주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 종교활동을 목적으로 설립된 비영리법인으로 OOO OOO OO동 96-2 대지 1,008㎡ 및 교회건물 391.8㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 청구법인의 대표(담임목사)인 박OOO으로부터 2005.2.21. 증여로 취득하여 청구법인의 교회로 사용하던 중, 쟁점부동산이 OOO의 택지재개발사업으로 2007.2.2. 수용(2007.3.6. 등기접수)되어 그 보상대가로 OOO원을 수령하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 사용하지 아니한 것을 확인하여 보상대가OOO를 익금산입하고 증여로 취득시 기준시가OOO를 손금산입하여 2010.9.17. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.15. 이의신청을 거쳐 2011.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

   쟁점부동산은 서류상 2004.1.14.(등기 접수일은 2004.5.17.) 청구법인의 대표자 박OOO 개인 명의로 취득하여 2005.2.21. 증여로 청구법인에 소유권이 이전되었으나, 취득당시 청구법인 명의로 취득이 불가(토지거래허가구역)하여 대표자 박OOO목사 개인명의로 등기하였을 뿐 실질적인 부동산 소유자는 청구법인이므로 박OOO 목사의 토지 취득일인 2004.1.14.을 청구법인의 취득시점으로 보아야 할 것이며, 이를 기준으로하면 3년 이상 고유목적사업(종교사업)에 사용한 것이므로 이 건 법인세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

고정자산의 처분일 현재 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용되었는지 여부에 대한 판정에 있어 고유목적사업에 사용된 기간을 계산함에 있어 기산일은 청구법인의 증여취득일인 2005.2.21.로 보는 것이 타당하며, 이로부터 교회로 사용하다가 2007.3.6. 수용되었으므로 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 것이므로 이에 대한 법인세 과세는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

교회인 청구법인이 쟁점부동산을 3년 이상 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

  (1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

 (2) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이경우 당해 고정자산의 유지․관리 등을 위한 관람료․입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에는 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 등기부등본 등 심리자료를 보면, 쟁점부동산의 소유권변동 사항은 아래 <표>와 같고, 처분청은 청구법인이 OOO로부터 쟁점부동산에 대한 보상금 2007.1.9. OOO원 및 2007.7.9. O,OOOO원을 청구법인 계좌(OOOO OOOOOO-OO-OOOOOO, OOOOOO-OO-OOOOOO)로 받아 2007.1.10.부터 2010.4.15.까지 주식회사 OOO 등의 금융기관에 정기예금 및 양도성예금증서 예금 등에 가입하여 수시로 입․출금하였음을 확인․조사한 것으로 나타난다.

<표> 쟁점부동산 소유권 변동사항

(OO : O)

(2) 청구법인은 서류상 쟁점부동산 중 토지를 2004.1.14.(등기원인일) 박OOO 개인 명의로 취득하여 2005.2.21. 증여로 청구법인에 소유권 이전하였고, OOO시는 위 토지가 재개발지역인 것을 비밀로 하여 청구법인의 토지 취득과 교회건축을 허가하였으며, OOO는 청구법인에게 종교부지 공급대상자로 통보(2008.8.4.)하여 이를 믿고 기다려왔으나 종교부지를 공급하지 아니하였고, 2010.9.12. 제직회를 열어 OOO동 645-13 대지 420.10㎡를 OOO원에 매입하여 2011.6.15. OOO으로부터 건축허가를 받아 현재 50%의 건축공정율 상태이며, 강제수용으로 350명의 교인이 35명으로 줄어든 채 현재 임대건물에서 예배를 드리고 있는 바, 박OOO 명의의 토지 취득일인 2004.1.14.을 청구법인의 취득시점으로 보아야 할 것이며, 이를 기준으로하면 3년 이상 고유목적사업(종교사업)에 사용한 것이므로 이에 대한 법인세는 취소되어야 한다며, 토지대장, 토지등기부등본, 건물등기부등본, 제직회의록, 교회규약, 신설 교회 토지등기부등본․토지매매계약서․건축허가통지서․교회건축공사사진 및 사유서 등을 제출하였다.

(3) 살피건대, 박OOO이 최초 토지 취득시 당해 토지가 청구법인 소유라는 입증이 없고, 청구법인은 쟁점부동산 중 토지를 2005.2.21.(증여등기일) 취득한 후 그 지상에 같은 날 교회건물을 보존등기한 후 2007.3.6. 양도하여 고유목적사업에 사용한 기간이 2년 1월로서 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니하였으며, 2011.6.15.에 이르러 교회건축허가를 받아 교회를 짓고 있는바, 청구주장을 수용하더라도 토지가 박OOO 개인 명의로 2004.5.17. 등기이전 되어 이로부터 기산해도 3년 요건을 충족하지 못한 것으로 나타난다.

 따라서 처분청이 3년 이상 쟁점부동산을 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니한 데 대하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.