주 문

처분청이 2009.8.5. 청구인에게 한 2004년 귀속 종합소득세 31,950,330원, 2005년 귀속 종합소득세 22,425,060원, 2006년 귀속 종합소득세 29,797,920원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 내국법인인 ○○ 유한회사에서 상근 임원으로 근무하는 외국인근로자로 2004년~2006년 귀속 근로소득에 대한 연말정산 신고 시「조세특례제한법」제18조의2 제1항의 규정에 따라 총급여액의 30% 비과세를 적용하여 종합소득세 신고를 하였다.

나. 그 후 청구인은 위 근로소득에 대하여 「조세특례제한법」제18조의2 제2항의 규정에 의한 17% 단일세율로 신고방법을 변경하여 2007.8.10. 경정청구를 하였고, 2007.12.11. 처분청은 2004년~2006년 귀속 종합소득세를 경정·결정하여 종합소득세 84,173,310원을 환급하였다.

다. 2009년 2월 서울지방국세청장은 처분청에 대한 감사를 실시하여 「조세특례제한법」제18조의2 제1항 또는 제2항의 규정은 과세연도 마다 납세자가 선택하여 적용할 수 있으나 확정신고기간 후에는 신고방법을 변경할 수 없는 것으로 보아 청구인의 경정청구는 불가하다는 감사결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2009.8.5. 청구인에게 종합소득세 2004년 귀속 31,950,330원, 2005년 귀속 22,425,060원, 2006년 귀속 29,797,920원 합계 84,173,310원을 재경정·결정하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2003년 12월 개정된「조세특례제한법」제18조의2(외국인근로자에 대한 과세특례) 제1항(30% 비과세) 및 제2항(단일세율 17%)의 규정은 외국인근로자가 당해 사업연도 소득상황에 따라 연말정산 또는 종합소득과세표준 확정신고시 과세방법을 선택(저소득자의 경우 30%의 비과세가 유리하고 고소득자의 경우 17%단일세율이 유리함)할 수 있도록 규정하고 있다.

「국세기본법」제45조의2(경정청구)의 규정은 당초 신고된 과세표준과 세액이 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 때에 이에 대한 수정을 요구할 수 있도록 규정하고 있는 바, 청구인은 2003년 12월 신설된 「조세특례제한법」제18조의2 제2항을 적용하는 것이 유리하다는 사실을 모르고 당초 30% 비과세로 종합소득세를 신고하였던 것을 17%의 단일세율로 변경하여 경정청구를 하였음에도, 처분청이 청구인의 경정청구에 따라 환급한 세액을 다시 추징한 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제18조의2 제1항 및 제2항의 규정은 과세연도마다 납세자가 선택하여 적용할 수 있는 것으로 당해 근로소득에 대한 연말정산시 선택한 방법은 종합소득세 확정신고시 변경하여 적용할 수 있으나 과거 과세연도에 선택한 방법은 「국세기본법」제45조의2 규정에 의한 경정 등의 청구에 의하여 변경할 수 없는 것이다.

「조세특례제한법」 제18조의2 제4항 및 같은 법 시행령 제16조의2의 규정은 외국인근로자라는 실체적인 요건과 과세표준 확정신고기한내에 단일세율 신청을 해야 하는 등의 절차적인 요건을 충족하도록 규정하여 과세방법을 납세자가 스스로 선택 결정한 후 그에 따른 신청의무를 납세자에게 부여함으로써 법적인 안정성을 추구하고 있는 바, 이는 단순 협력의무가 아니라 강행규정으로 납세자가 연말정산 또는 확정신고하는 때에 단일세율적용신청서를 제출하지 아니한 경우에는 확정신고기간 경과후 경정청구로 변경할 수 없는 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

외국인근로자에 대한 과세특례 규정인 「조세특례제한법」제18조의2 제1항의 규정에 따라 30% 비과세를 적용하여 종합소득세 신고를 한 경우, 확정신고기한 경과 후 같은 조 제2항의 규정에 따라 17%의 단일세율을 적용하여 경정청구를 할 수 있는지 여부

나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 조세특례제한법 제18조의 2【외국인근로자에 대한 과세특례】

① 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자를 제외하며, 이하 “외국인근로자”라 한다)이 국내에서 근무함으로써 지급받는 근로소득의 100분의 30에 상당하는 금액에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다.

② 외국인근로자가 국내에서 근무함으로써 지급받는 근로소득에 대한 소득세는 소득세법 제55조 제1항의 규정에 불구하고 당해 근로소득에 100분의 17을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 이 경우 소득세법 및 이 법의 규정에 의한 소득세와 관련한 비과세(제1항의 경우를 포함한다)ㆍ공제ㆍ감면 및 세액공제에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 근로소득은 소득세법 제14조 제2항의 규정에 의한 종합소득과세표준의 계산에 있어서 이를 합산하지 아니한다.

④ 제2항의 규정에 의한 과세특례를 적용받고자 하는 외국인근로자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제16조의 2【외국인근로자에 대한 과세특례】

법 제18조의 2 제2항의 규정을 적용받고자 하는 외국인근로자는 근로소득세액의 연말정산 또는 종합소득과세표준확정신고를 하는 때에 「소득세법 시행령」 제198조 제1항의 규정에 의한 근로소득자소득공제신고서에 재정경제부령이 정하는 외국인근로자단일세율적용신청서를 첨부하여 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 제출된 심리자료에 의하여 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) ○○ 유한회사는 2004년~2006년 과세기간 중 청구인에게 추가로 지급한 인정상여가 발생하여 동 기간에 대하여 연말정산 원천징수이행상황서를 처분청에 수정신고 하였다.

(나) 2007.8.10. 청구인은 위 과세기간의 근로소득에 대하여 당초 신고한 30% 비과세적용 신청을 취소하고, 17% 단일세율로 변경하는 경정청구를 하였고, 2007.12.11. 처분청은 청구인의 경정청구에 따라 2004년~2006년 귀속 종합소득세를 경정·결정하여 아래 <표1>과 같이 종합소득세 84,173,310원을 환급하였다.

<표1> 청구인의 경정청구내역

(단위 : 원)

(다) 2009.8.5. 처분청은 서울지방국세청장으로부터 「조세특례제한법」 제18조의 2 제1항 또는 제2항의 규정은 과세연도마다 선택 적용할 수 있는 것으로 과거 과세연도에 선택한 방법은 「국세기본법」제45조의2의 규정에 의한 경정청구에 의하여 변경할 수 없으므로 청구인의 경정청구는 불가하다는 감사지적을 받고 재경정·결정하여 위 환급세액을 추징하였다.

(2) 외국인근로자에 대한 과세특례 규정인 2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 「조세특례제한법」 제18조의2 제1항 및 제2항의 규정은 외국인근로자가 국내에서 근무함으로써 지급받는 근로소득의 100분의 30에 상당하는 금액에 대하여는 소득세를 비과세 하거나 당해 근로소득에 100분의 17을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있도록 규정하여 그 신고방법을 선택할 수 있도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제16조의2의 규정은 법 제18조의 2 제2항의 규정을 적용받고자 하는 외국인근로자는 근로소득세액의 연말정산 또는 종합소득과세표준확정신고를 하는 때에 「소득세법 시행령」 제198조 제1항의 규정에 의한 근로소득자소득공제신고서에 재정경제부령이 정하는 외국인근로자단일세율적용신청서를 첨부하여 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있다.

또한, 「국세기본법」제45조의2의 규정은 당초 신고된 과세표준과 세액이 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 때에 이에 대한 수정을 요구할 수 있도록 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 납세자가 근로소득세액의 연말정산 또는 종합소득과세표준확정신고를 하는 때에 「조세특례제한법」 제18조의2의 규정에 의하여 외국인근로자에 대한 과세특례방법 중 하나의 과세특례를 적용받은 경우에는 동 규정에 의한 다른 과세특례방법을 적용받기 위하여 「국세기본법」제45조의2의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있는 것(기획재정부 ○○, 2010.4.8. 같은 뜻임)으로 보는 것이 타당하다.

따라서, 처분청이 청구인의 경정청구가 불가한 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.