주문

○○세무서장이 2009.11.4. 청구인에게 한 2002년 귀속 양도소득세 2,671,590원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유

1. 처분개요

가. 청구인은 코스닥상장기업인 주식회사 스○○스(구 가○○스, 이하 “스○○스”라 한다)의 주주이며 스○○스의 100% 출자 자회사인 주식회사 오○(이하 “오○”이라 한다)의 임원으로서 2002.2.21. 및 2002.3.5. 취득한 스○○스의 주식 31,587주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2002.3.12.부터 2002.3.20.까지의 기간 중에 양도하고 양도소득세 과세대상이 아닌 것으로 판단하여 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점주식의 양도가 주권상장법인의 대주주가 양도한 것에 해당하는 것으로 보아 2009.11.4. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 2,671,590원을 결정 ․ 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일인 2001.12.31. 현재 쟁점주식 지분율은 0,44%에 불과하고 스○○스의 대주주인 황○○(지분율 34%)와는 친족 기타 특수관계에 있지 아니하여 대주주 요건에 해당하지 않으므로 쟁점주식의 양도는 양도소득세 과세대상이 아니다.

나. 처분청 의견

단순히 스○○스의 출자회사의 임원이라 하여 과세한 것이 아니라 스○○스가 금융감독위원회에 주식 등의 대량보유(변동)보고서상 최대주주 및 특수관계자의 보유주식을 보고한 공문서에 의거하여 과세한 것으로서 최대주주 및 특수관계자에 해당하므로 이에 대한 양도소득세 과세는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

코스닥상장법인의 주주인 청구인이 당해 회사가 100% 출자한 자회사의 임원인 경우 주식양도 시 대주주 및 기타주주 요건에 해당하는 지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000.12.29. 개정)

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000.12.29. 개정)

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율 ․ 시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2000.12.29. 개정)

주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 “협회중개시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2000.12.29. 개정)

(2) 소득세법 시행령 제157조【대주주의 범위】(2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것)

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령이 정하는 대주주”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다. (2000.12.29. 개정)

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서“주식 등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서“기타 주주”라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 가타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3 에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 떼에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다. (2000.12.29. 개정)

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주 (1999.12.31. 개정)

(3) 국세기본법 시행령 제20조【친족 기타 특수관계인의 범위】

법 제39조 제2항에서 “대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다. (1994.12.31. 개정)

9. 사용인 기타 고용관계에 있는 자

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 2002년 귀속 양도소득세결의서 및 주식 등의 대량보유(변동)보고서(2002.8.6.)를 보면, 처분청은 청구인이 코스닥상장기업인 스○○스의 주주이며 스○○스의 100% 출자 자회사인 오○의 임원으로서 2002.2.21. 및 2002.3.5. 유상증자 참여로 취득한 스○○스의 주식 31,587주를 2002.3.8.부터 2002.3.18.까지의 기간 중에 장내 매도한 것에 대하여 청구인을 대주주 및 기타주주에 해당한다고 보아 양도가액을 68,787,420원(31,587주x@2,176원)으로 취득가액을 54,000,000원(31,587x@1,710)로 하여 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다.

또한 주식 등의 대량보유(변동)보고서(보고의무발생일 2001.8.13., 보고일 2002.5.20.)를 보면, 2002.5.20. 스○○스의 대표이사 황○○는 개인 자금 확보를 위해 장내매도, 특별관계자전환사채인수 및 스톡옵션부여를 사유로 금융감독위원회, 한국증권거래소 및 한국증권업협회에 주식 등의 대량보유(변동)보고서를 제출한 것으로 2001.6.1. 현재 황○○외 4인이 1,520,508주를 보유하여 주권의 비율이 56.93%이고, 2002.5.20.에는 황○○외 16인(청구인 포함)이 9,616,864주를 보유하여 주권의 비율이 33.83%로, 청구인은 황○○와의 관계가 “기타”로, 발행회사외의 관계가 “출자회사의 이사”로, 의결권 있는 주식 28,429,878주 중 83,626주로 주권의 비율이 0.28%로 각각 나타나며, 청구인의 주식변동상황은 아래 <표>와 같이 기재되어 있다.

<표> 청구인의 주식변동 상황

(2) 이에 대하여 청구인은 청구인의 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 종료일인 2001.12.31. 현재 쟁점주식 지분율은 0.44%(총 발행주식수 14,579,425주, 청구인 보유주식수 63,625주)에 불과하고 스○○스의 대주주인 황○○(지분율 34%)와는 친족 기타 특수관계에 있는 자에 해당하지 아니하여 대주주 요건에 해당하지 않으므로 쟁점주식의 양도는 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장한다.

(3) 위 관련 법령과 사실관계를 종합하여 보면, 주식양도시 양도소득세 과세대상이 되는 대주주의 범위는「소득세법 시행령」제157조와「국세기본법 시행령」제20조의 규정에 의하여 판단하여야 하는 것으로서 스○○스가 금융감독위원회에 제출한 주식 등의 대량보유(변동)보고서상 최대주주 및 특수관계자의 범위는 양도소득세 과세대상의 판정과는 직접적인 관련이 없는 것으로 보이며, 청구인은 청구인의 쟁점주식의 양도일이 속하는 직전 사업연도의 종료일인 2001.12.31. 현재 쟁점주식 지분율이 0.44%에 불과하고, 스○○스의 특정주주 황○○와는 고용관계에 있지 아니한 점에서 특수관계가 아니며, 직전 사업연도 종료일인 2001.12.31. 및 주식양도일(2002.3.12.부터 2002.3.20.까지의 기간) 현재 스○○스와도 고용관계가 없어 대주주 요건에 해당하지 아니므로 처분청이 청구인에게 한 양도소득세 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.