주 문

심판청구를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.11.21.부터 현재까지 소프트웨어개발업을 영위 하고 있는 법인으로서, 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식 회사 ○○○정보시스템(이하 ○○○정보시스템’이라 한다)으로부터 공급가액 900,000,000원 상당의 세금계산서(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제받았다.

나. ○○○세무서장은 ○○○정보시스템을 자료상거래 혐의자로 조사한 결과, 주식회사 △△△(이하‘△△△’라 한다)가 녹음장비(이하 ‘쟁점 장비’라 한다)를 청구법인에게 공급하였음에도, ○○○시스템이 세금계산서를 교부한 것으로 확인하고 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였다.

다. 처분청은 위의 통보자료에 의해 매입세액을 불공제하여 2009.8.7. 청구법인에게 2004년 제2기 부가가치세 152,577,000원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 쟁점장비를 제조사인 △△△로부터 직접 매입하면서 ○○○정보시스템으로부터 세금계산서를 수취한 것으로 보아 이 건 처분을 하였으나, 청구법인과 ○○○정보시스템이 2004.12.23. 체결한 쟁점장비물품계약서상 쟁점장비의 ‘하자보증’ 및 ‘유지보수’에 대한 책임이 ○○○시스템에 있음이 확인되고, 쟁점장비의 원천 제조사인 △△△와 ○○○정보시스템간에 쟁점세금계산서 대금과 관련한 채권·채무양도계약이 체결되었음에 따라 청구법인은 쟁점세금계산서의 대금을 ○○○정보시스템이 아닌 △△△에게 지급할 수 밖에 없었으며, △△△·○○○정보시스템 및 청구법인 간에는 특수관계가 없어 위장 거래를 할 아무런 사유가 없었던 점 등으로 보아 쟁점세금계산서를 명의위장자료로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인과 ○○○정보시스템이 체결한 쟁점장비계약서 내용 및 ○○○시스템과 △△△와의 거래내용을 보면, ○○○정보시스템은 △△△로부터 쟁점장비를 공급가액 900,000,000원에 구매하여 당일 다시 청구법인에게 동일한 가격인 공급가액 900,000,000원에 판매하였는 바, ○○○정보시스템은 동 건 거래로 인하여 전혀 수익이 발생하지 아니하였고, 물품구매계약서의 특별조건상 유상유지보수 계약체결 및 추가 구매시에는 ○○○정보시스템을 배제하고 △△△와 청구법인간 직접 협의하여 진행하기로 한 점, △△△, ○○○정보시스템, 청구법인 3자간 채권의 양도양수계약을 체결하여 청구법인이 쟁점세금계산서의 대금을 직접 △△△에 지급하는 등 상거래관행상 볼 수 없는 조건 이고, ○○○정보시스템 대표이사인 고○○이 ○○○세무서 조사담당자 에게 쟁점세금계산서를 가공자료라고 진술한 내용 등으로 보아 청구법인이 쟁점장비를 △△△로부터 직접 매입하면서 ○○○정보시스템의 외형부풀리기 등 분식회계를 위해 3자간에 거래가 이루어진 것 처럼 가장한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서인지 여부

나. 관련 법률

부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건을 처분한 데 대하여 청구법인은 정당한 세금계산서라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(1) ○○○세무서장이 2008년 12월 쟁점세금계산서를 발행한 ○○○정보시스템을 조사한 복명서를 보면, ○○○정보시스템은 2003년 제1기~2006년 제1기 부가가치세 과세기간 중 발행한 공급가액 224억9,000만원의 세금계산서 중 18.0%인 공급가액 40억5,900만원 상당이 가공세금계산서이고, 동 과세기간 중 수취한 공급가액 146억1,200만원의 세금계산서 중 25.2%인 공급가액 35억6,600만원 상당이 가공세금계산서이며, 2004년 제2기에 발행한 공급가액 50억7,700만원의 세금계산서 중 39.7%인 공급가액 20억1,400만원이 가공세금계산이고, 동 과세기간에 수취한 공급가액 31억8,900만원의 세금계산서 중 57.4%인 공급가액 18억3,100만원이 가공세금계산서인 것으로 조사되었다.

(2) 처분청 조사자료에 의하면, ○○○정보시스템은 2004.12.29. △△△에게 공급가액 900,000,000원의 세금계산서를 발행(매입)하고, 동일자에 청구법인으로부터 동 금액과 같은 쟁점세금계산서를 수취(매출)한 것으로 나타나고, ○○○정보시스템과 청구법인이 2004.12.23. 체결한 쟁점장비물품계약서를 보면, 쟁점장비의 ‘하자보증’ 및 ‘유지 보수’에 대한 책임이 ○○○정보시스템에 있음이 확인되는 바, ○○○정보시스템은 동 건 거래로 인하여 전혀 수익이 발생하지 아니하였음에도 쟁점장비의 하자보수 및 유상유지 보수책임만 지게되어 있다.

(3) 제조사의 수행보증각서를 보면, ‘원천 제조사인 △△△는 2004.12.23. 청구법인에게 납품되는 쟁점장비에 대한 제반 기술적 성능 및 기능에 대하여 품질을 보증하고, 장비의 내용연수 기간(8년) 동안 물품의 운용에 필요한 모든 부품을 책임지고 공급하여야 하며, 계약업체인 ○○○정보시스템과 더불어 제반 계약사항을 성실히 이행할 것을 확약하면서 ○○○정보시스템이 계약을 제대로 이행하지 못할 경우에는 장비납품 뿐만 아니라 기 납품된 장비의 하자보증, 기술지원 등 일체의 의무를 △△△가 직접 수행하거나 대행업체를 통하여 수행할 것이며, 이를 위반할 경우 그에 따른 모든 손해배상책임을 진다’고 기재되어 있는 것으로 미루어 보아 이를 정상거래로 보기 어려워 보인다.

(4) ○○○세무서 조사담당 직원과 ○○○정보시스템 대표이사 고○○이 2009.2.9. 작성한 문답서에 의하면, ‘고○○은 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서이고, 그 당시 주거래은행에서 사업전망을 물으며 외형이 떨어지면 대출금을 상환하라는 취지의 전화가 와서 실물거래가 있는 △△△와 청구법인의 중간에서 물품중개를 한 것이며, 매출과 매입을 동 금액으로 계상하였기 때문에 본인이 조세포탈이나 거래처의 탈세를 방조한 내용은 아니었습니다’라고 진술 하였다.

(5) 청구법인은 쟁점장비 거래와 관련한 △△△와 ○○○정보시스템간에 체결한 물품계약서와 ○○○정보시스템 대표이사 고○○의 진술내용을 반증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(6) 위의 내용을 종합하면, ○○○정보시스템은 2004.12.29. 쟁점 장비를 △△△로부터 공급가액 900,000,000원에 공급받아 당일 청구 법인에게 동 금액에 판매하여 수익이 발생하지 아니하였음에도, 쟁점장비에 대한 ‘하자보증’ 및 ‘유지보수’ 등 책임만이 발생하여 사회통념상 정상거래로 보기 어렵고, ○○○정보시스템 대표이사인 고○○과 ○○○ 세무서 직원이 작성한 문답서 등으로 보아 청구법인이 △△△로부터 쟁점장비를 직접 공급받으면서 ○○○정보시스템의 매출부진에 따른 금융기관의 대출금 회수에 대비하기 위해 청구법인, ○○○정보시스템, △△△ 3자가 공모하여 ○○○정보시스템의 외형부풀리기 등 분식회계를 목적으로 ○○○정보시스템이 청구법인에게 실물거래 없이 쟁점세금 계산서를 발행한 것으로 보이는 바, 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.