주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2008. 4. 10. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 종합소득세 2,086,740,250원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 ☆☆건설(이하 ‘☆☆건설’이라고만 한다)의 대표이사이다.

나. ☆☆건설은 학교법인 ★★학원(이하 ‘★★학원’이라고만 한다)과 사이에 2000. 7. 21., 2003. 6. 17. 및 2005. 7. 25. 세 차례에 걸쳐 ★★대학교 ○○캠퍼스의 본관, 강의 동(3동), 기숙사동(10동)의 건물신축공사계약을 체결하고 공사를 한 건설업체로, 2003. 부터 2006.까지 매년 3. 31. 전년도 법인세를 신고하였다.

다. 그런데 ★★학원에 대한 감사원 감사 결과 ☆☆건설이 위 건물신축공사와 관련하여 매출신고를 누락한 혐의가 있다는 자료가 통보되자, ●●세무서장은 2006. 4. 13. 부터 2006. 8. 31.까지 ☆☆건설의 2002. 1. 1. ~ 2005. 12. 31. 사업연도에 대한 세무 조사를 실시하였고, 그 결과 ☆☆건설이 위 조사대상 기간 동안 28,869,334,150원의 매출을 누락한 것으로 밝혀졌다.

라. 이에 ●●세무서장은 2006. 10. 1. ☆☆건설에 대하여, 위 조사대상기간의 소득금액을 추계결정하고 각 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 후, 2002년 귀속 법인세 2,251,080,600원, 2003년 귀속 법인세 1,274,067,340원, 2004년 귀속 법인세 2,332,213,770원, 2005년 귀속 법인세 2,210,537,170원 합계 8,067,898,880원을 추가로 부과하였다.

마. 이에 ☆☆건설은 이 법원 2007구합3183호로 위 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 2008. 8. 28. 청구기각판결을 받았고, 이에 불복하여 광주고등법원 2008누1701호로 항소하였다가 2009. 4. 16. 항소기각판결을, 다시 대법원 2009두7356호로 상고하였다가 같은 해 8. 27. 상고기각판결을 각 받았다.

바. 한편, ☆☆건설은 2006. 1.부터 같은 해 3. 사이에 ★★학원으로부터 지급받은 공사대금 6,083,442,712원을 매출공급가액으로 하여 2006. 4. 25. ●●세무서장에게 2006년 제1기 부가가치세 예정선고를 하였으나, 2006 사업연도 법인세 신고는 하지 않았다.

사. 이에 ●●세무서장은 위 2006년 제l기 매출공급가액을 2006년 귀속 수입금액으로 보아 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라고만 한다) 제104조 제2항 제1호를 적용하여 기준경비율에 의 하여 ☆☆건설의 2006 사업연도 법인세 과세표준을 5,171,252,417원으로 추계하여 법인세를 과세하고, 위 과세표준을 ☆☆건설의 대표이사인 원고에 대한 상여로 소득처분 한 후, 처분청인 피고에게 과세자료를 통보하였다.

아. 이에 피고는 2006년도 원고의 근로소득에 위 과세표준 금액을 가산하여 종합소득세액을 산출하고, 원고에 대하여 청구취지 기재와 같은 내용의 2006년 귀속 종합소득세를 결정ㆍ고지하는 이 사건 처분을 하였다.

자. 이에 원고는 이 사건 처분에 대하여 2008. 6. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원은 같은 해 10. 23. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 7, 9, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 첫째, ☆☆건설은 상시근로자 5인 이하 사업장으로 2006. 3.경부터 사실상 폐업상태에 있었으므로, ●●세무서장은 ☆☆건설의 법인세 과세표준을 추계함에 있어 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호에 의거 단순경비율을 적용하였어야 함에도, 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호에 의거 기준경비율을 적용하였는바, 위와 같이 위법한 방식으로 추계된 법인세 과세표준을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 둘째, 가사 ●●세무서장이 법령에 정한 방법으로 기준경비율을 적용하여 ☆☆건설의 법인세 과세표준을 추계하였다고 하더라도, 위 추계과세는 그 추계방법이나 내 용에 있어 합리성과 타당성을 결여하고 있어 위법하므로, 위와 같이 위법하게 추계된 법인세 과세표준을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 셋째, ☆☆건설의 2006 사업연도 법인세 과세표준 5,171,252,417원 중 21억 원 은 ☆☆건설이 ★★학원에 기부금으로 지급한 것이어서 귀속이 불분명한 경우에 해당 하지 않고, 따라서 대표자 상여처분의 대상이 되지 않음에도, 이를 간과한 채 행하여진 이 사건 처분은 위법하다.

나, 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫째 주장에 대한 판단

(가) 인정사실

1) ☆☆건설은 1996. 10. 23. 건설업등록을 한바, 건설업등록증을 2006. 9. 27. 갱신하고 2007. 10. 16. 현재까지 유지하고 있지만, 건설협회에 2006연도의 시공실적을 신고한 사실이 없으며, 2006연도 하반기 과세기간에 대하여 ●●세무서장에게 부가가 치세를 신고한 사실도 없다.

2) ☆☆건설은, 2005. 7. 25. ★★학원과 계약한 기숙사동 공사에 관하여 ★★학원에게 2005. 7. 27. 착공계를 제출하고(준공예정일 2008. 12. 31.), 그 무렵 계약금의 20%에 해당하는 24억 3,109만 원의 계약보증금을 지급하였다. 이후 ☆☆건설은 ★★학원에게 위 공사 및 강의동 공사를 2006. 3. 10.자로 포기하였다는 내용의 도급계약 중도포기 각서(2부)를 제출하였으나, 공사포기에 따른 공사대금의 정산내역 등에 대한 아무런 자료도 제출하지 아니하였다.

3) ☆☆건설은 2008. 5. 23. ★★학원의 공사현장에 대한 시공사를 주식회사 ◎◎건설(이하 ‘◎◎건설’이라고만 한다)로 변경한바, ◎◎건설은 ★★학원의 도서관동 (7동)과 연구시설의 수급인으로, 2006. 3. 23. 건설업등록을 하였고, 위 회사 안전관리자인 구󰂐󰂐은 2006. 4. 30.까지, 품질관리자 박◇◇은 2007. 10. 30.까지, 현장대리인 정◆◆는 2008. 4. 14.까지 ☆☆건설에 근무하던 사람들이다.

4) ☆☆건설의 대표이사인 원고는 2006. 4. 13. ●●세무서장에게, ☆☆건설이 2002.부터 2005.까지의 현금출납부, 노무비대장, 급여지급대장, 공사도급계약서, 하도급 계약서, 현장별 지급지출결의서 등 장부 및 증빙자료를 보관하고 있지 아니함을 확인한바 있다.

5) 2002-2005년 귀속 법인세 포탈과 관련하여 ☆☆건설은 2007. 10. 2. 광주고등법원 2007노116호로 조세범처벌법위반죄의 유죄판결을 받았고, 이에 불복하여 상고하였으나 2008. 10. 23. 상고기각판결을 받았는바, 위 판결에서 인정된 ☆☆건설의 법인세 포탈액은 737,577,984원이다.

6) ☆☆건설은 세무조사가 진행 중이던 2006. 7. 10. 법인세를 수정신고하고, 같은 달 12. 588,366,430원을 납부하였고(같은 무렵 ☆☆건설 대표이사들에 대한 인정 상여분갑근세 역시 수정신고하고 자진납부하였다), 같은 해 9.경 재차 법인세를 수정신고하고 같은 달 29. 149,211,550원과 같은 해 10. 2.(납부기 한 2006. 9. 30.) 20원 합계 149,211,570원을 납부하여 총 합계 737,578,000원의 법인세를 추가로 납부하였다. 또한, ☆☆건설은 2008. 7. 10. ●●세무서장에게 원천징수이행상황신고서를 제출하고 같은 해 8. 18. 근로소득세 2,133,510원을 납부하였다.

7) ☆☆건설은 2008. 7. 11. ●●세무서장에게 2006. 3. 31.자로 폐업한다는 폐업신고서를 제출하였으나 이 사건 변론종결일 현재까지 ☆☆건설의 법인등기부 기재내용에 변화는 없고, 다만 2008. 3. 5. 이□□, 윤■■, 양△△가 ☆☆건설의 이사로 취임하고 감사 한▲▲가 중임하여, 같은 달 10. 등기한 사실이 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4, 5, 8호증, 을 제1 내지 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

(나) 판단

☆☆건설이 2006. 3.경부터 사실상 폐업상태에 있었는지에 대하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, ☆☆건설이 2006. 상반기 이후로는 별다른 시공실적이 없는 사실, 2006. 3. 10.자로 공사포기각서를 작성한 사실, 2006. 3. 31.자로 폐업한다는 신고서를 제출한 사실 및 형사재판에서 단순경비율을 적용한 조세 포탈액으로 유죄판결을 받은 사실은 인정된다.

그러나, 다른 한편 위 인정사실에 의하면,2006. 상반기에 ☆☆건설에 대한 세무조사가 있었던 사실, ☆☆건설은 스스로 작성한 공사포기각서 외에는 공사포기사실을 인정할 객관적 자료들을 제출하지 아니하는 사실, 이 법원 2007구합3183호로 2002-2005년 귀속 법인세 부과처분 취소소송을 제기하고 나서야 비로소 시공사를 변경하고 폐업신고를 한 사실, 폐업하였다는 2006. 3. 31.로부터 2년이 지난 2008. 3.에도 이사를 선임하고 등기한 사실, 건설업등록증도 위 폐업일시 이후 갱신하여 계속 유지한 사실, 2006. 7.부터 2008. 8.까지 세금관련 사무를 계속한 사실 역시 인정되는바, 이러한 사실에 비추어 보면 앞서 인정한 사실만으로는 ☆☆건설이 2006. 3.경부터 사 실상 폐업상태에 있었다고 인정하기에 부족하고, 달라 이를 인정할 증거가 없다.

☆☆건설이 사실상 폐업상태에 있었음을 인정할 수 없는 이상, 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호는 적용될 수 없으므로, 위 법조항이 적용될 수 있음을 전제로 한 원고의 나머지 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

(2) 둘째 주장에 대한 판단

추계과세를 함에 있어서는 그 추계의 방법과 내용에 있어 가장 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있어야 하고, 추계과세대상 납세자에게 특수한 사정이 있는 경우에는 그러한 사정까지 고려되어야 하므로, 과세관청이 법령에서 정한 방법으로 추계과세를 하였다 하더라도 그 추계방법에 의한다면 불합리하게 된다고 볼 만한 특수한 사정이 있는 경우에는, 그러한 특수한 사정을 참작하지 아니하고 행하여진 추계과세는 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없어 위법하다고 할 것이다.

그러므로 살피건대, 을 제1, 7, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ☆☆건설의 2002-2005 사업연도 매출신고 누락액이 28,869,334,150원에달하는 사실, 이에 ☆☆건설이 법인세 수정신고를 하면서 추가손금으로 27,905,675,000원을 선고 하였으나, 이는 수입누락금액에 육박하는 액수일 뿐 아니라, 위 추가손금 부분에 대한 관련 장부 및 증빙서류가 없어 ☆☆건설이 ●●세무서장의 자료제출 요구에도 아무런 자료도 제출하지 않은 사실, ●●세무서장이 ☆☆건설이 검찰청에 제출한 기부금, 노무비, 공사대금의 지출근거서류를 조사한 결과, 이틀 서류는 모두 사후에 ☆☆건설의 입ㆍ출금거래내역에 따라 임의적으로 거짓되게 기재되었거나, 당시 진행된 광양보건대학, ◉◉대학교 건축공사와 구분되지 않게 기재되어 사실여부에 대한 확인이 불가능하다고 결론지은 사실, 결국 ●●세무서장이 기준경비율을 적용하여 과세표준을 확정한 후 2002~2005년 귀속 법인세 부과처분을 한 사실, 또한, ☆☆건설이 2006. 1.부터 같은 해 3. 사이에 ★★학원으로부터 지급받은 공사대금 6,083,442,712원을 매출공급가액으로 하여 2006. 4. 25. ●●세무서장에게 2006년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였을 뿐, 2006 사업연도 법인세 신고는 하지 않은 사실, 이에 ●●세무서장이 위 2006년 제1기 매출공급가액을 2006년 귀속 수입금액으로 보아 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호를 적용하여 기준경비율에 의하여 과세표준을 5,171,252,417원으로 추계하여 2006년 귀속 법인세 부과처분을 한 사실, 한편, 2006년에 실시된 세무조사 당시 ●●세무서장이 ☆☆건설의 대표이사였던 박▽▽, 김▼▼에게 각 4차례에 걸쳐 조사를 위하여 출석을 요구하였으나 김▼▼은 출석하지 않았고, 박▽▽만 2006. 9. 7. 출석하여 ☆☆건설의 대표이사로 있으면서 ☆☆건설을 실질적으로 경영한 사실이 없고 단지 공사현장에 노무자를 동원하는 업무만 담당하였으며, ☆☆건설의 실제 경영자는 모른다고 진술한 사실, 당시 현장소장으로 ☆☆건설의 공사를 지휘ㆍ감독한 정◆◆도 ☆☆건설의 대표이사만을 알고 있을 뿐 그 이외의 ☆☆건설의 경영진에 대하여 전혀 모르고 있는 사실, ☆☆건설은 학교법인 ★★학원, ◀◀학원, ▷▷학원, ☆☆학원, ♧♧학원, 의료 법인 취정재단에서 운영하고 있는 학교와 병원의 시설물 공사를 위해 1996. 8. 8. 자본금 750,000,000원으로 설립된 회사인데, 위 각 학교법인 및 의료법인의 실질적인 설립자 이▶▶가 ☆☆건설을 사실상 경영하고 있고, ☆☆건설의 주주인 이□□, 김▼▼, 신◁◁은 모두 위 각 학원의 대표, 교장, 행정실장 등 관련자들이고 다른 주주인 서♤♤은 위 이▶▶의 처인 사실, ☆☆건설이 건설공사를 수급한 ★★대학교는 ★★학원에 속해 있고, ☆☆건설이 포기한 공사를 인수하였다는 ◎◎건설의 대주주 겸 대표이사인 신♡♡이 이▶▶가 실질적으로 운영하는 ♧♧학원 산하 ◉◉대학교의 직원이었고, 전 주주였던 신◁◁도 ☆☆학원의 대표였던 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실과 같이, ☆☆건설은 통상적인 건설회사와는 달리 이▶▶가 운영하는 학교법인 및 의료법인의 건축시설 공사를 위하여 위 학교법인 및 의료법인의 특수 관계인에 의하여 설립되어 정상적인 절차나 회계에 의하여 않고 수입금액을 누락시키는 등 비정상적으로 운영되었고, ●●세무서장에게 2006년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였을 뿐 2006 사업연도 법인세 신고는 하지 않았다면, 비록 ☆☆건설의 매출액 대비영업이익률이 업종평균 영업이익률보다 훨씬 높고, 사업수입금액 중 노무비가 차지하는 비중이 노동부장관 고시 건설공사 노무비율보다 크게 낮은 점은 인정되나, 그것만으로써 곧바로 ●●세무서장이 법령에서 정한 방법으로 추계과세를 한 것이 그 추계방법이나 내용에 합리성과 타당성을 결여하였다고 볼 수 없다.

따라서 ●●세무서장의 ☆☆건설에 대한 2006년 귀속 법인세 부과처분이 추계 방법이나 내용에 합리성과 타당성을 결여하고 있어 위법함을 전제로 하는 원고의 주장도 이유 없다.

(3) 셋째 주장에 대한 판단

법인세법상 대표자 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있고, 특히 추계조사ㆍ결정 방법에 의하여 과세표준을 산정한 후 대표자에게 상여처분을 하는 경우에는 추계조사ㆍ결정 방법에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)이 사외에 유출되었는지의 여부나 사외에 유출되었다면 실제로 누구에게 귀속되었는지를 묻지 아니한다.

이 사건에 관하여 보건대, ☆☆건설이 2006 사업연도 귀속 법인세를 선고하지 아니하자, ●●세무서장이 법인세 과세표준을 추계조사ㆍ결정 방법에 의하여 산정한 후 법인세를 부과하면서, 위 법인세 과세표준에 해당하는 금액(☆☆건설의 대차대조표에 의한 당기순이익은 자료를 제출하지 아니하여 공제하지 아니하였다)을 당시 법인등기부상 대표이사인 원고에게 상여로 처분하였고, 이에 따라 피고가 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 위와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고에게 상여로 처분된 금액이 실제 누구에게 귀속되었는지 여부는 대표자 인정상여 처분 및 이 사건 처분의 위법 여부와 상관이 없다고 할 것이다.

따라서 원고에게 상여로 처분된 금액이 ★★학원에 귀속되었음을 전제로 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장도 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.