심판청구를 기각한다.

가. 청구법인은 2004.12.24. ○○○ 주식회사(이하 “○○○”라 한다)와 경영자문용역계약을 체결한 후, ○○○에게 2005.8.25. 및 2005.9.6. 공급가액 2억원 상당의 매출세금계산서를 교부하였다가 2010.1.11. 공급시기를 “2009.10.22.”로, 품목을 “용역료 취소”로, 공급가액을 “-2억원”으로 각각 기재하여 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 교부하고 2009년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 세액 19,490,3556원의 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 ○○○가 2005.9.28. 청구법인에게 위 용역계약에 대하여 계약해지를 통지한 사실을 확인하고, 동 계약해지 통지일을 공급시기로 하여 수정세금계산서를 교부하는 것이 타당하다고 보아 쟁점수정세금계산서의 공급가액을 부인하여 2010.4.22. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 2,201,630원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.21. 심판청구를 제기하였다.

청구법인은 ○○○의 일방적인 계약해지 통지 및 용역대가 미지급에 대하여 용역대가를 포기하지 않으려고 다툼을 벌여 왔고, 다만 ○○○지방국세청장이 ○○○를 대상으로 세무조사를 실시하고 2009.10.22. 미지급 금액을 채무면제이익으로 보아 익금산입 및 기타로 소득처분한다는 취지의 세무조사 결과를 통지함에 따라 부득이하게 회계처리를 정리하기 위하여 위 세무조사결과 통지일을 공급시기로 하여 쟁점수정세금계산서를 교부한 것으로, ○○○의 세무조사결과 통지일에 용역제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되었다고 보는 것이 타당하므로 쟁점수정세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

○○○에 대한 세무조사결과 통지일은 용역대가 채무의 면제를 확인한 날에 불과하고 쟁점수정세금계산서 또한 품목이 “용역료 취소”라고 명기되어 있어 ‘공급가액이 변동’한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 청구주장은 이유없다.

쟁점수정세금계산서를 정당한 세금계산서로 볼 수 있는지 여부

(1) 국세통합전산망(TIS), 청구법인과 ○○○가 작성한 용역계약서(2004.12.24.), ○○○의 계약해지 통고(2005.9.28.), 법무법인 ○○○의 용역수수료 미입금분 입금요청서(2008.9.1.), ○○○지방국세청장의 세무조사결과 통지서○○○ 및 청구법인의 용역수수료 미입금분에 대한 “-”세금계산서 발행 통지(2010.1.11.)에 의하면, 아래 사실들이 각각 확인된다.

(가) 청구법인과 ○○○가 2004.12.24. 체결한 용역공급계약의 주요내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 ○○○를 위하여 ① 인수후 경영정상화를 위한 인력의 지원 및 전략의 제공, ② 용역기간 중 신제품 개발 연구를 위한 지원 용역의 제공, ③ 신제품 출시시 마케팅 전략수행 지원 업무 및 ④ 상기 각호와 관련하여 회사의 정상화 등을 위하여 필요한 자문의 제공 등의 용역을 제공한다.

2) ○○○는 청구법인에게 기본 보수로 5억원을 지급하고, 수행 용역수수료를 계약체결 후 익월 25일에 1억원씩 10개월간 지급하기로 한다.

3) 계약 당사자간 용역업무를 더 이상 수행하지 않기로 상호 협의한 경우 또는 어느 일방이 정당한 이유없이 본 계약에 정한 의무를 불이행(계약해지를 포함한다)하거나 그 이행을 해태함으로써 본 계약의 지속이 불가능한 경우 상호간에 10일 전에 서면통지하여 계약을 해지할 수 있다.

(나) 청구법인은 ○○○에게 2005.8.25. 및 2005.9.25. 공급가액 각 1억원(합계 2억원)의 매출세금계산서 2매를 교부한 후 동 세금계산서의 공급가액을 과세표준에 산입하여 2005년 제2기 부가가치세를 신고하였고, ○○○ 또한 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

(다) ○○○는 2005.9.28. 청구법인이 당초 약정한 용역을 제공하지 아니하였다는 이유를 들어 청구법인에게 계약해지를 통지하고 2005년 8월분 및 9월분 용역수수료의 지급을 중지하였으며, 청구법인은 2008.9.1. ○○○에게 미지급 용역수수료 2억2,000만원(공급대가)을 2008.9.19.까지 지급하여 달라는 취지의 내용증명을 발송하였다.

(라) ○○○지방국세청장은 2009.9.21.~2009.10.16. 기간 동안 ○○○에 대하여 2005사업연도 법인세 조사를 실시하고 2009.10.22. 위 미지급 용역수수료를 채무면제이익으로 보아 익금산입 및 기타로 소득처분한다는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.

(마) 청구법인은 2010.1.11. 미지급 용역수수료를 면제하지 아니하였으나 ○○○와의 거래를 조속히 정리하기 위하여 위 세무조사결과 통지일을 공급시기로 하여 부(-)의 세금계산서(쟁점수정세금계산서)를 교부한다는 내용의 내용증명을 발송하였고, ○○○는 2009년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점수정세금계산서를 반영하지 아니하였다.

(2) 살피건대, 청구법인은 ○○○지방국세청장의 세무조사결과 통지일에 용역제공의 완료 및 공급가액이 확정되었으므로 쟁점수정세금계산서를 정당한 세금계산서로 보아야 한다고 주장하나, 당초 용역계약에서 계약당사자 일방의 의무 불이행 등으로 계약의 지속이 불가능한 경우 계약을 해지할 수 있는 것으로 약정한 점, ○○○가 2005.9.28. 청구법인에게 계약해지를 통지하고 용역수수료 지급을 중지하였음에도 그로부터 ○○○지방국세청장의 세무조사결과 통지(2009.10.22.)가 있기 전까지 약 4년의 기간 동안 청구법인은 미지급 용역수수료를 지급하여 달라는 내용증명을 발송한 것 이외에 어떠한 법적 조치 등을 취한 사실이 없는 점 등을 볼 때, 청구법인과 ○○○간에 체결된 용역계약은 2005.9.28. ○○○의 계약해지 통지에 의하여 해지되었다고 볼 수 있고, 나아가 ○○○가 쟁점수정세금계산서를 반영하여 부가가치세를 신고한 사실이 없는 반면, 청구법인과 ○○○가 쟁점수정세금계산서를 수수하기로 합의하였음을 인정할 만한 증빙자료도 없으므로 위 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

따라서, 쟁점수정세금계산서의 공급가액을 부인하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.