주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속분 양도소득세 64,693,430원의 부과 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 12. 26. 이AA으로부터 군포시 산본동 119 한양백두아파트 995-130l(이하 ‘이 사건 아파트’)를 취득한 뒤, 2003. 12. 10. 염BB에게 이를 387,000,000원에 양도하면서 자신이 1주택자이고 위 양도에 소득세법 제89조 제3호에 따른 1과세 1주택 비과세 규정이 적용된다고 판단하면서 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 그런데, 사실 원고는 1999. 12. 6. 군포시장에게 임대주택법에 따른 임대사업자등록을, 2000. 1. 5. 피고에게 소득세법에 따른 주택임대 사업자등록을 각 마치고, 이 사건 양도 당시 다음과 같이 총 3호의 임대아파트(이하 순번대로 ‘1, 2, 3번 아파트‘)를 보유하면서 주택임대사업을 영위하고 있었다.

다. 피고는 2008. 7.경 원고에 대한 양도소득세를 조사한 후, 위 3번 아파트만이 조세특례제한법(이하 ‘조특법’) 제97조의2 제1항, 제2항에 따라 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택수에서 제외되는 임대주택에 해당한다는 이유로 원고를 1세대 3주택 (이 사건 주택과 1, 2번 아파트)자로 보아, 소득세법 제89조에 따른 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하고 ‘양도가액을 실지거래가액 387,000,000원, 취득가액을 실지거래가액 215,598,751원(환산가액)’으로 계산하여, 2009. 10. 1. 원고에게 2003년 귀속분 양도소득세 64,693,430원을 결정ㆍ고지(선고불성실가산세 3,841,424원, 납부불성실가산세 22,437,762원 각 포함, 이하 ‘이 사건 처분’)하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2010. 3. 11. 이를 기각하는 결정을 받았고, 2010. 5. 3. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실 갑 제1 내지 4호증 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 조특법 제97조의2 제2항에 따라 준용되는 조특법 제97조 제2항에 따르면, 임대주택은 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택 비과세 판정시 주택수에서 제외되는데, 그 비과세 여부를 판정함에 있어 임대주택은 조특볍 제97조의2 제1항을 충족하지 않아도 된다. 따라서, 원고 보유의 임대아파트가 조특법 제97조의2 제2항에 따라 1세대 1주택 비과세 판정시 주택수에서 제외된다.

② 원고는 1999. 11. 12. 개정된 임대주택법 시행령 제6조 제1항에 따라 임대사업자의 범위 및 등록기준이 5호 이상 주택 소유요건에서 2호 이상 소유 요건으로 완화된 시점에 임대사업자로 등록하였으므로, 이 사건 처분은 신뢰보호에 반한다.

③ 설령 이 사건 처분 중 본세 부분에 관하여 원고 주장이 이유 없더라도, 신고불성실 가산세나 납부불성실 가산세 부분은 위법하다.

나. 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) ① 주장에 대하여

(가) 우선 원고 보유의 임대주택은 총 3호로서 5호 이상의 임대주택을 보유한 경우 적용되는 조특법 제97조는 이 사건 양도에 적용되지 않는다(조특법 시행령 제97조 제1항).

(나) 그 다음 조특법 제97조의2 제1항 제2항을 종합하면 원고와 같은 임대사업자가 보유한 임대주택이 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에서 제외되려면, 조특법 제97조의2 제1항에 따른 ‘신축임대주택’에 해당해야 한다. 그리고 신축임대주택 중 건설임대주택이란, ① 1999. 8. 20. 이후 신축되거나 ② 1999. 8. 19. 이전 신축되고 1999. 8. 20. 현재 입주사실이 없는 공동주택으로서 최초 취득하여야 하고, 매입임대주택이란, ① 1999. 8. 20. 이 후 신축되거나 ② 1999. 8. 19. 이전 신축되고 1999. 8. 20. 현재 입주사실이 없는 공동주택으로서, 1999. 8. 20. 이후 취득하고 임대를 개시하였고 취득 당시 입주된 사실이 없는 주택이다. 그런데, 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 적법하다.

① 1번 아파트는 원고가 최초 취득한 경우가 아니어서 매입임대주택인데 그 취득 시기가 1994. 12. 14.로서 1999. 8. 20. 이전이므로 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에 포함된다.

② 2번 아파트는 원고가 2001. 6. 9. 취득하여 매입임대주택인데, 갑 제2호증의 기재에 의하면 1993. 7. 23. 신축되었으나 전 소유자 이AA의 주민등록기간(1993. 7. 1.부터 2001. 5. 21.)에 비추어 1999. 8. 20. 당시 주택에 입주사실이 있어서, 1세대 1 주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에 포함된다.

③ 3번 아파트는 취득일이 2000. 12. 22.이어서 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에 포함되지 않는다.

(2) ② 주장에 대하여

살피건대, 조특법과 임대주택법은 입법목적 및 그 적용범위에 차이가 있으므로 한 쪽의 개정취지가 당연히 다른 쪽에 적용될 수 없고, 조특법 제3조가 정한 조세특례를 둘 수 있는 법에 임대주택법은 열거되어 있지 아니한 점 등에 비추어 보면, 원고 주장의 사정만으로는 피고가 원고 보유의 총 3호 아파트에 관하여 1세대 1주택 판정시 보유주택에서 제외하리라는 신뢰를 갖게 하였다고 보기 어려우므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) ③ 주장에 대하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결).

살피건대, 가산세는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실을 요하지 아니하고 법령의 부지나 오인은 그 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.