주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2006. 8. 9. 원고에게 한 양도소득세 399,475,810원 및 주민세 39,947,580원의 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2001. 5. 21. 소외 김○○에게 원고 소유의 서울 ○○구 ○○동 430-○○ 대 845㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상의 지하 1층, 지상 5층의 철근콘크리트조 평슬래브지붕 연면적 2,078.28㎡(624평)의 근린생활시설 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 매매대금 1,700,000,000원에 양도하였다.

나. 원고는 그 무렵 위 양도에 따른 양도소득과세표준 예상신고를 하면서 당초 이 사건 토지 및 건물의 취득 및 양도가액을 모두 기준시가 방법에 의하여 신고를 하였다가 예정신고기간 내인 2001. 7. 31. 다시 이 사건 토지는 기준시가 방법으로 양도가액 1,047,800,000원, 취득가액 139,090,390원, 이 사건 건물은 실지거래가액 방법으로 양도가액 656,261,224원, 취득가액 1,148,800,000원으로 하여 이 사건 토지 및 건물 전체의 양도가액을 1,704,061,224원, 취득가액을 1,287,890,390원으로 하고, 기타 필요경비 29,840,019원을 차감하여 계산한 이 사건 토지 및 건물의 양도차익 386,330,815원에 장기보유특별공제 245,789,979원과 양도소득 기본공제 2,500,000원을 공제한 138,040,836원을 과세표준액으로 하여 최종 양도소득세를 46,216,334원으로 산출한 다음, 예정신고 납부세액 6,932,450원을 공제한 양도소득세 39,283,880원 및 주민세 3,928,380원을 자진 신고 납부하였다.

다. 이에 피고가 2001. 9. 4.경 위 예정신고 결과에 대하여 예정신고 상의 양도가액을 1,706,614,760원, 장기보유특별공제액을 247,638,683원, 기타 필요경비를 22,779,435원으로, 예정신고 납부세액을 7,398,375원으로 수정하고, 그에 따라 양도소득세를 49,322,500원으로 산출하여 경정결정하자, 원고는 그 차액금 2,640,245원을 추가 납부하였다.

라. 그런데 피고는 2006. 8. 9. 원고에 대하여, 원고가 신고한 이 사건 건물의 실지 취득가액 1,148,800,000원을 부인하고, 기준시가 따른 608,744,837원을 건물 취득가액(기준시가에 의한 건물 양도가액 658,814,760원, 양도차익 31,807,583원)으로 보아 이 사건 토지 및 건물 전체의 양도가액을 1,706,614,760원, 취득가액을 747,835,228원으로 하고 여기에 기타 필요경비, 장기보유특별공제 및 양도소득 기본공제를 하여 산정한 681,434,662원을 과세표준액으로 하여 이 사건 토지 및 건물의 양도소득세를 263,573,864원으로 산출한 후, 예정신고 납부세액 6,932,450원을 공제한 256,641,414원을 결정세액으로 하여 여기에 다시 신고불성실을 이유로 한 가산세 20,641,979원, 납부불성실을 이유로 한 가산세 157,817,207원을 가산한 다음 기납부 세액을 공제하여 산출한 2001년도 귀속 양도소득세 399,475,810원 및 주민세 39,947,580원을 추가로 증액 경정하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 포함), 을 제1호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 1992. 7. 13.경 건축업자인 조○○와 사이에 원고 소유의 이 사건 토지 위에 이 사건 건물을 평당 건축비 175만 원에 신축하기로 하되, 우선 조○○가 공사비 및 설계비 등 부대비용을 부담하여 공사를 완공하고, 대신 완공된 건물의 임대권한을 공사비 완불시까지 조○○가 갖고 임대보증금과 임료 등으로 공사대금에 충당하기로 하는 건축공사도급계약을 체결하고, 위 계약에 따라 1993. 3. 2. 조○○에게 임대보증금으로 4억 6,000만 원을 지급한 것을 비롯하여 수시로 수금되는 월 임료 및 임대보증금으로 공사대금에 변제충당하여 오다가 2001. 6. 5. 나머지 3억 6,300만 원을 조○○의 통장으로 입금하여 위 도급계약에 따른 공사대금 및 추가공사대금 합계 11억 원과 설계비 등 부대비용 4,880만 원을 모두 지급함으로써 이 사건 건물의 실지 취득가액이 11억 4,880만 원에 이름에도 원고가 이 사건 건물의 실지 취득가액을 부인하고 기준시가를 기준으로 이 사건 토지 및 건물에 대한 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 부적법하다.

나. 관련법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판 단

그러므로 과연 이 사건 건물의 실지 취득가액이 원고의 주장과 같이 11억 4,880만 원인지 여부에 관하여 보건대, 이에 부합하는 듯한 갑 제4호증의 각 1, 2, 갑 제8호증의 1 내지 8의 각 기재와 증인 조○○의 증언 및 원고 본인신문결과는 그 서증에 기재된 작성일자와 실제 작성일자와 일치하지 않고 그 진술자가 원고 본인 또는 원고와 인척관계에 있거나 아래에서 인정되는 사정에 비추어 믿기 어렵고, 갑 제4호증의 3, 갑 제5, 6호증의 각 1 내지 3, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 9, 갑 제10 내지 13호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 갑 제1호증, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 3, 갑 제9호증의 5, 을 제1 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 조○○는 원고와 고종사촌 관계로 일반 건설업 면허 없이 1992. 11.경부터 1993. 6.경까지 이 사건 건물과 함께 인근에 있는 원고의 누이인 손○○의 건물과 원고의 조카인 손○○의 건물을 함께 건축하였다가 건설업법위반죄으로 처벌받았는데, 이 사건 건물 등이 준공된 후 원고 및 손○○, 손○○이 종합소득 과세신고를 하면서 제출한 대차대조표상의 취득가액은 이 사건 건물이 488,198,166원, 손○○의 건물이 171,592,946원, 손○○의 건물이 619,875,787원으로 되어 있어 위 3개동 건물의 장부상가액 합계액이 1,279,666,899원으로 원고가 주장하는 이 사건 건물의 실지 취득가액 1,148,000,000원과 근접하고 있는 점, ② 원고는 이 사건 건물에 대한 취득세 과세표준신고를 하면서 과세표준액을 478,625,653원으로 하여 그에 따른 취득세 9,572,513원을 납부하였는데, 위 과세표준액과 취득세액의 합계액이 위 대차대조표상의 취득가액과 일치하고 있는 점, ③ 이 사건 건물의 신축 전인 1992년에 한국감정원이 발간한 평당 건물 신축표준단가를 적용하여 이 사건 건물의 평당 신축비용을 산정하여 보더라도 평당 건축비가 889,000원(5급)에서 1,308,000원(1급)인데, 여기에 원고와 조○○의 관계, 이 사건 건물이 무면허업자에 의하여 건축된 점 등에 비추어 보면 원고가 주장하는 평당 건축비 1,750,000원이 당시의 일반적인 평당 건축비에 비추어 부당히 과다하다고 보이는 점, ④ 원고는 당초 이 사건 토지 및 건물에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 토지와 건물의 양도 및 취득가액을 모두 기준시가로 신고하였다가 다시 이 사건 건물의 양도 및 취득가액을 실지 거래가액으로 하겠다고 수정 신고하였는데, 원고가 제출한 공사대금 영수증(감 제8호증의 5 내지 8) 등이 실제 공사대금의 지급일자에 작성된 것이 아니라 그 이후 소급하여 작성된 것으로 보이는 점, ⑤ 원고의 주장과 같이 공사대금 중의 일부를 월임료로 충당, 지급하였다고 할 경우 이 사건 건물의 취득 후 양도시까지 이 사건 건물에 대한 임대소득에 대한 부가가치세 등을 신고하지 아니하고 탈루한 것으로 되는 점, ⑥ 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약서상의 매매대금은 토지와 건물의 구분이 없이 일괄적으로 정해져 있어 그 중 이 사건 건물의 실지 양도가액 자체도 특정하기 어려울 뿐만 아니라 기준시가로 한 이 사건 토지의 양도가액과 취득가액의 차액이 908,709,610원(1,047,800,000원 - 139,090,390원), 이 사건 건물의 양도가액과 취득가액의 차액이 31,807,583원(608,744,837원 - 658,814,760원)에 이름에도 원고가 주장하는 실지 거래가액으로 한 이 사건 건물의 양도차익은 오히려 결손금 492,538,776원(656,261,224원 - 1,148,800,000원)으로 취득가액에 비하여 양도가액이 부당하게 과소하게 되어 일반인의 통념상 선뜻 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 건물의 실제 취득가액은 위 대차대조표상의 488,198,166원 상당이거나 실지 취득가액을 산정할 수 없는 경우에 해당한다고 할 것이다.

따라서 피고가 이 사건 토지 및 건물에 대한 양도소득세를 산정함에 있어 이 사건 건물의 양도 및 취득가액을 이 사건 토지와 같이 기준시가로 보아 이 사건 토지 및 건물의 양도에 따른 원고의 2001년 귀속 양도소득세를 산정하여 증액 경정한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.