주문

양천세무서장이 2009.8.13. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 5,329,180,590원, 종합소득세 2005년 귀속분 2,220,000원, 2006년 귀속분 2,220,000원, 2007년 귀속분 8,326,880원 및 증권거래세 2007년 7월 귀속분 12,000,000원은 청구인이 (주)***의 설립시점부터 동 법인의 주식 5,400주(지분율 : 30%)를 보유하다가 2007년 중 양도한 것으로 하고, 일반무신고가산세율을 적용하여 각각 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. (주)***[당초 폐업법인인 (주)○○○를 청구인등이 3,000만원에 인수하여 2003.4.16.(주)***로 상호를 변경, 이하 “***‘라 한다]는 파산한 △△그룹 계열사인 (주)△△유통이 소유하던 ○○시 ○○구 ○○동 소재 남*** 부지 및 터미널 운영사업권을 인수한 (주)▼▼와 2003.6.16. 동 터미널 위탁경영 계약을 체결하고 이를 운영하던 중 2007.7.30. 주식 100%를 (주)경안** 등에게 120억원에 양도한 것으로 증권거래세를 신고하였다.

<표1> 한터디앤디 주주의 변동내역

(단위 : 주, %)

주」 주식 명의자 이**․김**은 청구인의 동서이고, 송**은 청구인의 처남이며, 민**․김**는 ▼▼그룹의 전직임원임

나. ○○지방국세청장은 2009.4.23.~2009.7.3. 기간 중 ***에 대한 법인사업자 통합조사와 청구인에 대한 주식변동조사(2009.6.2.이후 청구인에 대한 조세법칙조사로 전환)를 실시하였고, 동 조사기간중인 2009년 5월 청구인, 이**, 임**, 한** 등4인은 위 <표1>의 지분율 및 주주변동내역 등에 불구하고 각자가 실제 소유한 지분이라 주장하는 비율에 따라 한터디앤디 주식의 양도에 따른 양도소득세를 신고(비상장중소기업주식에 대한 세율 : 10% 적용)하였다.

<청구인 주장 주식의 실제 소유자 및 지분율>

<표1>구분① : 청구인 5,400주(30%, 민** 명의신탁→2003.6.30.본인명의 회복)

<표1>구분② : 이** 3,600주(20%, 김**→2004년에 청구인에게 재차 명의를 한 결과 청구인 명의의 지분이 50%가 됨)

<표1>구분③ : 임** 5,400주(30%, 김**→이** 명의신탁)

<표1>구분④ : 한** 3,600주(20%, 송** 명의신탁)

다. ○○지방국세청장은 청구인이 *** 주식 전부(18,000주이며 “쟁점주식” 이라 한다)의 실제소유자이나 이를 처남․동서 등의 특수관계자에게 명의신탁한 것으로 보아 청구인에게 2009.8.17. 쟁점 주식의 양도에 따른 2007년 귀속 양도소득세 5,329,180,590원(부동산 과다보유법인의 과점주주로 보아 누진세율 적용)과 2009.8.13. 2007년 7월분 증권거래세 12,000,000원과 쟁점주식의 소유기간 중 명의자(이**,송**)앞으로 지급된 배당금을 합산하여 종합소득세 2005년 귀속분 2,220,000원과 2006년 귀속분 2,220,000원 및 2007년 귀속분 87,326,880원을 경정․고지하였다.

아울러, ○○지방국세청장은 법정신고기한인 2008.6.2.까지 양도소득세를 무신고하다가 세무조사기간 중 그 사실이 노출되자 부동산과다보유법인에 대한 누진세율 적용에 따른 양도소득세 4,275,004,320원을 회피하기 위하여 본인이 재직중인 회사의 임․직원과 통정하여 동업계약서를 소급하여 작성하는 등 하여 결국 이를 포탈한 것으로 보아 2009.7.31. 청구인을 조세포탈범으로 검찰에 고발하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청의 의견

가. 청구인주장

(1) 청구인이 쟁점주식의 100% 소유자가 아니라 그 중 30%가량의 보유자인 사실이 다음과 같은 주장과 증빙에 의하여 구체적으로 확인된다.

청구인은 임**, 이** 및 한**과 함께 ***를 실제 공동설립하여 운영하였고 쟁점주식 중 각자 지분의 실제 소유자이고, 이는 ① ○○지방국세청장이 2009.7.31. 청구인을 고발한 것에 대하여 ○○중앙지방검찰청 및 ○○고등검찰청에서 8개월에 걸쳐 철저히 조사한 결과, 쟁점주택의 실제 소유자는 청구인과 나머지 3인으로 보아야 한다고 판단하여“혐의없음‘으로 처분한 점, ②임**, 이** 및 한**은 각자의 지분에 대하여 본인들이 실제권리자라는 사실을 일관되게 진술한 점, ③ 쟁점주택의 양도대금인 120억원은 ㉮ 잔금에 대한 질권이 해제된 후 실제 권리자들에게 그 지분비율에 따라 분배되었고㉯ 각자가 분배받은 자금으로 양도소득세를 납부하였으며 ㉰특히 이**는 분배된 24억원중 일부를 상가투자금 등으로 사용한 점 등에 의하여 확인된다.

양도소득세를 포탈하였다는 처분청의 의견은 다음과 같은 사실관계에 대한 오해에서 비롯된 것이다.①청구인과 임**, 이**,한**은 세무사, 공인회계사 그리고 조사 중인 세무공무원에게 조언을 구하여 세법상 문제가 없을 것이라고 예상되는 실제소유자의 명의로 세무신고를 하였는데, 이는 법인세 신고시 첨부된 주식 등 변동상황명세서상의 청구인 지분이 50%이지만 조사과정에서 실제 지분은 30%라는 사실을 세무공무원에게 충분히 소명하였고 조사가 진행 중 이라서 달리 신고를 할 수 없었고, ②2003년 설립당시 ***는 남부*** 부지를 인수하려는 계획이 전혀 없었으나, 대한**의 설**회장이 사망한 이후 체결된 변경사업시행약정에 따라 터미널 부지를 인수하게 된 것이며 이는 2004년말 김*인명의 지분 20%가 청구인 명의로 옮겨져서 청구인 지분이 50%가 되어 누진세율의 적용대상인 과점주주가 된 점에도 나타나며, ③쟁점주식을 차명으로 하여 분산한 것은 실제 주주들이 (주)**의 관련자들이므로 강성노조의 반발이 우려되는 등 부득이한 사정이 있었기 때문이었고 특히 이**, 한**는 차명주주를 요구하여서 청구인의 친․인척 명의롤 이용한 것이고, ④동업계약서 등을 소급작성한 것은 이를 일괄하여 보관하던 임○○이 2008년 10월경 ***의 대표이사에서 강제 해임되는 과정에서 원본을 분실함에 따라 동일한 내용으로 재작성한 것일 뿐이며, ⑤쟁점주택 매각대금의 분배가 지연되어 2008년 4월부터 진행된 것은 대한**(주)가 ‘○○시 교통국과의 협의완료’시 지급하는 조건으로 질권이 설정된 잔금의 지급이 불확실한 상황 때문이었고, 그 과정에서 자금을 일괄 관리한 임**이 자기의 책임하에 펀드에 투자를 하였다가 40억원에 이르는 손해를 보자 이를 만회하기 위하여 타인의 예금계좌를 이용하였던 것이다.

처분청이 쟁점주택의 실제 소유자를 판단하여 과세함에 있어 사실관계에 대한 명확한 확인이 없이 추정하였는 바, 주식양도대금의 전부를 청구인의 소유로 보아 양도대금의 입금처를 인정하지 아니하였으며, 설립 초기부터 부동산 과다보유법인의 주식에 해당될 것이 예상되어 누진세율의 적용을 회피하고자 주식의 명의를 위장하였다고 인정할 만한 뚜렷한 입증자료도 없이 그와 같이 단정하였고, 임**등이 해당 지분의 실제 소유자라고 일관되게 진술하고 이를 뒷받치할 만한 증빙이 충분함에도 객관적인 과세근거를 제시하지는 아니한 채 ‘이상하다’는 개연성만 가지고 쟁점주식을 청구인이 소유한 주식으로 오해하였는바, 검찰의 수사에 의하여 이미 확인된 바와 같이 다수의 객관적 증거에 비추어 볼 때, 쟁점주식의 실제소유자는 청구인 1인이 아니라 청구인과 나머지 3인임이 명백하다.

 (2) 쟁점주식의 양도시기는 명의개서일이 속하는 2007년이 아니라 잔금청산일이 해당되는 2008년이다.「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 비상장주식의 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일을 양도시기로 한다고 규정하고 있는 데, 쟁점주식은 2007.9.14. 양수인 명의로 주권을 발행하여 명의개서가 되었으나, 이는 은행의 대출과 관련하여 질권설정의 목적으로 한 것에 불과하고 잔금인 30억원에 질권이 설정되어 있어서 청산되지 아니한 이상, 소유권이 이전된 것으로 볼 수는 없으므로 대금청산일인 2008.10.30.을 양도시기로 보아야 한다.

(3) 이 건은 부당무신고가산세율(40%)의 적용대상이 아니라 일반무신고가산세율(20%)의 적용대상에 해당된다.

「국세기본법」제47조의2 및 같은 법 시행령 제27조 제2항에서 부당무신고가산세가 적용되는 “부당한 방법”에 대하여 ① 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장(제1호), ②허위증빙 또는 허위문서(이하“허위증빙 등”이라 한다)의 작성(제2호), ③장부와 기록의 파기(제4호), ④재산을 은닉하거나 소득․수익․행위․거래의 조작 또는 은폐(제5호), ⑤ 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급.공제받기 위한 사기 그 밖의 부정한 행위(제6호)를 규정하고 있으나, 청구인은 동업계약서를 허위로 작성한 사실이 없는 등 쟁점주식의 양도소득에 대한 신고에 있어서는 “부당한 방법‘을 사용한 사실이 없다는 점이 검찰수사에 의하여 이미 확인되었고, 특히 처분청 의견과 같이 2007년을 쟁점주식의 양도시기로 보아야 한다면 청구인이 한 것은 기한후신고이기 때문에 처분청도 신고경위를 자세히 알고 있어 이를 ”부당한 방법“에 의한 것으로 볼 수는 없으므로 처분청의 의견대로 쟁점주식 양도시기를 잔금청산일이 아니라 명의개서일로 본다 하더라도 이는 세법해석의 차이에 기인한 것이어서 20%의 일반무신고가산세를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인 주장 (1)에 대하여 본다.

(가) 처분청은 2008.2.16.~2009.5.8. ***주식 900주를 6억원에 취득한 한국**(주)에 대한 조사중 청구인 등이 쟁점주식을 양도하였음에도 이를 무신고한 사실을 인지하였고, 이**의 하나은행 예금계좌에 대한 금융거래조사(2009.2.27.)등을 통하여 자신이 무신고한 사실을 인식한 청구인에 의하여 2009년 3월초부터 임** 및 김**세무사가 쟁점주식의 양도경위에 대하여 진술하였으며, 2009.4.23.한터***에 대한 조사에 착수하자 2009.5.15. 공식문서로 소명서를 접수하였는 바, 청구인이 양도소득세를 신고할 목적으로 2009.2.28. 동업계약서 등을 작성하고 2009.3.4. 이를 출력하여 처분청에 제출하였다는 주장은 이** 컴퓨터의 전자화일등을 감안하여 일방적인 허위에 불과하며, 형사사건 및 행정사건은 입증정도를 달리하는 것이고 형사사건에 대한 무죄판단이 법원의 사실인정을 구속하는 것은 아니므로 관련한 ○○지방검찰청과 ○○고등검찰청의 수사결과에 따라 당초 처분이 부당한 것은 아니다.

(나) 공동창업자 4인이 각자의 개인적인 이익을 목적으로 출자한 지분에 대하여 본인들이 실제권리자라고 주장하나, 청구인을 제외한 3인은 ①동업계약서외에 본인들이 한터***의 주주임을 입증할 만한 증빙이 전혀 없다고 진술하였고 동 동업계약서는 청구인이 양도소득세를 포탈할 목적으로 소급하여 작성한 사실과 다른 계약서이며, ②본인들이 명의신탁을 하였다고 주장하는 이** 등은 알지 못하는 타인이고 이** 등도 인감증명서와 도장을 건네주었을 뿐이지 명의신탁계약서를 작성한 적이 없다고 진술하였고, ③ 한터***가 2005년부터 2007년까지 현금배당을 실시할 때 본인들은 배당금을 수령한 사실이 전혀 없으며, ④ 9차례 개최된 주주총회에서 주주로 참석한 적이 없고, ⑤ 주식양도와 관련한 사항(양수자, 양도금액)이나 질권을 설정한 내역 등을 알지 못하여 실질주주로 볼 수 없으며, 그 밖에 ⑥ 위 3인 중 이**.한**은 한터***설립당시 관여하지 아니하였거나 급여 등을 지급받은 사실이 없고, ⑦ 처분청에 제출된 동업계약서 등의 작성시점(2009년2월 작성한 것이거나 혹은 원본서류의 사본), 영수증 작성경위(교부사실이 없거나, 청구인이 교부), 지분율(청구인과 임**이 상의하여 결정하여나 또는 알지 못함), 청구인의 형인 조**명의 펀드계좌의 실제소유자(소유자를 다르게 진술)등에 대하여 상호 불일치하는 진술을 하거나 허위진술을 하였다.

(다) 쟁점주식의 양도대금 120억원 중 임** 명의 예금계좌에 입금된 금액의 실제소유자가 임** 등이라 주장하나 이는 전혀 신뢰성이 없는 일방적인 주장에 불과한 것임이,①다수의 사례(이**.송**.조**.임**의 누이 임**와 배우자인 손** 명의 하나은행 예금계좌, 하나은행 광진교 지점장이 임**에게 개설하여 건넨 남**.송**.윤**.박**.신** 명의 예금계좌 등)에서 예금명의자와 실제소유자가 다른 경우가 확인되는 등 주식양도대금으로 수령한 금원을 불특정 다수의 타인 명의를 임의로 도용하여 자금세탁한 행태에 비추어 예금계좌 명의자와 실제 소유자가 다를 개연성은 충분하고, ②이**가 홈플러스의 개점비용 등으로 지출하는 시기가 2009.3.26.이므로 양도소득세의 포탈사실이 처분청에 노출된 이후라서 진실성이 의심스럽고, 이**.한**은 쟁점주식대금의 입.출금에 전혀 관여한 사실이 없다고 진술하고 있으며, ③특히 2007.7.30. 이후부터 양도소득세의 포탈사실이 처분청에 노출되기 전까지 청구인만이 주식양도대금으로 수령한 금원 중에 15.6억원을 인출하여 다른 법인주식의 취득자금으로 사용하거나 배우자의 은행대출금을 변제하였고 임**.이**.한**이 2008.12.31. 현재에 대출금이 남아 있거나 마이너스 예금통장을 사용하는 상태임에도 2007.7.30. 입금된 수십억원의 예금자산을 채무상환 등에 사용하지 아니한 것은 일반적인 경우가 아니어서 임** 등의 명의인 예금계좌는 청구인이 양도소득세를 포탈할 목적으로 개설한 도관에 불가한 사실 등에 의하여 입증된다.

(라) 한터*** 설립당시 강성노조의 반발이 우려되는 상황이라는 청구인 주장 또한 대한**(주)가 남*** 및 동 사업권을 인수한 2003.6.16. 이후 실제소유자 명의로 환원하지 아니한 점에서 신빙성이 없으며, 대한**(주)에 대한 협상력을 강화한다는 청구인주장 또한 이**의 전자문서화일 또는 강**의 진술 등에 의하면 대한**(주)가 한터***의 실제소유자가 청구인임을 알고 있었던 점에서 설득력이 부족하며, 2007.7.30. 쟁점주식을 양도할 당시에 이미 부동산 과다보유법인으로서 양도소득세 확정신고기한이 도래한 2008년 4월말부터 양도소득세를 포탈하려는 의도로 차명예금계좌를 개설하여 자금을 세탁하고 임** 등의 명의로 주식 양수대금을 분산하였다.

(마) 청구인이 쟁점주식의 100%를 보유한 주주임은 ①한터*** 주주총회 중 청구인만 참석한 경우가 5회인점, ②이**가 작성한 전자문서화일에 임** 등은 주주가 아니고 청구인만이 주주인 것이 나타나는 점, ③3차례의 현금배당을 실시한 내용과 관련하여 조사한 결과 청구인 일가만이 사적 용도로 사용한점, ④ 남*** 부지의 개발과 관련하여서 금융기관으로부터 대출을 받으면서 쟁점주식 중에 70%를 담보로 제공하였음에도 실제 소유자라 주장하고 있는 이**와 한**은 이를 알지도 못하였고 주식을 양도한 후 증권거래세를 신고.납부한 사실도 전혀 알지 못한 점, ⑤주식명의자인 이**,송**은 청구인의 요청으로 인감증명서 등을 주었으며 실제소유자들은 알지도 못하며 명의신탁계약서를 작성한 사실이 없다 진술한 점, ⑥ 법인을 설립한 후 몇 개월이 지난 2003년 6월이후 주식명의자가 청구인 및 인척(동서 이**.김**,처남 송**)이된 점 등에 의하여 확인되고, 또한 청구인은 신빙성이 있는 증빙서류를 전혀 제시하지 못하기 때문에 임** 등이 쟁점주식의 주주라는 주장은 전혀 신뢰성이 없다.

(2) 청구인 주장(2)에 대하여 본다.

관련 법령 및 다수의 심판결정사례 등에 의하면 주식양도대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 청산하기 전에 명의개서 등을 한 경우에는 당해 명의개서일을 양도시기로 보아햐 하는 바, 쟁점주식의 양도당시 한터***의 주주로 등재된 청구인.송**.이**와 대한**(주).주식양수자 간에 체결한 이행확약서, 주식양도계약서 등에 의하면 양도대금을 수령(2007.7.30.)함과 동시에 양수자 명의로 명의개서하는데 필요한 절차를 이행하기로 약정하여 주식양도대금인 120억원을 받고 양수자의 앞으로 명의개서를 한 사실이 2007.8.1. 현재의 한터***주주명부에 의하여 확인되며, 이러한 사실은 청구인 등이 2007.7.30. 을 주식양도일로 하여 2008.7.10. 증권거래세를 신고한 것에 의하여도 확인되는 만큼, 쟁점주식 양도시기를 명의개서 등이 완료된 2007년으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(3) 청구인 주장(3)에 대하여 본다.

청구인이 양도소득세의 포탈사실을 은닉하기 위하여 동업계약서 등을 거짓으로 작성하여 처분청에 제출한 사실이 있는데, 동 행위는 「국세기본법시행령」제 27조 제2항 제2호내지 제6호에서 규정하는 방법에 해당하므로 부당무신고가산세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 부동산 과다보유법인 주식의 100% 소유자인지 또는 단지 30%소유자인지 여부

② 동 주식의 양도시기가 2007년인지 2008년인지 여부

③ 양도소득세를 과세할 경우 이 건이 부당무신고가산세율(40%)의 적용대상인지 일반무신고가산세율(20%)의 과세대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(명의)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

제47조 의2 【무신고가산세】

① 납세자(「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 포함하고, 상속세와 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제27조 또는 제57조에 따라 가산하는 금액을 포함하며, 부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "산출세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 복식부기의무자(이하 이 절에서 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인이 소득세 과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 납부할 소득세액 또는 법인세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

② 제1항에도 불구하고 부당한 방법(납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장한 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법을 말한다. 이하 이 절에서 같다)으로 무신고한 과세표준(부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "과세표준"이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당무신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당무신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 소득세 과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 부당무신고가산세액과 부당한 방법으로 무신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당무신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다. <개정 2010.12.27 부칙>

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3, 제47조의4 및 「부가가치세법」 제22조제8항에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고·납부를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

(2) 국세기본법시행령 제 27조 【무신고가산세】

② 법 제47조의2제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록

2. 거짓 증명 또는 거짓 문서(이하 이 조에서 "거짓증명등"이라 한다)의 작성

3. 거짓증명등의 수취(거짓임을 알고 수취한 경우만 해당한다)

4. 장부와 기록의 파기

5. 재산의 은닉이나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위

(3) 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27 부칙>

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산

제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(4) 소득세법시행령 제158조 【기타 자산의 범위】① 법 제94조제1항제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등

가. 당해 법인의 자산총액중 법 제94조제1항제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

나. 당해 법인의 주식등의 합계액중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 심판청구서, 검찰 불기소이유고지서, 처분청이 제출한 관련자들의 문답서, 답변서 등의 심리자료를 종합하여 보면 다음과 같은 사실관계가 인정된다.

(가) 한터***의 설립과정에 대하여 보면, 아래와 같다.

 1) 청구인은 파산한 진***계열회사이자 청산형화의가 진행중인 (주)**의 대표이사(2001년2월~2003년 8월)로서 당해 법인이 소유하는 남*** 매각 등의 청산업무를 담당하였고, 청구인이 쟁점주식의 주주라 주장하는 임종훈은 재무담당 이사였으며, 이**.한** 또한 전직 임.직원이었다.

 2) 청구인이 대한**(주)의 회장인 ***을 방문하여 국세체납액을 정리할 것을 요청하자 이를 수락하여서 남***을 대한**(주)가 낙찰 받을 수 있도록 조치하였으며, 청구인이 남***을 운영하면 (주)**의 소속 직원인 400명의 고용 등을 보장할 수 있기 때문에 동 법인의 경영자로서 가지고 있던 터미널운영사업 노하우를 바탕으로 남***에 대한 위탁운영사업을 영위하고자 하였다.

 3) 그에 따라 2003년 4월 임**으로부터 폐업법인 (주)** 주식 18,000주(발행주식총수의 100%이고 주당액면가액은 10,000원임)를 30백만원에 인수하였고[인수한 주체인 출자자와 관련하여 청구인과 처분청의 견해가 상이하다], 동 법인의 상호가 한터***로 바뀌었는데, 설립당시인 2003.4.16. 현재 「주주등의 명세」에 김**가 30%, 민**이 30%, 김**이 20%, 송**이 20% 지분을 각각 소유한 것으로 기재되어 있으며, 주주로 등재된 김**이 2003.4.16.-2003.6.30. 기간 동안, 청구인이 2003.6.3.-2007.8.31. 기간 중, 임**이 2007.8.31.-2008.10.7.[퇴직사유 : 해임]기간 동안, 김**가 2008.10.7.-2008.12.23.[경안**로 흡수합병되어 해산됨]기간 중 각각 대표이사를 역임한 것으로 나타난다.

(나) 한터***가 사업을 영위한 내용은 다음과 같다.

 1) 대한**은 2003.6.16. 법원경매를 통하여 750억원에 남*** 부지를 매수하였고, 같은 날 한터***는 대한**과 남*** 위학경영계약서를 작성하여 위탁운영사업을 개시하였다.

 2) 한터***가 2003.11.12. 대한**과 남*** 복합단지의 개발사업 시행약정서를 체결하였다가, 동 개발사업의 시행이 지연됨에 따라서 2005.6.1. 동 사업시행 변경약정서를 체결하여 남*** 및 영업권을 한터***가 매입하여 개발사업을 시행하기로 하였다.

 3) 한터***는 2006.7.28 1,380억원의 대출[브리지론, 당시 한터***주식 70%(청구인 지부 50%, 송**지분 20%)에 대하여 근질권이 설정됨]을 성사시켜서 남*** 부지를 1,148억원에 인수하였고, 대한**은 매도계약시 남*** 복합단디 개발사업을 위한 프로잭트파이넨싱을 1년 이내에 성사시키지 못할 경우 일체의 권리를 포기하고 이를 대한전선 또는 동법인이 지정하는 자에게 양도하는 조건을 부동산매매계약 부대약정서 제2조(개입권행사)에 명기하였다.

 4) 한편, 한터***는 남*** 부지 인수에 따라 2006.12.31. 현재 대차대조표에 의하면 자산총계 149,472,484,326원 중 부동산 가액의 합계액이 120,696,100,151원이어서 80.748%에 해당되므로 「소득세법」제 94조 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제 158조 제1항제 1호가목의 규정에 의한 부동산과다보유법인이 되었다.

 (다) 한터***주식의 양도 및 대금수수한 내용은 아래와 같다.

1) 대한**이 개입권을 행사하여 2007.7.30. 아래<표2>와 같이 쟁점주식이 120억원에 경** 등 5개업체에게 양도되어 대금은 주식 명의자의 예금계좌로 각각 이체되었다.

<표2> 쟁점주식 양도내역 (단위 : 주, %, 백만원)

 2) 위 개입권의 행사는 제3대주로 130억원을 대출한 대***이 대출금을 회수하려 하자 전체의 만기가 연장디지 아니하였기 때문이였고 이 과정에서 대***과 한***간의 분쟁이 발생하였는데, 2007.6.8. 현재 남부***감정평가액은 210,394,871,000원이고, 2007년 7월 소득세법 시행령 제 165조에 따라 평가한 쟁점주식의 가액은 26,169,840,000원이다.

 3) 쟁점주식의 양도에 대한 증권거래세는 소유자로 등재되어 잇는 청구인(2건), 이**(4건), 송**(1건)의 명의로 2007.8.10. 신고 납부되었는데, 동 신고서상 양도일은 2007.7.30.로 기재되어 있었고, 그 후인 2009년 5월 청구인, 임**, 한**, 이**는 주식양도일을 2008.10.30.로 하여 각각 양도소득세를 신고납부하였다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

 (가) ○○지방국세청장은 2009.7.31. 청구인을 조세포탈(허위동업계약서 작성 등에 의한 누진세율 회피를 통하여 양도소득세 4,275,004,320원 포탈) 혐의로 고발하자, ○○중앙지방검찰청 검사장은 2009.12.31. 이에 대하여 혐의없음으로 처분하였고, 그 결정에 불복하여 ○○지방국세청장이 제기한 항고에 대하여 서울고등검찰청 검사장은 2010.3.25. 기각하였다.

 (나) ○○지방검찰청이 수사한 내용은 다음과 같다.

1) ○○지방국세청장은 청구인이 쟁점주식을 실질적으로 소유하고 있음에도 이**(30%), 송**(20%)에게 명의를 신탁하였으며, 위 주식 전체를 2007.7.30. 경**등에게 양도하고 120억원의 대금을 수령하여 법정신고기한인 2008.6.2.까지 양도소득세를 신고하여야 함에도 부동산 과다보유법인 주식의 양도당시 누진세율이 적용되는 것을 회피하기 위하여 무신고하다가 ○○지방국세청장의 세무조사로 인하여 조세를 포탈한 사실이 드러나자, 2009년2월말 임**, 이**,한**과 동업한 사실이 없고, 3인이 출자한 사실이 없음에도 동업계약서, 출자금영수증, 주식명의신탁계약서(이하 “동업계약서” 등 이라 한다)를 허위로 작성하고 이에 근거하여 2009년 5월 초순 주식 양도일자를 2008.10.30.자로 하여 양도소득세를 신고하는 등의 행위를 한 것으로 보아 청구인을 고발하였다.

2) 이에 대하여 청구인은 본인이 (주)**대표이사로, 임**은 임원으로 각각 재직 중이었고, 이**.한**은 동 법인의 간부출신으로 명의를 드러내는 것에 반대하여 청구인은 민**, 임**은 김**, 이**는 김**, 한**은 송**에게 쟁점주식을 명의신탁하였고, 2007.7.30. 주식을 양도한 후 주식 명의자 예금계좌로 양도대금 120억원을 수령하였으며, 2009.2.28. 동업계약서 등을 작성한 것은 사실이나, 2003년 3월~6월 경 작성한 동업계약서 등을 보관하던 임**이 2009년 2월 중순 이를 분실한 사실을 알게되어 당시 작성한 내용 그대로 재작성한 것이지 허위는 아니라고 주장하였고, 임**.이**.한**.이** 등도 이에 부합하는 진술을 하였다.

 3) 서울납부지방검찰청 검사장은 ① 청구인, 이**, 송**,임**, 이**, 한**에 대한 금융거래종보자료에 의하면 위 양도대금 90억원이 2007년 4월말부터 2008.5.30.까지의 사이에 임**, 이**, 한**에게 각자 지분대로 분산되었고, 2008.10.30. 청구인명의 에스크로 예금계좌에 대한 질권이 해지되자 2008.11.7.부터 2008.11.12.까지 나머지 30억원도 실질주주들에게 지분대로 지급되어 합계120억원이 청구인에게 집중되지 아니한 점, ② 청구인은 2009.3.3. 서울지방국세청장이 세무조사를 하고 있다는 사실을 알게 되었으며 동업계약서 등은 2009.2.28. 작성되어 2009.3.4. 출력된 것이므로 피의자가 세무조사에 맞추어 양도소득세를 포탈하기 위한 허위의 자료로 보기는 어렵고 동업계약서를 작성한 이**의 진술과 청구인의 진술이 일부는 부합하는 점,③2008.10.30. 에스크로 예금계좌에 설정된 질권이 해지되어 당일 쟁점주식의 양도대금 전액을 지급받은 점 등에 비추어 청구인이 사기 기타 부정한 행위에 의하여 조세를 포탈한 혐의를 인정할 만한 다른 증빙이 없어 증거가 불충분하므로 혐의없음으로 처분하였다.

(다) 처분청이 보는 사실관계 및 청구인의 반박은 다음과 같습니다.

 1) 동업계약서 등의 증빙서류 및 그 작성경위와 관련하여 이**의 컴퓨터내에 남아 있던 전자문서 파일을 보면 아래와 같다.

 가) 한***에 2005.2.1. 입사한 뒤 동 법인이 경***에게 흡수된 이후에도 근무하고 있던 이**의 컴퓨터내에 있는,

“2008/자문사/변호업무”폴더에는 “080225사건의 전개상황”(작성일자 : 2008.2.25.)

이라는 파일이 존재하는데, 당해 내용은 대***이 납부터미널부지를 취득한 2003년 6월부터 쟁점주식이 양도된 2007.7.30.까지의 사업진행과정 및 쟁점주식 양도경위 등이며, 동 파일안에 ‘16, ***사 대표 한***대표에 대한 최종적 압박“이라는 문단에 ”T사 대표는 임**가 와서는 본인이 주주도 아닌데 이래라 저래라 할 만한 사항이 아니라고 하더라 하자“라는 구절이 적시되어 있으며,

“2009/조회장”폴더 내에 “030404 주식명의신탁계약서”, “030304동업계약서‘, ”030620출자금영수증“ 파일이 있고, 이에 대하여 이**는 2009년 2월 내지 3월경 임종훈이 기본적인 내용이 작성된 문서를 본인에게 전달하면서 문서를 정리할 것을 요청하여 본인이 타이핑한 문서이며, 임**이 전한 문서에는 인적사항이나 금액 등은 수기로 작성되었으며, 임**이 제공한 문서의 기본적 양식 및 수기로 작성된 부분을 본인의 컴퓨터에 입력하여 저장하고 임**에게 출력.전달하였다고 진술하였으나, 동 파일들은 모두 작성한 날짜가 2009.3.4.로 되어 있었으며, ”2009/조회장“ 폴더내의 ”설명자료“(작성일 : 2009.3.6.)에는 쟁점주식의 이동과 관련한 내용이 기재되어 있었는데,

 나) 처분청은 청구인이 양도소득세를 무신고한 사실이 노출된 것을 알고(처분청은 2009.2.24. 이**의 인적사항 및 전화번호 등을 조회한 뒤 2009.2.27. 이 ** 주식의 양수도대금에 대한 금융추적조사를 착수함)처분청에게는 사실과 다른 동업계약서를 작성하여 제출한 후 최종적으로 2009.5.15. 공식문서“쟁점주식의 양도에 대한 소명”을 ○○지방국세청장에게 접수하였다는 의견이다.

2) 쟁점주식의 실제소유자와 관련하여 실시한 금융거래자료를 조사한 내용에 의하면, 다음과 같은 사실관계가 인정된다.

가) 증권거래세 납부관련 금융조사자료를 보면 청구인, 이**,송**은 2007.8.10. 증권거래세 합계 60,000,000원을 납부하였는데, 동 금액의 자금원천은 청구인의 하나은행 계좌***에서 2008.7.10. 인출된 260,000,000원인 것으로 나타나고,

나) 한**배당금 지급자료, 영수증 등에 의하여 배당금에 대하여 조사한 결과, 한***는 2005.4.4.[수표발행], 2006.4.3.[현금지급], 2007.4.6.[현금지급] 각 72,000,000원의 현금배당을 실시(원천징수세액을 제외하면 실지 배당액은 60,912,000원)하였는데, 청구인은 종합소득 합산과세(4천만원)가 되지는 아니할 정도로만 배당을 실시하기로 합의한 후에 배당금 수령액 전체를 한***의 경비로 사용하였다고 주장하나, 그 중 2005년 배당금 중 35,000,000원을 청구인 및 배우자의 (주)***인수자금.증자자금으로 사용하였다.

다) 쟁점주식 양도대금(120억원)이 2007.7.30. 입금된 후 2008.4.29.부터 실제 주주라 주장하는 임**, 이**,한**의 예금계좌로 인체되었으나 그 이전까지 동 자금을 사용한 자는 청구인 뿐이며, 이 건 세무조사를 실시한 이후인 2008.4.29부터 2008.5.30.까지 임**, 이**,한** 계좌로 각 7억원, 18억원, 8억원이 이체되었던 바, 임**은 경기도 ○○시에서 전세를 살면서 한도 2천만원의 마이너스 예금통장을 이용중이고, 한**은 ○○시 ○○구 소재 배우자 명의 다가구주택에 거주하면서 26백만원의 국민은행 마이너스 예금통장 대출을 사용중이며, 이**은 경기도 광주시의 배우자 명의 아파트에 거주하면서 33백만원의 국민은행 마이너스예금통장 대출을 받는 중임에도 고액의 쟁점주식 양도대금이 입금된 예금계좌의 금액을 인출하여 이을 지출하지 아니한 것으로 나타나고, 이에 대하여 처분청은 2007년귀속 양도소득세 확정신고기한이 도래할 즈음 실제의 지분에 따라서 배분한 것이 아니라 다른 목적하에 분산한 것이라는 의견이고, 청구인은 2007년말부터 이**및 한**으로부터 쟁점주택 양도대금의 배분에 대한 요청이 있었으나, 에스크로 예금계좌에 대한 질권이 해제되는 시점에 일괄적으로 배분하려다 2008년 4월 임**이 대***의 대표자인 임**으로부터 질권을 해제하여 주겠다는 약속을 받아서 배당가능한 금액부터 배분하기로 합의하였다는 주장이다.

라) 2008년 5월이후에 차명의 예금계좌에서 11억원이 혐금으로 인출된 후 수차례의 금융거래를 통하여 청구인 4억원, 한**3억원, 이**1억원,조**명의 펀드계좌 3억원으로 배분된 사실이 있는데, 이에 대하여 처분청은 차명계좌를 이용하여 주식양도대금을 입.출금한 것은 실제 소유자를 숨기기 위하여 자금을 세탁한 것이라는 의견이고, 청구인은 임** 본인이 관리하던 쟁점주식의 양도대금으로 운용한 펀드에서 발생한 손실을 만회하고자 자금원천을 숨기고 대부사업을 하려고 한 것이라는 주장이다.

3) 실질적인 주권행사와 관련하여 조사한 내용은 다음과 같다.

가) 한*** 주주총회 기안문 등에 의하여 확인한 주주총회 참석현황은 아래<표3>과 같아 총 9회의 주주총회 중실제 주주라 주장하는 자 중 참여한 자는 청구인 외에는 없었으며, 상당수의 주주총회는 청구인이 단독으로 참석하여 의결한 것으로 되어 있고,

<표3>한***주주총회 참석현황

나) 한**, 이** 등은 각 지분이 본인 소유라 주장하나 주주총회 참석이나 배당금 수령 등의 주주로서의 행위를 일체 하지 아니하였으며, 쟁점주식 양도대금 중에 70%에 대한 질권설정 사실, 그 중 본인의 지분율을 명확하게 알지 못한다고 처분청에 답변하였다.

4) 기타 청구인등에 대하여 작성한 문답서에 의하면 다음과 같이 관계자들 간의 진술 내용이 서로 상이한 사실이 나타난다.

가) 처분청에게 제출한 증빙서류인 동업계약서 등인 2003년에 작성된 원시증빙서류의 복사본인지 여부에 대하여 청구인과 임**은 2009년 2월에 다시 작성된 서류라 주장하고 있는 반면, 이**.한**은 2003년초에 최초로 작성된 것의 복사본이라고 달리 답변하였다.

나) 쟁점주식 명의신탁계약서를 작성한 경위에 대하여 청구인은 2009년 2월 본인을 포함하여 임**, 이**, 한**이 2003년에 작성한 원본계약서의 내용과 같음을 확인하고 가각 서명하고 날인하였다고 주장하나, 임**은 2009년 2월 본인이 보관 중이던 이**의 도장으로 본인 혼자서 작성하였다고 진술하였으며, 이**은 임**이 2003년 4월 가지고 와서 본인에게 확인한 후 서명날인을 요청하여 직접 서명날인을 하였다고 진술하였지만 한**은 한***에 투자 하고 나서 얼마 있지 아니한 때 작성하였다고 진술하였다.

다) 출자금 영수증 작성경위에 대하여 청구인은 임**에게 영수증을 교부한 사실이 없다고 답변하였고, 임**은 본인이 영수증을 작성하여 수령인을 청구인으로 하여 교부하였다고 진술하였으며, 이**.한**은 2003년3월 한**주식의 취득자금으로 청구인에게 6백만원을 건네 주고 교부받았다고 대답하여 각각 다르다.

라) 한***지분율 결정 경위 및 근거에 대하여 청구인은 본인과 임**이 상의하여 투자한 금액에 따라 결정하였다고, 임**은 아무런 의미도 없이 만든 지분율로서 본인과 청구인이 결정하였다고 , 이*8은 2003년 3월 청구인에게 영수증을 수령할 시점에 청구인, 임**이 본인의 지분이 20%라 이야기 하여 알게 되었다고, 한*은 투자와 관련한 모든 일은 청구인이 알아서 처리하여 달라고 주문하여 자세한 내용은 본인도 모른다고 각각 다르게 진술하였다.

마) 2004년중 김○○ 명의 주식 3,600주가 ‘기타사유’로 청구인 명의로 변경된 경위에 대하여, 청구인은 2004사업년도의 법인세 신고시점 이전에 이**와 주식명의신탁계약서를 작성하였다고 주장하였으나, 이**은 명의신탁계약서를 작성한 적이 없다고 답변하였다.

바) 그 밖에 청구인의 형인 조** 명의 펀드 계좌에 남겨진 3억원의 실제소유자 등에 대하여도 각자가 상이한 대답을 하였다.

(라) 청구인은 조세심판관회의에 출석하여서, ① 이 건은 ○○지방국세청장이 남***을 인수한 대***을 조사하는 과정에서 한***를 위장계열사로 오인하여 과세 및 고발한 사건이며, ② ○○지방국세청장의 고발에 따라 ○○지방검찰성과 ○○고등검찰에서 9개월에 걸쳐 ⅰ) 창업.동업의 동기와 주주 4인 간의 역할배분 ⅱ) 개인별 자금출처와 흐름 ⅲ) 양도대금의 주주4인 지분에 따른 배분 등을 명확히 규명하고 무혐의처분을 하였고, ③ 청구인 등이 그 과정에서 당초 작성한 동업계약서를 분실하거나, 쟁점주식 양도대금의 일부를 운용하는 과정에서 차명계좌를 이용하는 등 사무처리가 미숙한 면이 있었으나 그렇다 하여 청구인을 쟁점주식 100% 소유자로 보아 과세한 처분은 부당하다는 취지의 의견진술을 하였고, 이은 위 (나)에서 적시한 검찰의 수사내용과 일치하는 것으로 보인다.

(마) 이상의 사실관계를 종합하여 보면, 청구인은 쟁점주식 중 본인 소유지분은 30% 뿐이라는 주장이며, 처분청은 쟁점주식의 100%소유자가 청구인이라는 의견인 바,

1) 비록, 형사사건과 행정사건은 입증의 정도를 달리하고 있어서 형사사건에서 검찰의 혐의없음 결정이 반드시 우리 원의 사실인정을 구속한다 볼 수는 없을 것이나, 이 건의 경우는 청구인이 쟁점주식의 100%의 소유자인지 30%소유자인지 여부에 따라서 부동산과다보유법인의 과점주주 해당여부 및 그에 따른 조세포탈의 여부가 결정되는 특별한 사정이 있으므로 검찰의 수사결과는 이 건 과세처분과 밀접한 관련성을 가지고, 국가 형벌권을 행사하는 검찰에서 당사자에 대하여 수사한 내용을 그 자체로 강한 증거력을 갖고 있으며 처분청에서 동 수사 이후에 특별한 반증을 제출한 바도 없으므로 이 건의 경우에는 검찰의 수사내용중에 과세요건에 관한 부분은 이를 유력한 증빙으로 인정하여야 할 것이다.

2) 청구인이 쟁점주식 100% 소유자인지, 30% 소유자인지 여부는 청구인이 제출한 동업계약서의 진정성 여부에 따라 판단하여야 할 것인바, ○○지방국세청장이 조사한 바와 같이 위 동업계약서가 소급하여 작성된 사실을 인정한다 하더라도 그 내용이 당초의 내용과 동일한 것이라면 위 계약서는 진정한 것이라 하여야 할 것인바 이에 대한 검찰의 수사내용을 보면 청구인이 2009.3.3. ○○지방국세청장이 세무조사를 하고 있다는 사실을 알게 되었으며 동업계약서는 2009.2.28. 작성되어 2009.3.4. 출력되어 세무조사에 맞추어 양도소득세를 포탈하기 위한 허위의 자료로 보기 어렵고 동업계약서를 작성한 이**의 진술과 청구인의 진술이 일부 부합하는 점을 지적하고 있고, 처분청이 제출한 문답서의 내용을 보면 비록 ○○지방국세청장이 지적한 바와 같이 진술내용에 일부 불일치하는 면은 있으나 주주 4인은 일관되게 각자의 지분의 소유자임을 주장하고 있는 점을 보건대 위 동업계약서는 비록 소급작성되기는 하였으나 당초부터의 주주 각자 지분을 적정하게 표시한 것으로 보아야 할 것이다.

3) 아울러, 이 건은 청구인 및 관계자 스스로 주주명부에 기재된 주주 및 그 지분이 실제 주주 및 그가 보유한 지분임을 인정하고 있지 아니한 이상, 쟁점주식 양도에 따른 경제적 이익의 귀속도 더불어 볼 필요가 있는 바, 이에 대한 검찰의 수사내용을 보면, 청구인, 이**, 송**, 임**, 이**, 한**에 대한 금융거래정보자료에 의하여 위 양도대금 90억원이 2008년 4월말부터 2008.5.30.까지의 사이에 임**, 이**, 한**에게 각자의 지분대로 분산되었고, 2008.10.30. 청구인 명의 에스크로 예금계좌의 질권이 해지되자 2008.11.7.부터 2008.11.12.까지 나머지 30억원도 실질주주들에게 지분대로 지급되어 합계 120억원이 청구인에게 집중되지 아니하고 각자의 지분대로 배분된 사실을 지적하고 있고, 그 과정에서 ○○지방국세청장이 지적한 바와 같이 동 자금을 관리하던 임** 등이 차명계좌를 이용하여 이를 일부 운영하려 했던 사실이나 양도대금 중 30억원에 대하여 설정된 질권이 해지될 때까지 청구인을 제외한 3인의 주자가 자금을 본인의 의사대로 사용하지 못하였던 사실 등이 최종적인 경제적 이익의 귀속 사실 자체까지 부인할 수는 없다 할 것이다.

4) 이러한 사실인정 위에서 본다면 차명을 하게 된 경위, 그 과정의 업무처리, 주주총회 참석경위나 주권행사 등은 청구인 등 주주4인이 한***성립 전 파산한 진***등의 임.직원으로 함계 근무하였던 사실에 비추어 수긍이 가는 측면이 있고, 한***가 당초 의도와 관계없이 결과적으로 부동산과다보유법인이 되었다가 최종적으로 법인 자체가 양도된 경위를 보면 청구인이 애초부터 이를 위하여 차명하였다고 보기도 어려우며, 아울러 처분청이 제시한 사실관계의 상당수는 정황적 증거로서 위 1), 2)에서 인정한 사실을 충분히 반증한다고 볼 수도 없다.

(바) 그렇다면, 청구인을 쟁점주식의 100%의 소유자로 보아 과세한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구인 등에 대한 자금흐름도, 검찰의 수사기록, 주식양도계약서 등의 내용을 정리하여 보면, 쟁점주식 양도대금 중 90억원은 2007.7.30. 청구인 명의 예금계좌로 45억원이, 이**명의 예금계좌로 18악원이, 송**명의 예금계좌명의로 27억원이 각각 입금되었으며, 나머지 30억원도 청구인명의 에스크로 예금계좌로 입금되어 결국은 쟁점주식의 양도대금합계 120억원이 모두 2007.7.30. 지급된 것으로 확인된다.

(나) 청구인이 제출한 질권설정승락의뢰서, 질권해지통지서 등에 청구인의 에스크로 예금계좌에 입금된 쟁점주식의 양도대금 중 30억원은 청구인의 하나은행 정기예금에 입금되고 쟁점주식 양수자 중 1인인 ***가 질권을 설정한 뒤 2008.10.30. 해지한 사실이 나타난다.

(다) 한편, 2007.8.1. 한***주주 등의 명세, 2007.9.14. 한***의 주주명부 및 쟁점주식 양도계약서 및 이행확약서 등을 조합하면, 청구인은 2007.7.30. 쟁점주식의 양도대금인 120억원을 지급받는 즉시 당해 주식을 양수인 명의로 개서함에 필요한 절차를 이행하기로 약정하였고, 실제 동 약정과 같이 주식양도대금을 수령한 직훈 쟁점 주식의 명의를 양수자인 ***등으로 개서하였다.

(라) 살피건대, 소득세법 제 98조 및 같은 법 시행령 제 162조 제1항에서 주식의 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이나 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 그 대금을 청산하기 전에 명의개서 등을 한 경우에는 그 명의개서일로 한다고 규정하고 있는 바, 쟁점주식의 경우 대금청산일 전이라 하여도 그 명의개서일이 2007.9.14. 이기 때문에 그 때 쟁점주식은 이미 양도되었다 보는 것이 타당하고 청구인도 쟁점주식의 양도시기를 2007.7.30.로 하여 증권거래세를 신고.납부하여 스스로 양도시기를 인정한 만큼, 처분청이 쟁점주식의 양도시기를 2007년으로 보아 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 청구인은 본인이 한 이 건 양도소득세 신고에 대하여 비록 기한 후에 한 신고라 하여도, 실제 주주가 각자 지분의 양도헤 대한 양도소득세를 신고한 것인 이상, 부당무신고가산세율(100분의 40)이아니라 일반무신고가산세율(100분의 20)의 적용대상이라 주장한다.

(나) 처분청은 청구인이 쟁점주식 100%를 소유한 것임에도, 청구인이 이와 다른 내용의 동업계약서 등을 소급하여 작성하고 이를 근거로 하여 양도소득세를 신고한 이상, 이는 국세기본법 제 47조의 2제 2항 제1호 및 같은 법 시행령 제 27조 제2항에서 규정하는 부당한 방법(국세의 과세표준 또는 세액계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 기장하는 것에 기초하여 신고의무를 위반하는 것)으로 무신고한 것으로 보아야 할 것이므로 부당무신고가산세율(100분의 40)의 적용대상이라는 의견이다.

(다) 살피건대, 이미 쟁점①과 쟁점②에서 판단한 바와 같이, 청구인이 쟁점주식 30%의 소유자로서 그 양도소득의 귀속시기는 2007년(2007.9.14.)이므로 2008.5.30.까지 이에 따른 양도소득을 신고하였어야 함에도 그로부터 1년여가 경과한 2009.5월에 양도소득세를 신고한 것인 바, 청구인이 쟁점주식 중에 자신의 지분 상당액의 주식의 양도소득을 기한 후에 신고한 것일 뿐, 달리 부당한 방법을 사용한 내용도 확인되지 아니하는 이상 부당무신고가산세율(100분의 40)의 적용대상이라고는 할 수 없다 할 것이다.

(라) 따라서, 쟁점주식의 양도에 따른 양도소득에 대하여는 일반무신고가산세율(100분의 20)을 적용하여야 할 것이다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제 81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2011. 1. 6.

                     주심조세심판관 이 효 연

                     배석조세심판관 박 종 성

                                      안 경 봉

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2010.12.31.

주심조세심판관 이효연

배석조세심판관 박종성

               박요찬

               안경봉