주 문

1. 피고가 2009. 11. 1. 원고에 대하여 한 2008년 사업연도 법인세 204,625,730원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1.처분의 경위

가. 원고는 소프트웨어 개발 및 공급 등을 사업목적으로 하여 1999. 6. 24. 설립된 회사이다.

나. 원고 회사는 1997. 7. 26. 한국산업기술진흥 협회장으로부터 ’(주)△△통신 부설 CG&C연구소’를 원고 회사의 부설연구소로 인정받아 그 무렵부터 2003. 7. 19. 그 인정이 취소될 때까지 운영하였다.

다. 원고 회사는 2007. 8. 24. 한국산업기술진흥 협회장으로부터 ’(주)△△통신 MC연구소’(이하 ’이 사건 연구소’라 한다)를 원고 회사의 부설연구소로 인정받아 그 무렵부터 위 연구소를 운영하고 있다.

라. 원고는 2008. 9. 29. 피고에게 2007. 7. 1.부터 2008. 6. 30.까지 사업연도(이하 ’이 사건 사업연도’라 한다)기간 동안 이 사건 연구소를 운영하면서 인건비 등 연구개 발비로 522,424,239원(이하 ’이 사건 연구개발비’라 한다)을 지출하여 구 조세특례제한 법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제1호 가.목에 따라 이 사건 연구개발비의 50%에 해당하는 261,212,119원(= 522,424,239 x 0.5, 원 미만 버림)이 법인세액 공제대상이고, 결국 이 사건 사업연도 기간 동안의 법인세로 납부할 것이 없다고 신고하였다.

마. 피고는 원고 회사가 이 사건 사업연도 직전 4년간 연구 및 인력개발비를 지출한 사실이 없어 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 나.목에 따라 이 사건 연구개발비의 15%에 해당하는 78,363,635원(= 522,424,239 x 0.15, 원 미만 버림)만이 법인세 액 공제대상이라고 보아 2009. 11. 1. 원고 회사에 대하여 이 사건사업연도에 대한 법인세204,625,738원(가산세 21,777,254원 포함)을 경정 고지하였다(이하 ’이 사건 처 분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1~13호증, 을1호증, 을2호증의 1~10의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 지출된 연구 및 인력개발비가 없는 경우에는 해당 과세연도에 지출된 연구 및 인력개발비 전체를 증액부분으로 보아 그 증액부분의 50%를 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 가.목에 따라 법인세 액에서 공제하여야 함에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호에서는 ’중소기업이 2009. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는,① 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의50에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법(가.목), ② 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법(나.목) 중 선택하여 법인세액에서 공제받을 수 있다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4항에서는 "연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다"라고 규정하고 있다.

그러므로 살피건대, 연구 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 촉진하고자 하는 구 조세특례제한법 제10조의 입법취지, 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가.목에서 직전4년 간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점 등 그 규정형식, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항에서는 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 합계액으로 보도록 하는 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 보면, 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가.목에 의한 세액 공제를 허용하여야 할 것이다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두22454 판결 참조).

위 법리에 비추어 볼 때, 원고 회사가 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가. 목에 따라 이 사건연구개발비의 50%에 해당하는 261,212,119원을 법인세액 공제대상 으로 하여 이 사건사업연도 법인세를 신고한 것은 적법하다고 할 것이므로, 이를지 적하는 원고 회사의 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3.결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.