심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 철도여객 및 화물운송사업 등을 영위하는 과·면세 겸업사업자로 ○○○선 여객운수 사업(면세사업)과 관련하여 ○○○)로부터 2007사업연도부터 2009사업연도 중 전동차 위수탁 검수용역(과세용역)을 공급받고 공급가액 총 460억1,875만원(2007사업연도 163억6,085만원, 2008사업연도 162억2,624만원, 2009사업연도 134억3,165만원)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았으나「법인세법시행령」제163조의2에서 규정한 기한까지 매입처별 세금계산서합계표를 처분청에 제출하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2006사업연도부터 2008사업연도 법인세 경정청구를 검토는 과정에서 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 매입처별 세금계산서합계표를 「법인세법시행령」제163조의2 제1항에 규정한 기한까지 제출하지 않았음을 확인하고 2010.7.19. 매입처별 세금계산서합계표 미제출가산세를 적용하여 2007사업연도와 2008사업연도의 법인세 환급세액에서 각 1억원을 차감하여 경정하고, 2009사업연도 법인세 1억원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 ○○○선 여객운수 사업(면세사업)과 관련하여 ○○○로부터 전동차 위수탁 검수용역(과세용역)을 공급받고 수취한 2007사업연도 내지 2009사업연도 귀속 매입세금계산서에 대한 합계표를 2010년 3월 처분청에 부가가치세 수정신고서와 함께 제출하였는바, 「부가가치세법」제22조 및 같은법 시행령 제70조의3에 의거 수정신고와 함께 제출한 매입처별세금계산서합계표는「법인세법」제120조의3 및 같은법 시행령 제163조의2 제1항에 규정된 기한 내에 제출한 것으로 적법하고,

「법인세법」 제76조 제9항 제3호 및 같은 법 제120조의3은 매입처별 세금계산서합계표 미제출가산세 부과대상을 “부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 법인”으로 명확히 규정하고 있는바 처분청이 과 ·면세 겸업사업자인 청구법인에게 동 가산세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

면세사업을 영위하는 법인은 재화 또는 용역을 공급받고 세금계산서를 교부받은 때에는 매입처별세금계산서합계표를 다음연도 1월31일 까지 제출하여야 하고 미제출한 경우 공급가액의 1%에 해당하는 가산세를 부담하여야 하는 것인 바, 청구법인과 같이 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하면서도 과·면세 겸업법인에 해당한다하여 명백하게 부가가치세가 면제되는 사업에 사용된 매입세금계산서를 교부받은 경우까지 매입처별세금계산서합계표 제출의무가 없다고 한다면 입법취지 및 법 적용의 형평성에도 어긋나므로 청구법인에게 매입처별세금계산서 합계표 미제출가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

과·면세 겸업사업자인 청구법인에게 법인세법상 매입처별 세금계산서합계표 미제출가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제76조 【가산세】

 ⑨ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호가 적용되는 부분에 대하여는 제1호를 적용하지 아니하며, 「부가가치세법」 제22조제2항부터 제5항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분은 제외한다.

  3. 제120조의3제1항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 같은 조에 따른 기한까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 매입처별 세금계산서합계표에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우

(2) 법인세법 제120조의3【매입처별 세금계산서합계표의 제출】

 ①「부가가치세법」 및 「조세특례제한법」에 따라 부가가치세가 면제되는 사업을 하는 법인은 재화나 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제16조제1항 및 제5항에 따라 세금계산서를 발급받은 경우에는 대통령령으로 정하는 기한까지 매입처별 세금계산서합계표(「부가가치세법」제20조에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 말한다. 이하 같다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」 제20조제4항에 따라 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 법인세법 시행령 제163조의2【매입처별세금계산서합계표의 제출 등】

①법 제120조의3제1항에서 "대통령령이 정하는 기한"이란 매년 1월 31일을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1994.12.28. ○○○와 ○○○선 전동차 위수탁 검수협약서를 체결하고 청구법인의 ○○○선 여객운송사업(면세사업)과 관련하여 ○○○선 전동차 검수용역(과세용역)을 제공받아 오고 있는바 2007사업연도부터 2009사업연도까지 <표1>과 같이 매입세금계산서를 교부받았고,

<표1> 매입세금계산서 수취 내역

                                                              (단위: 매, 천원)

○○○의 검수 용역비용이 부당하게 높다고 판단하여 2006년 1월부터 2009년 9월까지의 발생비용에 대하여 2006.8.31. 서울지방법원에채무부존재확인소송(서울중앙지방법원 ○○○)을 제기하여 강제조정 결정(서울중앙지방법원 ○○○ 2009.9.18.)에 따라 검수용역비를 청산하고 2009.12.31. 공급가액 36억 9,013만원을 감액하는 매입세금계산서를 교부 받은 것으로 조정에 갈음하는 결정조서, 수정세금계산서 등에 나타난다.

(2) 청구법인은 2009사업연도 법인세 세무조정시 강제조정으로 결정된 검수용역비에서 기 공탁한 금액을 차감한 금액(36억 9,013만원)을 손금불산입(유보)하고, 2010.3.17. 위 유보된 금액을 해당 사업연도의 법인세 손금에 산입(△유보)하여 처분청에 2006사업연도부터 2008사업연도 법인세 경정청구를 하였고,

2010.3.26. 청구법인의 서울본부 관할인 ○○○세무서장에게 2006년 2기 예정부터 2009년 2기 예정까지 ○○○의 검수 용역비용과 관련하여 수취한 매입세금계산서(쟁점세금계산서 포함)의 세액을 매입세액과 공제받지 못할 매입세액에 포함하여 부가가치세 수정신고를 하면서 수정 매입처별 세금계산서합계표를 제출하였다.

(3) 처분청은 청구법인이 경정청구한 2006사업연도부터 2008사업연도까지의 법인세에 대하여 검토하는 과정 중에 청구법인이 2007사업연도부터 2009사업연도까지 교부받은 매입세금계산서에 대하여 매입처별 세금계산서합계표를 법정기한 내 제출하지 않았음을 확인하고 <표2>와 같이 청구법인에게 「법인세법」제76조 제9항 제3호 규정에 따른 매입처별 세금계산서합계표 미제출가산세를 부과한 것으로 법인세 경정결의서 등에 나타난다.

<표2> 가산세 부과 내역

                                                                  (단위: 천원)

* 매입처별 세금계산서 합계표 미제출가산세는 2007.1.1.이후 수취분부터 적용

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보건대, 청구법인은 부가가치세 수정신고와 함께 매입처별 세금계산서합계표를 제출하였으므로「법인세법 시행령」제163조의2 제1항에 규정된 기한 내에 제출한 것으로 적법하고,「법인세법」제76조 제9항 제3호 규정에 따른 매입처별 세금계산서합계표 미제출가산세 부과대상에 과·면세 겸업사업자는 포함되지 않는다고 주장하나, 청구법인이「법인세법 시행령」제163조의2 제1항에 규정한 기한까지 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않은 바, 동 기간이 지난 후에 부가가치세 수정신고와 함께 매입처별 세금계산서합계표를 제출하였다고 하더라도 이를「법인세법 시행령」제163조의2 제1항에 규정한 기한 내에 제출한 것으로 볼 수 없는 점, 「법인세법」제120조의3 제1항에서 “부가가치세가 면제되는 사업을 하는 법인이 세금계산서를 발급받은 경우에는 위「법인세법 시행령」제163조의2 제1항에 규정한 기한까지 매입처별 세금계산서합계표를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고 있는바, 동 규정에서 ‘면세되는 사업을 하는 법인’은 과·면세 겸업사업자를 포함한다고 보이는 점, 매입처별세금계산서합계표의 제출의무 규정이 세금계산서 자료수집의 실효성을 강화하기 위한 것이므로 과·면세 겸업법인의 경우에도 당해법인의 면세사업과 관련한 매입처별 세금계산서합계표의 제출의무가 있다고 보는 것이 입법취지에 부합하는 점 등 감안할 때, 청구법인에게「법인세법」제76조 제9항 제3호 규정에 따른 가산세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.