심판청구를 기각한다.

가. 청구법인은 1999.8.30. 주식회사 ○○○이 추진하는 경기도 ○○○ 과정에서 용인시 교육청에 기부할 학교용지 조성과 관련한 각종 설계용역 및 인허가업무 등을 대행하기로 하는 내용의 용역계약(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 체결하고, ○○○의 요구로 청구법인의 대표이사 ○○○ 명의로 학교용지 대상토지 중 일부인 ○○○임야 13,223㎡를 취득하였다.

나. 청구법인은 쟁점용역 제공을 완료하고 2002.8.22. ○○○과 대금정산을 하면서 학교용지 조성과 관련한 총 수입금 11,496,595,000원 중 1,823,034,540원과 함께 잔여토지인 경기도 ○○○ 임야 1,768㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 같은 리 산 435-12(산 27-2에서 분할)임야 397㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, “쟁점①토지”를 포함하여 합계 2,165㎡를 “쟁점토지”라 한다)의 70%에 해당하는 1,515.5㎡를 청구법인이 배분받되, 쟁점토지를 제3자에게 매각하는 경우에는 매각에 따른 제비용 공제후의 금액을 청구법인 7, ○○○ 3의 비율로 분배하기로 하는 내용의 정산서를 작성하였으며, 쟁점토지는 2004.1.30. 재단법인 ○○○에게 18억3천만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 양도되었다.

다. 서울지방국세청장은 ○○○에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 쟁점금액 중 2,165분의 1,515.5인 12억8,100만원은 청구법인에게 귀속될 금액인데도 청구법인이 이에 대한 법인세 신고를 누락한 것으로 보아 이를 처분청에 과세자료로 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 동 금액을 청구법인의 2004사업연도의 익금에 산입하여 2009.9.7. 청구법인에게 법인세 2004사업연도 149,680,160원, 2006사업연도 219,670,970원을 경정·고지하고, 2004사업연도에 1,281,000,000원이 사외유출된 것으로 보아 대표이사 ○○○에게 상여처분 후 소득금액변동통지를 하였다.

라.청구법인은 이에 불복하여 2009.11.30. 이의신청을 거쳐 2010.4.27. 심판청구를 제기하였다.

(1) 2002.8.22.자 정산서 작성당시 청구법인은 쟁점토지의 70%를 배분받기로 하였으므로 쟁점토지의 양도대금 중 청구법인이 분배받아야 할 금액은 12억8,100만원이나, 2003.12.31. ○○○이 쟁점토지와 관련된 진입로 공사비를 부담하는 조건으로 ○○○ 회의실에서 ○○○ 입회하에 쟁점토지 양도가액 18억3천만원에서 쟁점토지 소개비 등 비용 3억6천만원을 차감한 14억7천만원을 각각 5대 5의 비율로 분배하기로 약정하고, 같은 날 ○○○가 지급받은 분배금은 7억3,500만원이라는 계약서를 작성하였는 바, 청구법인이 쟁점용역의 대가로 수취한 금액은 12억8,100만원이 아니라 2003.12.31. 작성한 계약서상의 금액 7억3,500만원이므로 이 건 매출누락금액은 7억3,500만원이 되어야 한다.

(2) 청구법인이 ○○○에 쟁점용역을 완료한 후인 2002.8.22. 청구법인이 ○○○과 합의한 정산서를 살펴보면, 쟁점용역의 대가로 쟁점토지 2,165㎡ 중 1,515.5㎡를 지급받았으므로 권리의무확정주의에 의하여 2002.8.22. 청구법인의 소유가 된 것으로 보아야 하고, 이 당시 토지의 가액은 2002.8.23. 용인교육청과 손실보상계약에 의하여 양도된 ○○○(쟁점토지와 동일한 모번지에서 토지조성 공사 후 분할됨)의 손실보상금액인 ㎡당 649,500원으로 하는 것이 타당하며, 따라서 쟁점토지가 이미 2002.8.22. 정산서에 의거 청구법인 소유재산으로 확정되었으므로 양도금액에서 취득당시의 원가를 인정하여야 하므로 용인교육청 손실보상금액인 ㎡당 649,500원과 ○○○과 합의한 분배비율 5 : 5를 기준으로 쟁점토지 2,165㎡의 1/2인 1,082.5㎡에 대한 원가 703,083,750원을 취득원가로 인정하여야 한다.

(3) (예비적 청구①) 쟁점용역계약은 당초 ○○○의 요청에 의하여 청구법인의 명의로 한 것으로 실질적인 용역제공자는 대표자인 ○○○ 개인이고 쟁점토지는 ○○○과 용역대가의 정산으로 명의신탁관계가 해소되고 ○○○ 개인의 소유토지가 된 것으로 ○○○가 정당하게 양도소득세 신고를 이행하였으므로 처분청의 청구법인에 대한 과세처분은 취소되어야 한다.

(4) (예비적 청구②) 청구법인의 대표자가 수령한 7억3,500만원 중 4억5천만원은 청구법인의 전무이사인 ○○○에게 지급(대표자의 ○○○은행통장에서 2003.12.31. 190백만원, 2004.1.2. 20백만원, 2004.1.9. 80백만원 지급)되었고 ○○○은 동 금액을 수령하여 ○○○ 임야를 취득하였으므로 ○○○에게 귀속된 4억5천만원은 ○○○에게 상여처분을 하여야 한다.

(1) 청구법인은 쟁점토지의 매도대금 18억3천만원에서 각종 비용을 공제한 후 남은 14억7천만원의 50%인 7억3,500만원을 분배받았다고 주장하면서도 ○○○ 명의의 토지를 7억3,500백만원에 매도(토지의 면적비율로 환산한다면 약 3억4,500만원임)하였다는 계약서(계약일 2003.12.31.)를 제시하고 있는 등 전·후가 맞지 않는 주장을 하고 있으며, 또한, 이익분배율이 7 : 3에서 5 : 5로 변경되었다고 주장하나 관련 증빙 또는 합의서가 없을 뿐만 아니라 토지매매대금의 10%를 부동산소개비로 주었다는 등 상식 밖의 주장으로 설득력이 없으며, 주장이 사실이라면 매도대금 18억3천만원(계약금, 중도금, 잔금일자의 금액과 일치된 영수증 및 무통장 입금증이 확인됨)의 사용과 분배내역을 구체적인 증빙과 함께 제시하여야 한다고 판단된다.

(2) 쟁점토지의 양도대금은 청구법인이 제공한 용역의 대가로 분배된 것으로 별도의 원가가 있을 수 없고, 다만 정상적인 회계처리를 한다면 본건 수익실현과 관련되어 지급된 비용을 적정한 계정으로 장부계상하였다가 작업진행률 등에 의거 손금처리하여야 하는 것이지 정산시점의 시가상당을 원가로 인정하여야 한다는 것은 타당하지 아니하는 바, 이 건 법인세의 부과처분은 정당하다.

(3) (예비적 청구①) ○○○과의 계약서 및 정산서상 계약 및 정산의 주체가 청구법인으로서, ○○○은 청구법인의 임원으로 쟁점용역 업무를 수행한 것이므로 쟁점용역은 청구법인이 제공한 것이고, 쟁점용역의 대가 중 일부로 받은 토지의 일정지분 역시 청구법인에게 귀속된 것이므로 청구주장은 설득력이 없다.

(4) (예비적 청구②) ○○○의 계좌(479-18-01×××)의 거래내역명세서상 청구법인이 주장하는 1억9천만원은 ○○○에게 출금된 사실이 없을 뿐만 아니라, 나머지 1억원 또한 쟁점토지의 양도대금 중 청구법인의 지분에 상당하는 금액이 ○○○에게 지급되었다고 볼 수 없는 반면, 쟁점토지의 양도대금을 대표이사인 ○○○가 전부 수령한 것은 사실이므로 대표자인 ○○○에게 상여처분한 당초처분은 정당하다.

① 청구법인의 매출누락액을 12억8천만원으로 보아야 하는지, 아니면 7억3,500만원으로 보아야 하는지 여부와 ② 청구법인이 주장하는 취득원가 7억300만원을 청구법인의 손금으로 인정할 수 있는지 여부

③ (예비적 청구①) 쟁점용역의 실지제공자가 청구법인의 대표자 ○○○ 개인인지 여부와 ④ (예비적 청구②) 이 건 매출누락액 중 4억5천만원이 ○○○에게 귀속되었는지 여부

(1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조 【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산의 양도금액

5. 무상으로 받은 자산의 가액

10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제19조 【손비의 범위】법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도로 할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다)이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

제72조 【자산의 취득가액 등】② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(3) 법인세법시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산등】① 영 제69조제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

작업진행률 = 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 / 총공사예정비

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

당해사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조제2항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 경우"란 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 쟁점수입금액과 관련한 일자별 기초사실이 다음과 같이 나타난다.

(가) 1999.9.8. : ○○○이 ○○○의 명의로 경기도 ○○○ 임야 7,964㎡를 취득하였다.

(나) 1999.8.30 : 청구법인과 ○○○이 쟁점용역계약을 체결하였으며 용역계약서에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

① 용역의 대가는 착수금 5억과 실적성과급으로 한다.

② 착수금은 설계용역과 인허가 업무에 따른 용역비로 한다.

③ 실적성과급은 ○○○이 수령하는 수입금에서 ○○○이 투입하는 원가(최대 45억원)를 초과한 금액의 70%로 한다.

④ ○○○의 수입금은 교육청으로부터 받는 토지대금, 잔여토지 매각대금 (잔여토지를 ○○○의 소유로 존치하는 경우 동 토지의 취득원가) 등의 합계액으로 한다.

(다)2000.12.7.: ○○○이 청구법인의 대표이사인 ○○○의 명의로 경기도 ○○○를 취득하였다.

(라)2002.5.24.: 경기도 ○○○ 임야 1,768㎡가 분할(쟁점①토지)되고, 같은 곳 산27-19에서 같은 곳 435-12 임야 397㎡가 분할(쟁점②토지)되었다.

(마) 2002.8.22. : 청구법인과 ○○○이 용인사업 중 쟁점용역과 관련된 수입금 배분 정산서를 작성하였으며, 정산서의 내용에 의하면 현금은 9,673,560,460원을 ○○○에 배분하고 1,823,034,540원은 청구법인에 배분하고 주택건설사업에 사용하고 남은 잔여토지인 쟁점①, ②토지를 7(청구법인 1,515㎡) : 3(○○○ 650㎡)의 비율로 배분하되, 제3자에게 매각시에는 매각에 따른 제비용 공제후의 금액을 7(청구 법인) : 3(○○○)의 비율로 분배하기로 한 사실이 나타난다.

○○○

(바) 2004.1.30. : 쟁점①,②토지를 총 매매대금 18억3천만원에 천주교 수원재단에게 양도하였으며, 쟁점토지의 계약서에 의하면 매도인은 ○○○ 2인으로 기재되고 ○○○의 대리인으로 ○○○가 날인하였으며 쟁점토지에 대한 양도대금 수령은 약정일자(중도금 915백만원은 2003.12.31.)에 청구법인의 대표이사 ○○○가 각각 수령한 사실이 영수증과 타행입금 확인증으로 나타나며 쟁점토지의 양도대금은 1,830백만원으로 그 세부내역은 다음과 같다.

○○○

(사) 청구법인이 제출한 매매계약서에 의하면, 부동산의 표시는 쟁점토지 중 ○○○ 명의로 등기된 ○○○ 임야 397㎡이고 매도인은 ○○○, 매매대금은 735백만으로 그 세부내역은 다음과 같이 나타나며, 2010.4.15. ○○○재단의 확인서에 의하면 ○○○재단은 당초 2003.12.3. 매매계약 후 ○○○씨의 분리계약 요구에 따라 실질적인 지분합의 금액으로 상기 계약서를 작성 발부한 사실이 있음을 확인한 내용이 나타난다.

○○○

(아) 청구법인이 쟁점토지의 소개비 1억8천만원 중 1억원을 지급한 근거로 제출한 ○○○은행 금융계좌(479-18-014××-×) 거래내역 조회서에 의하면 2003.12.31. 1억원이 현금으로 출금되었으며 적요란에는 ‘부동산’이 기재되어 있음이 나타난다.

(자) 청구법인이 쟁점금액 중 450백만원은 ○○○에게 상여처분하여야 하는 근거로 제출한 ○○○의 ○○○은행 금융계좌(479-18-014××-×) 거래내역 조회서에 의하면 2003.12.31.에 380백만원 현금출금, 2004.1.2.에 20백만원 대체, 2004.1.9.에 80백만원 대체되었으며 적요란에는 각각 ○○○으로 기재되어 있음이 나타난다.

(2) 2008.7.1.~8.26.까지 서울지방국세청 조사4국에서 ○○○에 대한 법인세 통합조사시 쟁점토지 관련 부분에 대한 세무조정은 다음과 같이 한 사실이 나타난다.

(가) 2002.8.29. 교육청에 매도하고 수령한 보상금과 이에 대응하는 용지비를 공사진행율에 의하여 2002년과 2003년에 배분하여 인식하였고 이때 인식된 용지비 원가(손금산입 △유보)는 쟁점토지를 제외한 부분이다. (2002년은 부과제척기간 도과)

(나) 2004.1.30. 쟁점토지를 ○○○ 재단에 양도하고 받은 1,830백만원 중 30%인 549백만원을 ○○○의 익금으로 산입하고, 용지비 원가는 쟁점토지 취득원가의 100%인 267,003,814원으로 인식(그 이유는 쟁점토지는 ○○○ 등에게 명의신탁된 ○○○의 부외자산이므로 취득원가 267,003,814원을 쟁점토지 양도당시인 2004년도에 손금으로 추인(손금산입 /△유보)한 후 청구법인에게 귀속된 것으로 본 1,281백만원은 기타사외유출로 소득처분하여 처분청에 과세자료로 통보하였다.

(3) 쟁점① 및 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점토지를 2002년에 현물로 분배받아 2004년에 양도한 것이므로 청구법인이 용역대가로 실제로 분배받은 양도대금(735백만원)만 익금산입하고, 취득원가(702백만원, 매매사례가액)를 손금산입하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 당초 ○○○이 취득하여 명의신탁하여 둔 것이므로 청구법인의 토지가 아니며, 정산서에 나타나는 토지의 분배내용대로 지분변동에 관한 등기가 이루어지지 않은 점에 비추어 청구법인의 주장처럼 쟁점토지는 현물로 분배된 것이 아니라 그 매각대금이 현금으로 분배된 것으로 보인다.

(나) 또한, 청구법인은 쟁점토지의 매각대금을 7 : 3의 비율로 분배한 것이 아니라, 매각에 소요된 비용을 공제한 후의 금액을 5 : 5의 비율로 분배하였다고 주장하나, 매각에 소요된 비용은 확인되지 아니하고 분배비율의 변동과 관련된 약정내용도 확인할 수 없다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 매각대금 중 70%에 해당되는 금액 12억8,100만원을 청구법인의 수입금액 신고누락액으로 보고, 쟁점토지의 취득 및 양도와 관련하여 청구법인이 지출한 비용이 없으므로 별도로 손금산입할 금액이 없다고 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 예비적 청구① 및 예비적 청구②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 예비적 청구①에서 쟁점용역의 실지제공자가 청구법인의 대표이사 ○○○ 개인이므로 청구법인에게 과세된 이 건 법인세를 전부 취소하여야 한다고 주장하는 한편, 예비적 청구②에서 쟁점토지의 양도대금 중 4억5천만원이 전무이사인 ○○○에게 귀속되었으므로 동 금액에 대한 상여처분은 ○○○에게 하여야 한다고 주장한다.

(나) 살피건대, ○○○과의 계약서 및 정산서에 나타난 계약 및 정산의 주체가 청구법인이고, 또한 ○○○은 청구법인의 임원으로서 쟁점용역 업무를 수행한 것이므로 쟁점용역은 청구법인이 제공한 것으로 볼 수 밖에 없어 청구법인이 쟁점용역의 주체가 아님을 이유로 이 건 법인세를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단되고, 쟁점토지의 양도대금을 대표이사인 ○○○가 전부 수령한 것은 청구법인도 부정하지 않는 사실인 반면, 청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인의 매출누락금액 중 일부가 ○○○에게 귀속되었는지 여부를 확인하기가 어려운 점이 있으므로 처분청이 쟁점토지 양도대금의 사용처가 불분명한 것으로 보아 그 전액을 대표이사인 ○○○에게 상여로 소득처분한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.