주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 10. 15. 원고에게 한 2006년 법인세 164,953,530원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006년 법인세 신고시 1998년부터 2004년 사이에 소멸시효가 완성된 매출채권(1995년부터 2001년까지 사이에 발생)에 대한 대손금 합계 499,979,978원(이하 ’이 사건 대손금’)을 대손충당금과 상계하여 손금산입 후 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 원고가 이 사건 대손금을 소멸시효가 완성된 날이 속하는 각 사업연도에 손금산업하지 않은 채 2006년 사업연도에 모두 손금산입하여 법인세를 신고·납부하였음을 확인하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 위 과세자료에 따라 2010. 10. 15 원고가 주장하는 이 사건 대손금은 2006년의 손금산입 대상이 아니라고 보아 원고에게 2006년 법인세 164,953,530원을 결정 · 고지(이하 ’이 사건 처분’)하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 1. 7. 국세청에 심사청구를 하였으나, 위 청구는 2011. 4. 4. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 대손금 회수를 위해 이를 손금으로 회계처리하지 않았을 뿐이고 계속하여 법인세를 납부하였는바, 2006년 사업연도에 손금산업한 대손금을 손금불산입하면서 소멸시효가 완성된 각 사업연도에 손금산입하지 않는 것은 통일 소득에 대하여 이중으로 과세하는 것이 된다. 피고가 이 사건 대손금이 귀속되는 사업연도의 부과제척기간이 지났음을 이유로 경정결정을 하지 않는 것이라면, 원고의 당초 신고내용을 인정하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제34조 제2항, 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제62조 제1항 제1호, 제3항 제1호에 의하면, 소멸시효가 완성된 외상매출금은 소멸시효가 완성된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입한다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 대손금은 각 소멸시효가 완성된 날이 속하는 사업 연도인 1998년부터 2004년까지의 손금으로 산입하여야 하고, 이를 모두 합산하여 2006년 손금으로 산입할 수는 없다.

또한, 비록 부과제척기간이 지났다 하더라도 이 사건 대손금은 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 제4호 소정의 경정청구의 대상이 될 수 있으므로(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결 등 참조), 원고로서는 1998년부터 2004년까지의 법인세에 대한 경정청구를 통해 이중과세의 문제를 해결할 수 있을 뿐, 피고가 스스로 경정결정을 하지 못하는 것을 이유로 원고의 2006년 법인세 신고내용을 인정하여야 할 의무는 없다.

따라서 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결 한다.