주 문

○○○세무서장이 2009.2.9. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 28,384,610원의 부과처분은 ○○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서상의 공급가액 64,480,000원을 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.3.5.부터 ○○○ 주식회사라는 상호로 건설폐기물 수집·운반업을 영위하는 법인으로서, 2003년 ○○○ 부근의 폐기물처리 공사(이하“쟁점공사”라 한다)와 관련하여 ○○○로부터 2003년 제1기 공급가액 48,850,000원, 2003년 제2기 공급가액 15,630,000원 합계 64,480,000원(이하“쟁점매입액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하“쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액 공제하고, 손금으로 계상하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나. ○○○에 대해 자료상으로 조사하여 확정·고발하고 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 관련 공급가액을 손금불산입 하여 2009.2.9. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 28,384,610원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.9. 이의신청을 거쳐 2009.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 (주)○○○로부터 쟁점공사를 하도급 받고 이를 중기사업자에게 재하도급을 주었으나, 영세중소기업의 인력부족 및 현장의 업무관행 등으로 실사업자(건설기계, 용역)를 매건별로 확인하지 못하고 현장관계자의 장비일지 등에 의하여 현장에서 지급금액을 확정하고 세금계산서는 추후에 수취하였다.

이와 관련하여 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서의 공급자는 ○○○로 이는 장비운행일지 및 이○○○의 확인서 등에 의하여 실거래 사실을 확인할 수 있다.

나. 처분청 의견

청구법인은 이○○○의 확인서 및 운행일지 등을 근거로 쟁점세금계산서가 가공거래가 아니라 위장거래임을 주장하고 있으나, 이○○○이 굳이 자료상인 ○○○ 명의를 이용하여 위장세금계산서를 발행할 만한 이유가 없고 이○○○의 확인서 이외에 다른 객관적인 증빙이 없으므로 청구법인에게 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 자료상인 ○○○ 명의로 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 공급가액을 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세하였다.

(2) 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급자는 ○○○로 되어있으나 실제 매입처는 ○○○이므로 관련 경비를 인정하여야 한다고 주장하며 폐기물 수집운반 및 처리계약서, 확인서, 장비운행일지 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 제출한 사업장폐기물 수집운반 및 처리계약서에 의하면 청구법인은 (주)○○○ 고속도로 건설공사 제9공구의 폐기물 선별 및 처리공사에 대해 2002.6.26. ○○○(주)를 폐기물처리 수탁자로, 청구법인을 폐기물 수집·운반 수탁자로, (주)○○○을 위탁자로 하는 계약을 체결하고 2003.8.1.~2006.2.28. 기간동안 공사를 진행한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 청구법인의 경리인력 부족 및 현장의 업무관행 등으로 개별 실사업자를 확인할 수 없었고 현장의 운행일지에 근거하여 지급금액을 확정하고 추후 세금계산서는 현장에서 수취하여 사무실로 송부하였으며 실사업자인 이○○○에게 아래 <표1>과 같이 공사대금을 지급한 것으로 주장하고 있다.

○○○

(다) 청구법인이 제출한 거래처 원장과 매입장을 보면 폐토사 및 폐골재 운반용역을 제공받고 익월 말일에 대금을 결제한 것으로 되어 있고, 청구법인의 2002.9.1.~2003.6.30. 기간동안의 장비운행일지에는 현장명은 ○○○로 9공구로 작업날짜와 시간이 기재되어 있으며, 확인자에 청구법인과 직원의 이름이 기명날인되어 있고, 작업자는 ○○○으로 기재되어 있다.○○○

(라) 청구법인이 실제 공사를 수행하였다는 이○○○ 및 한○○○ 등의 거래사실확인서에 의하면 이○○○은 폐기물 처리공사 중 폐토사 및 폐골재 운반용역을 제공하고 대금(2003년 1월~6월 48,850천원, 2003년 8월 8,150천원, 2003년 9월 7,480천원)을 수령하였으나 세금계산서를 발행치 않았음을 확인하고 있고, 위 폐기물 처리공사 중 역내작업에 참여하였다는 한○○○ 외 2인은 당시 작업에는 여러 대의 덤프트럭 등 중기가 수시로 동원되었으며, 청구법인이 작업비에 대한 세금계산서를 요구하였지만 작업자중에는 간이과세자도 있고, 지입회사에서 세무처리를 하여 주어 세금계산서를 발행할 수 없는 사람들도 있었는 바, 이런 사정들로 작업을 총괄하는 책임자를 정하여 책임자가 세금계산서를 구하여 일괄 세무처리하기로 하고 실제 작업자들은 작업비를 현금으로 지급 받은 것으로 기재되어 있다.

(마) 처분청 심리자료에 의하면 ○○○은 1995.2.28.부터 현재까지 ○○○ 1대를 지입하고 있는 것으로 나타난다.

<표3> 이○○○의 부가가치세 신고내역○○○

(3) 위 사실관계 등을 종합해 보면, 청구법인은 (주)○○○ 부근의 폐기물 처리·운반공사인 쟁점공사를 하도급 받은 것으로 나타나는 점, 계속사업자인 이○○○, 한○○○ 등은 쟁점공사장의 폐토사 및 폐골재 운반용역을 수행하였다는 거래사실 확인서를 인감증명서를 첨부하여 제출한 점, 청구법인은 건설업계 관행상 실사업자 여부를 확인하지 못하고 공사대금을 현장에서 지급한 후 세금계산서는 추후 송부받은 것으로 주장하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 폐토사 및 폐골재의 처리 없이 쟁점공사를 수행한 것으로 보기는 어려우므로 청구법인이 이○○○으로부터 쟁점세금계산서 공급가액 상당액의 폐토사 등의 운반용역을 제공받은 것으로 보는 것이 타당하다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공의 세금계산서로 보아 그 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 당초 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.