제금액 567,428원, 조○○에 대한 정산금 5,238,432원, 기타 비용 1,998,420원 등으로 전부 사용되었으므로 쟁점매출누락금액 146,991,000원은 사외로 유출되지 아니하였다 할 것이고, 위 누락된 146,991,000원이 사외유출되어 그 대표이사인 조○○에게 귀속되었음을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 살피건대, 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 매출누락금액뿐만 아니라 그 대응경비까지 밝혀졌다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 매출원가 등 대응경비가 포함된 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락금액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 참조). 또한 장부에 기재되어 있지 않고 사외로 유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과세관청은 그 수입금에 관하여 대표자에게 상여금으로 귀속된 것으로 소득처분을 할 수밖에 없는 것이며, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있다고 할 것이다(대법원 1992. 8. 14. 선고 92누6747 판결 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 2003 사업연도의 법인세 과세표준 및 그 세액을 신고함에 있어 매출액(수입금액)을 145,354,546원으로, 급여 91,417,993원을 포함한 판매비 및 관리비를 218,657,556원으로, 영업이익을 -73,303,000원으로 각 신고하였는데, 그 당시 쟁점매출누락금액 146,991,000원을 매출액에서 누락시킨 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고측에서 쟁점매출누락금액 146,991,000원이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정을 입증하기 위해서는 앞서 본 법리에 비추어 단순히 위 매출누락에 해당하는 기간 동안 원고가 위 쟁점매출누락금액 상당의 비용을 지출하였다는 사정을 내세우는 것만으로는 부족하고, 더 나아가 쟁점매출누락액의 구체적인 용처를 밝혀야 할 뿐 아니라 또한 일정한 비용지출이 인정되는 경우에도 그 비용이 소득처분의 범위에서 공제되어야 할 성질의 것인지에 대한 사정까지 입증하여야 할 것이므로, 이 사건에 있어서는 쟁점매출누락금액 146,991,000원이 이미 신고한 판매비 및 관리비 218,657,556원 속에 포함되지 않았다는 점, 즉 원고가 판매비 및 관리비 218,657,556원과는 별도로 146,991,000원을 판매비 및 관리비 등 손금으로 인정되는 비용으로 사용하였다는 점이 밝혀져야 한다.

(3) 그런데 ① 원고는 앞서 본 바와 같이 한국◇◇원으로부터 쟁점매출 누락금액 146,991,000원을 자신의 예금계좌로 송금받았음에도 불구하고, 회계장부상으로늘 매출액으로 기장하지 아니한 점, ② 원고가 자신의 주장과 같이 쟁점매출누락금액 146,991,000원을 인건비를 비롯한 판매비 및 관리비의 지출 등에 전액 사용하였음에도 불구하고, 2003 사업연도 법인세의 과세표준을 신고함에 있어서 위 사용된 146,991,000원을 판매비 및 관리비 218,657,556원 속에 포함시키지 않았다는 것은 매우 이례적으로 보이는 점, ③ 원고의 주장 자체에 의하더라도 원고는 2003 사업연도 법인세의 과세표준을 신고함에 있어서 위 146,991,000원 중 91,285,500원 이 사건 계좌에서 원고가 사업활동과 관련하여 입출금 관리를 위해 별도로 개설하였던 계좌로 이체함과 아울러 위 입출금 관리계좌에서 다시 이 사건 계좌로 27,709,000원을 이체하였고 이후 위 입출금 관리계좌상의 지출내역을 적절히 회계처리한 다음 이를 장부에 반영하였다는 것인바, 이와 같은 원고의 주장대로라면 원고가 위 입출금 관리계좌를 통해 지출하였던 내역은 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준신고에 이미 반영되었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점매출누락금액 146,991,000원이 판매비와 관리비 등의 비용으로 실제 사용되었다고 하더라도 갑 제2 내지 갑 제8호증의 4의 각 기재만으로는 원고가 당초 2003 사업연도 법인세를 신고할 당시에 이미 손금에 반영된 판매비 및 관리비 218,657,556원 속에 이 부분이 포함되지 않았다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(4) 따라서 쟁점매출누락금액 146,991,000원의 귀속이 불분명하여 관련법령의 규정에 따라 원고의 대표이사 조○○에게 상여금으로 귀속되었음을 전제로 한 이사건 처분은 적법하고, 이와 전제를 달리하는 원고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

구 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것)

○ 제66조 【경정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

구 법인세법 시행령 (2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것)

○ 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등이 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

○ 제20조 【근로소득】

①근로소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 갑 종

다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액

제127조 (원천징수의무)

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 갑종에 속하는 근로소득금액

(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

○ 제52조【소득처분에 의한 배당․상여 및 기타소득의 지급시기 의제】

①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당․상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 「국세징수법」 제86조제1항 제1호․제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 경우에 당해 배당․상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.