주 문

 원심판결 중 세금계산서합계표미제출 등 가산세를 제외한 2004년 제1기분 및 2004년 제2기분 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

 나머지 상고를 기각한다.

이 유

 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

 1. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지에 관하여

 원심은 그 채택증거에 의하여, 원고가 2004. 2. 14.부터 2004. 11. 14.까지 주식회사 □□금은 등 7개 업체로부터 공급가액 24,037,741,500원 상당의 금지금을 매입하면서 교부받은 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)는, 그 계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 아니한다고 보았다.

 이 부분 상고이유는 원심의 위와 같은 인정이 잘못이라는 취지이나, 이는 사실심인 원심의 전권에 속하는 증거의 취사선택과 사실인정을 탓하는 것에 불과하고, 그 밖에 이 사건 세금계산서가 그 세액의 기재에 있어 사실과 다른 세금계산서라에 해당한다는 주장은 상고심에 이르러 비로소 제기된 주장이어서 적법한 상고이유가 될 수 없다.

 2. 부당한 매입세액 공제⋅환급이 신의성실의 원칙에 위배되는지에 관하여

 수출업자인 원고가, 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제⋅환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였음에도 불구하고 매입세액의 공제⋅환급을 구하는 것이라면, 이는 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제⋅환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제 제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이어서 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 비추어 허용될 수 없다는 것이 이 법원의 견해이므로(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조), 원심으로서는 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 위와 같은 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였는지 여부에 관하여 충분히 심리하여 원고의 매입세액 공제⋅환급 주장이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부를 판단하였어야 한다.

 이와 달리 원심은 이러한 점에 관하여 심리⋅판단을 하지 아니한 채 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 이유만으로 원고의 매입세액 공제⋅환급 주장이 허용되어야 한다고 보아 피고가 2005. 10. 1. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 및 2004년 제2기분 부가가치세(신고불성실 가산세와 납부불성실 가산세는 포함하되, 세금계산서합계표미제출 등 가산세는 신의성실의 원칙과 무관하므로 제외한다) 부과처분이 위법하다고 판단하였으니, 이 부분 원심판결에는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유는 이유 있다.

 3. 법인세 부과처분 부분에 관하여

 피고는 상고장에 이 부분도 상고대상으로 기재하고 있으나, 상고장이나 상고이유서에 그에 관한 적법한 상고이유의 기재가 없다.

4. 결 론

 그러므로 원심판결 중 세금계산서합계표미제출 등 가산세를 제외한 2004년 제1기분 및 2004년 제2기분 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리⋅판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하되, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.