주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 7. 30. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 50,794,228원 중 27,046,747원의 환급거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 화성시 XX동 0000-0 외 1필지 지상 0층 근린생활시설 2,357.34㎡(이하 ’사건 건물’이라 한다)를 2006. 5. 25. 취득하여 2009. 2. 16. 양도한 후, 2010. 5. 31. 피고에게 2009년 귀속 양도소득세 50,794,228원을 신고 · 납부하였다.

나. 원고는 2010. 6. 3. 피고에게 원고가 이 사건 건물에서 한 임대 사업을 폐지함에 따라 이 사건 건물의 잔존 재화에 대하여 부담한 부가가치세 102,202,329원을 이 사건 건물의 양도소득금액을 산정할 때 필요경비로 공제해달라고 경정청구하였으나, 피고는 2010. 7. 30. 위 부가가치세 102,202,329원은 이 사건 건물의 양도와 관련하여 발생한 비용이 아니라는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 10. 29. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제4 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 XX뉴타운지구 도시개발사업 시행에 따라 이 사건 건물이 위 지구에 편입되어 한국토지주택공사와 2009. 2. 16. 이 사건 건물에 관한 지장물 보상 합의를 하였고, 이에 따라 더 이상 이 사건 건물에서 임대사업을 할 수 없어 그 무렵 임대사업을 폐지하고 2009. 4. 17. 수원세무서장에게 2009년 1기분 부가가치세 102,409,068원을 신고 · 납부하였다. 위 부가가치세에는 부가가치세법 제6조 제4항에 따른 폐업시 잔존 재화에 대한 매출세액 102,202,329원(이하 ’이 사건 매출세액’이라 한다)이 포함되어 있는데, 이는 이 사건 건물을 취득하는 데 든 비용으로서 소득세법 제97조, 같은 법 시행령 제163조에서 열거된 것이 아니라도 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 양도소득의 본질은 자본 이득, 즉 소유 자산의 객관적 가치가 증가분이다. 그리하여 이와 같은 자본 이득이 과세물건인 양도소득세는 자산이 양도되어 소유자의 손을 떠나게 된 것을 기회로 그 소유 기간 중에 있는 자산의 가치 증가분을 청산하여 과세하는 것으로서 성질상 수득세(개인이나 법인이 일정 기간에 얻은 재산에 매기는 조 세)의 일종이고, 그중에서도 어느 사람이 소유하는 생산 요소에서 얻는 수익에 대해 부과하는 수익세에 속한다. 소득세법 제95조가 양도소득금액을 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액으로 규정하고 있는 취지에 비추어 양도가액에서 공제할 필요경비를 소득세법 제97조에서 성질상 양도가액에 대응하는 것으로서, 양도자산의 취득에 든 비용, 그 자산의 객관적 가치를 증가시키는 데 든 설비비와 개량비, 자본적 지출액과 양도비로 제한하는 것은 합리적 근거가 있고, 소득세법 시행령 제163조는 과세소득의 실정법 상 범위 및 규정 방식과 관련하여 열거주의를 채택하고 있다고 봄이 타당하다.

(2) 소득세법 제97조 제1항 각호, 소득세법 시행령 제163조에는 부가가치세법 제6조 제4항에 따라 폐업시 잔존재화에 대하여 부담한 매출세액을 양도소득의 필요경비로 열거하고 있지 않음은 법률 규정상 명백하다. 따라서 피고가 소득세법 제97조 제1항 각호, 소득세법 시행령 제163조의 규정에 따라 양도가액에서 공제되는 필요경비로 나열되지 않은 이 사건 매출세액을 필요경비로서 양도소득에서 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다(나아가 부가가치세법 제6조 제4항에 따라 폐업시 잔존재화에 대하여 부가가치세를 부과하는 취지는 사업자가 사업과 관련하여 매입한 재화에 관하여 매입 세액을 공제받은 후 폐업하게 되면 부가가치세를 부담함이 없이 과세대상인 재화를 소비하는 결과가 되므로 이를 본래적 의미의 재화 공급은 아니지만 공급으로 의제함으로 써 과세 공평을 기하려는 데 있으므로, 이 사건 매출세액이 이 사건 건물을 취득하는 데 소요된 비용이라고 보기도 어렵다).

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.