주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 2. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정신청(금 215,493,152원을 금 45,538,956원으로 경정) 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1980. 2. 11. 서울 XX구 XX동 46-1 대지 349㎡ 및 지상 주택(이하 ’이 사건 주택’이라 한다)을 취득하여 2009. 8. 25. 1,365,000,000원에 양도하고, 같은 날 양도소득 과세표준예정신고를 한 뒤 2009년 귀속 양도소득세 215,493,150원을 납부 하였는데, 2010. 1. 13. 피고에 대하여 이 사건 주택에 대하여 장기보유특별공제율을 잘못 적용하였으므로 예정신고를 하고 납부한 양도소득세 중 45,538,956원을 초과하는 금원을 환급받아야 한다는 취지로 경정청구를 하였다.

나. 피고는 2010. 2. 5. 원고가 위 양도 당시 이 사건 주택 외에 2채의 주택을 더 소 유하고 있었으므로 소득세법 제95조 제2항 본문의 100분의 30의 장기보유특별공제율 을 적용하여 예정신고한 것이 적법하다는 이유를 들어 위 경정청구를 거부하였다(이하 ’이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제l호증의 1, 2, 갑 제2호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 주택의 양도 당시 서귀포시 소재 주택과 태안군 소재 주택을 더 소유하고 있었으나, 서귀포시 주택과 태안군 주택은 모두 수도권 및 광역시 외의 지역에 소재하는 주택으로 당해 주택 및 부수 토지의 기준시가 합계액이 3억 원을 초과하지 아니하는 주택에 해당하므로 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제1호에 의하여 주택의 수를 계산함에 있어 산업하지 아니하는 것이다. 따라서 이 사건 주택은 같은 시행령 제159조의2에서 규정한 ”그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택”에

해당하므로 이 사건 주택의 양도에 관하여 소득세법 제95조 제2항 단서가 적용되어 1 세대 1주택에 적용하는 100분의 80의 장기보유특별공제율에 의하여 양도소득세를 산 정하여야 한다. 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관계법령 : 별지 기재와 같다.

다. 판단

관계법령을 종합하면, ① 구 소득세법시행령 제167조의3 제1항에서 같은 항 제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 않는 것은 그 문언 상 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의3의 규정(100분의 60의 중과세율이 적용되는 자산) 에서 ”대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”인지 여부를 결정하는 데 있어 전제가 되는 사항 즉, ”국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대”인지 여부 를 판단함에 있어 주택의 수에 산입하지 않는다는 것으로 보이는 점, ② 같은 시행령 제159조의2에서 ”그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택”도 같은 법 제95 조 제2항 단서의 1세대 1주택에 적용되는 장기보유특별공제율을 적용하도록 하고 있으나, 같은 시행령 제167조의3 제1항에서는 ”제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산업하지 않는다”고 되어 있을 뿐 다른 주택을 "1세대 1주택으로 본다”고 규정되어 있지 않은 점을 모두 고려하면, 위 시행령 제167조의3 제1항은 양도소득세율에 관한 같은 법 제104조 제1항에 관한 것일 뿐, 장기보유 특별공제액에 관한 같은 법 제95조 제2항 단서의 1세대 1주택에 해당하는 자산인지 여부를 판단하는 것과는 관련이 없는 것으로 봄이 타당하다. 원고의 위 주장은 받아들일 수 없고, 이 사건 거부처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.