주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.12.4. <별지> 목록의 ○○도 ○○시 ○○동 00-00 공장용지 35㎡ 외 5필지 토지, 합계 7,149㎡(이하 “쟁점토지”이라 한다)를 ○○토지공사에게 공공용지 협의취득을 원인으로 양도한 후 2008.2.29. 쟁점토지의 취득가액을 환산가액인 14,455천원으로, 양도가액을 실지거래가액인 2,7444,637천원으로 각각 산정하고 공장용지 조성 공사비 421,028천원(1차 공사 267,933천원 및 2차 공사 153,095천원), 취득세 4,931천원, 대체조림비 2,550천원(공장용지 조성공사비 421,028천원, 취득세 4,931천원을 포함하여 이하 “쟁점공사비”라 한다)을 자본적 지출액으로 보아 쟁점토지의 양도차익 계산시 필요경비에 산입하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 쟁점공사비를 실지로 지출된 필요경비가 아닌 것으로 보아 2009.6.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 106,848,500원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지에 대하여 공장용지 조성공사를 실제로 하였다는 사실은 처분청도 인정하고 있고, 쟁점토지의 실지 취득가액은 1,970천원이며, 청구인이 2002년말경 공사대금 지출내역을 기록한 원시장부를 세무대리인(세무사 유○○)에게 건네주어 2003~2007년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점토지의 장부가액을 635,904천원으로 계상하였다.

다만, 장부비치 보존기간이 경과하였고, 세무대리인도 2008.1.25. 돌연 사망한 관계로 원시장부를 찾을 수 없으나, 지방자치단체장의 개발비용 내역 통보서 등을 보면, 공장용지 조성공사비가 421,028천원으로 기재되어 있고, 청구인의 예금계좌 입출금내역 등을 보더라도 쟁점공사비가 실지로 지출된 필요경비로 인정할 수 있는데도 처분청이 이를 부인하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

    청구인이 제출한 지방자치단체장의 개발비용 내역 통보서 및 예금계좌 입출금내역만으로는 쟁점공사비 상당의 금액이 실지로 지출되었다고 인정하기 부족하고, 실지로 필요경비를 지출하였다는 공사계약서, 세금계산서 등의 객관적인 증빙자료를 제출하지 못한 것으로 보아 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점공사비를 자본적 지출로 보아 쟁점토지의 양도차익 계산 시 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

〇 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

〇 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 부동산등기부등본 및 국세통합전산망을 포함한 기타 심리자료를 보면, 쟁점토지의 지목변경 및 청구인의 2007년 귀속 양도소득 과세표준 예정신고 내역은 아래 <표>와 같다.

<표> 지목변경 및 양도소득 과세표준 예정신고 내역

(단위 : ㎡, 천원)

(2) 쟁점토지에 대한 공장용지 조성공사가 있었던 사실 및 쟁점토지의 실지 취득가액이 1.970천원인 사실, 청구인이 쟁점토지 지상 공장건물에 대하여 2002.1.16. 사업자등록을 신청한 사실, 그리고 청구인이 2003년~2007년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점토지의 장부가액을 635,904천원으로 계상한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구인이 이 건 심리자료로 제출한 쟁점토지의 개발비용내역서및 ○○도 ○○군수의 2002.2.4. 개발비용 내역 통보서, 2002.12.16. 개발부담금예정통지서, 2010.1.14. 개발부담금 관련 사실확인 요청에 따른 회신문을 보면, 청구인은 간접노무비율 산출기준표(재무회계 2210-59, 89.3.9.) 및 완성공사원가구성분석등을 적용하여 쟁점토지에 대한 개발비용내역서를 작성, 제출하였고, 이에 ○○도 ○○시장은 청구인이 제출한 위 개발비용내역서상 공사비용 중 이 건 조성공사와 무관한 일부 취득세를 부인하여 개발부담금을 산정한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 이 건 심리자료로 제출한 원가계산용역기관인 사단법인 ○○경제정보연구소의 2009.6.30. 원가보고서를 보면, 의뢰인(청구인)으로부터 제시된 도면, 내역서 및 수량산출서를 참고로 하고, 그 재정경제부 회계예규 2200.04-105-6(1999.12.13.) 및 2200.04-105-7(2001.2.10) “예정가격 작성기준”에 의거하여 재료비, 노무비, 경비, 일반관리비 및 이윤으로 구분․작성하는 방법으로 공사원가를 계산한 결과 쟁점토지에 대한 공장용지 조성공사비를 407,213천원으로 산정한 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구인의 심판청구 대리인은 2009.11.13. 조세심판관회의에서 청구인이 공장임대업으로 사업자등록을 하고 2003년~2004년 귀속 종합소득세를 신고하면서 쟁점토지의 장부가액을 635,904천원으로 계상한 점 및 지방자치단체의 개발부담금예정통지서 등을 보면, 공장용지 조성공사비가 421,028천원으로 기재되어 있고, 동 개발부담금예정통지서 등은 이 건 양도소득세 예정신고 이후에 소급작성된 자료가 아니며, 원가계산용역기관에서 사후 산정한 공사비 산정금액이 407,213천원인 것으로 보아 쟁점공사비는 객관성을 인정받을 수 있는 금액으로 보아야 한다고 의견 진술하였다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대, 청구인은 쟁점공사비를 양도소득세 산정 시 자본적 지출액으로 인정하여야 한다고 주장하나,

자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우에는 자산의 취득가액이나 양도가액 뿐만 아니라 그 필요경비도 실지거래가액에 의하여야 함이 타당한바, 여기에서 실지거래가액이라 함은 실지로 거래된 가액을 의미하므로 쟁점공사비는 실지로 지출된 금액이 아닌 표준단가 등에 의하여 작성된 추정금액이어서 이를 자본적 지출액의 실지거래가액으로 인정하기 어렵다 할 것이고, 달리 쟁점토지의 조성공사비용으로 실지로 지출된 금액을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하는 이상 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.