주 문

1. 피고가 2010. 2. 12. 원고에 대하여 한 양도소득세 649,387,690원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 3. 13. 구AA로부터 XX시 XX동 000-00 대 300.9㎡(이하 ’이 사건 제1토지’라 한다)를 매수하고, 2002. 4. 2. 위 토지에 관하여 자신 명의의 소유권이전등기를 마친 다음, 2002. 4. 17. XX시장으로부터 위 지상에 주용도가 숙박시설인 지하1층, 지상5층 건물(이하 ’이 사건 건물’이라 한다)의 건축허가를 받고, 2002. 5. 9. 착공 신고를 하였다.

나. 원고는 2002. 6.경 강BB으로부터 위 건축부지에 인접한 XX시 XX동 000-0 대 300.9㎡ 중 53.57/125 지분(이하 ’이 사건 제2토지’라 한다)을 매수하였으나 원고 앞으로 소유권이전등기를 마치진 않았다.

다. 원고는 2002. 8. 28. 박CC과 사이에 이 사건 제1, 2토지 및 이 사건 건물을 매매대금 1,350,000,000원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였는데(이하 ’이 사건 매매계약’이라 한다), 계약금 70,000,000원은 당일 지급하고, 중도금 330,000,000 원은 2002. 9. 23.에 지급하며, 잔금은 950,000,000원으로 정하였고, 잔금지급 등과 관련하여 이 사건 매매계약에는 아래와 같은 특약사항이 포함되어 있다.

『잔금지불일자는 준공 후 은행융자 및 임대차보증금 500,000,000원으로 충당한다. 기타 여관에 필요한 물건 및 비품과 본 건물 시공에서 준공까지 매도인이 책임지고, 건축시방서 및 임차계약서 특약상에 준한다. 주차장 바닥 및 아치를 설치하여 주기로 한다(건축주). 임차계약서대로 포괄승계토록 한다.』

라. 이 사건 매매계약에 따라 이 사건 제1토지에 관하여는 2002. 11. 7., 이 사건 제 2토지에 관하여는 2002. 10. 1. 각 박CC 명의의 소유권이전등기가 경료되었고, 이 사 건 건물에 관하여는 원고가 2002. 8. 30. 박CC에게 건축주명의변경을 해주었고, 이 후 완공되어 2002. 11. 4. 사용승인을 받았으며, 2002. 11. 7. 박CC 명의의 소유권보존등기가 경료되었다. 한편 박CC은 2002. 11. 15.경 이 사건 매매계약에 따른 매매 대금의 지급을 완료하였다.

마. 원고는 2003. 5.경 이 사건 부동산들 중 이 사건 제1토지에 대하여만 취득가액 155,000,000원, 양도가액 170,000,000원, 과세표준 2,793,360원으로 양도소득세 자진신고를 한 후, 그에 따른 양도소득세 1,005,609원을 납부하였다.

바. 피고는 중부지방국세청장으로부터 원고가 이 사건 제2토지와 이 사건 건물에 대 한 양도소득세를 탈루한다는 혐의가 있다는 내용의 과세자료를 통보받고 2009. 11.경 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 건물의 경우는 이 사건 매매계약 체결 당시 독립된 건물이 아닌 시공 중인 건축물에 불과하여 이 사건 매매계약서상 양도가액 1,350,000,000원은 이 사건 건물을 제외한 나머지 토지들에 대한 대가로만 보고, 2010. 2. 12. 원고에게 양도가액 1,350,000,000원, 취득가액 556,821,000원, 필요 경비 9,919,000원으로 계산된 2002년 귀속 양도소득세 649,387,690원을 경정 · 고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2010. 10. 6. 조세심판원에 심판정구를 하였으나, 2010. 12. 20. 위 청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14, 18 내지 20호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 전부 또는 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 이 사건 건물을 포함한 부동산을 박CC에게 1,350,000,000원에 매도하기로 하는 이 사건 매매계약을 체결하였고 이에 따라 이 사건 건물을 준공한 후 박CC에게 양도하였다. 소득세법상으로도 양도소득세 과세표준 산정기준이 되는 이 사건 건물의 양도시기는 이 사건 건물이 준공된 이후로서 소유권보존등기가 경료된 2002. 11. 7.로 보아야 한다. 따라서 2002년도 귀속 양도소득세를 산정함에 있어 이 사건 건물을 양도소득세 과세대상으로 보고 이 사건 건물의 취득가액을 산출하여 양도가액에서 이를 공제하여야 함에도(위 매매대금에는 이 사건 건물의 대가가 포함되어 있고, 다만 이 사건 제1, 2토지와의 사이에 양도가액의 구분이 불분명하므로, 기준시가 등을 감안하여 안분계산하는 방법으로 취득가액을 산정할 수 있을 것이다), 이와 달리 원고가 박CC 에게 시공 중인 건축물에 불과한 이 사건 건물을 양도하였고 이후 박CC이 비용을 투입하여 이 사건 건물을 완공하였다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

살피건대, 갑 제16호증(가지번호 포함)의 각 영상, 갑 제22 내지 25호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 황DD의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 매매계약 체결 당시 이 사건 건물은 독립된 거래의 객체가 될 수 있는 정도로 상당부분이 건축되어 있었고, 원고가 이 사건 매매계약을 체결한 직후인 2002. 8. 30. 박CC에게 이 사건 건물에 대한 건축주명의를 변경하여 준 이후에도 원고가 자신의 비용을 들여 이 사건 매매계약, 특히 특약사항의 내용에 따라 이 사건 건물을 완공한 사실을 인정할 수 있다{이 같은 사실로 미루어 보면, 원고가 이 사건 건물에 대한 건축주명의를 박CC 앞으로 변경하여 준 것은 일종의 담보 명목으로 이루어진 것으로 보이므로, 이후 사용승인이나 관련 세금계산서의 명의 등이 박CC으로 되어 있다는 피고 주장의 사정 내지 을 제5 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재 등만으로는 앞서의 인정을 뒤집고 박CC이 단지 시공 중인 건축물을 양수받아 이 사건 건물을 완공하였다고 볼 수 없다}.

한편 구 소득세법 제98조(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다), 동법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 일부개정되기 전의 것) 제 162조 제1항 제2호, 제4호에 의하면 ”자산의 양도차익을 계산함에 있어 취득시기와 양도시기는 ’대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기 접수일’, ’자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일’로 한다”고 규정하고 있는바, 이를 앞서 본 바와 같이 건축주 명의와 무관하게 원고가 이 사건 건물을 완공 하였다는 사실 및 이 사건 매매계약의 내용 등을 전제로 이 사건에 적용해 보면, 원고가 이 사건 건물을 취득한 시기는 이 사건 건물의 사용승인일인 2002. 11. 4.로, 이 사건 건물을 박CC에게 양도한 시기는 대금 청산일인 2002. 11. 15. 이전으로서 박CC 명의의 소유권보존등기가 경료된 2002. 11. 7.로 해석함이 상당하다.

그렇다면, 비록 이 사건 매매계약 당시에는 이 사건 건물이 시공 중이었기는 하나 이후 원고가 이를 완공하여 2002. 11. 7. 박CC에게 양도하였고, 이 사건 건물의 양도가액은 이 사건 매매계약상 매매대금인 1,350,000,000원에 포함되어 있다 할 것이므로, 이 사건 양도소득세를 산정함에 있어 이 사건 건물을 양도소득세 과세대상에 포함시켰어야 함에도, 단순히 시공 중인 건물을 양도한 것으로 보고 이를 제외하여 양도 소득세를 산정한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다(피고는 이 사건 건물의 양도가 시공 중인 건축물이 아닌 완공된 건물의 양도로 보았을 경우의 세액이 174,616,015원이라며 양도소득세 경정결의서를 참고자료로 제출 하였으나, 위 세액이 원고 주장이 받아들여진 경우 구 소득세법 제95조 내지 제100조 에 따라 산정된 정당한 세액이라는 점을 뒷받침할 만한 시가 등에 관한 자료 내지 계산근거 등이 없어 이를 채택하여 이 사건 처분을 일부취소할 수는 없다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.