주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구인은 주식회사 ○○○(이하 “○○○”라 한다)가 발행한 주식을 2006년도에는 2006.7.18. 100,000주, 2006.12.31. 150,000주를 청구인 명의로 주주명부에 명의개서하였고, 2007년도에는 2007.7.3.부터 2007.9.3.까지 237,490주를 취득한 후 2007.5.16부터 2007.11.9.까지 264,870주를 양도한 후 2007.12.31. 222,620주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 청구인 명의로 명의개서하였다.

 나. ○○지방국세청장은 ○○○에 대한 세무조사를 실시하여, 청구인이 ○○증권주식회사(이하 “○○증권”이라 한다)에 개설된 증권위탁계좌(830-12-****-**)을 이용하여 ○○○로부터 2006.7.18. 100,000주, 2006.12.31. 150,000주, 2007.12.31. 쟁점주식인 222,620주를 명의신탁받은 것으로 조사하여 2009.6.3. 청구인에게 증여세 2006.7.18. 증여분 262,904,300원, 2006.12.31. 증여분 976,568,110원, 2007.12.31. 증여분 3,001,305,030원을 결정 ․ 고지하였다.

 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구인 주장

 1997.12.31. 신설된 구 「조세감면규제법」 (1998.12.28. 법률 제5584호 「조세특례제한법」으로 전문개정되기 전의 것, 이하 “구 조감법”이라 한다) 제81조의3은 특정한 주식을 3년 이상 보유한 경우에는 그 주식에 대한 배당소득을 종합소득과세표준에 합산하지 아니한 채 분리하여 과세할 뿐만 아니라, 원천징수세율도 100분의 10으로 감경하도록 규정하여 나중에 취득한 주식을 먼저 양도하고 먼저 취득한 주식을 계속 보유하는 방식으로 회계처리하여야 많은 세제혜택을 받을 수 있고, 구 조감법 시행령 제80조 제7항은 주식의 보유기간 중 동종주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것으로 보아 장기보유한 주식수를 계산한다고 규정하고 있어, 1998.1.1. 이후 현재까지 모든 증권회사는 구 조감법 시행령 제80조 제7항의 규정취지와 고객의 이익을 고려하여 고객이 주식의 양도 당시 특별히 양도되는 주식을 특정하지 아니하는 이상 나중에 취득한 주식을 먼저 출고되는 방식으로 처리하여 고객의 계좌를 관리하여 오고 있고, 쟁점주식계좌를 관리하던 ○○증권역시 ‘출고시 채권은 반드시 매수일자를 입력하며 주식은 자동으로 후입선출로 처리’라고 주식잔고증명서에 기재하고 있어 주식출고방식이 후입선출법에 의해 주식의 취득일이 명확히 입증되고 있으며, 선입선출법에 의해 주식거래 물량흐름을 파악하는 경우 2007년도에 취득한 주식(237,490주)보다 양도한 주식(264,870주)이 많아 2007.12.31. 명의개서된 쟁점주식(222,620주)은 2006.12.31. 명의개서된 주식(250,000주)의 일부에 해당하므로 2007.12.31. 현재 신규로 조세회피목적으로 명의신탁받은 사실이 없는 것임에도 처분청이 선입선출방식에 의하여 2007.12.31. 명의개서한 쟁점 주식에 대하여 명의신탁증여의제규정을 적용하여 증여세를 과세한 처분은 부당하다.

 나. 처분청 의견

 청구인은 구 조감법 제81조의3(장기보유 주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수 특례)의 “주식의 보유기간 중 동종주식수의 변동이 있는 경우에는 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다”라는 규정을 인용하여 후입선출법에 의한 주식거래량흐름을 파악하여야 한다고 주장하나, 이는 소규모 장기투자자에게 배당소득과세를 완화해 줄 목적으로 세제상 혜택을 주기 위한 규정이므로 쟁점 주식과 같이 조세회피목적으로 명의신탁한 차명주식은 그 특례요건을 갖추지 못하여 적용배제대상이다.

 또한, 모든 증권회사가 후입선출법으로 주식을 출고하기 때문에 주식취득일이 확인되는 것이라고 주장하나 ○○증권의 주식매매시스템을 이용하여 취득 및 양도한 쟁점주식은 「증권거래법」 제174조의2의 규정에 따라 주권을 예탁하고 주식매매시 주권실물의 입 ․ 출고를 수반하지 않고 증권예탁원과 증권회사간 주식수량에 대한 정산만 이루어지기 때문에 주권발행번호를 확인할 수 없고, 양도한 주식의 취득시가가 주권발행번호 등으로 확인되지 않아 그 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항의 규정에 의하여 선입선출법으로 물량흐름을 파악하는 것으로, 청구인의 주장은 2006.7.18. 100,000주, 2006.12.31. 150,000주를 명의개서한 후, 2007.7.3,부터 20079.3.까지 237,490주를 취득하여 2007년도에 양도가능한 주식이 487,490주라는 사실과 2007.5.16.부터 2007.11.9.까지 264,870주를 양도한 거래사실을 무시하는 주장으로 2006.12.31. 명의신탁주식인 250,000주는 2007년도에 264,870주를 양도함으로써 소멸되었고, 2007.12.31. 명의신탁받은 쟁점주식(222,620주)은 2007년도에 신규로 조세회피목적으로 명의신탁받은 것이라는 점에서 쟁점주식에 대하여 명의신탁증여의제규정을 적용하여 증여세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

 취득시기가 불분명하므로 선입선출법에 의해 쟁점주식을 2007년도에 명의신탁된 주식으로 보아 증여세를 과세한 처분의 당부

 나. 관련법령

  (1) 상속세 및 증여세법

  제41조의2 【명의신탁재산의 증여의제】 ① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 요하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 연도의 다음 연도 말일의 다음날을 말한다)에 그 재산의 가액을 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세회피의 목적없이 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우

2. 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)중 1997년 1월 1일 전에 신탁 또는 약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 기재되어 있거나 명의개서되어 있는 주식 등에 대하여 1998년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라한다) 중 실제소유자명의로 전환한 경우. 다만, 당해 주식등을 발행한 법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 “주주 등”이라 한다)와 특수관계에 있는 자 및 1997년 1월 1일 현재 미성년자인 자의 명의로 전환한 경우에는 그러하지 아니한다.

② 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우와 제1항 제2호의 규정에 의한 유예기간 중에 주식 등의 명의를 실제소유자 명의로 전환하지 아니하는 경우에는 조세회피목적이 있는 것으로 추정한다.

③ 제1항 제2호의 규정은 주식 등을 유예기간 중에 실제소유자명의로 전환하는 자가 당해 주식을 발행한 법인 또는 그 출자된 법인의 본점 또는 주된 사무소의 관할세무서장에게 그 전환내용을 대통령령이 정하는 바에 따라 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

④ 제1항의 규정은 「신탁업법」 또는 「증권투자신탁업법」에 의한 신탁재산인 사실의 등기 등을 하는 경우와 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기 등을 하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

⑤ 제1항 제1호 및 제2항에서 “조세”라 함은 「관세기본법」 제2조 제1호 및 제7호에 규정된 국세 및 지방세와 「관세법」에 규정된 관세를 말한다.

⑥ 제1항 제2호 단서의 규정에 의한 특수관계에 있는 자의 법위는 대통령령으로 정한다.

  (2) 소득세법

  제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 「증권거래법」에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율 ․ 시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 “코스닥상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등

  제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

  (3) 소득세법 시행령

  제158조 【기타자산의 범위】 ② 제1항 제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식 또는 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 3년내에 그들이 양도한 주식 등을 합산한다. 이 경우 동항본문 및 각호에 해당하는 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주식 등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

  제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 날 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

④ 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타 주주가 주식 등을 양도함으로써 당해 법인의 주식 등의 합계액이 100분의 50이상이 양도되는 날로 하되, 그 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

  (4) 조세감면규제법

  제81조의3 (1998.12.28. 법률 제5584호 「조세특례제한법」으로 전문개정되기 전의 것) 【장기보유주식 배당소득에 대한 원천징수특례】 ① 대통령령이 정하는 주식을 3년 이상 보유한 거주자로서 「소득세법」 제20조 제3항의 규정에 의한 소액주주에 해당하는 자 중 대통령령이 정하는 자가 받는 배당소득에 대한 원천징수세율은 「소득세법」 제129조 제1항 제2호의 규정에 불구하고 100분의 10으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 배당소득은 소득세법 제14조 제2항의 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.

③ 주식의 보유기간 계산 기타 장기보유주식 배당소득의 원천징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (5) 조세감면규제법 시행령

  제80조 (1998.12.31. 대통령령 제15976호 「조세특례제한법 시행령」으로 전문개정되기 전의 것) 【주식의 보유기간 계산 등】 ⑦ 주식의 보유기간중에 동종 주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것으로 보아 장기보유한 주식수를 계산한다.

  (6) 조세특례제한법

  제91조 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 【장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례】 ① 거주자가 「증권거래법」에 따른 주권상장법인 또는 코스닥상장법인(이하 이 조에서 “주권상장법인 또는 코스닥상장법인”이라 한다)의 주식(「법인세법」 제51조의2 제1항 각호의 1에 해당하는 법인의 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 “주권상장 ․ 코스닥상장주식”이라 한다)을 주권상장 또는 코스닥상장 이후 1년 이상 보유하고 당해 법인으로부터 2008년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대하여 제1호의 경우 소득세를 부과하지 아니하고, 제2호의 경우 배당소득 전부에 대하여 「소득세법」 제129조의 규정에 불구하고 원천징수세율을 100분의 5로 하며, 당해 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항의 규정에 의한 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 다만, 법인의 주식을 보유한 거주자가 해당 법인의 대통령령이 정하는 지배주주 및 그 특수관계자에 해당되는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주권상장 ․ 코스닥상장주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 이하 보유한 경우

2. 주권상장 ․ 코스닥장장주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 초과 1억원 이하 보유한 경우

③ 제1항의 규정에 의한 주식의 보유기간은 「증권거래법」 제174조의2의 규정에 따른 고객계좌부에 기재된 날부터 당해 법인의 배당기준일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에서 정한 날부터 당해 법인의 기준일까지로 한다.

④ 주식의 보유기간 중에 동종 주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 제1항 및 제3항의 규정을 적용한다.

  (7) 조세특례제한법 시행령

  제92조 (2001.6.12. 대통령령 제17236호로 개정되기 전의 것)【주식의 보유기간 계산 등】 ⑦ 주식의 보유기간중에 동종 주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것으로 보아 장기보유한 주식수를 계산한다.

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청은 쟁점주식을 포함한 ○○증권의 주식매매시스템을 이용하여 취득 및 양도가 이루어진 ○○○ 발행주식은 「증권거래법」 제174조의2의 규정에 따라 주식을 예탁하고 주식매매시 주권실물의 입 ․ 출고를 수반하지 않고 증권예탁원과 증권회사간 주식수량에 대한 정산만 이루어지기 때문에 주권발행번호를 확인할 수 없어 양도한 주식의 취득시가가 주권발행번호 등으로 확인되지 않는 경우로 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당되다 하여 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항의 규정에 의하여 선입선출법으로 물량흐름을 파악하여 2006년도 250,000주(206.7.18. 100,000주, 2006.12.31. 150,000주), 2007년도 쟁점주식인 222,620주(2007년에 양도한 총 주식 264,870주에서 2006년에 취득한 주식 250,000주를 차감한 후 나머지는 2007년에 신규취득한 주식 237,490주에서 양도한 것으로 본 14,870주를 차감한 것)를 명의신탁받은 것으로 조사하여 명의신탁증여의제규정을 적용하여 증여세를 과세하였다.

  (2) 청구인은 청구인 명의로 명의개서한 ○○○ 발행 주식 중 2006년도에 취득한 250,000주의 경우 조세회피목적에 의한 명의신탁주식이라는 사실과 2007.7.3.부터 2007.9.3.까지 237,490주를 청구인 명의로 신규취득하여 2007.5.16.부터 2007.11.9.까지 264,870주를 양도한 후 쟁점주식인 222,620주를 2007.12.31. 청구인 명의로 주주명부에 명의개서한 사실에 대하여는 다투지 아니하나, 처분청이 2007년도에 양도한 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 선입선출법을 적용하여 쟁점주식을 조세회피목적에 의한 명의신탁으로 보아 과세한 데 대하여, 쟁점주식의 관리는 ○○증권에서 후입선출법에 의해 이루어져 왔으므로 후입선출법을 적용하여야 하고, 후입선출법을 적용하는 경우 쟁점주식을 포함한 2007년도에 신규로 명의신탁받은 주식은 102,620주(2007.8.1.~2007.9.3. 취득주식 198,400주 중 2007.10.22.~2007.11.9. 양도한 95,780주를 차감한 주식)이고 이는 조세회피목적없는 명의신탁이라고 주장하고 있다.

  (3) 청구인이 제시한 ○○증권의 증권위탁계좌의 매도주식출고방법과 관련된 업무매뉴얼과 ○○증권 ○○지점장이 ○○지방국세청장에게 보낸 주식출고방법에 대한 사실확인 문서(문서번호 신영김해-제9호, 2009.7.22.)를 보면, ○○증권의 증권위탁계좌상 매도주식출고방법은 ○○증권의 업무매뉴얼 제2장 출납업무 제5절 입 ․ 출고 업무에 따라 출고시 후입선출법에 의해 자동출고처리되는 것으로 확인하고 있고, 청구인도 2006년부터 2007년까지 기간 중 매매한 ○○○ 발행주식을 후입선출법에 의하여 이루어졌다고 주장하며 주식입고 및 출고수량과 관련된 자료를 제시하고 있으나, 동 자료만으로 청구인의 양도주식에 대하여 주권발행 번호 등에 의한 객관적인 취득시기는 확인되지 않는다.

  (4) 2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 「조세특례제한법」 제91조(장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수 특례) 제1항에 의하면 거주자가 「증권거래법」에 따른 주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식을 주권상장 또는 코스닥상장 이후 1년이상 보유하고 당해 법인으로부터 2008년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대하여 제1호(주권상장 ․ 코스닥상장주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 이하 보유한 경우)의 경우 소득세를 부과하지 아니하고, 제2호(주권상장 ․ 코스닥상장주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 초과 1억원 이하 보유한 경우)의 경우 배당소득 전부에 대하여 「소득세법」 제129조의 규정에 불구하고 원천징수세율을 100분의 5로 하도록 하면서 주식의 보유기간 중에 동종 주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보도록 규정하고 있으나, 「소득세법 시행령」 제162조(양도 또는 취득의 시기)에 의하면 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타 주주가 주식 등을 양도함으로써 당해 법인의 주식 등의 합계액이 100분의 50이상이 양도되는 날로 하되, 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보도록 규정하고 있다.

  (5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 증권회사는 고객으로부터 예탁받은 주식을 의무적으로 증권예탁원에 예탁하여야 하고, 코스닥시장에서 위탁계좌를 통한 주식매매는 주권실물의 입출고가 수반되지 아니하고 이루어지며, 처분청의 처분근거는 코스닥시장의 주식전산매매시스템에서는 적용할 수 없고, 모든 증권회사의 주식출고방법이 후입선출법이며, 주식잔고증명서 등에 후입선출법에 의하여 쟁점주식의 취득일이 입증된다는 점 등의 이유를 들어 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조에서 ‘자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다’라고 규정하고 있는바, 코스닥시장의 주식거래시스템이나 증권회사의 매도주식입출고관리방법과 주식의 양도에 대한 과세방법은 별개의 문제이며, 청구인이 들고 있는 「조세특례제한법」 제91조 제4항의 규정은 장기보유주식의 배당소득에 대한 것으로 주식의 양도소득에 대한 이 건 처분과는 관련이 없는 것으로(국심 2004서3440, 2005.1.25., 같은 뜻), 청구인이 제시한 자료만으로는 쟁점주식의 취득시기가 주권발행번호 등에 의하여 확인되지 않는 점, 2006년도에 청구인 명의로 취득한 ○○○ 발행 주식 250,000주에 대하여 조세회피목적에 의한 명의신탁주식이라는 사실을 인정하고 있는 점 등으로 볼 때 2007년도에 청구인 명의로 취득 ․ 양도한 주식에 대하여 처분청이 주식 입 ․ 출고산정방법으로 청구인이 신고한 후입선출법을 부인하고 「소득세법시행령」 제162조의 규정에 의하여 선입선출법을 적용하여 쟁점주식을 조세회피목적에 의한 명의신탁으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2010년 2월 23