주 문

1. 피고가 2010. 7. 14. 원고에 대하여 한 양도소득세 78,918,570원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 천안시 서북구 XX동 00 전 536㎡ 및 같은 동 00 전 730㎡ 등 합계 2 필지(이하 ’이 사건 농지’라 한다)를 1990. 1. 8. 매매를 원인으로 취득하여 2009. 8. 31. 공공용지의 협의취득을 원인으로 대한주택공사에 401,420,660원에 양도하였다.

나. 원고는 2009. 11. 2. 이 사건 농지에 관한 양도소득세 예정신고를 하면서 산출세액 78,191,396원에 대하여 이 사건 농지가 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조 소정의 ’8년 이상 직접 경작한 농지’에 해당한다는 이유로 양도소득세 감면을 신청하였다.

다. 피고는 2010. 7. 14. 원고가 이 사건 농지를 자경하지 않은 것으로 보아 위 자경 농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 2009년도 귀속 양도소득세 78,918,575원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 11. 29. 국세청에 심사청구를 하였으나, 2011. 2. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 1990. 1.경 이 사건 농지를 취득하여 2000.경까지 들깨 등의 작물을 직접 재배하다가 2001.경부터 고혈압으로 농사를 짓기가 어려워 부득이 임AA에게 대리경작을 하게 하였는데, 위 대리경작 기간을 제외하고서라도 원고는 이 사건 농지를 8년 이상 직접 경작하였으므로, 이와 다른 사실을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 이 사건 농지를 취득하기 전인 1989. 2. 2.부터 이 사건 농지의 양도일인 2009. 8. 31.까지 천안시 XX동 000-00 OO연립 000호(이하 ’이 사건 주택’이라 한다)에 주민등록을 마치고 거주하였는데, 이 사건 주택과 이 사건 농지와의 거리는 약 6.1km이다.

2) 국세통합전산망 조회 결과에 의하면, 1990.경부터 2000.경까지의 기간 중 원고의 사업소득은 확인되지 않고, 다만 2002.경부터 2009.경까지 ’OO방앗간’이라는 상호로 방앗간을 운영하여 얻은 사업소득이 확인된다.

3) 한편, 대한주택공사는 2009. 8. 31.경 이 사건 농지를 협의취득하면서 이 사건 농지가 소재한 지역의 농지위원 김BB과 통장 이CC으로부터 ’임AA이 이 사건 농지를 1990.경부터 2009.경까지 대리경작하였다’는 내용의 경작사실확인서를 받았고, 이에 근거한 영농보상비 산정내역서에는 임AA이 이 사건 농지를 임차하여 깨, 콩 등을 재배하여 영농보상비를 수령한 것으로 기재되어 있다.

4) 김BB은 2010. 4. 7. ’원고가 방앗간을 운영하면서 이 사건 농지를 임AA에게 대리경작 하게 한 사실이 있을 뿐, 이 사건 농지에서 직접 작물을 재배한 적이 없다’는 내용의 사실확인서를 작성하였으나, 2011. 5. 20.경 ’2010. 4. 7.자 사실확인서를 작성해 준 후인 2010. 4. 21.경 원고의 아들인 이DD을 통해 원고가 1990.경이 아닌 2002. 경부터 방앗간을 운영하였다는 사실을 확인하였고, 1990.경부터 2000.경까지는 원고가 이 사건 농지에서 직접 농사를 지었다는 얘기를 들었다. 2010. 4. 7.자 사실확인서로 인하여 원고가 피해를 입지 않기를 바란다’는 내용의 사실확인서를 다시 작성하였다.

5) 이CC은 2011. 5. 20. ’원고가 1990.경부터 2000.경까지 이 사건 농지를 직접 경작하였다’는 내용의 사실확인서를 작성하였다.

6) 임AA은 2010. 4. 9.경 ’이 사건 농지를 약 10년 전부터 직접 경작하였다’는 내용의 사실확인서를 작성하였고, 2011. 5. 19.에는 ’원고가 1990.경부터 2000.경까지 이 사건 농지에서 직접 농사를 지었다’는 내용의 사실확인서를 작성하였으며, 이 법원에 증인으로 출석하여 ”나는 2001.경부터 협의매수 시점까지 이 사건 농지에서 들깨, 호박 등을 대리경작한 사실이 있고, 1990.경부터 2000.경까지는 원고가 이 사건 농지를 직접 경작하였으며, 1990.경부터 2000.경까지의 기간 동안 나는 이 사건 농지에 밭고랑을 만드는 작업을 도와주고 원고로부터 그 대가로 몇 만 원의 일당을 받은 사실이 있을 뿐이다”라고 진술하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 8호증, 을 제2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 임AA의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

양도소득세를 감면받기 위한 요건인 양도한 토지의 자경사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 하는 것인바(대법원 1990. 5. 22. 선고 90누639 판결 참조), 과연 이 사건에서 원고가 이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다고 볼 수 있는지에 관하여 살피건대, 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고는 김BB과 이CC 작성의 경작사실확인서에 ’임AA이 1990.경부터 줄곧 이 사건 농지를 대리경작하였다’는 내용이 기재되어 있는 것을 주된 이유로 하여 이 사건 처분을 하였으나, 위 경작사실확인서에 기재된 내용은 그 후에 작성된 김BB과 이CC의 사실확인서에 기재된 내용에 비추어 볼 때 이를 쉽사리 믿을 수 없는 점, ② 임 AA은 2010. 4.경부터 이 법정에 이르기까지 일관하여 자신이 이 사건 농지를 2001. 경부터 대리경작하였고, 1990.경부터 2000.경까지는 원고가 이 사건 농지를 직접 경작 하였다고 진술하고 있는 점, ③ 김BB과 이CC도 원고가 1990.경부터 2000.경까지 이 사건 농지를 직접 경작하였다는 내용의 사실확인서를 작성한 점, ④ 원고가 1989. 2. 2.경부터 2009. 8. 31.까지 거주한 것으로 보이는 이 사건 주택과 이 사건 농지와의 거리가 약 6.1km로 비교적 가까울 뿐만 아니라, 원고의 연령에 비추어 볼 때 원고가 1990.경부터 2000.경까지 이 사건 주택에 거주하면서 충분히 이 사건 농지를 자경할 수 있었을 것으로 보이는 점, ⑤ 원고는 2002.경부터 방앗간을 운영한 것으로 보여 원고가 이 사건 농지를 자경하였다고 주장하는 기간인 1990.경부터 2000.경까지의 기간과 겹치지 아니하므로, 원고가 방앗간을 운영하였다는 이유만으로 원고가 이 사건 농지를 자경하지 않았다고 단정할 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 1990.경부터 2000.경까지 8년 이상 이 사건 농지를 직접 경작하였다는 사실은 충분히 입증되었다고 봄이 상당하고, 이로써 원고는 구 조세특례제한법 제69조 소정의 양도소득세 감면 요건을 충족하였다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제 아래 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.