주 문

○○세무서장이 2009.4.20. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 474,132,010원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구인은 2002.5.2. ○○○ 답 1,979㎡ 외 6필지를, 2002.12.7. 같은 리 609-1 잡종지 1,130㎡ 외 8필지 등 총 17필지의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 경락받은 후 2008.2.28. 주식회사 ○○○공용화물터미날에게 양도(수용)하고 2008.4.15. 실지거래가액(양도가액 5,684,630,500원, 취득가액 3,196,000,000원)으로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하였다.

나. 처분청은 ○○○지방국세청장으로부터 쟁점토지의 실지취득가액을 1,550,000,000원으로 조사한 과세자료를 통보받고 양도차익을 재계산하여 2009.4.20. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 474,132,010원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2002.3.12. 및 2002.10.14. ○○○지방법원으로부터 경락허가결정을 받은 쟁점토지의 경락대금 3,196,000,000원을 청구인의 자금으로 직접 완납하고 소유권이전등기를 한 것인 바, 처분청이 실지취득가액으로 결정한 1,550,000,000원은 ○○○유동화전문유한회사가 보유한 부실채권 중 ○○○배송운수 주식회사의 채권액 5순위 20억원 및 6순위 10억원 합계 30억원을 2002.7.25. 1,550,000,000원에 양도양수하기로 채권양도양수계약서를 작성하고 인수한 것으로 쟁점토지의 취득과는 관련이 없는 채권매입가액인데도 이를 쟁점토지의 실지취득가액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지의 등기권리증에 첨부되어 있는 채권양도양수계약서의 제3조(양도대금 및 지급조건)에서 확인된 쟁점토지의 실지취득가액 1,550,000,000원으로 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액을 부인하고 달리 확인되는 취득가액으로 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

(1) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

(2) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

  ④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 경정결의서 등에 의하면, 청구인은 2008.2.28. ○○○ 답 1,979㎡ 등 총 17필지의 토지(쟁점토지)를 주식회사○○○공용화물터미널에 양도(수용)하고 2008.4.24. 실지거래가액(양도가액 5,684,630,500원, 취득가액 3,196,000,000원)으로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하였고,

<양도자산 명세>

(단위 : ㎡)

○○지방국세청장은 청구인이 대표자로 등재된 ○○○실업 주식회사에 대한 법인세 통합조사를 실시하는 과정에서 쟁점토지의 등기권리증에 첨부되어 있는 채권양도양수계약서 제3조(양도대금 및 지급조건)에 기재된 1,550,000,000원을 쟁점토지의 취득가액으로 조사한 과세자료를 처분청에 통보함에 따라 처분청은 쟁점토지의 양도차익을 재산정하여 이 건 양도소득세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 처분청이 과세근거로 삼은 ‘채권양도양수계약서’ 제1조(목적)를 보면, 청구인(양수인, 을)이 2002.9.24 ○○○유동화전문유한회사(양도인, 갑)와 ○○○배송운송주식회사(병)가 채무자로 되어 있는 채권 및 근저당 등의 담보권을 양수도하기로 계약을 체결하기로 되어 있고, 제2조(양도, 양수의 대상 채권 및 근저당권 등의 담보권)에서 양도대상채권은 갑이 2000.12.22.자로 주식회사 ○○○은행으로부터 양수받아 보유 중인 병에 대한 이자 및 지연배상금 등을 포함한 대여금 채권(○○○배송운송주식회사의 1995.11.23.~1997.4.11. 기간 동안 3종의 대출금 원금 2,047,723,680원 및 미수이자 1,599,659,056원)으로 하면서 양도대상근저당권으로는 양도대상자산인 쟁점토지 중 9필지(위 표의 1~9)의 토지에 설정된 근저당권 5순위 20억원, 6순위 10억원으로 되어 있으며,

  제3조(양도대금 및 지급조건)에서는 을은 갑이 제2조의 양도대상채권의 양도대가로 1,550,000,000원(2002.7.25. 계약금 155,000,000원, 2002.8.27. 중도금 115,000,000원, 2002.9.25. 잔금 1,280,000,000원)을 지급한다고 되어 있어 청구인이 양수받은 자산은 쟁점토지 전부가 아닌 9필지의 토지상에 설정된 채무자 ○○○배송운송주식회사의 근저당권 채권임을 알 수 있다.

  (3) 쟁점토지 중 9필지에 대한 부동산등기부등본을 보면, 2002.12.7. ‘임의경매로 인한 낙찰’을 등기원인(낙찰일 : 2002.11.29.)으로 하여 청구인 명의로 소유권이전등기되었고, 채무자 ○○○배송운수주식회사에 대한 주식회사 ○○○은행의 근저당권이 2002.9.26. ○○○유동화전문유한회사로 이전등기(원인 : 2000.12.22. 양도)되었다가 2002.9.27. 청구인 명의로 이전등기(원인 : 2002.9.27. 양도)되었으며, 2002.12.7. 근저당권설정등기말소(원인 : 2002.11.29. 임의경매로 인한 낙찰)가 된 것으로 나타나는 한편, 2002.10.14. 쟁점토지 중 9필지의 토지에 대한 ○○○지방법원(○○○ 부동산임의경매)의 낙찰허가결정으로 청구인이 2002.11.29. 낙찰대금 2,700,000,000원을 완납한 한편, 2002.4.23. 쟁점토지 중 8필지에 대한 낙찰대금 496,000,000원을 완납한 사실이 동 법원의 낙찰대금완납증명서에서 나타난다.

  (4) 쟁점토지(17필지)에 대한 ○○○지방법원의 배당표(○○○, 부동산임의경매 2002.11.29.)를 보면 아래와 같은 바,

(단위 : 원)

○○○유동화전문유한회사는 쟁점토지 중 8필지의 토지에 대한 낙찰로 인하여 486,135,003원을 배당받은 데 이어 청구인도 쟁점토지 중 9필지의 토지에 대한 경락으로 2,700,790,629원을 배당받은 것으로 나타난다.

(5) 위 사실을 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점토지에 대한 ○○지방법원의 낙찰허가결정(2002.3.12. 및 2002.10.14.)에 따라 낙찰대금496,000,000원 및 2,700,000,000원 합계 3,196,000,000원을 각 완납하였으므로 이를 취득가액으로 하여 양도소득과세표준예정신고를 한 것으로서, 청구인이 2002.9.27. ○○○유동화전문유한회사로부터 쟁점토지 중 9필지에 설정되어 있는 근저당권 채권(채무자 : ○○○배송운수주식회사)을 양수(1,550,000,000원)받은 것과는 별개로 쟁점토지(17필지)를 취득한 것으로 보인다.

따라서 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액(3,196,000,000원)은 적정하다 할 것이므로, 처분청이 이를 부인하고 달리 확인된 가액(1,550,000,000원)을 취득가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.