주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008. 1. 5.(항소장에 기재된 ‘2008. 1. 10’은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2002년 귀속 법인세 345,881,290원, 2004년 귀속 법인세 737,508,350원,2005년 귀속 법인세 869,941,210원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 사건의 쟁점 및 제1심의 판단

이 사건의 쟁점은, (i) 이 사건 기술자문료 등이 그 실체가 근로계약의 대가가 아닌 계약에 의한 거래관계의 대가인 용역제공 수수료로서 원고의 수익과 직접 관련되는 판 매부대비용이고, 법인세법상 손금에 해당하여 사업소득 원천징수 대상인지 여부, (ii) 이 사건 기술자문료 등이 거래관계에 의한 자문수수료에 해당하지 않고 주주임원에 대 한 이익금의 처분인 성과상여금으로 판단된다고 가정하더라도 그 지급기준 및 산출내역이 원고의 정판, 회사규칙 및 주주총회 의사록 등에 의하여 객관적으로 산출 지급된 금액이므로 법인세법상 손금에 해당하는지 여부, (iii) 피고가 이 사건 기술자문료 등에 대하여 처음에는 손금산입 대상에 해당한다고 하였다가 나중에는 잉여금 처분에 의한 상여로 손금불산입 대상에 해당한다고 한 것은 신뢰보호의 원칙에 반하는 것인지 여부 등이라고 할 것이다.

제1심은, 위 쟁점 중 (i)에 대하여 “① 이 사건 기술자문료 등이 출자임원들의 주식 보유비율에 따라 안분하여 지급된 것으로 보이는 점, ② 원고와 출자임원들이 독립된 거래당사자의 지위에서 기술자문협정을 체결한 바 있음을 입증하기 위한 자료인 기술 자문협정서는, 계약금액에 계약서 작성일자 이후의 감리현장의 배치 내역, 수상 내역, 특허출원 내역 등에 대한 부분까지 포함되어 있다는 정에 비추어 사후에 작성되었을 가능성을 배제할 수 없는 점, ③ 2003. 8. 8자 주주총회 의사록에는 주주임원의 보수 지급에 관한 건 특별상여금, 포상금, 기술자문수수료 등은 당해 연도 총 급여액의 10배를 초과하지 않는 범위 내에서 지급할 수 있다”라고 기재되어 있는바, 이는 이 사건 기술자문료 등이 독립된 거래관계에 의해 지급된 금원이라는 원고 주장과 배치되는 점, ④ 원고가 제출한 회사규칙에 의하더라도 이 사건 기술자문료 등은 성과급 및 포상의 일종으로 규정되어 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 기술자문료 등이 독립된 거래관계에 기해 지급된 것으로 볼 수는 없다”라고 판시하고, 위 (ii)의 쟁점에 대하여는 잉여금의 처분은 그 개념상 손금에 속하지 않으므로 원칙적으로 이를 손금에 산입할 수 없고, 다만 예외적으로 내국법인이 근로자와 성과산정지표 및 그 목표, 성과의 측정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서연으로 약정하고 이에 따라 그 근로자에게 지급하는 성과배분상여금이나, 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 사전에 정관 주주 총회 사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액에 대해서만 이를 인건비에 해당하는 것으로 보아 손금에 산입할 수 있을 뿐인데, ① 이 사건 기술자문료 등이 원고 주장의 급여지급 기준과 달리 앞서 본 바와 같이 출자임원들의 주식보유비율에 따라 안분하여 지급된 것으로 보이는 점, ② 이 사건 기술자문료 등이 출자임원들에게만 지급된 점, ③ 원고가 이 사건 기술자문료 등을 기술개발비, 여비교통비, 소모용비, 지급수수료, 외주비 등으로 나누어 회계처리한 점, ④ 원 고가 이 사건 기술자문료 등을 근로소득으로 원천징수하지 아니한 점, ⑤ 사전에 정관이나 주주총회의 결의에 의해 이 사건 기술자문료 등의 구체적이고 객관적인 지급기준 올 정한 것으로 보이지 않는 점, ⑥ 이 사건 기술자문료 등의 지급기준에 관해 보다 구체적으로 규정하고 있는 회사규칙의 경우, 회사규칙에 기재된 원고 상호명과 회사규칙 시행일 당시의 원고 상호명이 일치하지 않는 점 등에 비추어 사후에 작성 또는 수정되었을 가능성을 배제할 수 없는 점, ⑦ 출자임원들과의 기술자문협정은 매 사업연도 초에 이루어졌음에도 계약금액에는 당해 사업연도 중에 발생한 성과(감리현장의 배 치 내역, 수상 내역, 특허출원 내역 등)가 모두 반영되어 있고, 주주총회 의사록에 의 하더라도 출자임원들과 별도의 계약을 체결하여 기술자문수수료를 지급하기로 한 것은 2002. 7. 15 임에도 출자임원들과의 기술자문협정서 작성일자는 그보다 앞선 2002. 2 이며, 원고 역시 조세심판 과정에서 기술자문협정서가 사후에 작성되었다는 취지로 주장한 사실이 있는 점 등에 비추어 기술자문협정서 역시 사후에 작성된 것일 가능성을 배제할 수 없는 점 등을 모두 감안하연, 이 사건 기술자문료 등은 원고 주장과 같이 사전에 정해진 객관적인 급여지급기준에 의해 지급된 것이 아니라 당해 사업연도에 발생한 이익을 기술자문료 등의 명칭으로 분배함으로써 실질적으로 잉여금을 처분한 것 에 불과하다고 보이므로 손금산업의 대상에 해당한다고 할 수 없다”는 취지로 판단하였다. 나아가 위 (iii)의 쟁점에 대하여는 과세처분에 있어서 이러한 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 과세관청이 이 표명된 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되어야 하는 것인데, 앞서 본 과세쟁점 자문위원회의 의결, 그에 따른 이 사건 선행처분과 이 사건 처분이 있기까지의 경위에 비추어 원고에게 유리한 과세쟁점자문위원회의 의결과 그에 따른 이 사건 선행처분이 있었다는 것만으로 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명이 확정적으로 이루어졌다고 보기는 어려울 뿐 아니라, 이 사건 기술자문료 등이 앞서 본

바와 같이 잉여금 처분의 성격으로 지급된 것임에도 원고가 실제와 반대되는 사실을 계속 주장하여 과세쟁점자문위원회의 의결 및 이 사건 선행처분이 있게 된 사정에 비추어 원고의 신뢰에 귀책사유가 없다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다”라고 판시하였는바, 이 법원의 변론결과 등에 의하면 이와 같은 제1십의 판단은 정당하다고 인정된다.

2. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한 다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이블 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.