주 문

1. 피고가 2008. 4. 22. 원고에게 한 2005년 2기분 부가가치세 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 인정사실 및 처분의 경위

가. 원고는 서울 ☆☆구 ★★동 221-17 지상 8층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한 다)을 취득하여 리모델링 공사를 한 다음 2004. 10.경부터 2005. 5.경까지 아래 표와 같이 구외선 등과 사이에 이 사건 건물 112호 등 14개 상가에 관하여 분양계약을 체 결하면서 2005. 8. 1. 잔금을 지급받기로 약정하였다.

나. 원고는 2006. 1. 25. 피고에게 2005년 2기분 부가가치세를 신고하면서 김○○ㆍ천●●를 제외한 나머지 13명의 수분양자들로부터 잔금 납입기일에 잔금을 지급받지 못하였다는 이유로 미수령한 잔금 713,162,000원을 공급가액에서 제외하여 신고하였다.

다. 피고는 2007. 4. 25. "원고가 잔금 납입기일인 2005. 8. 1. 수분양자들로부터 잔금을 지급받지 못하였다 하더라도 그 날 재화(14개 상가)의 공급이 모두 이루어진 것으로 보아야 하므로 그에 대한 부가가치세 신고ㆍ납부의무가 있다"는 이유로 원고에 대 하여 2005년 2기분 부가가치세 103,573,580원(가산세 포함)을 경정부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 증액경정처분’이라 한다).

라. 원고는 2007. 7. 11. 분양계약자들로부터 잔금을 지급받지 못하여 재화의 공급이 없었다는 등의 이유를 들어 국세심판원에 이 사건 증액경정처분에 대하여 취소심판을 청구하였고, 국세심판원은 2007. 11. 8. "이 사건 건물 14개 상가의 분양계약 중 10개의 상가분양계약(위 표 순번 4, 6, 9, 14번을 제외한 나머지 계약, 이하 ‘이 사건 분양 계약’이라 한다)은 계약일로부터 잔금지급예정일까지의 기간이 6개월을 초과하는 중간 지급조건부거래에 해당하여 잔금지급예정일에 상가의 공급이 이루어졌고, 다만 4개의 상가분양계약(위 표 순번 4, 6, 9, 14번 기재 계약)은 계약일로부터 잔금지급예정 일까지의 기간이 6개월 미만으로 일반적인 부동산거래에 해당하는데, 위 4개의 상가분양계약에 따른 부동산소유권이전등기가 이루어지지 아니하였으므로, 위 4개 상가에 대한 마수령잔금 225,395,000원은 2005년 2기 과세기간의 공급가액에서 제외되어야 한다"는 이유로 이 사건 증액경정처분 중 73,589,636원(가산세 포함)을 초과하는 부분에 대 하여만 취소하는 결정을 하였다.

마. 한편 원고는 구외선 등과 사이에 이 사건 분양계약을 체결하면서 수분양자들이 중도금을 체납하거나 잔금을 약정일부터 60일 이내에 납부하지 아니할 경우 분양계약을 해제할 수 있다고 약정하였는데, 김○○ㆍ천●●를 제외한 나머지 9명의 수분양자들 (위 표 순번 1, 2, 5, 7, 8, 10, 11, 12, 13 기재 분양계약자들, 이하 ’잔금미지급자들’이라 한다)이 잔금지급기일인 2005. 8. 1.부터 60일이 경과하도록 잔금을 납부하지 아니 하자, 원고는 위 표 ’계약해제일’란 기재와 같이 2006. 12. 29.부터 2007. 4. 27.까지 사이에 잔금미지급자들에 대하여 위 약정에 근거하여 분양계약의 해제를 통지하였고, 김○○ㆍ천●●와 사이의 계약을 합의해제 하였으며, 그들에게 기수령한 계약금, 중도금 등 을 반환하였다.

바. 원고는 2007. 12. 5. 피고에게 "이 사건 분양계약이 전부 해제되었으므로, 잔금미지급자들에 대한 미수령잔금 487,767,000원은 2005년 2기 과세기간의 공급가액에서 제외되어야 한다"는 이유로 이 사건 증액경정처분 중 부가가치세 64,882,766원(가산세 포함)을 감액하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 감액경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2008. 4. 22. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 제1. 4. 5. 6호증 을 제1. 2. 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 당사자의 주장

원고가 이 사건 소로써 이 사건 거부처분의 취소를 구함에 대하여, 피고는 원고가 이 사건 감액경정청구 사유로 들고 있는 내용은 이 사건 증액경정처분에 대한 취소심판에서 이미 심리ㆍ판단된 사항인데, 위 취소심판에 대한 행정소송 제기기간이 경과하여 이 사건 증액경정처분을 더 이상 다툴 수 없게 되었음에도 위 취소심판에서 심리ㆍ판단 된 사항과 동일한 사유를 들어 감액경정청구하는 것은 허용되지 아니하므로, 이 사건 소는 부적법하다.

나. 판단

(1) 납세의무자가 조세부과처분 자체의 위법을 다투는 소송과 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 따라 원처분의 과세액 감액경정청구를 하였다가 그 거부처분의 위법을 다투는 소송은 그 소송물을 달리하는 것일 뿐 아니라 위 감액경정청구 규정의 문언내용과 감액경정청구제도의 취지 등에 비추어 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자는 그 후 이루어진 과세관청의 증액경정처분에 대해서도 경정 후의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과하는 경우에는 그 증액경정처분에 대한 불복 청구기간이 경과하였는지 여부와 상관없이 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 감액경정 청구를 할 수 있다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두10792 판결 참조).

국세기본법상 심판청구에 대한 재결이 있는 경우 동일한 처분에 대하여 다시 심판청구를 제기할 수 없으나(국세기본법 제55조 제9항), 위와 같이 조세부과처분의 취소소송 과 경정거부처분의 취소소송은 그 소송물을 달리하는 점에 비추어 보면, 조세부과처분 의 위법을 다투는 조세심판에서 납세의무자가 그 위법사유를 주장하였으나 실제 그 심판절차에서 심리ㆍ판단된 적이 없다면 그와 같은 사유를 들어 과세관청에 감액경정청구 하는 것이 허용되지 아니한다고 볼 수 없고, 또한 그 거부처분에 대한 불복청구가 원 조세부과처분을 다투는 조세심판에 대한 중복청구라고 볼 수도 없다.

(2) 을 제1, 2호증의 각 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 증액경정처분에 대하여 "이 사건 분양계약에 따른 잔금을 지급받지 못하였고 계약을 해제하였으므로 이를 공급가액에서 제외하여야 한다"는 사유로 취소심판을 청구한 사실, 위 취소심판에 대한 심판관회의는 ‘이 사건 분양계약에 따른 상가의 공급시기’를 쟁점으로 삼아 "중간 지급조건부거래는 그 계약이 해제되는 등 효력을 중도에 상실하는 사정이 없는 한 대가의 각 부분을 받기로 한 때에 공급시기가 도래하여 부가가치세 납부의무가 성립하고, 실제로 그 대가를 받았는지 여부는 부가가치세 납부의무의 성립에 영향을 미치지 아니하는바, 이 사건 분양계약은 중간지급조건부거래에 해당하여 잔금수령여부와 상관없이 잔금을 받기로 한 날을 재화의 공급시기로 보아야 한다"고 판단한 사실, 원고는 "이 사건 분양계약이 해제되었으므로, 미수령잔금을 공급가액에서 제외하여야 한다"는 사유로 이 사건 감액경정청구를 한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 증액경정처분을 다툰 취소심판절차에서 이 사건 거부처분의 위법사유를 심리ㆍ판단하였다고 할 수 없으므로, 이 사건 감액경정청구 사유가 이 사건 증액경정처분에 대한 취소심판에서 이미 심리ㆍ판단된 사항과 동일한 사유라고 볼 수 없을 뿐 아니라, 이 사건 거부처분 취소소송의 제소기간이 경과되었다고 할 수도 없다.

(3) 따라서, 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 분양계약이 전부 해제되었으므로, 이 사건 분양계약에 따른 마수령잔금 487,767,000원에 대하여는 부가가치세법상 재화의 공급이 있다고 할 수 없다. 따라서, 위 금액만큼 2005년 2기 과세기간의 과세표준이 감액경정되어야 하고 그에 따라 이 사건 증액경정처분도 감액경정되어야 할 것임에도 이를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계법령

다. 판단

(1) 부가가치세는 재화나 용역이 생산ㆍ제공되거나 유통되는 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하여 과세하는 유통세로서, 부가가치세법 제6조 제1항, 제9조 제1항, 같은 법 시행령 제14조, 제21조 등의 규정을 종합하면, 부가가치세의 과세원인 중 하나인 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것인데, 부가가치세의 납세의무자가 재화공급계약 상대방의 채무불이행을 이유로 그 계약을 해제하였다면 위 계약의 이행으로 인한 재화의 공급은 처음부터 없었던 것이 되고, 해제 당시 납세의무자가 아직 이행하지 아니한 위 계약상 재화의 공급의무도 소급적으로 소멸하는 것이므로, 이 경우 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급은 처음부터 없었던 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결 참조).

(2) 이 사건에서 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고와 잔금미지급자들 사이의 분양 계약은 해제되어 부가가치세의 부과 대상이 되는 잔금미지급자들에 대한 이 사건 건물 상가의 공급은 처음부터 없었던 것이 되고, 이는 이 사건 재화공급계약의 대금지급방식이 중간지급조건부라 하여도 마찬가지라고 할 것이므로, 피고가 과세대상으로 삼은 위 미수령잔금 487,767,000원에 해당하는 이 사건 증액경정처분은 위법하다 할 것이 다. 따라서, 위 금액에 대응하는 2005년 2기 과세기간의 과세표준이 감액경정되어야 할 것임에도 이를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하다 할 것이고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 인용한다.