주 문

○○세무서장이 2010.08.05 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 20,699,770원의 부과처분은 청구인의 사업장인 ☆☆☆☆개발(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx)에 대하여 「조세특례제한법」 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 ☆☆☆☆개발(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx) 및 ★★★★중기(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx)를 영위하고 있는 사업자로서 2008년 귀속 종합소득세 신고시 「조세특례제한법」제7조의 규정에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면 신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인이 ★★★★중기에 대하여 사업용계좌 개설을 신고하지 아니하였다 하여 사업용계좌 미개설에 의한 가산세를 적용하고 중소기업에 대한 특별세액감면 적용을 배제하여, 2010.08.05. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 20,699,770원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.09.06. 이의신청을 거처 2010.12.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 주된 사업장인 ☆☆☆☆에 대하여 사업용계좌 개설신고를 이행하였고, 2008년 종합소득세 신고시 감면신청한 중소기업 특별세액감면 신청금액 18,506,728원 또한, ☆☆☆☆개발에 대한 감면금액이므로 이를 부인하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용함에 있어 다수의 사업장이 있는 복식부기의무자가 일부 사업장에 대하여 사업용계좌 개설신고를 하지 아니한 경우 같은 법 제128조에 따라 해당 과세기간에 감면규정을 적용할 수 없는 것이므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

복수의 사업을 영위하는 청구인이 다른 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 청구인의 사업용계좌 개설 사업장에 대해서도 중소기업 특별세액감면 규정의 적용을 배제한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)국세통합전산만(TIS) 및 종합소득세 등 결정(경정) 결의서에 의하면, 청구인은 2007.06.25. ☆☆☆☆개발(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx)에 대하여 사업용계좌 개설신고(경남은해 xxx-xx-xxxxxxx)를 하였고, 2008년 귀속 종합소득세 신고시 중소기업에 대한 특별세액감면(신청금액 18,506,728원)을 신청한 것으로 나타난다.

(2)살피건대, 「조세특례제한법」제7조 제1항에 의하면 중소기업 중 제조업 등 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 일정한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다고 되어 있고, 같은 법 제128조 제4항 제1호에는 「소득세법」제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간에 대하여 위의 「조세특례제한법」제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 규정을 적용하지 아니한다고 되어 있는바, 중소기업에 대한 특별세액감면 규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 점, 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하는 점을 감안하면, 사업자가 복수의 사업을 영위하는 경우에는 사업용계좌를 개설하지 아니한 해당 사업장에 한하여 중소기업 특별세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2010중3168, 2010.12.30. 같은 뜻임)

따라서, 청구인이 일부 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 사업용계좌를 개설․신고한 청구인의 다른 사업장에 대해서도 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.