주 문

1. ○○세무서장이 2008.8.11. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 657,350원, 2007사업연도 법인세 57,972,080원의 부과처분은 청구법인이 주식회사 ○○에너지로부터 교부받은 세금계산서의 공급가액 상당액 321,144,000원(2006사업연도 111,763,000원, 2007사업연도 209,381,000원)을 손급산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 대표자 상여로 소득처분하여 한 2006년 귀속분 122,939,300원, 2007년 귀속분 230,319,100원의 소득금액변동통지 처분은 이를 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가 청구법인은 2003.6.5. 개업하여 ‘주식회사 ○○에너지 ○○주유소’라는 상호로 유류 소매업을 영위하는 법인으로, 주식횟 ○○에너지(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 111,763천원 및 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 209,381천원, 합계 321,144천원의 매입세금계산서(이하“쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 및 법인세를 신고․납부하였다.

나. 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 청구외법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점세금계산서가 위장매입혐의가 있다는 과세자료를 통보받아 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액(321,144천원)에 대한 관련 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여 2008.8.11. 청구법인에게 부가가치세 2006년 제2기분 15,269,040원, 2007년 제1기분 33,750,100원과 법인세 2006사업연도분 657,350원, 2007사업연도분 57,972,080원을 부과하고, 대표자 상여로 소득처분하여 2006년 귀속분 122,939,300원, 2007년 귀속분 230,319,100원의 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.9. 이의신청을 거쳐 2009.5.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구외법인의 조사결과 청구법인과의 거래분에 대하여 실물거래없는 사실과 다른 세금계산서라는 확인을 받은 바가 없고, 또한 청구외법인이 100% 자료상이 아니며, 청구법인이 제시한 세금계산서와 출하전표(매입일자, 매입량, 소송자 기록) 은행계좌를 통한 거래대금송금내역, 일일마감보고서 및 품목별수량명세서와 경유의 입출고현황에서 나타나는 바와 같이 청구법인은 2006.11.25.부터 2007.6.30.까지 청구외법인으로부터 340kℓ의 경유를 실지매입하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것임에도 자료상과의 거래분이라는 사유만으로 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인은 자료상행위를 목적으로 은행계좌를 개설하는 등 청구법인에게 매출할 유류를 매입한 사실이 없고, 유류출하전표를 위조하여 허위세금계산서를 발행한 혐의로 고발된 사업자이며, 청구법인은 사업자등록번호, 계좌번호 등으로 사업자임을 확인하고 청구외법인과 거래한 선의의 거래당사자라고 주장하나, 청구법인이 받은 출하전표를 보면 도착지가 ‘○○에너지(청구외법인)’ 또는 ‘○○ ○○구’로 기재되어 있어 사실과 다른 출하전표임을 알 수 있고, 청구외법인의 예금계좌에 입금된 금액을 다른 자료상에게 계좌이체하여 현금인출하거나 타 차명계좌에 이체를 반복한 후 현금인출한 사실에 의하여 가공거래를 실물거래로 가장한 사실이 있는 점 등으로 볼 때 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

〇 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 ‘공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

〇 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

〇 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

〇 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준은 신고하거나 제66조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

〇 법인세법시행령 제19조【손비의 범위】

법인 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용

〇 법인세법시행령 제106조【소득처분】

①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것, 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2003.6.5. 개업하여 유류소매업을 영위하는 법인으로 청구외법인으로부터 2006년 제2기부터 2007년 제1기 부가가치세 신고기간 중 아래 <표1>과 같이 쟁점세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하는 한편, 법인세 신고시 이를 손금에 산입하여 법인세를 신고․납부한 것으로 처분청의 과세결의서 등 이 건 심리자료에 나타난다.

<표1> 쟁점세금계산서 내역

                                                             (단위: 천원)

(2) ○○지방국세청장이 청구외법인에 대하여 조사한 내용에 의하면, 청구외법인은 ○○시 ○○에 소재한 ○○탱크터미널(주) ○○사업소로부터 유류보관탱크 1기 (1,000ℓ)를 2006년말까지 임차하여 사용한 사실이 국세통합전산망 등 조사자료에 나타나고, 2006년 7월부터 2006년 10월까지 가공세금계산서 발행에 따른 금융증빙 등을 맞추기 위하여 ○○은행 ○○역지점 등 10여개의 은행에 차명계좌를 개설하여 매출처로부터 거래대금이 입금되면 즉시 현금인출하거나 가공매입처인 주식회사 ○○에너지 등에 송금하고, 도프프린터를 이용하여 유류 출하전표를 위조하는 등 2006년 제2기부터 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 중 총매출액 71,340백만원 대비 가공매출액은 71,032백만원으로 그 비율이 99.5%인 자료상혐의자로 사법기관에 고발된 것으로 나타나며, 위 같은 과세기간 중 청구외법인의 유류관련 매입분은 매입세금계산서 공급가액 71,255백만원 중 99.5%인 70,919백만원을 가공으로 확정하고, 나머지 ○○에너지 주식회사 등 4개업체로부터 수취한 306백만원(0.5%)의 유류매입분은 정상거래로 인정된 것으로 나타난다.

(3) ○○지방국세청장이 2006.7.1.부터 2007.7.31.까지 청구외법인에 대하여 조사한 내용에 의하면, 청구법인과의 거래분에 대한 출하전표를 각 정유회사에 조회한 결과, 청구법인이 보유하고 있는 출하전표와 고객 코드번호, 전표번호 및 출하전표에 기재된 해당 유류의 매입고객이 서로 상이한 것으로 나타나고 있으며, 거래대금이 청구외법인의 예금계좌로 입금된 후 청구외법인이 유류를 매입하였다는 정유회사로 송금된 사실이 없고, 거래대금에 상당하는 금액이 입금 즉시 현금으로 인출되어 가공매입처인 ○○에너지 등으로 송금된 후 여러 차명계좌로 이체와 출금을 반복한 후 현금으로 인출되는 등 쟁점세금계산서와 관련된 금융거래자료가 확인되지 않는다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은 2006.11.25.부터 2007.6.30.까지 청구외법인으로부터 340kℓ의 경유를 실지매입하고 쟁점세금계산서를 교부받았다고 주장하며, 그 거래증빙으로 전하전표, 거래은행의 청구법인의 예금계좌 입출금 내역, 유류운반자 내역 및 확인서, 일일거래마감보고서, 매입업체별 매입현황표 등을 제시하고 있는 바, 이하에서 위 청구법인이 제출한 증빙에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점세금계산서, 청구법인이 제출한 출하전표 및 청구법인의 예금계좌에 나타나는 거래내역에 의하면, 쟁점세금계산서및 출하전표 내역과 비교하여 청구법인이 청구외법인에게 입금한 내역이 아래 <표2>와 같이 나타나는 바, 이에 의하면 청구법인이 청구외법인에게 2006.11.2.부터 2007.6.15.까지 쟁점세금계산서 공급대가 353,260천원과 유사한 금액인 353,440천원을 입금한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인의 이 건 이의신청에 대한 처분청의 결정서에 의하면, 청구법인이 청구외법인에게 상기 유류대금조로 입금한 353,440천원이 청구법인에게 반환되었는지 여부는 확인되지 아니한다는 내용이 나타난다.

<표2> 쟁점세금계산서 등 거래내역 및 거래대금 입금현황

                                                            (단위: 천원)

(다) 청구법인은 청구외법인에 입금한 상기 자금에 대하여 그 조달내역을 아래 <표3>과 같이 제시하고 있는 바, 아래 <표3>에 제시된 ‘입금액 조달내역’란에 있어 일자별 입금액 및 잔액은 청구법인의 통장 거래내역에 기재된 바와 동일한 것으로 나타나고 동 입금액 조달내역란 중 입금재원란에 기재된 사항은 상기 청구법인의 통장 거래내역상 ‘적요’란에 기재된 사항이며, 그 세부사항에 대하여는 청구법인이 부가가치세 환급관련 신고서, 이 건 거래 당시 청구법인의 대표자인 최○○의 예금거래명세표등 관련증빙을 제출하고 있다.

<표3> 청구법인이 청구외법인에게 입금한 자금의 조달내역

                                                             (단위: 천원)

(라) 청구법인이 제시한 2006.11.1.부터 2007.6.30.까지의 유류매입․매출관련 일일마감보고서, 세금계산서, 거래명세서, 출하전표, 부가가치세 신고시 매입처별세금계산서합계표 및 매입장 등에 의하면, 위 기간 중 청구법인의 경유 매입 및 매출 현황이 아래 <표4>와 같이 나타난다.

<표4> 청구법인의 경유 매입 및 매출(2006.11.1.~2007.6.30.)

                                                                 (단위:ℓ)

(마) 위 청구법인의 경유 매입 및 매출현황에 의하면, 매입처별 경유매입 현황이 아래 <표5>와 같이 나타나는 바, 청구법인이 총 975kℓ의 경유를 매입하고 923kℓ를 매출하여 2007.6.30. 현재 재고분은 52kℓ으로 되어 있고, 청구외법인으로부터 매입한 물량은 340kℓ로 전체 매입분 (975kℓ)의 34.8% 수준으로 나타나고 있다.

<표5> 청구법인의 매입처별 경유매입 현황(2006.11.1.~2007.6.30.)

                                                               (단위 :kℓ)

(바) 유류 출하전표상 청구외법인으로부터 청구법인에게 경유를 수송하였다는 운반자는 김○○, 양○○, 전○○, 이○○로 나타나는 바, 동 운반자 중 전○○및 양○○의 확인서에 의하면, 2006년 11월부터 2007년 6월까지 청구외법인으로부터 경유수송을 의뢰받아 ○○광역시 또는 ○○도 ○○시에 있는 저유소에서 의뢰받은 경유를 적재하여 청구법인에게 운반한 사실이 있음을 진술하고 있다.

(5) 청구외법인의 부장으로 재직한 천○○이 2008.7.25. ○○지방검찰청 ○○지청에서 진술한 내용에 의하면, 청구외법인은 실제주유소와 무자료 중간도매상을 연결한 부분자료상으로 그 영업형태를 보면, 청구외법인의 실질적인 대표자인 김○○이 무자료 중간도매상으로부터 유류매입처인 주유소명, 수량, 단가 등 정보를 받아 천○○에게 알려주었고, 천○○은 거래처로부터 청구외법인의 예금계좌로 거래대금이 입금된 사실을 확인한 후, 동 입금액을 각 정유회사로부터 매입자료를 수취할 ○○○에너지 예금계좌로 재입금하여 다시 ○○○에너지의 차명계좌로 이체하였으며, 이후 최○○가 차명계좌에 입금된 자금을 현금으로 인출하여 김○○에게 전달 한 후 수송차량을 수배하여 무자료 중간도매상이 알려준 정유회사로부터의 유류매수자의 코드번호를 이용하여 출하받고자 하는 정유사의 출하대로 가서 해당 물량을 적재하여 실제매입자에게 수송하는 방법을 사용하였다는 내용이 나타난다.

(6) 이상의 사실과계 및 관련법령 등을 살피건대, 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인은 2006년 제2기부터 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 중 총 매출액 대비 가공매출액이 99.5%인 자료상혐의자로 관계기관에 고발된 사실이 있고, 위 같은 과세기간 중 유류관련 매입분 역시 99.5%를 가공매입한 것으로 나타나며, 쟁점세금계산서에 대한 처분청의 조사에서 청구법인이 보유하고 있는 출하전표와 고객 코드번호, 전표번호 및 출하전표에 기재된 해당유류의 매입고객이 서로 상이한 것으로 나타나고, 거래대금이 청구외법인의 예금계좌로 입금된 후 청구외법인이 유류를 매입하였다는 정유회사로 송금되지 아니하였으며, 거래대금에 상당하는 금액이 입금 즉시 현금으로 인출된 것으로 조사된 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서상의 유류를 청구외법인으로부터 공급받은 것으로는 보지 아니하므로 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 처분청이 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 그러나, 청구법인은 예금계좌 거래내역에 의하면, 청구법인이 쟁점세금계산서상 공급대가인 353,260천원에 대하여 그 대금조로 353,440천원을 청구외법인의 계좌에 입금한 것으로 나타나고, 동 입금자금에 대한 조달내역이 제시되고 있으며, 이 건에 대한 처분청의 이의신청결정서에 청구법인이 거래대금으로 지급한 353,440천원의 금원이 청구법인에게 반환되었는지 여부가 확인되지 아니한다고 되어 있는 점, 청구법인의 2006.11.1.부터 2007.6.30.까지의 유류 매입․매출관련 일일마감보고서, 세금계산서, 거래명세서, 출하전표, 부가가치세 신고시 제출한 매입처별세금계산서합계표 및 매입장 등에 나타나는 청구법인의 경유거래현황에 의하면, 위 기간중 일자별 거래내역이 상세히 기재되어 있고, 위 제출증빙간 기재내역이 일치하고 있는 것으로 나타나고 있어 그 거래물량 및 재고현황 등에 관하여는 신빙성이 있어 보이는 바, 청구법인은 위 기간동안 경유를 총 975kℓ를 매입하여 923kℓ를 매출하고 2007.6.30. 현재 52kℓ를 보유한 것으로 나타나 전체 거래물량의 34.8%를 차지하는 쟁점세금계산서상 물량을 부인하는 경우 동 거래물량의 흐름이 불일치하는 것으로 나타나는 점, 청구외법인의 부장으로 재직한 천○○의 검찰진술서에 의하면, 청구외법인이 실제로 유류를 매입하는 주유소와 무자료 중간도매상을 연결하는 부분자료상이기는 하나, 정유회사로부터 유류를 매입하고자 하는 주유소 등의 코드번호를 이용하여 출하받고자 하는 정유회사의 출하대로 가서 해당 물량을 적재하여 실제매입자에게 수송하였다는 내용이 나타나는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서상 공급자가 실제와 다르다 하더라도 청구법인이 쟁점세금계산서 상당의 유류를 실제 공급받은 것으로 보여지므로 처분청이 쟁점세금계산서상 공급가액 상당액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 그 공급대가에 대하여 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동 통지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.