주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 2. 2. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 149,606,730원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 구리시 XX동 000-0 XX빌딩에서 구조물 해체공사 및 철거공사업 등을 영위하는 법인으로 1999. 9. 7. 사업자등록을 마쳤다.

나. 피고는 서울중앙지방검찰청에서 당시 원고의 대표이사인 상AA의 형인 상BB를 횡령 등의 혐의로 기소한 사건과 관련하여 원고에 대한 법인세 등 통합조사를 실시하고, 서울중앙지방검찰청의 매출누락 증거자료 등을 근거로 원고가 2003 사업연도 중 1,933,503,011원(부가가치세 포함, 이하 ‘이 사건 매출누락액’이라 한다)의 매출을 신고누락 한 것으로 보아 위 금액을 익금에 산입하여, 2009. 2. 2. 원고에 대하여 2003 사업연도 법인세 149,606,730원을 경정 · 고지(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(1) 상BB는 당시 원고 대표이사이던 상AA의 형일 뿐, 원고의 주주도 아니고 원고의 경영에 참여한 바 없는데도, 피고는 상BB에 대한 형사사건에서의 자료만을 근거로 별다른 검토 없이 상BB를 원고의 실질적 대표로 보았다.

(2) 이 사건 매출누락액의 유일한 산정 근거는 상BB에 대한 형사사건에서 증거로 제출된 ’일일매입/매출현황표’(을 제7호증) 뿐이나 이는 그 명칭과 달리 실제는 월 합계표이고, 작성자, 작성일자 등도 불명확하며, 이와 관련한 원고 직원들의 진술도 불일치하여 신빙하기 어렵다. 그 밖에 매출누락과 관련한 객관적인 장부, 금융자료 등이 존재하지 않음에도 피고는 상BB에 대한 형사사건에서의 자료만을 근거로 별다른 검토 없이 이 사건 매출누락액을 산정하였다.

(3) 피고는 정확한 매출누락 금액 및 비용액을 확인하라는 과세전적부심사결정에 따르지 않고 재조사 없이 이 사건 처분을 하였다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

갑 제1호증의 1, 2, 을 제2 내지 6, 8, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 상BB는 원고의 회장으로 취임하여 실질적으로 원고를 운영한 사실, 상BB는 동생 상AA 및 그 가족들 명의로 원고의 주식을 보유하면서 회장으로 취임하여 원고를 실질적으로 1인 회사로 운영한 사실이 인정되므로, 상BB가 원고와 무관함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

납세의무자가 신고한 내용에 오류, 탈루가 있다 하여 과세관청이 경정처분을 함에 있어서도 장부나 기타 거래의 증빙자료에 근거하여 과세하여야 하고, 그 같은 과세처분에 있어서 과세표준과 세액이 실질에 부합하는 것이라는 점에 대한 입증책임은 과세당국인 피고에게 있는 것이기는 하다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세 요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 못하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두 6392 판결 참조).

갑 제1호증의 1, 2, 을 제2 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 상현폐기물집하장을 설치 · 운영하면서 발생한 매출로 원고에 입금된 금원 중 세금계산서를 발행하지 아니한 금원에 대하여 세무신고시 매출신고를 누락한 다음 그 중 일부를 임의로 사용하였다는 피의사실로 상BB가 1심에서 유죄 선고를 받은 사실, 원고 의 경리사원 남CC은 ’일일매입/매출현황표’는 원고의 직원들이 컴퓨터로 작성하였다가 삭제한 것을 검찰에서 복구한 것이고, 집하장에서 반입되는 폐기물의 입 · 출고 현황과 매출액을 1일 단위로 작성한 것이며, 위 실제 매출액 중 세금계산서 발행을 원하는 업체에 관한 매출액만을 신고하고, 나머지 업체에 관한 매출액은 세금계산서를 발행하지 않고 수입금액을 누락하였다고 진술한 사실, 원고의 경리과장 박YY는 ’일일매입/매출현황표’는 전 경리사원 조DD가 컴퓨터로 작성하였다가 삭제한 것을 검찰에서 복원하여 출력한 것이고, 그 양식이나 내용이 당시 원고의 실제 집하장 매출액을 작성한 서류가 맞다고 진술하면서 집하장의 월별 실제 매출액 중 신고매출액과 누락금액을 구체적으로 진술 하였는데, 그의 진술 내용이 이 사건 매출누락액과 일치하고 있는 사실, 원고의 관리부장 박KK은 2003. 12.경 기준으로 세무신고한 금액은 20억 원 정도이지만 실제로 누락금액을 포함하면 약 40억 원 정도로 집하장 실제 매출의 10%로만 세무신고를 하였다고 진술한 사실이 인정된다.

일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바(대법원 1998. 7. 10. 선고 96누14227 판결) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 매출누락액은 원고 직원들 의 진술, 원고 직원이 작성한 ’일일매입/매출현황표’, 집하장현황표, 매출장원장, 매출신고현황 등을 토대로 형사사건 판결에서 인정된 것이고, 피고는 위 형사사건에서 그 진정성립이 인정되고 그 판결에서 내용의 합리성이 확인된 제반 자료를 토대로 원고가 2003 사업연도 중 1,933,503,011원(부가가치세 포함)의 매출을 신고누락 하였다고 판단한 것인바, 경험칙상 위 매출누락액에 해당하는 원고의 실제 매출이 있었다는 점은 추정된다고 할 것이고, 이에 대하여 원고가 주장하는 사유나 제출한 증거들만으로 위 추정을 뒤집기에는 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 세 번째 주장에 관하여

을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 과세전적부심사의 결정에 따라 재조사를 실시한 사실이 인정되므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.