주문

심판청구를 기각합니다.

이유

1. 처분개요

청구인은 1995.6.12. 학교법인 ○○○학원(이하 ○○○이라 한다)이 소유하는 ○○○ 산 75 임야 57,521㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를「부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」에 의하여 1966.3.22. 매매를 원인으로 마을회인 청구인 앞으로 소유권 이전등기를 하였다가 2008.9.1. 이를 ○○○개발(주)에게 양도한 뒤, 쟁점토지의 양도가액을 1,096백만원으로 하고, 취득가액은 등기부등본상 소유권이전 등기접수일(1995.6.12.)을 취득시기로 하여 환산한 가액인 1,039,088,777원으로 산정하여 2008.9.1. 양도소득과세표준 예정신고를 이행 하였다.

처분청은 세무조사를 실시한 뒤 청구인이 쟁점토지를 사실상 1985.1.1. 이전에 취득한 사실이 종전 소유자의 이사회 회의록 등에 의하여 확인된다고 보아, 취득시기를 의제취득일인 1985.1.1.로 하여 환산한 가액인 77,105,527원을 취득가액으로 산정하여 2009.11.10. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 273,025,170원을 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2010.1.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지가 선대부터 내려온 마을소유재산이라는 사실만 알고 있었을 뿐이고, 구체적으로 누가, 언제, 얼마에 구입하였는지는 알지 못하고 있으며, 마을 뒷산으로 주민들이 땔감을 채취하는 등 마을에서 공동으로 관리하던 재산으로「부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」에 의하여 1995.6.12. 마을회 앞으로 소유권이전등기를 완료하였음에도, 처분청이 쟁점토지의 취득시기를 의제취득일인 1985.1.1.로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 다음과 같은 점에서 잘못이 있으므로 소유권이전등기 접수일을 취득일로 보아야 한다.

첫째,「소득세법」상 대금을 청산한 날이라 함은 매매계약서와 대금지급 증빙자료에 의하여 잔금을 지급받고 사실상의 소유권을 양도한 때를 의미하는 것인데, 그렇다면 1970년 이전에 실제로 쟁점토지가 매매되었고 종전 소유자가 매매대금을 지급받은 시기가 1960년 초반인 사실이 입증되므로 1970년 이전에 잔금청산이 이미 끝난 것으로 보겠다는 처분청의 의견은 결국 쟁점토지의 잔금청산일이 분명하지 아니하다는 것을 스스로 인정하고 있는 셈이다.

둘째, 처분청이 쟁점토지의 취득시기와 관련하여 과세근거서류로 삼은 ○○○(쟁점토지의 전소유자)의 1959.11.4. 작성한 이사회 회의록에는 쟁점토지가 포함된 기본재산에 대한 입찰과 관련한 서류에 대한 언급 내지 이사회의 승인내용 등이 기록되어 있지 아니하고, 1968.12.16. 작성한 ○○○의 복명서와 1968.12.26. 제출한 학교법인 기본재산 처분허가 신청서 및 1970.1.21. ○○○ 교육위원회의 ○○○에 대한 기본재산 처분허가공문 등에 구체적인 입찰내역과 쟁점토지 매각대금, 대금청산일 등이 기재되어 있지 아니하므로 처분청이 이를 근거로 하여 청구인이 1970년 이전에 이미 쟁점토지를 취득하였다고 추정하여 과세하는 것은 부당하다.

셋째, 처분청은 1960년 3월부터 5월까지의 기간 중에 ○○○이 입찰방식에 의하여 교육용 재산을 매각하였다고 보았으나, 정상적인 입찰방식에 의하여 처분하였다면 입찰시 소유자와 소유권 이전등기시 소유자가 일치하여야 하고, 등기 원인일도 당해 입찰기간에 속하여야 하는데, ○○○이 작성한 처분재산명세서와 등기부등본상 소유자가 다르며, 소유권이전 등기원인일이 입찰기간 이전인 토지가 9필지인 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지를 입찰기간 중에 정상적인 입찰방식에 의하여 취득하였다고 인정하는 것은 설득력이 없으며, ○○○이 작성한 처분재산명세서에 쟁점토지의 소유자로 그 당시 마을의 이장인 김○○○이 기재되어 있다고 하여 당해 토지가 당시 마을회인 청구인의 재산이었다고 단정할 수는 없다 하겠다.

나. 처분청 의견

청구인 스스로「부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」에 의하여 등기하기 전부터 쟁점토지를 마을재산으로 공동관리하였음을 인정하고 있고, 이는 ○○○의 임야매각과 관련한 여러 문건의 상황과도 일치하는 점 등을 고려하면, ○○○이 1960년에 매각한 임야 19필지 중 13필지는 1970년 1월 교육당국의 처분(소유권이전)허가 직후인 1970년 및 1971년에 위 법에 의하여 적법하게 양도하였음에도, 양수자인 청구인이 자의적으로 등기이전절차를 이행하지 아니함에 따라 소유권이전등기한 시기가 늦어진 것으로 보여진다.

그리고 청구인은 대금청산한 날에 대한 구체적인 입증이 없어 신빙성이 부족하다고 주장하나, 종전 소유자인 ○○○의 이사회 회의록, ○○○교육위원회 공무원의 공립전환 조사복명서, 임야매각대금 수입·지출현황표 등에 기재되어 있는 구체적인 내용들이 상호 연관되어 있으며 서로 일치하는 점 등 관련된 각종 증빙서류를 종합적으로 검토하여보면, 사회통념상 양수자인 청구인이 1970년 이전에 쟁점토지 취득대금의 지급을 완료 하였다고 인정할 수 있다 하겠다.

또한, 청구인은 ○○○이 매각한 임야 중 등기원인일이 1960년 3월의 매각대금 수입시기와 일치하지 아니하는 필지가 다수 있으므로 ○○○의 이사회 회의록과 수입·지출현황표는 신빙성이 부족하고 쟁점토지가 청구인의 마을소유인지 여부도 확인되지 아니한다고 주장하나,「부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」에 의하여 소유권이전등기를 하는 경우 관할관청이 실제 매매서류를 확인하여 등기원인일을 기재하는 것이 아니라 보증인의 인우보증서 등을 근거로 일정기간 이의가 없는 경우 확인서를 발급하고 이를 근거로 등기하는 것이므로 등기원인일은 사실상 임의적 기재사항에 불과하며, 처분재산명세서상 소유자인 김○○○은 당시 마을 이장이었고, 마을회 관련자들도 소유권이전등기 전부터 수십년간 마을재산이었고 마을에서 공동으로 관리하고 있었다고 인정하고 있으므로 마을회인 청구인의 소유 여부가 확인되지 아니한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

따라서, 적어도 ○○○이 1970년 1월 해산하고 공립으로 전환하기 이전에 청구인이 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 취득시기를 의제취득일인 1985.1.1.로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

마을회인 청구인이 쟁점토지를 1984.12.31. 이전에 취득한 사실이 확인되므로 의제취득일을 취득시기로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하고 잔금청산일이 불분명하므로 소유권이전 등기접수일을 취득시기로 보아야 한다는 청구인 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)

○소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 부칙(1994.12.22. 법률 4803호로 개정된 것)

○소득세법 제8조【양도자산의 취득시기에 관한 의제】

제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

(3) 소득세법 부칙(1995.12.29. 법률 제5031호로 개정된 것)

○소득세법 제8조【양도소득에 관한 적용례】

③ 법률 제4803호 부칙 제8조의 개정규정은 1997년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(4) 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것)

○소득세법 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 2009.9.15. 작성한 양도소득세 조사보고서의 조사내용에는 다음과 같은 사실관계가 조사되어 있다.

(가) 종전 소유자인 ○○○이 1958년 7월 차용한 체신부 우정자금의 부채상환과 관련한 수차례의 채무이행최고를 받는 등의 학교 재정난으로 인하여 교육당국의 허가없이 쟁점토지를 1970년 이전에 매각한 사실이 ① 1959.11.4. 작성한 이사회 회의록에 재단의 재산을 처분할 때는 사전에 문교부장관의 허가를 얻어야 하는데 대체재산이 없으므로 승인없이 처분하여 우선 급한 상황을 모면하고 소유권이전은 추후 문교부장관의 허가를 얻을 때까지 하지 못한다는 조건부의 매매계약을 하기로 의결한 내용이 나타나고, ② 1968.10.18. 개최한 이사회 회의록에는 ○○○의 수익용 기본재산 중에 개인에게 매각한 뒤에도 등기부등본에는 그대로 두어 명의변경을 하지 아니한 것이 공립학교로의 전환과정에 문제가 될 것이라는 내용이 기재되어 있으며, ③ 1968.12.16. 작성한 ○○○교육위원회 ○○○과의 복명서에 ○○○에 대한 공립전환 “현지조사복명서”에 쟁점토지 등 19필지는 부채정리 관계로 1959.11.4. 개최한 이사회의 결의를 얻어 처분하였다고 보고되고 있고, ④ 1968.12.20. 제출한 학교법인 기본재산 처분허가신청서의 처분사유서에 체신부 우정자금 차용금 상환의 이행최고 및 임의경매처분통고에 접하여 부득이 쟁점토지 등 19필지를 매각처분하여 체신부 부채와 교사에 대한 미지불 봉급을 완전히 청산하고 오늘에 이르렀다는 내용이 나타나며, ⑤ 1970.1.20. 열린 이사회 회의록에 우정자금의 상환을 위하여 매각처분한 임야(19필지)를 양수자에게 소유권이전등기를 하여야 하는데, 감독관청의 허가없이 매각처분한 것이지만 이제 공립으로 전환되는 시점이므로 매각처분 허가신청을 한다는 내용이 기록되어 있는 점 등에 의하여 확인되고 있다.

(나) 1970.1.20. 작성한 이사회 회의록에 첨부되어 있는 “처분된 재산목록 및 임야매각대금 수입·지출현황표”에 매각대금이 1960년 3월부터 5월까지 수입되고 쟁점토지가 처분된 재산목록에 포함되어 있음이 확인되므로 1960년 5월에 매매대금이 사실상 청산된 것으로 보여진다.

(다) 청구인이 1995년「부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법」에 따라 쟁점토지를 소유권이전등기를 하기 전부터 수십년간 계속 마을재산이었고 마을에서 공동으로 관리하였다는 확인서를 마을회 총무○○○ 및 1995년 당시 마을 이장○○○로부터 징취하였다.

(2) ○○○이 1959.11.4. 작성한 이사회 회의록의 내용을 보면, 회의안건은 재단채무정리에 관한 것이고, 1959년 7월에 교사공사비 부족분을 충당하기 위하여 차용한 우정자금의 상환기한이 지나서 독촉을 받고 있으며, 체신부에서 보낸 근간의 독촉장에 의하면 상환불능이면 담보물(기본재산)을 임의로 경매처분하겠다 하므로 재단임야의 일부를 매각처분하는 수 밖에 도리가 없고, 차용금을 갚지 아니하면 넘어갈 판국인데 그 전에 처분하는 것이 가격상 이득인 사실이 명백하므로 기본재산을 처분하여 우정자금도 갚고 학교부채를 청산하는 것이 좋으며, 재단의 기본재산을 처분할 때에는 사전에 문교부장관의 승인을 얻어야 하지만 대체재산이 없이는 승인을 얻을 수 없기 때문에 우선은 승인이없이 처분을 해서 당장의 위기를 모면하고 대체재산을 마련한 후에 승인을 신청하고, 입찰자의 자격을 ○○○중학교의 발전을 염원하는 ○○○면민으로 한정하며, 또한 소유권이전등기는 ○○○에 교체물건이 생겨 문교부장관의 승인을 얻을 때까지하지 못한다는 내용으로 조건부 매매계약을 체결하도록 추천한다는 논의 등이 나타난다.

(3) ○○○이 1968.10.23. ○○○ 교육위원회 교육감에게 제출한 학교법인 해산인가신청서의 부속서류(해산사유서, 이사회 회의록, 재산목록, 잔여재산처분방안서)의 내용을 보면 아래와 같다.

(가) 해산사유서에 “기본재산의 대부분을 ○○○ 소유 임야로 구성한 결과 수익성이 희박하여 목적달성을 위한 임원들의 노력에도 불구하고 큰 성과를 올리지 못하고 학교경영은 오로지 학생의 납부금에만 의존하여 오는 실정을 벗어나기 어려우므로 교육시설의 평준화란 국가시책에 뒤지지 아니하며, 보다 훌륭한 교육기반을 조성하고 ○○○중학교의 획기적인 발전을 기대하여 법인을 해산하고 ○○○교육위원회에 학교경영을 이관하기로 한다”는 취지가 기재되어 있다.

(나) 1968.10.18. 개최한 이사회 회의록에는 회의안건이 ○○○중학교를 공립으로 전환함에 따른 제반 문제의 처리에 관한 것이며, 공립학교로 되는 경우 기본재산 일체를 ○○○로 넘겨야 하는데 수익용기본재산 중에 개인에게 매도하고 등기부등본에는 그대로 두어 명의변경을 하지 아니한 것이 있어 문제가 되고, 이관시에 이것을 제외할 수 있으면 다행이지만 만약 불가능하면 양수자가 피해를 입게 되는 적지 아니한 문제가 발생하기 때문에 법인을 해산결의함에 있어서 등기부등본상에 그대로 있다 하더라도 개인에게 매도한 임야는 제외하고 실제 남은 재산만을 재산목록에 기재하여야 하며, 재단설립 당시에 명의만 빌린 토지도 실제는 법인의 재산이 아니기 때문에 이것도 재산목록에서 제외하여야 한다는 의견 등이 기록되어 있다.

(다) 교육용 기본재산 총괄내역표, 토지내역, 명의만 차용하여 ○○○ 명의로 등기된 재산목록은 아래〈표1〉,〈표2〉,〈표3〉과 같다.

〈표1〉 교육용 기본재산 총괄내역표

(단위 : 평, 원)

〈표2〉 토지 목록

(단위 : 평)

〈표3〉 명의만 차용하여 ○○○ 앞으로 등기된 기본재산목록

(단위 : 평, 정)

(4) ○○○ 교육위원회 ○○○과 담당공무원이 1968.12.16. ○○○의 법인해산과 ○○○중학교 공립전환에 대하여 현지조사한 후 작성한 복명서에는 수익용 기본재산인 임야 167.41정(町)은 교사신축에 따른 부채를 정리하기 위하여 1959.11.4. 이사회 결의를 얻어 처분하였고, 처분된 재산목록은 ○○○의 법인해산인가 신청시의 수익용 기본재산 중 명의만 차용한 재산목록과 같다는 내용이 조사되어 있다.

(5) ○○○이 1968.12.26. ○○○ 교육위원회 교육감에게 제출한 학교법인 기본재산 처분허가신청서에 첨부되어 있는 처분재산명세서에는 쟁점토지를 포함하여 23필지를 처분한 것으로 기재되어 있다.

(6) ○○○은 1970.1.20. ○○○ 교육위원회 교육감에게 추가로 24필지의 기본재산에 대한 처분허가를 신청하였고, 처분재산명세서를 보면 처분토지가 1차로 처분허가를 신청한 재산과 쟁점토지를 포함한 19필지가 동일한 토지임이 확인된다.

(7) ○○○ 교육위원회 교육감은 1970.1.21. ○○○이 1970.1.20. 제출한 기본재산 처분허가신청에 대하여 인가하였다.

(8) ○○○이 1970.1.20. 작성한 이사회 회의록에는 교사신축공사비로 사용한 우정자금의 상환을 위하여 감독관청의 허가없이 임의로 매각한 임야(수익용 기본재산 19필지 167정 4반 1모)에 대하여 양수자들에게 소유권 이전등기를 하기 위하여 감독관청에게 수익용 기본재산 처분허가 신청을 하기로 한다는 논의가 기재되어 있으며, 첨부된 임야매각대금 수입·지출현황표상 수입내역는 아래〈표4〉와 같다.

〈표3〉 수입내역

(단위 : 원)

(9) 마을회인 청구인의 총무 장○○○과 청구인 앞으로 소유권이전등기할 때 인우보증인이었던 종전 마을 이장 김○○○는 2009.8.18. 쟁점토지의 취득은 선대에서 이루어진 일이라 현재의 청구인의 회원들은 구체적인 취득내역을 모르고, 과거부터 마을재산이었다고 들었으며, 1995년「부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」에 의하여 이전등기를 하기 전부터 수십년간 계속 마을재산으로 알고 있었고, 마을주민 전체가 임야에서 나무를 벌채하여 공동배분받아 땔감으로 사용하는 등 마을에서 쟁점토지를 관리하였다는 확인서를 작성하였다.

(10) ○○○의 처분재산목록상 소유자와 등기부등본상 소유자의 변동내역을 비교하여 보면 아래〈표5〉와 같다.

(11) 청구인은 쟁점토지를 취득한 날이 불분명하므로 소유권이전등기 접수일을 취득일로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가)「소득세법」(1994.12.22. 법률 4803호에 의하여 개정된 것) 부칙 제8조에서 1984.12.31. 이전에 취득한 토지는 1985.1.1.에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 본문과 제1호에서 자산의 취득시기는 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 취득시기로 본다고 규정하고 있으므로 토지의 취득시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이 되고, 그 날이 불분명한 경우에 등기접수일로 하되, 1984.12.31. 이전에 취득한 사실이 입증되는 경우에는 대금청산일이 명백히 입증되지 아니한다 하더라도 의제취득일에 해당되는 1985.1.1.이 취득일이 된다고 보아야 할 것이다.

(나) 전 소유자인 ○○○의 이사회 회의록의 내용과 처분재산목록, 매각대금 수입내역에 쟁점토지를 1960년 3월 매각한 것으로 기재되어 있는 점, ○○○ 교육위원회 교육감이 1970.1.21. 쟁점토지를 포함한 기본재산에 대한 처분을 허가하여 무효인 ○○○의 기본재산 매매행위를 추인한 점, 청구인이 1995.6.12. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 할 때에도 등기원인일을 1966.3.22.로 등재한 점, ○○○이 운영하는 ○○○중학교가 1970년 1월 공립중학교로 변경됨에 따라 당시 소유재산이 모두 국가로 이전되어야 하나 이미 처분된 재산이라는 이유로 대상에서 제외되어 처분허가를 받은 재산이 그 후 제3자에게 소유권이 이전된 점, 당시 청구인의 총무인 장○○○과 소유권이전등기를 할 당시 인우보증을 한 김○○○가 확인서에서 쟁점토지를 수십년간 마을공동재산으로 관리하였다고 진술한 점 등을 감안하면, 청구인이 1984.12.31. 이전에 쟁점토지를 취득하였다고 보여진다.

(12) 따라서, 청구인이 쟁점토지를 1970년 이전에 취득한 것으로 보아 처분청이 의제취득일을 취득시기로 하여 취득가액을 산정하고 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.