1. ○○○세무서장이 2009.12.29. 청구법인에게 한 2009년 제1기분 부가가치세 22,909,080원에 대한 환급 경정청구 거부처분은 초과환급가산세(6,545,450원)의 적용을 배제하여 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

청구법인은 자동차도매업을 영위하는 법인사업자로, 2009.5.29. 2005년식 ○○○한 다음, 이와 관련하여 당초 2009년 제1기분 부가가치세 신고시에는 관련 매입세액으로 공제하지 아니하였으나, 이후 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 윤○○○으로부터 쟁점자동차를 매입하였으므로,「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제108조 제1항 소정의 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례 요건을 충족함 등을 이유로, 2009.11.24. 처분청에게 2009년 제1기분 부가가치세 45,820,460원(쟁점금액의 10/110인 16,363,636원 포함)을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

처분청은 청구법인이 실제 윤00 이전 ○○○으로부터 쟁점자동차를 매입하였으므로, 조특법 제108조 제1항 소정의 매입세액 공제대상에 해당하지 아니한다고 보아, 쟁점금액 관련 매입세액 공제를 부인하고 부당초과환급신고가산세(40%, 6,545,450원)를 적용하여, 2009.12.29. 2009년 제1기분 부가가치세 22,909,080원에 대한 환급을 거부(22,911,370원만 환급)하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2010.3.23. 심판청구를 제기하였다.

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점자동차 취득시 매입세액 공제에 대한 주장

청구법인이 쟁점자동차를 취득(2009.5.29.)하기 이전인 2009.5.22. ○○○ 명의 계좌로 쟁점금액을 송금하였으나, 이는 송금 당시 차량 소유자인 ○○○에게 송금하기 위한 중간단계에 불과하고, 수입자동차 수출의 경우 상품 확보에 어려움이 있어서 선급금을 지급하는 경우가 많은 점, 청구법인은 ○○○ 사이의 거래내용을 알지 못하는 점, 차량의 경우 재화의 공급시기는 인도시이고 대금 지급은 거래를 뒷받침하는 참고자료에 불과한 점, 청구법인의 입장에서는 ○○○ 명의를 차용하여 위장거래를 할 만한 이유가 없는 점 등을 종합하였을 때, 중고품인 쟁점자동차 취득과 관련하여 매입세액 공제를 부인하여서는 아니된다.

(2) 부당초과환급신고가산세에 대한 주장

청구법인은 매입처가 법인이면 세금계산서를 교부 받아서, 매입처가 개인이면 조특법 제108조에 의하여 각 매입세액을 공제받을 수 있는데 통정에 의한 위장거래를 할 이유가 전혀 없는 점, 이후 청구법인은 실제 쟁점자동차를 취득하여 수출하였던바, 단순한 업무상 오류에 따른 매입세액 공제 신청에 해당한다고 볼 수 있는 점 등을 종합하였을 때, 부당 초과환급신고가산세(40%)를 적용하여서는 아니된다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점자동차 취득시 매입세액 공제 관련

쟁점자동차는 ○○○이라고 보아야 한다.

(2) 부당초과환급신고가산세 관련

청구법인은 실제 거래상대방인 ○○○이 쟁점자동차 관련 부가가치세를 납부하지 아니하도록 하였을 뿐만 아니라, 이후 허위증빙에 근거하여 매입세액을 공제받기 위하여 환급청구를 하였으므로 부당초과환급가산세를 적용하여야 한다.

가. 쟁 점

① 청구법인이 쟁점자동차를 부가가치세 비사업자로부터 실제 매입하여 공급(수출)하였다고 볼 수 있는지 여부

② 부당초과환급신고 가산세(40%) 적용대상이 되는지 여부

나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 106분의 6을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다

○ 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 「부가가치세법」 제25조에 규정된 간이과세자를 말한다.

○ 부가가치세법 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

○ 국세기본법 제47조의4【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3의 규정을 적용한다. 다만, 「부가가치세법」 제17조의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액 : 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) ○○○로 송금하기로 약정하면서, 상기차량이 리스명의이기 때문에 양도인이 책임지고 개인명의로 이전 등록하여 같은 금액과 조건으로 양수인에게 양도할 것을 특약사항으로 하였으며, 이와 같은 내용으로 2009.5.22.자 자동차양도증명서를 작성하였다.

(나) 위 약정내용과 같이 청구법인은 2009.5.22. ○○○에게 차량대금 180,000,000원을 송금하였다.

(다) 이후 ○○○이 2009.5.27. 자신을 쟁점자동차에 대한 소유자로 등록이전을 한 다음, 같은 달 29. 수출을 이유로 등록을 말소하였다.

(라) 청구법인은 쟁점자동차의 양수와 관련하여 조특법 제108조 제1항 소정의 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례 요건을 충족함 등을 이유로 경정청구를 하면서, 양도인을 윤○○○, 양수인을 청구법인, 매매대금을 180,000,000원으로 하는 일자불명의 자동차양도증명서를 첨부하였다.

(마) 처분청은 2009.12.23. ○○○에게 쟁점자동차 매출누락 관련 자료를 통보하였고, ○○○은 자료통보일 이후인 2010.3.22. 쟁점자동차 관련 매출을 과세표준에 추가하여 수정신고를 하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 조특법 제108조 제1항, 같은 법 시행령 제110조는 ‘재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자로부터 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 공급하는 경우 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다’라는 취지로 규정하고 있다.

(나) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 당초 청구법인은 2009.5.22. 쟁점자동차를 1억8천만원에 ○○○이 리스로 사용하던 쟁점자동차에 대하여 윤○○○의 직원으로 매입가가 1억8천만원에 달하는 쟁점자동차를 실제 매입할만한 자력이 있는지 여부도 나타나지 아니하는 점, 청구법인은 자동차 등록일(2009.5.27.)로 부터 매우 단기간 이내인 2009.5.29. 윤○○○으로 변동된 내역을 알지 못하였다고 보기는 어려운 점 등을 종합하였을 때, 청구법인은 과세사업을 영위하지 아니하는 자○○○가 아닌 과세사업자인 ○○○으로부터 쟁점자동차를 매입하여 공급(수출)하였다고 봄이 합리적이라 할 것이다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다.

(가)「국세기본법」제47조의4 제1항, 제2항 제1호는 ‘납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제하나, 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다’라는 취지로 규정하고 있는바, 납세자가 같은 법 제45조의2 규정에 의해 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구하였으나 관할 세무서장이 이를 거부한 경우에는 초과환급신고가산세를 적용하지 않는다 할 것이다.

(나) 위와 같은 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2009.5.22. 쟁점자동차를 ○○○으로부터 매입한 다음 이와 관련하여 당초 부가가치세 신고당시에는 매입세액 공제를 하지 아니하였다가, 이후 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 윤○○○으로부터 쟁점자동차를 매입하였음을 이유로 2009.11.24. 처분청에게 부가가치세 환급경정청구를 하였던바, 이와 같이「국세기본법」제45조의2에 따라 경정청구를 한 경우는 초과환급신고가산세의 대상이 되지 아니한다 할 것이다.

(4) 따라서, 이 건 과세처분 중 쟁점자동차 취득 관련 매입세액의 공제를 부인한 부분은 정당하나 초과환급신고가산세(6,545,454원 전액)를 부과한 부분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.