주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 ○○○ 소재 토지 3,496.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 분양받아 쟁점토지 중 약 400평의 토지는 2003년 6월 ○○○ 한다)에게, 약 600평의 토지는 2003.9.15. ○○○에게 임대하기로 임대차계약을 체결하고 임차인 ○○○ 쟁점토지 위에 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하고 2004.7.15. 청구인 명의로 소유권보존등기를 하였다.

나. 처분청은 쟁점건물의 소유권보존등기가 청구인 명의로 되었다 하여 쟁점건물의 건축비를 선수임대료로 보아 2009.12.8. 청구인에게 2004년 제2기 부가가치세 9,895,950원, 2005년 제1기 부가가치세 9,566,550원, 2005년 제2기 부가가치세 9,231,690원, 2006년 제1기 부가가치세 8,902,290원, 2006년 제2기 8,567,430원, 2007년 제1기 8,238,030원, 2007년 제2기 부가가치세 9,903,170원, 2008년 제1기 7,571,950원, 2008년 제2기 7,237,090원, 2009년 제1기 부가가치세 1,151,220원, 합계 78,265,370원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.11. 이의신청을 거쳐 2010.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점건물이 샌드위치 판넬구조와 일부 천막지붕으로 되어 있어 내용연수가 40년 이상 계속 사용가능한 건물로 보기는 어렵고, 쟁점건물 부지에 초지동노인복지주택을 건립하기로 허가받은 상태로 단기간에 철거가 예정되어 있으며, 쟁점토지에 대한 임대료를 적게 받지 아니하였으며, 임차인인 ○○○ 각각 자기의 책임과 계산하에 신축하여 사용한 후 임대기간 만료나 계약 해지시 임차인 자신의 비용으로 철거하도록 약정하였으므로 쟁점건물의 신축비를 청구인의 임대에 따른 선수임대료로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점건물의 소유권은 완공시점부터 청구인 명의로 소유권보존등기가 되었고, 계약기간 종료시점에 쟁점건물이 철거된 사실이 없으며 추후 임대기간을 연장하는 계약을 하고 임차인인 ○○○ 계속하여 사용하고 있는 사실이 확인되므로 임차인들이 부담한 쟁점건물의 신축비는 쟁점토지 임대에 따른 선수임대료로 보아 임대기간으로 안분하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

타인 소유의 토지에 임차인 부담으로 건물을 신축한 후 건물 소유권에 대해 토지 소유자의 명의로 보존등기한 후 임차인이 사용·수익하는 경우 해당 건물가액을 용역의 공급대가(선수임대료)로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)

제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

(2) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것)

제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

제48조【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

제49조의2【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】④ 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법시행령 제51조 제2항의 규정을 준용한다

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면, 처분청은 청구인이 2003년 6월 및 9월에 쟁점토지를 임대하고 임차인들이 신축한 쟁점건물의 소유권을 2004.7.15. 보존등기한데 대하여 쟁점건물의 신축비용인 672백만원을 2004년 제1기부터 2009년 제1기까지의 부가가치세 과세기간동안 임대계약기간 5년간의 선수임대료로 보아 부과제척기간이 만료된 2004년 제1기분을 제외하고 각 과세기간별로 안분하여 수입누락액을 산정하여 이 건 과세처분한 사실이 나타난다.

(2) 처분청이 임차인 ○○○ 대하여 확인한 내용은 아래와 같다.

(가) 청구인이 ○○○ 쟁점토지를 분양받아 소유권이전등기 전에 ○○○ 체결한 부동산임대계약서(2003년 6월)에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 2003.8.15.부터 2008.8.14.까지 5년간 보증금 5억원에 임대차계약을 하고, 쟁점토지 지상에 ○○○ 쟁점건물을 신축하는 것에 동의하며, 임대기간 만료 후에는 원상복구 후 청구인에게 명도하기로 약정한 사실이 확인된다.

(나) 청구인이 ○○○ 체결한 합의서(2003.9.1.)에 의하면, 임대차기간을 건축물 사용승인일(2004.2.13.)로부터 60개월로 변경하고, 쟁점건물의 건축허가 및 등기는 청구인 명의로 하기로 하며 쟁점토지의 소유권이 ○○○에게 쟁점건물의 소유권이전이 가능한 즉시 소유권을 무상으로 청구인에게 이전하여 주기로 약정하였으며, 계약 종료 후 청구인이 요청할시 ○○○ 쟁점건물을 원상복구(철거)하여 쟁점토지를 명도하고 원상복구하지 아니할 경우 소유권을 청구인에게 무상으로 양도하기로 약정한 사실이 나타난다.

(다) 건축물공사 도급계약서(2003.11.11.) 및 국세통합전산망 조회자료에 의하면, ○○○ 쟁점토지 위에 주식회사 ○○○ 건축공사 도급계약을 체결하여 4억 8,730만원을 들여 일반철골구조로 자동차 정비공장 등 자동차 관련 시설 2개동을 신축하여 2004.7.15. 청구인 명의로 소유권보존등기를 한 후 심리일 현재까지 자동차정비사업소로 사용하고 있는 사실이 확인된다.

(라) 쟁점토지의 토지대장 및 등기부등본에 의하면, 2004.7.16. 쟁점토지의 소유권이 청구인 명의로 이전되었으나, 임차인 ○○○ 소유권이 변경된 사실이 없는 것으로 확인된다.

(마) 청구인과 ○○○ 체결된 임대차변경계약서(2008.3.17.)에 의하면, 임대기간은 2008.3.1.부터 2013.2.28.까지 60개월로, 보증금은 9억원으로 증액하기로 약정한 사실이 나타난다.

(바) 쟁점건물의 임차인 ○○○ 부가가치세 신고서에 의하면, ○○○ 쟁점건물 신축시 매입세액을 공제받았으나 고정자산으로 계상하지 아니한 사실이 나타난다.

(3) 처분청이 쟁점건물의 임차인인 ○○○ 대하여 확인한 내용은 아래와 같다.

(가) 청구인이 ○○○ 체결한 부동산임대계약서(2003.9.15.)에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 2003.9.15.부터 2008.8.14.까지 5년간 보증금 3,000만원, 월세 300만원에 임대차계약을 하고, 임대기간 만료 후에는 원상복구 후 청구인에게 명도하기로 약정한 사실이 나타난다.

(나) 청구인과 ○○○간에 변경된 임대차계약서(2008.12.22.)에 의하면, 쟁점토지를 2008.12.30.부터 2011.11.29.까지 3년간 보증금 1억 8,000만원, 월세 700만원으로 계약을 체결하고, 계약 종료 후 ○○○은 모든 시설물을 철거하고 철거하지 못할 경우 청구인에게 이전하고 이의제기를 하지 아니할 것을 약정한 사실이 확인된다.

(다) 건축물공사 도급계약서 및 국세통합전산망 조회자료에 의하면, ○○○은 쟁점토지 지상 위에 1억 8,000만원을 들여 일반철골구조 세차장 등 자동차 관련시설 3개동을 직영으로 신축하고, 청구인 명의로 소유권등기를 한 후 쟁점건물을 카센터, 세차장 등에 전대한 사실이 나타난다.

(라) 쟁점건물의 건축물 관리대장 및 등기등본에 의하면, 청구인 명의로 쟁점건물이 2001.7.15. 신축·보존등기된 사실이 나타난다.

(마) 쟁점건물의 임차인 ○○○의 부가가치세 신고서에 의하면, ○○○은 쟁점건물 신축시 부가가치세 매입세액을 공제받지 아니한 사실이 확인된다.

(4) 청구인이 ○○○시장에게 제출한 건축심의신청서(2009년 6월) 및 ○○○시장의 심의결과 통지서(2009.8.19.)에 의하면, 청구인이 쟁점건물의 부지에 ○○○ 건립하는 신축공사를 허가받은 사실이 확인된다.

(5) 청구인은 쟁점건물의 신축비를 선수임대료로 보려면 임대인이 토지임대료를 적게 받는 대신 동 임대료 상당액을 건축비로 받는 경우에 해당하므로 임대료 대신 청구인이 수령한 토지 임대료가 적정한지 여부에 대하여 임대료 산정내역을 제시하였는 바, 토지 임대보증금은 5억 3,000만원, 월세는 300만원을 신고하였고, 2003.8.15. 토지 취득가액은 31억 7,794만원(취득세 등 취득비용 포함)이므로 적정임대료는 3,600만원(매매시가 31억 7,794만원×50%-임대보증금 5억 3,000만원)×3.4%으로 연간 월세 합계액 3,600만원은 국세청장이 인정한 적정임대료와 동일한 금액이라고 주장한다.

(6) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점건물의 현장사진을 제시하며 샌드위치 판넬구조와 일부 천막지붕으로 되어 있어 내용연수가 40년 이상 계속 사용가능한 건물로 보기는 어렵고, 쟁점건물 부지에 ○○○ 건립하기로 허가받은 상태로 단기간에 철거가 예정되어 있으며, 쟁점토지 임대료를 적게 받지 아니하였다고 주장하나, 쟁점건물의 임대차계약서에 의하면, 쟁점건물을 임대기간 만료 후에는 철거를 전제로 청구인에게 명도하기로 하였으나, 임차인들이 쟁점건물을 신축한 후 청구인에게 소유권보존등기가 되었고, 실제로 임대차계약이 종료된 이후에 철거되지 아니하고 임대차기간만 연장하여 청구인 명의로 소유권보존등기가 계속된 점, 쟁점건물의 소유권이 청구인에게 이전등기된 이상 그 소유권이 임차인들의 소유라는 법원의 확정판결 등에 의하지 아니하고는 청구인 소유로 보는 것이 타당한 점, 임차인들이 임대차기간 만료시 철거하는 조건으로 설치하는 시설물은 자본적 지출에 해당하지 아니하는 것이나 이 건의 경우 임대인에게 쟁점건물의 소유권을 무상이전하기로 한 조건이므로 토지임대료가 적정한지의 여부에 관계없이 자본적 지출액 상당액을 선수임대료로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 보아 쟁점건물의 건축비를 청구인의 선수임대료로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.