주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

별지 목록 기재 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 O 원고는 주유소업 등을 목적으로 설립된 회사로서 XX서천 제1, 2 주유소(피고 순천세무서장 관할) 및 XX 제3, 5 주유소(피고 여수세무서장 관할)를 운영하면서 주식회사 ○○석유산업(이하 ‘○○석유’라 한다)으로부터 각종 유류를 공급받아 왔다.

 O 원고는 ○○석유로부터 2008년 제1기분 9,966,254,000원 상당, 2008년 제2기분 16,555,000,000원 상당, 2009년 제1기분 20,374,107,000원 상당 합계 공급가액 46,895,361,000원 상당의 매입세금계산서(이하 ’이 사건 쟁점매입세금계산서’라 한다)를 교부받아 매출세액에서 이 사건 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 공제하여 피고들에게 각 부가가치세 신고를 하였다.

 O 한편, 광주지방국세청장은 2009. 7.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 2008년 제1기~2009년 제1기 사이의 이 사건 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 허위의 매입세금계산서로 확정하고, 또 같은 기간 동안 원고의 매출세금계산서 중 12,406,000,000원 상당이 허위의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 쟁점매출세금계산서’라 한다)이며 무자료 유류 매입액이 19,988,671,000원 상당임을 확정하여 피고들에게 과세자료로 통보하였다.

 O 이에 따라 피고들은 2010. 3. 5. 원고에게 별지 목록 기재와 같이 2008년 제1기~ 2009년 제1기분 각 부가가치세 및 2008년 사업연도 법인세를 각 경정ㆍ고지(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다.

 O 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 5. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 조세심판원이 2010. 9. 20. 위 심판청구를 기각하자 2010. 12. 18. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

 (1) 이 사건 쟁점매입세금계산서와 관련하여

   원고와 ○○석유 사이의 거래를 가장거래로 보는 것은 원고가 633억 원 상당의 유류를 매출하였음에도 그에 필요한 ○○석유로부터 469억 원 상당의 유류를 매입한 것에 대하여는 이를 인정하지 않는 결과가 되는 점, 관련 형사사건에서도 ○○석유의 원고에 대한 매출을 문제삼지는 않은 점, 만약 원고와 ○○석유를 동일한 회사로 간주 하여 원고의 유류 매입 자체를 허위 또는 가장거래로 보는 것이라면 원고와 ○○석유 중 어느 하나에 대하여만 허위 또는 가장거래를 이유로 처분을 하여야 함에도 원고에게까지 이 사건 처분을 한 것은 이중의 처분인 점 등에 비추어 부당하다.

   결국, 이 사건 처분은 피고들이 과세관청으로서 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 허위라는 점을 입증할 책임이 있다 할 것임에도 불구하고 원고와 ○○석유가 특수관계에 있고 ○○석유가 사실과 다른 매입세금계산서를 수취한 사실이 있다는 점 외에는 별다른 근거도 없이 원고와 ○○석유 사이의 유류 거래를 실물 거래 없는 가공거래로 단정하고 이루어진 것으로서 위법하다.

 (2) 이 사건 쟁점매출세금계산서와 관련하여

   이 부분이 가공의 매출이라고 볼 만한 증거가 없을 뿐만 아니라 피고가 어떤 매출거래를 가공거래로 보았는지도 불분명한 점에서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

 (1) 김AA은 1997. 7. 27.부터 원고 회사를, 2006. 3. 28부터 ○○석유를 실제로 운영한 사람으로서 주식회사 ☆☆오일파크 등으로부터 유류를 공급받은 사실이 없음에도 실제 유류를 공급받은 것처럼 매입처별세금계산서 합계표를 허위 기재하여 전자신고하는 방법으로 2006년 1기분-2009년 2기분 사이에 1,439억 원 상당(매입액의 92.8% 상당임)을 가공ㆍ위장 매입하는 등 이른바 자료상 행위를 한 것으로 기소되어 2010. 1. 26. 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄 등으로 유죄를 선고받아(부산지방법원 2009고합729호)을 선고받아 이후 위 판결이 확정되었다.

 (2) 원고는 2008. 1. 1. - 2009. 6. 30. 기간 동안의 총 유류 매입액 625억 7,600만 원 중 약 75% 정도를 ○○석유로부터 매입하였다고 신고하면서 이 사건 쟁점매입세금계산서를 제출하였는데, 원고가 ○○석유로부터 위와 같은 유류 매입시 수령하여 보관 중이라는 출하전표상의 출하처는 주식회사 △△에너지이나 위 회사도 자료상으로 형사 고발되었고, 위 출하전표상 출하차량으로 기재된 경기95바1916, 경기90사3218, 인천80사2725 차량들도 모두 미등록차량으로 확인되었으며, SK에너지 주식회사 등 6대 정유사를 통하여 위 출하전표에 대한 출하현황을 조회한 결과 유류출하 사실이 없는 것으로 확인되었다.

 (3) ○○석유가 작성한 '매입처 작업 및 자금 분배 내역'에 의하면 원고는 2008. 10. ~2009. 4.까지 송금액 대비 약 8%를 수수료를 해당 거래처에 지급한 것으로 확인 되었고, 원고의 직원 한BB은 부산지방검찰청 피의자신문에서 자신이 작성한 노트의 메모는 원고 회사 부장 송CC의 지시에 의해 실물거래 없이 허위매출세금계산서를 발행해주고 받은 수수료(S/L : 서비스 리베이트)를 기재한 것이라고 진술하였다.

 (4) 원고는 이 사건 처분과 관련하여 ○○석유의 거래처 조회전표와 원고의 거래명세표 외에 다른 증빙은 제시하지 못하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제5 내지 11, 13, 16, 21 내지 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

 (1) 살피건대, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

 (2) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 볼 수 없다는 원고의 주장은 이유 없고, 따라서 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 허위의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

   ① 원고의 실제 운영자인 김AA이 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취하여 신고하는 등의 자료상 행위로 형사처벌을 받은 점, 원고가 ○○석유로부터 실제 유류를 매입하였다면 정상적으로 존재하여야 할 출하처나 출하차량, 정유사의 출하행위 등을 확인하기 어려운 점, 원고가 실제 유류 매출을 하였다면 수수료(S/L : 서비스 리베이트)를 지급할 이유가 없을 뿐만 아니라 원고 직원 한BB의 진술에 의하여도 원고가 실물거래 없이 허위매출세금계산서를 발급해 주고 수수료를 지급받은 사실이 확인되는 점 등을 고려하면, 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 실물거래 없는 허위로 작성되었다는 점이 과세관청인 피고들에 의하여 상당한 정도로 증명이 되었다고 볼 수 있는 반면, 이와 관련하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세 의무자인 원고가 피고들에게 자료로 제출한 ○○석유의 거래처 조회전표와 원고의 거래명세표, 갑 제5 내지 9호증의 각 기재, 증인 김DD의 증언만으로는 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 실물거래에 의하여 작성된 것이라는 점이 증명 되었다고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

   ② 다만, 원고는 ○○석유와의 실물거래가 있었다는 근거의 하나로 이 사건 처분에 따르면 자신이 633억 원 상당의 유류를 매출하였음에도 그에 필요한 ○○석유로부터 469억 원 상당의 유류를 매입한 것에 대하여는 이를 인정하지 않는 결과가 되는 점을 들고 있으나, 이는 이 사건 처분에 있어서 이 사건 쟁점매입세금계산서가 위와 같이 허위임을 전제로 부가가치세법 제17조 제2항에 의하여 매입세액을 공제하지 않은 결과일 뿐이다(또한 위에서 살펴본 것과 같이 이 사건 처분은 원고의 가공매출액이 12,406,000,000원임을 인정하였으므로 원고의 유류 매출액이 633억 원 상당이라고 할 수 없을 뿐만 아니라, 무자료 유류 매입액이 19,988,671,000원 상당임을 인정하였으므로 실질적으로는 원고의 유류 매입이 불인정된 금액이 469억 원 상당이라고 할 수도 없다).

 ③ 또, 원고는 관련 형사사건에서도 ○○석유의 원고에 대한 매출을 문제 삼지 않은 점을 ○○석유와의 실물거래가 있었다는 근거의 하나로 들고 있으나, 이 사건 처분의 적법성은 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 허위인지 여부인지만 문제되는 것일 뿐만 아니라 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 허위인 경우 원고 주장과 같이 ○○석유와 원고의 실제 운영자인 김AA이 반드시 그로 인하여 기소되어 형사처벌까지 받아야 하는 것도 아니며, 반대로 형사처벌이 없었다고 하여 곧바로 이 사건 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 실물거래에 기하여 작성된 것이라고 할 수도 없다.

 ④ 그리고, 원고는 원고와 ○○석유와의 거래를 실물거래로 보아야 하는 이유의 하나로, 만약 원고와 ○○석유를 동일한 회사로 간주하여 원고의 유류 구입 자체를 허위 또는 가장거래로 보는 것이라면 원고와 ○○석유 중 어느 하나에 대하여만 허위 또는 가장거래를 이유로 처분을 하여야 함에도 원고에게까지 이 사건 처분을 한 것은 이중의 처분이라는 점을 들고 있으나, ○○석유와 원고는 각 별개의 법인으로서 각각 독립적으로 부가가치세와 법인세의 납부의무를 지는 점에서 원고와 ○○석유 각각의 허위 또는 가장거래에 대하여 각각의 부가가치세와 법인세 부과처분을 하였다 하여 이를 두고 이중의 처분이라고 할 수도 없다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.