주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 5. 1. 원고에 대하여 한 2004. 제1기부터 2008년 제1기까지의 각 부가가치세 합계 96,505,604원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

가. 원고는 2003.경 ○○대학교(울산 남구 무거동 산 00 소재)와 주차시설 위탁운영계약(이하 이 사건 위탁계약이라 한다)을 체결하고 2003. 3. 1.경부터 2008. 2. 29. 폐업할 때까지 ○○대학교 구내에서 ☆☆기전이라는 상호로 주차장을 운영하였다(이하 이 사건 사업장이라 한다).

나. 원고는 피고에게 아래 표 기재와 같이 이 사건 사업장의 2003. 제1기분부터 2008. 제1기분까지의 각 부가가치세 과세표준을 신고하고, 그에 따른 각 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다

 [아래 표 생략]

다. 피고는 2009. 4.경 원고의 이 사건 사업장에 대하여 세무조사를 실시한 후 2003. 3. 1.부터 2008. 2. 28.까지 원고 명의의 5개의 각 예금계좌(이하 이 사건 각 계좌라 한다)에 입금된 금액 중 그 각 계좌 간의 거래 및 입금 사유가 다른 것으로 인정되는 금액 등(이하 계좌간 거래 등 공제금액이라 한다)을 제외한 나머지 금액을 이 사건 사업장의 실제 주차료 수입액이라고 보고, 그 금액에서 부가가치세액 상당을 뺀 금액에서 이 사건 사업장을 폐업할 때까지 정기주차권 구입 고객들에게 반환하지 못한 정기주차권 예치금(부가가치세액 상당 제외, 이하 이 사건 예치금 미환급 공제금액이라 한다)을 제외 한 나머지 금액을 이 사건 사업장의 매출금액(공급가액)으로 파악한 끝에 아래 표 기재와 같이 2003. 제171분부터 2008. 제1기분까지의 각 부가가치세 과세표준신고 누락액이 있는 것으로 보아, 2009. 5. 1. 원고에게 아래 표와 같이 2004. 제1기부터 2008. 제 1기까지의 각 부가가치세의 본세 및 가산세(이하 이를 합하여 이 사건 부가가치세 등 이라 한다) 합계 96,505,604원을 경정ㆍ고지(이하 이 사건 각 처분이라 한다)하였다.

 [아래 표 생략]

라. 원고는 2009. 7. 31. 피고에게 이 사건 각 처분에 대하여 이의신청을 하였고, 이에 피고는 2009. 9. 30.부터 같은 해 10. 9.까지 재조사를 거쳐 원고의 위 이의신청을 받아들이지 아니하였다. 이에 원고는 2009. 12. 10. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2010. 11. 2. 위 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

 피고가 파악한 이 사건 사업장의 주차료 수입금액 중에는 피고가 인정하여 공제한 금액보다 더 많은 이 사건 예치금 미환급금이 포함되어 있을 뿐 아니라 이 사건 사업장 주차료 수입과는 무관하거나 이 사건 각 계좌간 거래에 해당하는 별지 3. 표 기재 합계 53,178,295원이 포함되어 있으므로, 피고로서는 그러한 점들을 조사하여 그 만큼을 공제하여 이 사건 사업장의 공급가액을 산정하여야 함에도 그에 대한 구체적인 조사 없이 이 사건 각 처분을 하였으니, 이는 근거과세원칙에 위배되어 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

 별지 4. 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

 1) 원고가 이 사건 사업장을 운영하면서 얻은 수입은 일일주차료, 정기주차료(정기주차권 판매료) 및 정기주차권 예치금(이를 모두 합산하여 이 사건 주차료 수입이라 한다)인데, 일일주차료는 외부방문고객 등으로부터 징수한 주차요금이고, 정기주차료는 이 사건 사업장을 상시 이용하는 ○○대학교 학생(학부생, 대학원생, 평생교육원생), 교직원들로부터 정액으로 징수하는 주차료이며, 정기주차권 예치금(이하 이 사건 예치금이라 한다)은 정기주차권을 구입한 고객들에게 교부하는 차량부착용 정기주차인식표(TAG)의 회수를 담보하기 위하여 정기주차권 구입 고객들로부터 정수하는 것으로 정기주차권 1 매당 33,000원(부가가치세를 포함한 공급대가)이고 나중에 정기주차권 구입 고객들이 그 정기주차인식표를 반환하는 경우 그들에게 환급해야 하는 것이다.

 2) 원고는 이 사건 주차료 수입은 이 사건 각 계좌를 통하여 관리하였는바 그 각 계좌 내역은 아래와 같다.

 [아래 표 생략]

 3) 원고 측은 이 사건 주차료 수입에서 이 사건 예치금 환급금을 환급하여 왔는 바, 이 사건 사업장의 관리소장이었던 이AA은 당일 이 사건 주차료 수입에서 당일 이 사건 예치금 환급금을 뺀 나머지를 이 사건 각 계좌에 입금하고, 당일 이 사건 주차료 수입만으로 당일 이 사건 예치금 환급금을 지급하기에 부족할 경우 이 사건 각 계좌에 입금된 돈을 인출하여 지급하였다.

 4) 원고와 ○○대학교는 이 사건 위탁계약 기간이 종료할 무렵인 2008. 1. 25. 이 사건 위탁계약이 종료되면 원고가 회수하지 못한 위 정기주차인식표의 소유권을 ○○대학교에 이전하기로 하되 이에 상응하는 이 사건 예치금 미환급금은 향후 원고 대신 ○○대학교가 정기주차권자들에게 지급하기로 약정하고, 원고가 ○○대학교에 위 정기 주차인식표 소유권이전 및 이에 상응한 이 사건 예치금 환급채무 인수에 대하여 합계 124,311,000원(= 3,767개 x 33,000원)의 매출계산서를 발급하여 주었다.

 5) 원고는 2009. 4. 6. 피고에게 다음과 같은 내용의 확인서(을 제3호증의 3)를 작성하여 제출하였다.

   - 주차료수입(일일주차료, 정기주차료, 이 사건 예치금)은 이 사건 사업장의 관리소장이었던 이AA으로부터 매일 보고를 받았다.

   - 이 사건 사업장의 폐업시까지의 주차료수입 중의 이 사건 예치금 중에 미처 환급해주지 못한 124,311,000원(부가가치세를 포함한 공급대가)은 ○○대학교가 반환하기로 합의함에 따라 2008. 제1기에 부산동보기전에서 ○○대학교로 매출세금계산서를 발행하였다.

 6) 원고가 운영하는 이 사건 사업장의 관리부장이었던 이BB은 2009. 3. 31. 이 사건과 관련하여 피고 소속 직원에게 다음과 같이 진술하였다.

   - 2002년 3월 입사하여 2007년 2월 퇴사시까지 관리부장으로 영업 및 관리업무 전반에 관한 일을 하였다.

   - 주차료수입일지의 정기주차료수입은 순수한 주차료수입만 기재된 것이 아니라 이 사건 예치금(1개당 33,000원, 부가가치세 포함)과 정기주차료를 합친 금액으로 작성하였다.

   - 주차료수입일지의 정기주차료수입 중 위 정기주차인식표의 회수 과정에서 이 사건 예치금의 입금액(수입)과 환급액(지출)을 일일정산한 나머지 금액과 정기주차료를 정기주차료 수입금액으로 집계하고 있으므로 이 사건 예치금이 중복하여 집계될 수는 없다.

   - 주차료수입금액은 주차관리소장인 김AA이 주차요금 일일정산 및 수입금통장으로 입금하는 업무를 담당하면서 매일매일 원고에게 전화로 보고한 후 예금계좌로 입금하였다.

   - 2008. 2. 이후 주차요금 전산집계프로그램에 아무 내용도 없는 것은 주차료수입을 감추기 위해 주차요금이 기록된 하드디스크를 원고 측에서 교체한 것으로 알고 있다.

   - 부가가치세 신고와 관련하여 주차료수입에 대한 세무신고자료를 김AA이 원고에게 보고하면 원고는 정기주차료수입을 제외한 일일주차료 수입만 회계사무소에 보내 신고하도록 하였다

 7) 이 사건 사업장을 운영하면서 관리부장인 김AA으로 하여금 부스정산일보를 작성하도록 한 원고는 이 사건 처분 당시 피고에게 부스정산일보 2일분만을 제출하였다가, 이 사건 재조사 당시에는 2005. 6. 27.부터 2007. 1. 15.까지의 각 부스정산일보 572장을 제출하였다.

 8) 가) 이 사건 각 계좌에 2003. 3. 1.부터 2008. 2. 28.까지 입금된 총 금액과 그 중에서 피고가 계좌간 거래 등 공제금액으로 인정한 금액 및 이에 따라 피고가 이 사건 주차료 수입으로 본 금액은 다음 표 기재와 같다.

   [다음 표 생략]

   나) 이에 기하여 피고는 별지 1. 표상의 ‘이 사건 사업장의 주차료 수입금액에서 부가가치세 상당을 뺀 금액’란 기재 각 금액에서 별지 1. 표의 ‘이 사건 예치금 미환급 공제금액(공급가액)’란 기재와 같이 이 사건 예치금 미환급금 113,010,000원{공급 대가인 124,311,000원(= 3,767개 X 33,000원)에서 부가가치세를 제외한 금액}을 사업 월수(2003. 3 부터 2008. 2.까지 총 60개월)로 안분하여(1개월에 1,883,500원) 각 분기 별로 계산한 각 금액을 공제하고 그 나머지를 이 사건 사업장의 매출금액(공급가액)으로 본 끝에 앞서 본 바와 같이 2004. 제1기분부터 2008. 제1기분까지 각 부가가치세 과세표준 신고액에 누락이 있는 것으로 보아 이 사건 각 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

라. 판단

 1) 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이다. 납세의무자의 금융 기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 매출액을 결정하는 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이고, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).

 2) 이 사건으로 돌아와 살펴보면, 앞서 본 바에서 알 수 있듯이 원고가 이 사건 주차료 수입 내용을 감추기 위하여 2008. 2.경 이 사건 사업장의 주차요금 전산집계프로그램의 하드디스크를 교체하는 한편 피고에게 과세표준을 확정하는데 필요한 장부나 증빙자료를 제출하고 있지 않은 상황이었으므로, 피고가 원고의 이 사건 각 계좌에 입금된 금액을 계산하는 방식으로 이 사건 사업장의 매출금액을 계산한 것은 객관성이 있는 실지조사방법에 속한다고 할 것이다. 게다가 앞서 보았듯이 원고가 이 사건 사업장의 관리소장을 통하여 이 사건 주차료수입을 이 사건 각 계좌로 관리하는 등 하였으므로 이 사건 각 계좌에 입금된 금원은 특별한 사정이 없는 한 이 사건 사업장의 주차료수입으로 추정된다 할 것이다.

 4) 여기서 원고가 주장하는 바와 같이 피고가 파악한 이 사건 사업장의 주차료수입금액에는 피고가 공제한 금액보다 더 많은 이 사건 예치금 미환급금이 포함되어 있 는지(첫 번째 주장)와 이 사건 사업장 주차료수입과 무관하거나 이 사건 각 계좌간 거래에 해당하는 별지 3. 표 기재 합계 53175,295원이 포함되어 있는지(두 번째 주장)에 관하여 살펴본다.

   가) 먼저 첫 번째 주장에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 ○○대학교와 사이의 이 사건 위탁계약이 종료되면 위 정기주차인식표의 소유권을 ○○대학교에 이전하되 이에 상응하는 이 사건 예치금 미환급금은 ○○대학교에서 원고 대신 지급하기로 약정하고, 원고가 ○○대학교에 124,311,000원에 대하여 매출계산서를 발급 하여 준 점, 원고 스스로도 이 사건 예치금 미환급금의 액수가 얼마인지에 관하여 구체적인 주장ㆍ입증이 없는 점 등에 비추어 원고가 제출하는 증거들만으로는 이 사건 예치금 미환급금이 피고가 인정한 것보다 더 많다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 자료가 없다

하여 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

   나) 다음 두 번째 주장에 관하여 보건대, 다음과 같은 이유에서 받아들일 수 없다.

     (1) 별지 3. 표 1 내지 7번 기재 금원은, 이 사건 각 처분에서 제외된 2003. 제1기 및 제2기 각 부가가치세 등과 관련된 것이다.

     (2) 같은 표 8번 기재 금원의 경우, 원고는 그 금원(이 사건 신한은행 148 계좌에 2004. 2. 10. 입금된 9,445,450원)은 이 사건 신한은행 139 계좌에서 입금된 금액이므로 이 사건 사업장의 주차료수입에서 제외되어야 한다고 주장하나, 이 사건 신한은행 139 계좌의 거래내역(조세심판원장에 대한 문서송부촉탁에 따라 송부된 문서의 일부)에 의하면 이 사건 신한은행 139 계좌에서 세 차례에 걸쳐 1,040,000원, 1,633,500원 및 19,820,700원이 현금으로 출금된 사실은 인정되지만, 그 사실만으로는 같은 표 8번 기재 금원이 이 사건 각 계좌간 거래에 해당하는 것이라고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다(즉 앞서의 추정을 뒤집기 부족하다).

     (3) 같은 표 9, 10번 기재 각 금원의 경우, 원고는 그 금원들이 이 사건 사업장의 관리소장이었던 김CC에 대한 대여금이라거나(9번), △△병원에서 입금한 내역(10번)이므로 이 사건 사업장의 주차료수입과 무관하다고 주장하나, 이 사건 신한은행 139 계좌와 이 사건 우체국 계좌의 각 거래내역표(조세심판원장에 대한 문서송부촉탁에 따라 송부된 문서의 일부)의 각 기재에 의하면 이 사건 신한은행 139 계좌에 2001. 3. 2. 3,200,000원이 입금되면서 그 비고란에 ‘김CC’이라고 기재되어 있고, 이 사건 우체국 계좌에 2005. 11. 21. 979,000원이 입금되면서 그 적요란에 ‘OO병원’이라고 기재된 사실은 인정되지만, 그 사실만으로는 그 각 금원이 이 사건 사업장의 주차료수입과 무관한 것이라고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(즉 앞서의 추정을 뒤집기 부족하다).

     (4) 같은 표 11 내지 14번 기재 금원의 경우, 앞서 본 바{위 인정사실 8)의 표 기재}에 의하면, 피고는 그 각 금원을 앞서 본 계좌간 거래 등 공제금액에 모두 포함시켜 피고가 파악한 이 사건 사업장의 주차료 수입액 1,762,643,638원을 산정하였음을 알 수 있다.

     (5) 같은 표 15 내지 18번 기재 금원의 경우, 이 사건 우체국 계좌 거래 내역에 의하면, 이 사건 각 계좌의 입출금을 담당하였던 김AA이 이 사건 우체국 계좌에 2007. 9. 4.에 8,432,000원을 입금하면서 그 중 200,000원은 타점발행수표로, 2007. 9. 5.에 5,727,000원을 입금하면서 그 중 200,000원을 타점발행수표로, 2007. 9. 11.에 1,959,000원을 입금하면서 그 중 300,000원을 타점발행수표로, 2007. 9. 12.에 873,000원을 입금하면서 그 중 300,000원을 타점발행수표로 각 입금한 사실은 인정되지만, 그 사실만으로 그 각 금원이 이 사건 사업장의 주차료수입과 무관하거나 이 사건 각 계좌 간 거래에 해당하는 것이라고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(즉 앞서의 추정을 뒤집기 부족하다).

3. 결론

 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.