주 문

1.원고의 청구를 기각한다.

2.소송비용은 원고의 부담으로 한다.

청구취지

피고가 2009. 2. 6. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 419,262,930원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1.처분의 경위

가. 원고는 1989. 10. 30. 소외 윤AA로부터 ○○ ○○구 ○○동 37-10 대 285.3㎡ (이하, ’이 사건 제1 대지’라 한다) 및 그 지상 건물 109.02㎡(이하, ’이 사건 제1 구 건 물’이라 하고, 이를 이 사건 제1 대지와 합쳐 ’이 사건 제1 부동산’이라 한다)를, 같은 날 소외 김BB과 공동(각 1/2 지분)으로 소외 김DD로부터 ○○ ○○구 ○○동 37-11 대 282.3㎡(이하, ’이 사건 제2 대지’라 한다) 및 그 지상 건물 108.8㎡(이하, ’이 사건 제2 구 건물’이라 하고, 이를 이 사건 제2 대지와 합쳐 ’이 사건 제2 부동산’이라 한다)을 취득하였다.

나. 원고와 소외 김BB은 그 후 이 사건 제1, 2 구 건물을 각 철거하고, 공동으로 건축허가를 받아 1991. 8. 16. 이 사건 제1, 2 대지 지상에 지하 1층, 지상 6층 건물 2,005.5㎡(이하, ’이 사건 건물’이라 하고, 이를 이 사건 제1, 2 대지와 합쳐서 이 사건 부동산이라 한다)를 신축하여 보유(원고 9/10 지분, 김BB 1/10 지분)하다가 2006. 4. 28. 소외 주식회사 ◇◇◇컴에게 4,500,000,000원에 양도하였다.

다. 원고는 그 후 2006. 6. 30. 이 사건 부동산의 양도에 관한 실지 거래가액에의 한 양도가액을 4,500,000,000원, 취득가액 및 기타 필요경비를 4,100,000,000원{이 사건 제1, 2 부동산 취득가액 합계 1,590,000,000원(이 사건 제1 부동산 815,000,000원, 이 사건 제2 부동산 775,000,000원), 이 사건 건물 신축비용 1,600,000,000원, 이 사건 건 물 리모델링 공사비용 900,000,000원, 기타 필요경비 10,000,000원}으로 하고 1세대 1 주택 비과세 부분을 양도가액에서 제외하여 안분계산 한 결과 양도차익이 부(-)가 되어 납부할 양도소득세가 없다는 취지의 양도소득세 예정신고를 하였다.

라. 피고는 그 후 ○○지방국세청장의 세무조사결과 통지에 따라 이 사건 부동산의 양도가액은 4,500,000,000원으로 인정하되, 취득가액 및 기타 필요경비 중 이 사건 제 1, 2 대지의 취득가액은 불분명하고 이 사건 건물의 신축 및 리모델링 비용은 이를 인 정할 자료가 없다는 이유로 위 각 대지의 취득가액은 기준시가 환산금액인 합계 1,179,000,000원으로, 이 사건 건물의 신축비용은 1995년 종합소득세 신고 당시 세무서에 제출한 대차대조표 상의 건물가액 909,000,000원에 감가상각액을 역산하여 합한 1,039,000,000원으로 각기 인정하고, 리모델링 비용은 이를 배제한 후 고가주택의 1세 대 1주택 양도로 인정하여 2009. 2. 6. 원고에게 그에 따른 양도소득세 419,262,930원 을 2006년 귀속분으로 경정 ․ 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8, 10, 13호증, 을 제1 내지 3호증, 을 제8호증 의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 요지

(1)원고는 2006. 4. 28. 소외 주식회사 ◇◇◇컴에게 이 사건 부동산을 4,500,000,000원에 양도할 당시 이 사건 제1, 2 대지는 합계 2,500,000,000원에, 이 사건 건물은 2,000,000,000원에 양도하기로 하였음에도 피고가 위와 같은 대지 및 건물의 실지 거래가액을 인정하지 아니하고 추계조사의 방법에 따라 이 사건 부동산을 구성하는 이 사건 제1, 2 대지와 이 사건 건물의 실지 양도가액을 위 각 부동산들의 기준시가 합계액에서 위 각 부동산들의 기준시가가 차지하는 비율에 의하여 안분계산 한 금액을 기준으로 산정한 것은 위법하다.

(2) 원고는 ’◇◇◇업’이라는 상호로 석재도매업을 하는 사람으로서 사무실 및 석재 전시장을 설치하기 위하여 소외 김BB과 공동으로 1989. 10. 30. 소외 윤AA로부터 이 사건 제1 부동산을 820,000,000원에, 같은 날 소외 김DD로부터 이 사건 제2 부동산을 815,000,000원(매매 대금 775,000,000원 + 추가비용 40,000,000원)에 각기 1/2 지분씩 취득하였고, 당시 위 각 부동산을 취득한 후 구 건물들을 즉시 철거하고 새로 운 건물을 신축할 예정이었으므로, 원고가 위 제1, 2 부동산을 취득하기 위하여 지출한 매매대금 등 합계 1,635,000,000원은 모두 이 사건 제1, 2 대지의 취득가액으로 인정되어야한다.

(3) 원고는 소외 김BB과 공동으로 이 사건 제1, 2 부동산을 취득한 후 소외 □□ 개발 주식회사에게 공사대금 1,600,000,000원에 이 사건 제1, 2 구 건물들의 철거와 이 사건 건물의 신축공사를 도급하였으므로, 이 사건 건물의 신축비용 1,600,000,000원은 취득가액으로 인정되어야 한다.

(4) 원고는 소외 김BB과 공동으로 이 사건 건물을 선축한 후 석재 전시장 및 보관창고 등으로 사용하였으나, 이웃 주민의 민원으로 인해 1995. 8.경 소외 주식회사 △△건설에게 공사대금 900,000,000원에 지하를 원룸으로, 1, 2층 전시장을 사무실로 개축하고, 6층 주택의 내부구조를 변경하고, 7층 62.4㎡(주택 40.6㎡)를 증축하는 리모델링 공사를 도급하였으므로, 이 사건 건물의 리모델링 비용 900,000,000원은 기타 필요 경비인 자본적 지출액으로 인정되어야 한다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부동산의 실지 양도가액 및 실지 취득가액

(가) 실지 거래가액에 관한 일반론

구 소득세법(2006. 3. 3. 법률 제7873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항, 제96조 제1항, 제97조 제1항 제1호 가.목 본문 및 나.목, 제100조 제1항, 제114 조 제5항에 의하면, 부동산의 양도차익을 산정함에 있어 양도가액과 취득가액을 기준 시가에 의하되, 다만, 실지 거래가액에 의하여 양도소득세를 신고하는 경우 등에는 예외적으로 실지 거래가액을 기준으로 양도가액 등을 산정하여야 하고, 이 경우 취득 당시의 실지 거래가액을 확인할 수 없을 때에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정 가액 또는 환산가액을 순차로 적용하여 산출한 금액을 취득가액으로 할 수 있으며, 나아가, 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지 취득가액은 거래 당시 양수인이 자산을 양수하고 그 대가로 지급한 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이므로, 실지 거래가액에 관한 증빙서류로서 취득에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서 및 인감증명서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정 이 없는 한, 위 매매계약서상의 실지 거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 과세관청이 이를 입증하여야 한다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결, 대법원 1997. 6. 27. 선고 96누5810 판결 등 참조).

(나) 이 사건 부동산을 구성하는 이 사건 제1, 2 부동산 및 이 사건 건물의 실지 양도가액을 환산가액으로 산정한 것이 적법한지 여부(즉 이 사건 제1, 2 부동산 및 이 사건 건물의 실지 양도가액들이 각각 25억 원 및 20억 원인지 여부)

1) 그러므로 원고가 주장하는 바와 같이 2006. 4. 28. 소외 주식회사 ◇◇◇컴에게 이 사건 부동산을 4,500,000,000원에 양도할 당시 이 사건 제1, 2 대지는 합계 2,500,000,000원에, 이 사건 건물은 2,000,000,000원에 양도하기로 하였는지 여부에 대하여 살피건대, 갑 제2호증의 기재에 의하면, 원고가 2006. 3. 8. 소외 주식회사 ◇◇◇컴에게 이 사건 부동산을 4,500,000,000원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결할 당시 특약사항 제1항으로 토지 대금을 25억 원으로, 건물 대금을 20억 원으로 한다는 내용이 부동산매매계약서에 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 다른 한편, 갑 제13호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, 이 사건 부동산의 양도 당시 이 사건 제1, 2 대지를 합계 2,500,000,000원으로, 이 사건 건물을 2,000,000,000원으로 각 평가하게 된 구체적 근거가 제시되지 아니하였다는 점, 이 사건 부동산의 양도가 이루어진 2006년도 이 사건 제1, 2 대지의 개별공시지가 는 모두 1㎡당 4,300,000원으로서 위 각 대지의 공시지가는 합계 2,440,680,000원{이 사건 제1 대지의 공시지가 1,226,790,000원(285.3 ㎡ x4,300,000원) + 이 사건 제2 대지의 공시지가 1,213,890,000원(282.3㎡X4,300,000원)}이나, 통상 공시지가가 시가보다 상당히 낮다는 점을 고려해 보면 이 사건 부동산의 양도 시점에 이 사건 제1, 2 대지의 시가 합계는 25억 원을 훨씬 상회하였을 것으로 보이는 점, 원고는 이 사건 건물의 신축비용이 16억 원이고, 리모델링 비용이 9억 원에 달한다고 주장하나, 아래 (2), (3)항에서 보는 바와 같이 이를 인정할 자료가 없거나 부족하고, 특히 이 사건 건물의 신축은 1991.경에, 리모델링은 1995.경에 각각 이루어졌으므로, 가사 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 건물의 신축비용과 리모델링 비용으로 합계 25억 원을 지출하였더라도 그 각 시점으로부터 양도시점까지는 길게는 15년에서 짧게는 11년 정도가 경과하여 그 기간 동안의 감가상각을 고려해 보면 2006년 양도 당시의 이 사건 건물의 시가는 20억 원을 훨씬 하회하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고 제출의 위 갑 제2호증(부동산매매계약서)의 특약사항 제1항은 쉽사리 신빙하기 어렵고, 달리 위와 같은 원고 주장을 인정할 증거가 없다.

2) 그런데, 구 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령(2006. 4. 28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령 (2006. 4. 28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조의2 제4항 단서 및 같은 항 제1호에 의하면, 구 소득세법 제100조 제2항에 의하여 실지 거래가액 에 의한 양도차익(양도가액, 취득가액)을 산정함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구 분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 및 같은 항 제1호 의 규정에 따라 양도계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 하도록 규정하고 있으므로, 이 사건에서와 같이 토지와 건물이 합쳐진 이 사건 부동산을 45억 원에 포괄적으로 양도하는 경우 그에 포함된 이 사건 제1, 2 대지와 이 사건 건물의 실지 양도가액은 위 각 부동산들의 기준시가 합계액에서 그 각 부동산의 기준 시가가 차지하는 비율에 의하여 안분계산한 금액을 기준으로 산정하여야 할 것이므로, 이와 결론을 같이하여 이 사건 제1, 2 대지와 이 사건 건물의 실지 양도가액을 산정한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

(다) 이 사건 제1, 2 부동산의 실지 취득가액이 합계 1,635,000,000원인지 여부

1) 그러므로 원고가 소외 김BB과 공동으로 1989. 10. 30. 소외 윤AA로부터 이 사건 제1부동산을 820,000,000원에, 같은 날 소외 김DD로부터 이 사건 제2부동산을 815,000,000원(매매대금 775,000,000원 + 추가비용 40,000,000원)에 각기 1/2 지분씩 취득하였는지 여부에 대하여 살피건대, 이에 부합하는 증거들로는 원고가 실지 취득가액에 관한 증빙서류로 제출한 각 부동산매매계약서 및 영수증(갑 제3호증의 1, 2, 3)이 있으나, 갑 제13호증, 을 제4 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ○○지방국세청장에 의한 세무조사 과정에서 이 사건 제1, 2 부동산의 전 소유자인 윤AA, 김DD가 위 각 매매계약서의 존재를 부 인하고, 윤AA는 매매대금이 4억 원 정도에 불과하다고 하였으며, 김DD는 매매대금 이 375,000,000원인 매매계약서(을 제7호증)를 제출하였다는 점, 위와 같은 윤AA의 사실확인서(을 제5호증)에 관하여 원고가 ○○ ○○경찰서에 윤AA를 사문서위조 혐의로 고소하였으나 혐의 없음 통지를 받은 점, 이 사건 제1, 2 부동산의 매매대금이 820,000,000원 및 815,000,000원이고 실제 지급이 이루어졌음을 인정할 객관적인 금융 자료가 전혀 없다는 점 등에 비추어 보면, 위 각 서증들(매매계약서 및 영수증)의 기재 내용은 쉽사리 믿기 어렵고, 달리 원고가 주장하는 바와 같은 위 각 부동산의 매매대 금 액수를 인정할 증거가 없다.

2) 따라서 원고가 이 사건 제1, 2 부동산의 취득가액으로 주장하는 820,000,000 원 및 815,000,000원은 설지 거래가액으로 확인되지 않는다고 할 것이므로, 이 사건 제1, 2 부동산의 취득가액을 산정함에 있어 기준이 될 만한 매매사례가액, 감정가액이 없는 이 사건에 있어서, 그 각 취득가액은 위 구 소득세법 제114조 제5항 및 구 소득세법 시행령(2006. 4. 28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176 조의2 제2항 제2호에 의하여 환산한 가액을 적용하여야 할 것이어서, 위와 같은 환산 취득가액에 의하여 양도차익 및 양도소득세액을 산출한 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 그러므로 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 이 사건 건물의 신축공사 비용이 1,600,000,000원인지 여부

(가) 양도소득세 과세표준을 포함한 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고, 과세표준은 양도가액에서 필요경비를 공제한 것이므로, 필요경비의 입증