주 문

1. 피고가 2010. 4. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 1，966，952，030원의 부과처분 중 1，716，662，620원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 4. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 1，966，952，030원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 BB(이하 ’회사’라 한다)의 주식 148，147주(이하 ’이 사건 주식’ 이라 한다)를 l주당 121，500원에 아래와 같이 양도(이하 ’이 사건 주식 양도계약’이라 한다)하였다.

(1) 이 사건 주식 중 98，765주 : 2007. 3. 20. CCCCCCCC에 양도

(2) 이 사건 주식 중 49，382주 : 2007. 4. 20. DDDDDDDDDDD에 양도

(3) 총 양도가액 : 17，999，860，500원

나. 원고는 2008. 5. 22. 피고에게 2007년 귀속 양도소득세 1，716，662，620원을 확정 · 신고한 후 그 납부기한을 2008. 11. 30.까지 연장해 달라는 취지의 납부기한연장신청을 하여 피고로부터 승인을 받았다.

다. 원고는 2008. 9. 23. 피고에게 이 사건 주식 양도계약이 취소되었다고 하면서 양도소득세 경정청구를 하였고, 피고는 위 경정청구를 받아들여 2008. 11. 10. 원고에 대 하여 양도소득세 과세제외 결정(이하 ’이 사건 과세제외결정’이라 한다)을 하였다.

라. 그 후 감사원의 피고에 대한 감사결과 이 사건 주식 양도계약이 취소 또는 해제 된 것이 아니라 원고가 이 사건 주식 양도 이후 주식을 재매입한 것에 불과하다는 지 적이 있자, 피고는 2010. 4. 1. 원고에 대하여 2007년 귀속 양도소득세 1，966，952，030 원(본세 1，716，662，620원 + 납부불성실가산세 250，289，410원)을 결정 · 고지(이하 ’이 사건 처분이라 한다)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다. 즉，① 이 사건 주식 양도계약은 회사가 2007년도 당기순손실이 발생하는 것을 해제 조건으로 하여 체결되었는데, 회사가 2007년 당기순손실이 발생하여 이 사건 주식 양도계약의 해제조건이 성취되었다. 아니라 하더라도 이 사건 주식 양도계약은 2008년경의 풋옵션행사계약 및 주식매매(환매)계약으로 합의해제되었으므로, 이 사건 주식 양도 계약은 소급적으로 무효화 되었다.

② 피고가 원고의 양도소득세경정청구를 받아들였다가 다시 이 사건 처분(본세 및 가산세 부과처분)을 한 것은 신의칙 또는 신뢰보호의 원칙에 반한다.

나.인정사실

(1) 주식양도계약의 체결

(가) 원고는 이 사건 주식 중 98，765주를 2007. 3. 20. CCCCCCCC에 양도 하였고, 이 사건 주식 중 49，382주를 2007. 4. 20. DDDDDDDDDDD(이하 위 두 펀드를 통칭할 때는 ’펀드’라 한다)에 양도하는 이 사건 주식 양도계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래 (나)항과 같다.

(나) 이 사건 주식 양도계약의 주요 내용

(다) 원고는 펀드로부터 이 사건 주식 양도계약에 따른 대금을 2007. 5. 7.경까지 모두 지급받았고, 주식명의개서까지 해 주었다.

(2) 풋옵션(Put Option)행사계약의 체결 및 주식매매(환매)계약의 체결

(가) 회사의 2007년도 결산 결과 약 20억 원의 당기순손실이 발생하자 펀드는 2008. 4. 18. 및 2008. 5. 2. 이 사건 주식 양도계약 제20조에 따라 ’2007년도 당기순이익이 50억 원 이하’라는 이유로 유상감자요청 및 환매요청을 하였고, 이에 따라 원고는 펀드가 보유하고 있는 이 사건 주식을 다시 매수하기로 하였다.

(나) 그에 따라 원고는 펀드와 사이에 이 사건 주식 전부 또는 일부에 관하여, 2008. 6. 12. 주식환매계약을, 2008. 6. 25. 풋옵션행사계약 및 주식매매계약을 각 체결하였다.

(다) 원고는 위 풋옵션행사계약에 따라 펀드로부터 2010년경까지 이 사건 주식을 모두 재매입하였다.

[인정근거] 위 증거들, 갑 제1 내지 3, 6, 7호증, 을 제6 내지 10호증(각 가지번호 포 함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 위 ① 주장(해제조건의 성취 또는 합의해제)에 대하여

원고가 펀드와 이 사건 주식 양도계약을 체결하면서 장래 이 사건 주식의 양도 가액이 일정한 기준(기준당기순이익 등)에 따라 조정될 것을 전제로 하였음은 앞서 본 바와 같으나, 한편 위 증거들 및 위 인정사실에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ㉠ 원고는 펀드에 이 사건 주식을 양도하면서 펀드로부터 이 사건 주식의 양도대금을 모두 지급받았고, 이 사건 주식에 대한 명의개서절차까지 완료한 점，㉡ 이 사건 주식 양도계약을 체결함에 있어 원고와 펀드 사이에서 거래완결 전에는 당사자의 합의붉 이 사건 주식 양도계약을 해제할 수 있도록 하면서도 거래완결 후에는 이 사건 주식 양도계약을 해제하지 못하는 것으로 약정한 점，㉢ 원고는 펀드로부터 이 사건 주식을 다시 매수하는 것을 전제로 펀드와 풋옵션행사계약 및 주식매매(환매)계약을 체결하였고, 그 이후 수년에 걸쳐 이 사건 주식을 재매수한 점，㉣ 펀드는 원고에 대하 여 이 사건 주식 양도계약 제20조에 따라 이익소각 및 감자요청을 하였으며, 원고는 이에 따라 펀드로부터 이 사건 주식을 재매입하는 방법으로 풋옵션행사계약 및 주식매 매(환매)계약을 체결한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 증인 박FF의 증언만으로는 이 사건 주식 양도계약이 회사가 2007년 당기순손실이 발생하는 것을 해제조건으로 하였다거나 펀드와의 풋옵션행사계약 및 주식매매(환매) 계약이 실질적으로는 이 사건 주식 양도계약을 합의해제한 것이라고 인정하기에 부족 하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 위 ② 주장(신의칙 또는 신뢰보호원칙)에 대하여 (가) 본세 부분에 관하여

위 인정사실에 의하면, 피고가 원고의 양도소득세 경정청구를 받아들인 후에 다시 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건 처분 중 본세 부분은 피고가 원고의 양도소득세 경정청구를 받아들였다가 다시 양도소득세를 부과하였다고 하여 그것만으로 본세의 부과처분이 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 위반된다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장 중 본세에 관한 부분은 이유 없다.

(나) 가산세 부분에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다(대법원 1999. 3. 9. 선 고 98두2379 판결 등 참조). 이 사건에서 보건대 위 인정사실에 의하면 피고는 원고에게 양도소득세 납부 기한을 2008. 11. 30.까지 유예해 주었다가 납부기한 전인 2008. 11. 10. 원고에 대하여 이 사건 과세제외결정을 하였다가 그 이후 원고에 대하여 다시 이 사건 처분을 하면서 양도소득세 본세 이외에 납부불성실가산세 250，289，410원을 함께 부과하였는바, 원고로서는 양도소득세의 납부기한 전에 이 사건 과세제외결정을 받았으므로 피고의 이 사건 과세제외결정을 신뢰하였다고 할 수 있을 뿐만 아니라 원고가 이 사건 처분 이전에 양도소득세를 납부하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 없었다고 할 수도 없으므로, 원고의 이 부분 주장 중 가산세에 관한 부분은 이유 있다.

라. 소결론

따라서 이 사건 처분 중 본세 1，716，662，620원에 관한 부분은 적법하고, 가산세 250，289，410원에 관한 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 1，716，662，620원을 초과하는 부분(가산세 부분)은 위법하므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.