주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 OOO에서 택시운송사업을 영위하는 법인으로, 택시업계의 관행에 따라 이른바 정액사납금제도를 실시하면서, 동종 업종의 다른 법인(이하 “동종 법인”이라 한다)들은 1회 운행시 평균 25～30ℓ의 연료비를 부담하고 있는 반면, 청구법인은 모든 연료비를 청구법인이 부담하기로 하였다는 임금협정을 근거로 정상적인 영업활동과 관련된 연료비를 전액 청구법인이 부담하는 대신 추가 부담분 연료비에 상당하는 사납금을 더 입금받는 방식으로 정액사납금을 계산하면서, 택시운행에 따른 모든 연료비에 대하여 매입세액을 공제하고, 동 매입액을 손금에 산입하여 부가가치세와 법인세 신고를 하였다.

나. OOO세무서장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사결과, 청구법인이 정액사납금을 초과한 운송수입금액에 대한 제세 신고는 사실상 하지 않으면서 초과 운송수입금액에 대응하는 연료비를 포함한 연료비 전액에 대한 세금계산서를 청구법인이 발급받아 매입세액공제 및 동 매입액을 손금산입하였다 하여 동종 법인의 법인부담 연료비(30ℓ 상당)와 동종 법인의 정액사납금을 초과하는 청구법인의 정액사납금에 대응하는 연료비(5ℓ 상당, 청구법인이 이를 시인하고 확인서를 작성)를 초과한 연료비(2004년 제2기부터 2009년 제1기까지 16억721만원이며, 이하 “쟁점연료비”라 한다)에 대하여 매입세액을 불공제하고 쟁점연료비에서 청구법인이 기 손금불산입한 OOO(유가보조금 해당액)과 조사당시 법인세 신고기한이 도래하지 않은 2009사업연도분 OOO을 차감한 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입하는 등 하여 2010.1.7. 청구법인에게 법인세 2004사업연도OOO, 2005사업연도 OOO, 2006사업연도 OOO, 2007사업연도 OOO, 2008사업연도 OOO과 부가가치세 2004년 제2기 OOO, 2005년 제1기 20,647,910원, 2005년 제2기 14,764,870원, 2006년 제1기 OOO, 2006년 제2기 OOO, 2007년 제1기 OOO, 2007년 제2기 OOO, 2008년 제1기 OOO, 2008년 제2기 OOO, 2009년 제1기 OOO을 각각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  청구법인과 노조간의 노사약정협의, 매입증빙, 보조금 지급증빙 및 관련 장부에 의하여 LPG 실지 총사용량과 수입금액 계상에는 처분청과 다툼이 없으나, 청구법인은 택시기사의 연료비 부담을 덜어주고 실질적인 임금인상을 통한 근로의욕 고취 및 청구법인의 이익을 극대화하기 위해 운행에 필요한 연료를 청구법인이 전량 지급하기로 노동조합측과 임금협정〔제5장 제20조(연료 공급)〕을 체결하고 성실하게 이행하였는바, 청구법인과 동종 법인의 운행가동율(90%:60%)을 비교시 근로의욕 고취 등의 효과가 있음이 확인되고, 정액사납금제를 운영함에 있어 택시기사 각 개인의 실질 운송수입금액의 관리 및 파악이 불가능하여 정액사납금을 초과하는 금액은 택시기사가 이익을 취할 수 있도록 인센티브를 제공한 것으로 이는 동종업계의 관행이며, 연료비의 부담은 경영방침에 따라 각 법인의 실정에 맞게 시행하는 것으로 청구법인이 일일 운행대수당 2004년 47.37ℓ, 2005년 46.33ℓ, 2006년 43.75ℓ, 2007년 42.55ℓ, 2008년 41.39ℓ, 2009년 1월~6월 38.4ℓ, 평균 43.63ℓ(=실지총사용량/운행누적대수)의 연료를 공급하였음이 장부 및 증빙에 의해 확인됨에도 처분청이 정상적인 회사부담 연료비를 추정한 후 동 추정액을 초과한 연료비에 대한 매입세액을 불공제하고, 매입액을 손금불산입하여 이 건 과세한 처분은 청구법인의 노사합의내용과 경영방침을 전면 부인한 것이어서 부당하고, 법인세법 제20조부터 제28조까지 규정된 손금불산입 규정을 자의적으로 해석한 것이어서 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

  청구법인은 서울특별시 택시운송사업자로서「여객자동차 운수사업법」제22조에 의하면, 택시운송사업에 대하여 기사로부터 전액을 수납하여야 할 사업자임에도 택시업계의 관행과 관리관청의 묵인하에 노사합의에 따라 정액사납금제를 실시하고 있는 운송사업자로서 정액사납금에 해당하는 금액만을 운송수입금액으로 계상하면서 기사들이 정액사납금을 초과하는 운송수입금액을 얻기 위해 소모한 연료비에 대한 세금계산서를 청구법인의 명의로 교부받아 매입세액공제 및 손금산입하였음이 확인되는 바, 이는 수익에 대응되는 손비처리라 할 수 없는 점, 청구법인의 택시기사들의 입장에서 보면 동종 법인의 기사들처럼 25～30ℓ의 연료를 지급받고 추가 소모분은 자신들이 부담하는 방법이나, 청구법인처럼 연료비 전액을 회사가 부담하되 노사합의에 따라 평균적인 초과수입금액에 대응되는 연료비 상당액을 사납금에 얹어 입금하는 방법이나 모두 동일한 임금을 보전받으므로 동종 법인이 운영하는 정액사납금제와 다르지 않고, 동종 법인의 경우 초과수입금액에 대응되는 연료비에 대한 매입세액공제나 손금산입이 인정되지 않는 점, 정상적인 회사부담 연료비 추정액(35ℓ 해당액)은 동종 법인의 회사부담분 연료비의 최대치(30ℓ)에 청구법인으로 하여금 동종 법인과의 정액사납금 차액에 대응되는 연료비(5ℓ)를 산출하도록 하여 산정한 것이므로 동종 법인과의 형평에 맞게 합리적으로 최대한 수용한 것인 점, 쟁점연료비는 과세대상기간 총 사용량 11,457,911ℓ 중 2,267,156ℓ로 초과운행비율 평균 31.9%에 대응되는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

정액사납금에 대응하는 유류비 추정액을 초과하여 지출한 유류비에 대한 매입세액을 불공제하고 동 유류비를 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

 (1) 부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

 (2) 법인세법 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 (3) 여객자동차 운수사업법 제21조【운송사업자의 준수 사항】① 대통령령으로 정하는 운송사업자는 제24조에 따른 운전업무 종사자격을 갖추고 여객자동차운송사업의 운전업무에 종사하고 있는 자(이하 "운수종사자"라 한다)가 이용자에게서 받은 운임이나 요금(이하 "운송수입금"이라 한다)의 전액을 그 운수종사자에게서 받아야 한다.

② 운송사업자는 제24조에 따른 운수종사자의 요건을 갖춘 자만 운전업무에 종사하게 하여야 한다.

③ 제1항과 제2항 외에 안전운행과 여객의 편의를 위하여 운송사업자가 지켜야 할 사항은 국토해양부령으로 정한다.

 (4) 여객자동차 운수사업법 시행령 제12조【운송수입금을 전액 수납하여야 하는 운송사업자】법 제21조제1항에 따라 운수종사자로부터 운송수입금의 전액을 받아야 하는 자는 일반택시운송사업자로 한다. 다만, 군(광역시의 군은 제외한다)지역의 일반택시운송사업자는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 처분청의 조사당시인 2009.11.20. 아래와 같은 내용으로 확인서를 작성․날인한 것으로 나타난다.

  (가) 청구법인은 노사합의 및 임금협정에 따라 정액사납금제도를 운영하면서 타 정액제 택시회사의 경우 일정 LPG연료(통상 25~30ℓ)만을 기사에게 제공하고 정액사납금을 입금받는 반면, 당해 법인은 근로의욕 및 차량 가동률을 높여 영업수익을 극대화하고자 노사합의에 따라 대당 평균 연료소모량을 하루 45ℓ로 산정한 후 물가변동에 따른 해당 연료비 상당액을 전액 회사가 지급하는 것으로 하고 기사가 부담하여야 할 추가부담 연료비만을 사납금에 포함하여 기사에게 납입받아 각 과세기간의 운송수입금액으로 산정하여 부가가치세와 법인세를 신고납부하였다.

  (나) 이러한 회계처리는 부가가치세법상 운송수입금액에 따른 대응 연료비만을 매입세액으로 공제받아야 하고 운송원가로 계상하여야 함에도 정액사납금을 초과하여 운행함으로써 얻는 수익을 기사가 취하고 대응 연료비를 기사가 부담하는 것을 당해법인이 변칙회계처리를 통해 추가부담 연료비만을 수입금액에 반영시켜 기사부담분 매입세액을 부당하게 공제하고 운송원가에 산입한 사실이 있다.

  (다) 2004년 제2기부터 2009년 제1기까지의 회사부담분 연료비는 가동대수당 30ℓ이고, 노사합의에 따라 일반 사납금에 초과하여 신고된 수입금액에 대응되는 연료비는 평균 5ℓ로 이에 따라 회사에서 매입세액공제 및 운송원가에 산입할 연료량은 운행대수당 35ℓ이다.

  (라) 가동대수는 각 사업연도 유가보조금 신청서 및 운행일보상의 가동대수이며 이에 따라 각 과세기간 실제 매입한 LPG 수량 및 매입가액에 운행대수당 35ℓ와 리터당 시세를 적용하여 회사가 부담할 매입세액을 공제하여 부당공제한 매입가액은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 부당공제 매입액 내역

(단위 : 천ℓ, 천원)

* 회사 부담분(정상) 환산사용량은 운행대수 × 35ℓ

 (2) 청구법인의 사용자측과 노조측 대표자 간에 2004.12.4.과 2006.8. 각각 체결된 임금협정서의 제1조 (기본방침) 제3항은 “회사는 소정의 근로시간 이외 초과근로를 강요할 수도 없고 근로자의 초과근로제공의무도 없다. 따라서 근로자는 소정근로시간 이내에 정액급여산정을 위한 기준운송수입금 납입을 하여 책임을 다했을 경우 소정근로시간에 구애 없이 근로제공의 의무가 완수된 것으로 규정하고 차량을 근로자가 자의적 사용 운행하다가 간혹 수입금이 발생하였더라도 회사는 납입을 강요할 수 없으며 이는 근로자의 자의적인 개인수입으로서 회사는 관리 및 지배가 불가능할 뿐만 아니라 수납을 강요할 때는 사용자측에서 부당 행위를 강요하는 행위로서 회사는 이와 같은 행위를 해서는 아니 된다. (이하 생략)”라고 되어 있고, 제20조 (연료 공급)에서는 “회사는 차량 연료 전량을 지급함을 원칙으로 한다. 다만, 근로자의 과로방지와 정상적인 영업활동과 무관한 연료 소비분 및 통상적이며 객관적으로 납득할 수 없는 연료소비분에 대하여는 제외로 한다.”라고 되어 있는 것으로 확인된다.

 (3) 청구법인의 사용자측과 노조측 대표자 간에 2009.7.31. 체결된 임금협정서 제20조 (연료 공급)에서는OOO(단서 생략)”라고 하여 청구법인이 연료를 전량 부담해 오던 당초의 협정내용을 변경한 것으로 나타난다.

 (4) 청구법인의 사용자측과 노조측 대표자 간에 2004.12.4.과 2006.8. 각각 체결된 임금협정서와 청구법인의 대표이사 이OOO와 노동조합위원장 이OOO이 날인한 2006.8.25.자 합의각서 및 공고문(07-06호, 2007.2.2., 09-18호, 2009.8.3.)의 내용에 의해 청구법인의 기준사납금 변경내역을 정리하면 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인의 정액사납금 변경 이력

(단위 : 원)

 (5) 처분청 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 택시에 장착되어 있는 운송기록(이하 “타코미터”라 한다)에 의한 운송수입금액을 청구법인의 운송수입금액으로 경정하고자 하였으나, 청구법인이 조사당시 타코미터 기록을 제시하지 않음은 물론 정액사납금 운행일보 외에는 자료가 없고 전산기록에 있는 금액은 폐기하여 없다고 하여 일부 전산기록이 남아 있는 타코미터 수입일보로는 과세근거로 사용할 수 없었다.

  (나) 청구법인은 정액사납금제도를 운영하되, 동종 법인과 달리 연료비 정산은 모두 청구법인이 하고 대신 총사용연료비를 운행대수로 나누어 운행횟수당 평균사용 연료비(통상 1일 평균 여름은 40ℓ, 겨울은 45ℓ)를 산정한 후 동종 법인의 회사부담분 연료비(대부분 1일 평균 25ℓ이고, 30ℓ를 초과하는 법인은 없음)와의 차액(1일 평균 10~15ℓ에 거래당시 LPG 단가를 곱한 가액)을 정액사납금으로 증액하여 입금받는 방식으로 운송수입금액을 정산한 것으로 나타난다.

  (다) 청구법인은 2007.12.1.자, 2008.12.1.자, 2009.6.1.자 운행일보를 제시하였는바, 동 운행일보상의 수입금액은 모두 정액사납금 만을 수기한 것으로 같은 날짜의 타코미터 전산기록에 987/7/의한 실제 운송수입금액과 대사한 결과는 아래 <표3>과 같다.

<표3> 운행일보와 타코미터 수입일보 대사표

(단위 : 천원)

  (라) 청구법인은 타코미터 기록에 의한 운송수입금액을 수입금액으로 계상하지 않았으면서도 택시기사들이 초과운행수입금액을 얻기 위해 추가로 소모된 연료비에 대하여도 이를 모두 청구법인의 명의로 세금계산서를 교부받아 매입세액공제 및 손금산입하였으며 이 사실은 노조사무실에 보관중이던 사납금공고문 등에 의해 확인된다.

  (마) 연료비를 전액 지급받는 대신 동종 법인의 택시기사들보다 사납금을 추가로 부담하는 제도(LPG FULL제 또는 연동제라 지칭)에 대하여 사측에서는 운행률을 높이고 근로의욕을 고취하여 선호하나, 청구법인의 노동조합측에서는 열악한 환경에서 노동강도가 높고 택시업계의 불경기로 말미암아 고액의 사납금을 맞출 수 없어 타 정액제 운영법인처럼 25ℓ를 받고 일반사납금을 납부하자는 논의를 계속해 오다가 2009년부터는 회사부담연료비 25ℓ를 제공하고 일반사납금을 수납하는 것으로 운영형태를 바꾼 것으로 나타난다.

 (6) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대,

「여객자동차 운수사업법」제21조 제1항 및 같은 법 시행령 제12조에서는 일반택시운송사업자는 운수종사자가 이용자에게서 받은 운임이나 요금의 전액을 그 운수종사자에게서 받아야 하도록 규정하고 있으므로 청구법인의 운송수입금액은 정액사납금 외에도 택시기사들이 초과운행하여 얻은 운송수입금까지 포함한 금액이어야 하나, 청구법인은 정액사납금에 상당하는 금액만을 수입금액으로 하여 부가가치세와 법인세를 신고하였고, 처분청이 이 건 조사당시 실지 운송수입금액의 산정을 위하여 타코미터 수입일보 등의 제출을 요구하였으나, 청구법인이 폐기 등을 주장하며 제출하지 않아 수입금액에 대한 경정은 하지 못한 것으로 나타나는바, 초과운행에 따른 수입금액을 청구법인의 수입금액에 가산하여 법인세와 부가가치세를 경정할 수 없다면, 정액사납금에 대응하는 유류비에 대하여만 매입세액공제 및 손비 인정함이 타당한 점,

처분청 조사당시 청구법인은 운송수입금액에 따른 대응 연료비만을 매입세액으로 공제받아야 하고 운송원가로 계상하여야 함에도 정액사납금을 초과하여 운행함으로써 기사가 얻는 수익에 대응하는 연료비에 대한 매입세액을 부당하게 공제하고 운송원가에 산입한 사실이 있다고 스스로 확인서를 작성한 점,

부가가치세법 제17조 제1항 제1호와 법인세법 제19조 제2항에서는 자기의 사업과 관련하여 지출된 비용에 대하여만 매입세액공제 및 손비인정하도록 규정하고 있는 점,

청구법인이 운영하는 정액사납금제가 동종 법인의 그것과 다른 점은 청구법인이 유류비를 전액 부담하는 대신 동종 법인보다 높은 금액의 사납금을 받는다는 것이나, 유류비 부담액의 차액과 사납금의 차액이 유사하여 결과적으로는 동종 법인의 정액사납금제와 다르지 않은 바, 동종 법인의 경우 초과운행 운송수입금액에 대응되는 연료비에 대한 매입세액공제나 손금산입이 인정되지 않는 점 등에 비추어, 처분청에서 정액사납금에 대응하는 유류비를 초과하여 지출한 유류비에 대하여 매입세액불공제하고 동 유류비를 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.