주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 1. 4. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 10,000,000원과 2006사 업연도 법인세 162,107,060원 부과처분 및 상여소득 10억 원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1984. 3. 9. 설립되어 주택신축 건설업 등을 하는 회사이고, 심BB은 원고 의 대표이사이다.

나. 원고는 2005. 8. 8. CCCC 주식회사(이하 ’CCCC’이라 한다)와 사이에, 원고 가 CCCC이 진행하던 DD도 EE군 FF리 376-34 임야(이하 ’이 사건 토지’라 한다) 지상 아파트 신축공사(이하 ’이 사건 공사’라 한다)와 관련한 사업인허가 및 국민주택건설 시행권 일체(이하 ’이 사건 사업’이라 한다)를 매매대금 10억 원에 양수받는 내용의 계 약서(이하 ’이 사건 계약서’라 한다)를 작성하였는데, 이 사건 계약서상 매매대금 중 1차 대금은 5억 원으로 하고 나머지 대금은 CCCC에서 원고로 모든 권한이 변경승인 허가 된 후 쌍방 협의 하에 지급하는 것으로 기재되어 있다. 원고는 2005. 8. 18. EE군수로부터 사업주체를 CCCC에서 원고로 변경하는 내용 의 사업계획변경승인을 받았고, 이 사건 공사는 2006. 11. 13. 완료되어 원고는 2007.1. 22. 이 사건 토지 지상 아파트에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 2005. 8. 8. CCCC로부터 이 사건 사업 양수 명목으로 공급가액 10억 원 의 세금계산서 1장(이하 ’이 사건 세금계산서’라 한다)을 교부받아 2005사업연도 법인세를 신고하면서 이를 손금으로 산입하였다.

라. 피고는 2009. 10. 22.부터 2009. 11. 6.까지 원고에 대한 법인세 조사를 한 결과 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수취한 허위의 세금계산서라고 판단하고,원고가 2005 사업연도에 법인세 선고시 손금으로 계상한 10억 원을 손금불산입하는 한편 이를 원고 대표이사인 심BB에 대한 상여로 소득처분하고 2006사업연도 아파트 분양세대에 대하여 이 사건 세금계산서를 수취하여 손금으로 계상한 부분을 안분계산한 432,432,432원을 손금불산입하여, 2010. 1. 4. 원고에게 2005사업연도 법인세 10,000,000원과 2006사업연 도 법인세 162,107,060원을 경정·고지하고, 심BB에 대하여 10억 원의 소득금액변동통 지를 하였다(이하 위 각 처분을 ’이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2010. 8. 19. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제 기하였으나, 2010. 11. 19. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 4~9호증, 갑 10호증의 1, 2, 3, 을 l호증, 을 2호증의 1, 2, 을 3호증

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 원고의 주위적 주장에 대한 판단

1) 원고의 주위적 주장

이 사건 세금계산서는 원고가 CCCC로부터 이 사건 사업을 양수하는 대가를 지급하기 위하여 발급된 것이고, 원고는 이 사건 세금계산서가 발급되기 이전에 삼정개발에게 이 사건 사업 양수와 관련하여 약 8억 원을 대여하였고(CCCC을 대신하여 주식회사 HHHH에게 변제한 5억 원 + CCCC 대표이사 이FF에게 류GG에게 지급하라는 명목으로 지급한 1억 2천만 원 + 심BB이 이FF에게 현금으로 대여한 약 1억 8천만 원), CCCC에게 이 사건 사업 양수대금 10억 원을 지급한 후, CCCC로 부터 약 8억 원을 돌려받았는바, 원고는 결국 이 사건 사업을 양수하는 대가로 BBBB에게 10억 원을 지급한 것이어서, 이 사건 계산서는 실물거래 없이 수취한 허위의 세금계산서가 아니므로, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 인정사실

가) II종합건설 주식회사(이하 ’II종건’이라 한다, 대표이사 박JJ)는 2003. 1. 이 사건 토지(당시는 분할되기 전 같은 리 376-19 임야 일부임)에 아파트를 건축하는 사업을 인수하여 이 사건 공사를 시행하다가 자금난을 겪자 이 사건 공사의 시공사인 KK건설 주식회사(이하 ’KK건설’이라 한다)의 대표이사인 이FF과 함께 이 사건 공사를 추진하기로 하고 2003. 8. 2. CCCC을 설립하였다. II종건은 2003. 9. 1. 이 사건 사업권을 CCCC에게 이전하고 2003. 9. 2. 이 사건 토지에 관하 여 CCCC 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나) 그런데 II종건이 그 무렵 부도가 나고 박JJ이 구속되자, CCCC이 금 정종건의 공사대금채무를 승계하는 조건으로 이FF이 CCCC을 실질적으로 단독으로 운영하게 되었는데, 자금 사정이 좋지않자 이 사건 토지와 이 사건 사업권을 매각 하기로 결정하고, 2003. 10. 25. 주식회사 HHHH(이하 ’DD’라 한다)에 CCCC의 자산 일체와 주식 전부 및 KK건설의 이 사건 공사 시공권을 16억 2,000만 원에 매도 하기로 하는 사업양도양수계약을 체결하였다. 이에 따라 CCCC은 EE로부터 계약금으로 현금 5억 원을 지급받았고, EE는 그 무렵 CCCC이 II종건으로부터 승계 한 공사대금 채무 3억 5천만 원을 CCCC을 대신하여 변제하였다. 그런데 II종건의 채권자 양LL이 2003. 10. 27. 이 사건 토지에 사해행위를 이유로 처분금지가처분을 하여 CCCC은 DD에 위 계약을 이행하기 어려워졌을 뿐 만 아니라, 이 사건 토지의 근저당권자의 신청으로 개시된 임의경매절차에서 류GG이 2005. 3. 9. 이 사건 토지를 낙찰받음으로써 CCCC과 DD의 위 사업양도양수계약은 사실상 파기되기에 이르렸다.

다) 그러자 CCCC은 DD에 합계 8억 5천만 원의 반환채무를 부담하게 되었고, 이 사건 토지 소유권이 위와 같이 류GG에게 이전되었는데도 류GG로부터 다시 이 사건 토지를 매수할 자금이 없어 이 사건 공사를 진행하기 어려운 상태에 처해 있었으며, 대표이사가 이FF으로 동일한 KK건설도 이 사건 공사가 진행되어야 공사대금을 받을 수 있는 입장이어서, 이FF은 친구 배혁주 등을 통하여 이 사건 공사를 새로 인수할 업체를 물색하던 중 배혁주 소개로 2005년 5월 원고 대표이사 심BB을 알 게 되었다.

라) 심BB은 처음에는 이FF에게 이 사건 공사와 관련한 자문을 해주다가, 이 FF으로부터 아파트 분양 업무는 염려 말라면서 이 사건 사업을 양수하기를 적극 권유받아 이 사건 사업권을 인수하기로 하였다. 그리하여 원고는 2005. 7. 11. 이FF, 배 혁주의 주선에 의하여 류GG로부터 이 사건 토지를 14억 원에 매수하고 류GG의 요구로 1억 2천만 원을 더 지급하였으며, 2005. 7. 8. DD, CCCC, KK건설 및 이강 연으로부터 이 사건 토지에 관한 부동산임의경매와 관련한 유치권부채권을 총 5억 원 으로 정하여 원고가 이를 양수하는 내용의 유치권양도계약을 체결한 후 2005. 7. 22. DD에 5억 원을 지급하였으며, 2005. 7. 25. 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다. 당시 원고와 이FF 사이에는 아파트공사 시공권이 있는 KK건설이 이 사건 공사를 계속하여 시공하기로 하며 아파트 분양엽무는 이FF이 맡기로 구두 약정이 되어 있었다.

마) 원고는 CCCC과 사이에 2005. 8. 8. 이 사건 계약서를 작성한 후 삼정개 발로부터 이 사건 세금계산서를 발급받았다. 이FF은 2005. 8. 7. 신규로 CCCC 명 의의 법인 예금계좌를 열어 그 통장 및 법인 인감도장을 원고에게 교부하였는데, 원고 는 2005. 8. 9. 1,100만 원, 2005. 8. 31. 4억 8.900만 원, 2005. 10. 13. 5억 원 합계 10억 원을 위 예금계좌에 입금했다가 2005. 8. 9.부터 2005. 11. 30.까지 위 예금계좌로부터 합계 10억 원을 CCCC 또는 배혁주, 문제원, 심BB을 통하여 출금하여 다시 원고에게로 입금하였다.

3) 판단

납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허 위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인 지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대 법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, 이 사건 계약서에 따른 매매 대금 지급방법과 달리 CCCC은 원고에게 계약서상의 날짜로 매매대금 전액인 10억 원의 세금계산서를 발급하였고, 원고는 자신의 지배하에 있는 CCCC 명의의 예금계좌에 10억 원을 입금하였다가 다시 전액을 출금하여 간 점, CCCC이 심BB을 형사 고소함에 따라 진행된 경찰조사 단계에서 이FF은 세금계산서를 끊으려면 매매계약서 가 있어야 되기 때문에 이 사건 계약서를 작성하기에 이르렀다고 진술하기도 하였던 점(갑 2, 3호증의 각 기재), CCCC과 DD와의 사업양도양수계약이 사실상 파기되면 서 이 사건 공사가 무산될 경우 시공사인 KK건설과 시행사인 CCCC을 모두 운영 하는 이FF으로서는 막대한 피해를 입을 것으로 예상되어 이 사건 토지를 다시 매수 하고 유치권 문제를 해결하는 등 상당한 부담이 따르는 시행자의 지위를 제3자에게 넘겨 양 회사의 부도 위기를 면하여야 할 절박한 입장이고 이FF은 시공사인 KK건설 의 대표이사로서 계속 이 사건 공사를 진행할 경우 이익이 기대되었으며 분양대행에 따르는 이익도 예상되었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 계약서는 원고와 CCCC 사이에서 이 사건 공사에 이미 지출한 자금과 관련하여 원고가 CCCC로부터 세금계 산서를 발급받을 목적으로 작성된 것에 불과하고, 원고가 CCCC에게 이 사건 사업의 양도대금을 별도로 지급하지 않는 것으로 약정하였다고 판단된다. 또한 원고가 주장하는 바와 같은 금액, 즉, 원고가 DD에 지급한 5억 원은 이 사 건 토지에 관한 부동산임의경매와 관련한 유치권 문제를 해결하기 위하여 지급한 것이 고, 류GG에게 지급한 1억 2천만 원은 이 사건 토지를 류GG으로부터 매수하는 대가의 성격으로 지급한 것으로서, 원고가 CCCC로부터 양수한 이 사건 사업권과는 별 도로 이 사건 토지의 취득을 위하여 지출한 것일 뿐, 원고가 CCCC에게 대여한 돈 이라고 볼 수 없고, 심BB이 이FF에게 현금으로 약 1억 8천만 원을 대여하였다는 점은 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없다. 따라서 이 사건 세금계산서가 원고가 CCCC로부터 이 사건 사엽권을 양수하면 서 지급한 대가와 관련하여 발급된 것임을 전제로 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

다. 원고의 예비적 주장에 대한 판단

원고는, 설령 원고와 CCCC 사이에 이 사건 사업 양수도에 대한 대가의 약정이 없었다고 하더라도, 원고가 이 사건 사업을 양수하는 과정에서 DD에게 지급한 5억 원, 류GG에게 지급한 1억 2천만 원, ZZ엔지니어링에게 지급한 1억 5천만 원, 합계 7억 7천만 원은 원고의 손금으로 인정되어야 하므로, 적어도 이 사건 처분은 원고가 실제로 지출한 위 7억 7천만 원에 대하여 원고의 손금으로 인정하지 아니하는 부분에 한하여 위법하다고 주장한다. 원고가 2005. 7. 11. 류GG로부터 이 사건 토지를 14억 원에 매수하면서 류GG의 요구로 1억 2천만 원을 더 지급하였으며, 2005. 7. 22. DD에 5억 원을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 한편 을 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원 고가 DD에게 지급한 5억 원, 류GG에게 지급한 1억 2천만 원은 이미 원고의 2005사 업연도의 손금으로 계상되어 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 또한 손금은 사업과 관련하여 발생하거나 지출될 것을 요건으로 하는 바(법인세법 제19조 제2항 참조), 갑 2, 3호증의 각 기재에 의하면 원고가 2005. 10. 11. 자신의 지배하에 있던 CCCC 명의의 계화에서 출금한 1억 5천만 원을 ZZ엔지니어링에게 지급한 사실은 이를 인정할 수 있으나, 을 5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 1억 5천만 원이 ZZ엔지니어링에게 지급될 당시에는 KK건설이 이 사건 공사를 맡고 있었고 ZZ엔지니어링은 KK건설과 사이에 기계설비 및 소방공사 계약을 체 결한 회사였던 사실을 인정할 수 있어, 위 인정사실만으로는 ZZ엔지니어링에게 지급된 위 돈이 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 것으로 보기 어렵고, 달리 이 를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.