주 문

1. 피고가 2008. 1. 16.자로 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 4,313,391,349원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다(소장 청구취지 기재 ‘4,313391,345원’은 오기로 보인다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 2005. 3. 31. 2004사업연도 법인세 신고

① 과세표준 : 48,638,206,288원, ② 산출세액 13,120,315,697원

나. 원고의 2006. 3. 30. 2005사업연도 법인세 신고

① 과세표준 : - 15,975,523,516원, ② 산출세액 : 0원

다. 원고의 2006. 3. 30. 환급신청

(1) 신청사유 : 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항에 의거, 원고가 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 해당함을 이유로 2005사업연도 결손금 15,975,523,516원을 2004사업연도에 소급 공제 신청함

(2) 환급세액(2004사업연도 법인세 관련) : 4,313,391,349원

(위 산출세액 13,120,315,697원 - 결손금 공제 반영 후 산출세액 8,806,924,348원)

라. 피고의 2006. 4. 19. 환급 : 원고가 환급 신청한 4,313,391,349원을 환급함

마. 피고의 2008. 1. 16.자 2005사업연도 법인세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’)

① 고지세액 : 4,929,343,630원(환급액 4,313,391,349원 + 이자상당액 615,952,285원)

② 처분사유 : 원고는 결손금 소급공제 대상인 법인세법 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업에 해당하지 않음

③ 근거법령 : 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항

바. 조세심판원 결정 : 위 이자상당액 615,952,285원 감액(이하 감액 경정되고 남은 4,313,391,349원의 고지처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다)

[인정근거] 갑 3호증, 갑 4호증의 2, 을 1호증의 1, 2, 을 2호증의 4, 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항은 이 사건 처분의 근거가 될 수 없음에도 이를 유추ㆍ확장 해석하여 나온 이 사건 처분은 위법하다(피고가 더 이상 법인세법 제72조 제5항을 근거법령으로 주장하고 있지 않으므로 이에 관한 원고의 주장은 따로 살피지 아니한다).

나. 관계법령

법인세법 제60조 (과세표준 등의 신고)

다. 판단

법인세법 제60조 제1항, 제66조 제2항 제1호, 제4항 등 관계규정에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하여야 하고, 납세지 관할세무서장 등은 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 과세표준과 세액을 경정하며, 경정한 후 그 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 경정하도록 규정하고 있고, 한편 법인세법 제72조 제1항은 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 일정 금액을 환급 신청할 수 있도록 규정하고 있다.

이러한 관계법령 및 위 1.항의 사실관계를 종합하여 보건대, 이 사건의 경우 원고의 환급신청 및 피고의 환급결정은 원고가 한 2004사업연도 법인세 신고 및 2005사업연도 법인세 신고와는 별개의 것으로서, 그 내용은 2005사업연도에 발생한 결손금을 2004사업연도에 소급 공제하여 그에 따라 산출되는 2004사업연도 법인세액을 초과하는 2004사업연도 기납부 법인세액을 환급해 달라는 원고의 신청에 대하여 피고가 이를 환급해 준 것이고, 또한 이 사건 처분은 뒤늦게 환급사유가 없음을 안 피고가 환급한 2004사업연도 법인세액을 징수하고자 한 것으로, 이는 법인세법 제60조, 제66조 제2항 제1호, 제4항에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 경정과는 무관하다(특히 이 사건 처분에서와 같은 2005사업연도 법인세와는 아무 관련이 없다) 할 것이므로, 위 규정을 근거로 하여 나온 이 사건 처분은 위법하고, 달리 이를 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수할 수 있다고 볼 근거가 없다(다만 부당이득을 원인으로 반환을 청구할 수 있음은 별론으로 하고, 현행 법인세법 제72조 제5항 제2호가 적용되는 사안에서는 이를 근거로 징수할 수 있을 것이다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.