주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 비영리법인으로 2008사업연도 법인세 과세표준 신고를 하지 아니하였다가 2009.7.27. 당해 연도의 원천징수대상 이자소득 63,208,529원, 외환차익 98,125,341원을 수익사업에서 생긴 소득으로 하여 산출세액을 4,490,719원으로 산정하고 이미 납부된 이자소득에 대한 원친징수세액 8,847,170원을 차감한 후 4,356,450원을 환급세액으로 하여 기한 후 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 이자소득에 대한 납부세액은 이미 원천징수방법으로 분리과세되어 납세의무가 종결되어 기한 후 신고로 환급받을 수 없는 것으로 보아 2009.11.21. 청구법인에게 환급거부 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.25. 이의신청을 거쳐 2010.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2008사업연도에 이자소득 외에 수익사업에서 생긴 외환차익도 있으므로 이자소득만 있는 비영리법인에 해당하지 아니하고, 법인세 과세표준 신고를 착오로 하지 아니하였는바,「국세기본법」제45의3에서 규정하는 기한 후 신고는 다른 세법에 우선하여 적용되며, 비영리법인에 예외를 두고 있지 아니하므로 처분청이 법인세 환급을 거부한 통지는 부당하다.

나. 처분청 의견

비영리법인의 원천징수 이자소득에 대해 신고기간 내에 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 원천징수과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되는 것이고, 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 기한 후 신고에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것이므로 청구법인의 기한 후 신고에 대하여 환급거부 통지를 한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리법인이 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 아니하였다가 기한 후 신고를 하면서 과세표준에 포함시킬 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「국세기본법」 제3조 제1항에서 이 법은 세법에 우선하여 적용하되, 제45조의3의 기한 후 신고에 대하여는「법인세법」 제62조에 따른 비영리내국법인의 과세표준 신고의 특례에서 정하는 바에 따르는 것으로 규정하고 있으며(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정), 「법인세법」제62조 제1항에서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있는 것으로 규정하면서 같은 법 시행령 제99조 제2항은 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 기한 후 신고에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 규정(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정)하고 있다.

(2) 청구법인은 위 법령 개정 전의「국세기본법」제43조의3에서 규정하는 기한 후 신고는 세법에 우선하여 적용하며, 비영리법인에 대하여 예외를 두고 있지 아니하므로 청구법인의 기한 후 신고는 적법하다고 주장하나, 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 이미 원천징수방법으로 분리과세되어 납세의무가 종결된 것으로 보아 기한 후 신고에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산시 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 봄이 타당하고○○○, 이를 명확히 하기 위하여 「국세기본법」제3조 제1항(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정) 및 「법인세법 시행령」제99조 제2항(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정)을 각각 개정한 것으로 나타나므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.